| 带属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 贾万忠,闫鸿斌,史万贵,王玉朝,郭爱疆,詹芳,付宝权,才学鹏.带属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析[J].中国兽医学报,2010,30(11). |
| |
| 作者姓名： | 贾万忠 闫鸿斌 史万贵 王玉朝 郭爱疆 詹芳 付宝权 才学鹏 |
| |
| 作者单位： | 1. 中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部兽医公共卫生重点实验室甘肃省动物寄生虫病重点实验室,甘肃,兰州,730046
2. 甘肃省动物疾病控制中心,甘肃,兰州,730046 |
| |
| 基金项目： | 国家科技支撑计划资助项目，家畜疫病病原生物学国家重点实验室自主项目 |
| |
| 摘 要： | 通过利用生物生物信息学方法分析带属绦虫线粒体DNA(mtDNA)碱基组成、基因结构、密码子利用、基因变异及其在分子系统进化研究中的应用价值等,以期为带属虫种线粒体功能基因组学研究、分子分类学研究及其疾病诊断提供重要依据。从NCBI GenBank中下载已测序的6种带属绦虫线粒体基因组(mt genome)全序列,以细粒棘球绦虫mtDNA序列作为参考序列(外群),用ClustalX软件(1.83)(http://www2.ebi.ac.uk/clustal w/)进行多重序列比对,用DNAStar软件进行序列差异性分析,用MEGA4软件的邻接法(Neighbor-joining method)构建进化树,核苷酸进化距离算法用最大似然法(Maxi mumlikelihood method),氨基酸进化距离算法用泊松校正法(Poissoncorrection method),进化树检验用自展法(Bootstrap test)。tRNA和2个非编码区RNA二级结构预测分别使用软件ARWEN和RNAstructure Version 4.6。结果显示,带属绦虫mtDNA为双链闭环分子,为13.3~13.7 kb;4种碱基成分中,T含量最高(超过47%),C含量最低(低于9%);共有36个按照相同顺序排列的编码基因,其中蛋白质编码基因有12个,tRNA编码基因有22个(其中编码丝氨酸-tRNA和亮氨酸-tRNA的基因有2个,其余18种tRNA分子各有1个),rRNA编码基因有2个(包括1个大亚基和1个小亚基)。基因组结构紧凑,基因间存在重叠区域,如nad4L和nad4基因;除广泛使用ATG作为起始密码子编码蛋氨酸,部分基因如多头绦虫nad6基因用GTG作为蛋白质翻译的起始密码子。线粒体tRNA长度为58~76 nt,二级结构多数呈典型的三叶草结构,少数呈D-loop结构;2个线粒体rRNA亚基基因rrnL和rrnS被trnC基因分隔开;线粒体基因组有2个大的非编码区,1个长非编码区(LNR)和1个短非编码区(SNR);线粒体基因组中蛋白编码基因之间的差异为5.7%~28.9%,其中cox1和nad4L基因比较保守,而nad5和nad6则变异较大,进化较快。结果表明,根据线粒体基因组序列绘制的带属绦虫分子进化树表明,亚洲带绦虫(T.asiatica)和牛带绦虫(T.saginata)间的亲缘关系最近,成为姊妹种,而多头绦虫(T.multiceps)与前两者的亲缘关系比猪带绦虫(T.solium)与前两者的关系更近,但与虫种的生物学特征存在一定差异。
|
| 关 键 词： | 带属 线粒体基因组 生物信息学分析 进化树 分子分类 |
Bioinformatic analyses on sequences of the complete mitochondrial genomes of Taenia species |
| |
| JIA Wan-zhong,YAN Hong-bin,SHI Wan-gui,WANG Yu-chao,GUO Ai-jiang,ZHAN Fang,FU Bao-quan,CAI Xue-peng.Bioinformatic analyses on sequences of the complete mitochondrial genomes of Taenia species[J].Chinese Journal of Veterinary Science,2010,30(11). |
| |
| Authors: | JIA Wan-zhong YAN Hong-bin SHI Wan-gui WANG Yu-chao GUO Ai-jiang ZHAN Fang FU Bao-quan CAI Xue-peng |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
