| 塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析 |
| |
| 引用本文： | 韩宇,王秀明,张斌,乌吉斯古楞,巨敏莹,刘建奇,宋庆庆,关平原.塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析[J].中国动物检疫,2020,37(12):108-113. |
| |
| 作者姓名： | 韩宇 王秀明 张斌 乌吉斯古楞 巨敏莹 刘建奇 宋庆庆 关平原 |
| |
| 摘 要： | 为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列，设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段，将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序，拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示，该毒株基因组全长7 292 bp，包括5''UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3''UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列，对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示，核苷酸同源性最高的是3B基因，最低的是VP1基因，其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间。VP1基因遗传进化分析显示，SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近，属同一进化分支，与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对，发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析，为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。
|
| 关 键 词： | 塞内卡病毒 全基因组 序列分析 |
Sequencing and Analysis on Whole Genome of Senecavirus CH/ZZ/2016 Strain |
| |
| Han Yu,Wang Xiuming,Zhang Bin,Wujisiguleng,Ju Minying,Liu Jianqi,Song Qingqing,Guan Pingyuan.Sequencing and Analysis on Whole Genome of Senecavirus CH/ZZ/2016 Strain[J].China Journal Of Animal Quarantine,2020,37(12):108-113. |
| |
| Authors: | Han Yu Wang Xiuming Zhang Bin Wujisiguleng Ju Minying Liu Jianqi Song Qingqing Guan Pingyuan |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
|
| 点击此处可从《中国动物检疫》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《中国动物检疫》下载免费的PDF全文 |
|
