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| 白姜转录组中的SSR位点信息分析 | |
| 作者单位： | ;1.重庆文理学院特色植物研究院;2.重庆市特色植物种苗工程技术研究中心 |
| 摘 要： | 利用Trinity软件对白姜转录组进行de novo组装,CAP3软件对组装的contig拼接删选;MISA工具对unigene进行SSR检索。从153 724条unigene中共发现16 593个SSR,分布在14 436条unigene序列中,出现频率为9.39%,平均每9.26kb含有1个SSR位点。其中二核苷酸、三核苷酸所占比例最大,分别为37.59%和45.24%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,占22.47%和11.79%。基序长度主要分布于12~20bp,占总数的85.06%。研究结果表明,白姜SSR位点频率、密度较高,类型多样,在生姜分子标记辅助育种、遗传多样性研究中有较大应用潜能。 |
| 关 键 词： | 生姜 转录组 SSR 位点信息 |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ | |