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| Marc145细胞源LSm1基因的巢式PCR扩增及生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 陈绍品,林汉卿,温贵兰,张升波,李昌红,徐丽,龚新勇,汪德生,文明,周碧君,程振涛.Marc145细胞源LSm1基因的巢式PCR扩增及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2017,44(6):1604-1612. |
| 作者姓名： | 陈绍品 林汉卿 温贵兰 张升波 李昌红 徐丽 龚新勇 汪德生 文明 周碧君 程振涛 |
| 作者单位： | 1. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025; 2. 贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室, 贵阳 550025; 3. 贵州大学大数据与信息工程学院, 贵阳 550025 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金：P-body在PRRSV复制和持续感染过程中的作用机制研究（国科金计项[2014]44）；贵州省科学技术基金：NSP2亚类在PRRSV复制过程中的作用机制研究（黔科合J字[2015]2046号） |
| 摘 要： | 为分析LSm1基因的特点，预测其编码蛋白的生物学功能，试验利用巢式PCR方法对Marc145细胞源LSm1基因进行扩增、克隆及序列测定，应用生物信息学方法对Marc145细胞源LSm1基因进行序列分析，并对其编码蛋白进行二级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示，经过两轮的PCR扩增，成功获得402 bp的Marc145细胞源LSm1基因，编码133个氨基酸。Marc145细胞源LSm1基因核苷酸序列与人类、灵长类同源性较高，其次是海洋哺乳动物类，最后是陆地野生动物及家畜，同源性为92.8%~99.8%，而其编码的氨基酸虽没有此规律，但氨基酸序列同源性均较高，为97.8%~99.3%。系统进化树结果显示，Marc145细胞源LSm1基因与人类LSm1基因亲缘关系较近，处在同一分支，其次是灵长类。LSm1蛋白二级结构中α-螺旋和无规则卷曲所占比例较大，分别为45.11%和24.06%。预测此蛋白存在4个B细胞优势抗原表位，具有Sm超家族保守结构域，无跨膜区域，无信号肽区域。结果表明，LSm1蛋白在细胞内转录及表达水平可能较低，细胞cDNA需通过巢式PCR扩增两轮才能出现目的条带，本试验方法为LSm1基因的扩增提供了参考。同时，LSm1生物学功能预测结果为获得LSm1人工表达蛋白与针对LSm1蛋白的特异性抗体制备，以及在细胞水平研究LSm1的功能机制及其在病毒复制中的作用奠定基础。 |
| 关 键 词： | LSm1基因 巢式PCR 克隆 生物信息学分析 |
Nested PCR Amplification and Bioinformatics Analysis of LSm1 Gene from Marc145 Cells |
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| CHEN Shao-pin,LIN Han-qing,WEN Gui-lan,ZHANG Sheng-bo,LI Chang-hong,XU Li,GONG Xin-yong,WANG De-sheng,WEN Ming,ZHOU Bi-jun,CHENG Zhen-tao.Nested PCR Amplification and Bioinformatics Analysis of LSm1 Gene from Marc145 Cells[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2017,44(6):1604-1612. | |
| Authors: | CHEN Shao-pin LIN Han-qing WEN Gui-lan ZHANG Sheng-bo LI Chang-hong XU Li GONG Xin-yong WANG De-sheng WEN Ming ZHOU Bi-jun CHENG Zhen-tao |
| Institution: | 1. College of Animal Science, Guizhou University, Guiyang 550025, China; 2. Key Laboratory of Animal Disease and Veterinary Public Health of Guizhou Province, Guiyang 550025, China; 3. College of Information and Information Engineering, Guizhou University, Guiyang 550025, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | LSm1 gene nested PCR cloning bioinformatics analysis |
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