| 大菱鲆生长性状表型正交化混合模型关联分析 |
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| 引用本文： | 蒋仪,宋禹昕,高进,陈鹤丽,杨润清.大菱鲆生长性状表型正交化混合模型关联分析[J].中国水产科学,2021,28(7):845-851. |
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| 作者姓名： | 蒋仪 宋禹昕 高进 陈鹤丽 杨润清 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学, 水产科学国家级实验教学示范中心,上海 201306 ；中国水产科学研究院 生物技术研究中心, 北京 100141;南京农业大学无锡渔业学院, 江苏 无锡 214081 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(32072726)； 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2019ZY09). |
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| 摘 要： | 多变量线性混合模型是检验单个核苷酸多态性位点与多个相关表型之间是否存在关联的强有力工具。为提高该复杂关联分析的计算效率, 本研究对多个性状的表型协方差矩阵进行谱分解, 将这些相关的性状转换为相互独立的“超性状”, 利用单性状的混合模型关联分析方法计算每个超性状的检验统计量, 通过这些统计量之和推断控制多个相关表型的一因多效核苷酸遗传位点。运用这种表型正交化的多性状混合模型关联分析方法, 检测大菱鲆(Scophthalmus maximus)的体重-体长-尾柄宽 3 个性状一因多效核苷酸遗传位点, 结果表明, GEMMA 方法在 1、5、 6、8、12、16、20、2、22 号染色体上共检测到 11 个 QTNs, 而表型正交化方法则在 1、3、5、6、8、12、16、20、 21、22 号染色体上共检测到 14 个 QTNs, 其中 2 种方法共同检测到的 QTNs 有 9 个。与 GEMMA 相比, 表型正交化方法具有更高的多性状检测效率, 且运算时间也远低于 GEMMA, 可高效定位大菱鲆生长性状相关 QTNs, 这为其他水产动物的多性状 GWAS 研究以及遗传育种提供了一个便捷高效的方法。
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| 关 键 词： | 大菱鲆 多变量线性混合模型 谱分解 生长性状 表型正交化 |
Multivariate mixed model association analysis for growth trait ortho-gonalization in turbot (Scophthalmus maximus) |
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| Jiang Yi,Song Yucuan,Gao Jin,Chen Heli,Yang Runqing.Multivariate mixed model association analysis for growth trait ortho-gonalization in turbot (Scophthalmus maximus)[J].Journal of Fishery Sciences of China,2021,28(7):845-851. |
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| Authors: | Jiang Yi Song Yucuan Gao Jin Chen Heli Yang Runqing |
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