| 基于RNA-seq结果开发猪SSR标记 |
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| 引用本文： | 李文霞,吴怡琦,杨帅,张燕伟,路畅,杨阳,蔡春波,高鹏飞,郭晓红,李步高,曹果清.基于RNA-seq结果开发猪SSR标记[J].畜牧兽医学报,2021,52(6):1535-1549. |
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| 作者姓名： | 李文霞 吴怡琦 杨帅 张燕伟 路畅 杨阳 蔡春波 高鹏飞 郭晓红 李步高 曹果清 |
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| 作者单位： | 山西农业大学动物科学学院, 太谷 030801 |
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| 基金项目： | 三晋学者支持计划专项经费资助（2016；2017）；山西省“1331工程”；山西省农业重点研发项目（201803D221022-1） |
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| 摘 要： | 旨在开发猪SSR标记，为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础。本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果，根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点，设计合成SSR引物，进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证，开发多态性SSR标记。利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析，以评价所开发SSR标记的应用效果。结果，从36 693条转录组Unigene序列中搜索到10 488个SSRs位点，纯合型SSR为9 424个，复合型SSR为1 064个，分布于6 953条Unigene序列，其中4 727条Unigene含有单个SSR，2 226条Unigene含有2个及以上SSRs，SSR发生频率为18.95%，出现频率为28.58%。优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复，其重复次数主要集中于5~22次；优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC，长度类型为10~20 bp。随机筛选154个位点进行验证，共有124对引物扩增出清晰、特异的条带，扩增效率为80.52%，其中25对SSR引物具有多态性，占比为16.23%。利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析，共识别到131个等位基因，等位基因数为2~7个，平均等位基因数为5.24，平均有效等位基因数为3.487 1，平均PIC为0.646 7，呈高度多态，总体表现出较高的多样性。本研究结果表明，基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的，结果丰富了猪可用SSR标记数据库，且开发的SSR标记准确可靠，多态性高，可用于猪的遗传多样性分析。
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| 关 键 词： | RNA-seq SSR 猪 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2020-10-29 |
Development of SSR Markers Based on RNA-seq Result of Pig |
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| LI Wenxia,WU Yiqi,YANG Shuai,ZHANG Yanwei,LU Chang,YANG Yang,CAI Chunbo,GAO Pengfei,GUO Xiaohong,LI Bugao,CAO Guoqing.Development of SSR Markers Based on RNA-seq Result of Pig[J].Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica,2021,52(6):1535-1549. |
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| Authors: | LI Wenxia WU Yiqi YANG Shuai ZHANG Yanwei LU Chang YANG Yang CAI Chunbo GAO Pengfei GUO Xiaohong LI Bugao CAO Guoqing |
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| Institution: | College of Animal Science, Shanxi Agricultural University, Taigu 030801, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA-seq SSR pig genetic diversity |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
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