| 利用二代测序技术对柔嫩艾美耳球虫T-DNA整合位点的分析及鉴定 |
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| 引用本文： | 郝振凯,汤新明,张媛媛,谢福杰,陈君敏,索静霞,索勋,刘贤勇.利用二代测序技术对柔嫩艾美耳球虫T-DNA整合位点的分析及鉴定[J].中国农业大学学报,2023,28(8):183-190. |
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| 作者姓名： | 郝振凯 汤新明 张媛媛 谢福杰 陈君敏 索静霞 索勋 刘贤勇 |
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| 作者单位： | 中国农业大学 动物医学院/兽医公共卫生安全全国重点实验室/农业农村部动物流行病学重点实验室, 北京 100193;中国农业科学院 北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;中国农业大学 生物学院, 北京 100193 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划(2018YFD0500300,2016YFD0501300)；国家自然科学基金项目(32072884,31873007) |
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| 摘 要： | 为建立一种适用于转基因球虫的快速且准确的分析T-DNA整合位点的方法，本研究利用二代测序技术对转基因柔嫩艾美耳球虫EtM2e虫株进行基因组重测序分析，基于嵌合体reads比对分析T-DNA的插入位点，通过T-DNA特有序列以及外源基因与球虫同源序列的测序深度进而分析T-DNA拷贝数，最后利用PCR扩增验证分析位点。结果表明:1)二代测序下机数据过滤后获得数据7.2 Gb，Q20为96.1%，Q30为89.2%，能够比对至柔嫩艾美耳球虫参考基因组的reads数为23 992 361×2，平均测序深度为80×，reads全基因覆盖结果表明整个染色体被覆盖的较为均匀，测序的随机性比较好，可以进行后续分析；2)比对至T-DNA序列的reads数为3 106和3 036，平均测序深度为140×，嵌合体reads序列信息表明T-DNA只存在一个插入位点，位于HG994969.1:2 704 213~2 705 255；3)T载体骨架特有序列卡那抗性基因的平均测序深度为67×，T-DNA特有序列EYFP基因的平均测序深度为85×，而T-DNA与球虫同源序列His4基因的5′调控区序列的平均测序深度为154×，Actin基因的3′调控区序列的平均测序深度为164×，同源序列的平均测序约为特有序列平均测序深度的2倍，这表明T-DNA为单拷贝，与发现一个插入位点的结果相符合；4)经PCR验证分析成功鉴定了该整合位点。转基因艾美耳球虫EtM2e虫株T-DNA整合位点的鉴定为后续转基因球虫鉴定提供了技术平台，也为球虫活载体疫苗的研发提供了一个潜在的靶位点。
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| 关 键 词： | T-DNA整合位点 柔嫩艾美耳球虫 二代测序技术 转基因 |
| 收稿时间： | 2022/11/10 0:00:00 |
Analysis and identification of T-DNA insertion sites in transgenic Eimeria tenella |
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| HAO Zhenkai,TANG Xinming,ZHANG Yuanyuan,XIE Fujie,CHEN Junmin,SUO Jingxi,SUO Xun,LIU Xianyong.Analysis and identification of T-DNA insertion sites in transgenic Eimeria tenella[J].Journal of China Agricultural University,2023,28(8):183-190. |
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| Authors: | HAO Zhenkai TANG Xinming ZHANG Yuanyuan XIE Fujie CHEN Junmin SUO Jingxi SUO Xun LIU Xianyong |
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| Institution: | College of Veterinary Medicine/National Key Laboratory of Veterinary Public Health Security/Key Laboratory ofAnimal Epidemiology and Zoonosis of Ministry of Agriculture, China Agricultural University, Beijing 100193, China;Institute of Animal Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China;College of Biological Science, China Agricultural University, Beijing 100193, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | T-DNA insertion sites Eimeria tenella second-generation sequencing transgene |
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