| 基于RNA-seq 的黄尾鲴肝脏转录组测序与分析 |
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| 引用本文： | 张燕萍,章海鑫,崔璀,傅义龙,刘志放,范鸿潮.基于RNA-seq 的黄尾鲴肝脏转录组测序与分析[J].水生态学杂志,2018,39(6):87-94. |
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| 作者姓名： | 张燕萍 章海鑫 崔璀 傅义龙 刘志放 范鸿潮 |
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| 作者单位： | 江西省水产科学研究所，南昌 330000；,江西省水产科学研究所，南昌 330000；,萍乡市水产科学研究所，萍乡 337000,江西省水产科学研究所，南昌 330000；,萍乡市水产科学研究所，萍乡 337000,萍乡市水产科学研究所，萍乡 337000 |
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| 基金项目： | 江西省科技计划项目“黄尾密鲴良种选育及健康养殖技术研究与推广”(20141BBF60036) |
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| 摘 要： | 为了发掘黄尾鲴（Xenocypris davidi）功能基因特别是免疫相关基因，为其种质资源评价、群体遗传学多样性分析、基因连锁图谱构建、免疫相关功能基因地位以及分子标记辅助育种提供基础信息，采用Illumina HiSeq 2500 高通量技术平台对黄尾鲴肝脏进行转录组测序。通过去除低质量的raw reads，共获得了50 702 046条clean reads，组装得到53 527 条Unigenes。采用BLAST 相似性比对方法，把这些序列比对NR、String、Swissprot、KEGG和Pfam数据库，共有26 613条Unigenes得到了注释。有15 532条Unigenes获得了GO注释并分类到64个功能类别中，有7 737条Unigenes被归纳到COG的26个功能分类，共有14 642条获得了KEGG注释，共参与33条代谢通路中。根据免疫系统分类，共有1 299条Unigenes参与了16条代谢通路。从 53 527 个 Unigenes 中共找到 98 826个单核苷酸多态性位点（SNP）（转换 64 396 个，颠换 34 430个）和18 119 个 SSR 位点。研究结果为黄尾鲴免疫学、基因组学、基因克隆以及分子标记辅助育种提供了重要依据。
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| 关 键 词： | 黄尾鲴 转录组 高通量测序 功能注释 |
| 收稿时间： | 2017/1/4 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2018/7/23 0:00:00 |
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