| 基于马尾松干旱转录组的抗旱功能SSR位点分析 |
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| 引用本文： | 杜明凤,丁贵杰.基于马尾松干旱转录组的抗旱功能SSR位点分析[J].林业科学研究,2018,31(5):9-19. |
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| 作者姓名： | 杜明凤 丁贵杰 |
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| 作者单位： | 贵州大学林学院贵州省森林资源与环境研究中心;贵州师范大学喀斯特研究院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金课题（31260183）；国家科技支撑课题（2015BAD09B0102）；贵州省重大专项课题（黔科合重大专项字[2012]6001）；贵州大学研究生创新基金（研农2015006） |
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| 摘 要： | 目的]了解马尾松干旱胁迫转录组序列的功能分布和SSR位点分布特征,并探索与干旱关联的SSR位点。方法]对马尾松幼苗进行持续干旱胁迫,选取干旱10、15、25 d及正常供水对照的马尾松针叶样品,通过总RNA提取、Illumina测序、raw reads去冗、Trinity拼接获得unigenes。利用Blast比对,对Unigene序列进行GO、KOG、KEGG功能注释及分类;利用Misa软件进行SSR位点批量搜寻,primer 3. 0软件进行规模化SSR引物设计;利用GOSeq(1. 10. 0)、KOBAS(v2. 0. 12)软件对差异表达的含SSR位点Unigene进行GO、KEGG显著性富集分析。结果]马尾松转录组194 821个Unigene中,101 806个Unigene获得注释,包含64 943个GO功能注释、35 880个KOG功能注释及30 882个KEGG注释。搜寻到6 728个SSR位点,分布于6 367个Unigene中,SSR出现频率为3. 45%;重复类型以单、三、二核苷酸为主,分别占总SSR的35. 82%、33. 03%和25. 22%;重复基序以A/T、AT/AT、AG/CT、AGC/CTG、AAG/CTT为主;基序长度以10 20 bp的短序列SSR为主;基序重复次数以5～10次重复占优势;批量设计13 338对SSR引物。422个含SSR位点Unigene具有差异表达; KEGG富集分析发现,有11个含SSR位点的差异Unigene参与了光合作用、植物激素信号传导及类胡萝卜素合成等3个与干旱响应相关的代谢途径。结论]从较高质量的马尾松转录组中获得101 806个具有注释的Unigene;从6 367个Unigene中挖掘出6 728个SSR位点; 422个含SSR位点的差异表达Unigene中筛选出11个与干旱关联的SSR功能位点,为抗旱功能基因定位及马尾松抗旱分子机制研究奠定基础。
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| 关 键 词： | 马尾松 转录组 基因注释 SSR 基因差异表达 |
| 收稿时间： | 2017/5/22 0:00:00 |
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