| 马铃薯低温响应的ScmiR390-5p及其靶基因表达与结构分析 |
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| 引用本文： | 谢洁,王明,丁红映,李青,王万兴,熊兴耀,秦玉芝.马铃薯低温响应的ScmiR390-5p及其靶基因表达与结构分析[J].中国农业科学,2019,52(13):2295-2308. |
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| 作者姓名： | 谢洁 王明 丁红映 李青 王万兴 熊兴耀 秦玉芝 |
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| 作者单位： | 1 湖南农业大学园艺园林学院,长沙 4101282 中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京 100081 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31371683) |
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| 摘 要： | 【目的】研究马铃薯富含亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat receptor-like protein kinase LRR-RLK)类受体蛋白激酶基因SCLRRK1受miR390（ScmiR390-5p）调控响应非生物胁迫的机理。【方法】通过低温响应马铃薯miRNA测序分析与靶基因预测,发现ScmiR390-5p通过调控1个可能的LRR类受体蛋白激酶基因对低温做出响应;利用实时荧光定量PCR技术（Quantitative Real-time PCR,RT-qPCR）验证ScmiR390-5p和SCLRRK1响应低温胁迫的表达情况;利用RLM-5′RACE确定ScmiR390-5p作用于SCLRRK1的切割位点;利用PCR技术克隆得到SCLRRK1的DNA序列和CDS序列,生物信息学分析SCLRRK1的结构和功能;利用RT-qPCR分析ScmiR390-5p/SCLRRK1在马铃薯各组织中的表达情况及其响应各种非生物胁迫的表达情况。【结果】RT-qPCR结果表明,低温诱导ScmiR390-5p表达,SCLRRK1的表达则受到低温的抑制,ScmiR390-5p和SCLRRK1的表达在低温胁迫下呈负相关性;RLM-5′RACE分析表明,ScmiR390-5p作用于SCLRRK1的切割位点是ATTCCT//CCTGAGTT,马铃薯ScmiR390-5p/SCLRRK1调控模块在低温响应中起作用。克隆结果表明SCLRRK1的CDS序列长度为2 685 bp,编码894个氨基酸,DNA序列长度为3 549 bp,含有1个内含子、2个外显子、3′非编码区和5′非编码区,ScmiR390-5p的靶位点位于SCLRRK1 CDS序列内部（960—981 bp,GGAACTATTCCTCCTGAGTTT）。生物信息学显示SCLRRK1是1个富含亮氨酸重复序列(leucine-richrepeat,LRR)的类受体蛋白激酶基因,编码的蛋白属于跨膜分泌蛋白。马铃薯组织表达RT-qPCR分析显示,ScmiR390-5p在叶中的表达量最高,根次之,茎中（地上茎、块茎和匍匐茎）表达量较低;而SCLRRK1的表达情况与ScmiR390-5p相反,其在叶中的表达最低,在茎中表达最高（匍匐茎>块茎>地上茎）。多种非生物胁迫结果显示,ScmiR390-5p和SCLRRK1表达在NaCl胁迫下呈负相关,ScmiR390-5p受到NaCl胁迫诱导表达。与对照相比,ABA和6-BA处理下ScmiR390-5p表达先下降之后呈波浪小幅回调;6-BA处理下SCLRRK1表达持续升高,ABA处理下SCLRRK1表达先上升后下降。GA3、PEG和IAA处理8 h时,ScmiR390-5p的表达达到峰值,GA3、PEG和IAA处理都能诱导SCLRRK1表达,但其变化趋势与ScmiR390-5p相关性不强。【结论】SCLRRK1具备编码LRR类受体蛋白激酶的核酸、氨基酸序列和结构基础,是ScmiR390-5p的靶基因;ScmiR390-5p/SCLRRK1调控模块在马铃薯组织器官中具备明显作用;ScmiR390-5p在转录后水平通过抑制马铃薯SCLRRK1的表达对低温胁迫做出响应,同时,马铃薯ScmiR390-5p/SCLRRK1调控模块在NaCl和6-BA胁迫响应中起作用,但不对ABA、GA3、IAA和PEG胁迫做出响应,ScmiR390-5p和SCLRRK1分别在转录水平受到ABA、GA3、IAA和PEG胁迫信号调控。
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| 关 键 词： | 马铃薯 ScmiR390-5p SCLRRK1 实时荧光定量PCR RLM-5′RACE |
| 收稿时间： | 2019-01-03 |
Expression and Structural Analysis of SC MI390-5p and Its Target Genes in Potato Response to Low Temperature |
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| XIE Jie,WANG Ming,DING HongYing,LI Qing,WANG WanXing,XIONG XingYao,QIN YuZhi.Expression and Structural Analysis of SC MI390-5p and Its Target Genes in Potato Response to Low Temperature[J].Scientia Agricultura Sinica,2019,52(13):2295-2308. |
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| Authors: | XIE Jie WANG Ming DING HongYing LI Qing WANG WanXing XIONG XingYao QIN YuZhi |
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| Institution: | 1 College of Horticulture and Landscape, Hunan Agricultural University, Changsha 4101282 Institute of Vegetables and Flowers, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | potato ScmiR390-5p SCLRRK1 quantitative real-time PCR RLM-5′RACE |
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