| 基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发 |
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| 引用本文： | 包文风,王吉明,尚建立,马双武.基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发[J].华北农学报,2011,26(2). |
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| 作者姓名： | 包文风 王吉明 尚建立 马双武 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院郑州果树研究所,河南郑州,450009 |
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| 基金项目： | 农业部作物种质资源保护项目，国家科技基础条件平台项目 |
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| 摘 要： | 为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1kb.其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%).基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多.长度主要分布在20～30 bp(76%).利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设计引物对数的66.7%.结果表明:利用公共数据库中的EST序列开发西瓜EST-SSR标记是一种有效的方法.
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| 关 键 词： | 西瓜 引物 |
EST-SSR Information Analysis and Markers Development in Watermelon Based on Public Databases |
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| BAO Wen-feng,WANG Ji-ming,SHANG Jian-li,MA Shuang-wu.EST-SSR Information Analysis and Markers Development in Watermelon Based on Public Databases[J].Acta Agriculturae Boreali-Sinica,2011,26(2). |
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| Authors: | BAO Wen-feng WANG Ji-ming SHANG Jian-li MA Shuang-wu |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | EST EST-SSR |
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