| 竹类植物EST-SSRs分布特征及应用 |
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| 引用本文： | 杨丽,管雨,张智俊.竹类植物EST-SSRs分布特征及应用[J].农业生物技术学报,2011,19(1). |
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| 作者姓名： | 杨丽 管雨 张智俊 |
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| 作者单位： | 亚热带森林培育国家重点实验室培育基地,浙江农林大学,临安311300 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(863)项目(No.2007AA021403); 浙江省自然科学基金项目(No.Y307469); 浙江林学院人才启动基金项目; 重点实验室开放基金项目资助 |
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| 摘 要： | 本研究利用毛竹已有的EST序列,开发竹类植物EST-SSR标记,旨在对竹子的分子分类进行研究。通过对3087条毛竹(Phyllostachys pubescens)EST序列进行筛选,获得了408条含有SSR的毛竹EST,在所有的EST-SSR中,三核苷酸重复类型(49.75%)最多,其次是二核苷酸重复类型(43.14%)、五核苷酸重复类型(4.41%)、四核苷酸重复类型(1.72%)和六核苷酸重复类型(0.98%)。不同基序类型中,GAG/CTC基序和AG基序分别是三核苷酸重复类型和二核苷酸重复类型中含量最高的重复基序,分别占18.72%和71.02%。当SSR长度等于18bp时,所检测到的SSR数量最多,达140条。随着SSR长度的增加,所检测到的SSR数量呈下降的趋势。根据搜索出的EST序列,共设计出25对引物,对12个竹类植物进行了扩增效率、多态性及通用性检测。其中18对引物能够扩增出稳定且清晰的条带,16对引物扩增具有多态性,扩增片段长度主要集中在100～500bp,引物有效率达64%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,12种竹类植物可分为两大类群:丛生竹类群(clump bamboos)和散生竹类群...
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| 关 键 词： | 竹 EST-SSRs 分子标记 |
Characterization and Utilization of EST-SSRs Markers from Bamboo |
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| Yang Li,Guan Yu,Zhang Zhijun.Characterization and Utilization of EST-SSRs Markers from Bamboo[J].Journal of Agricultural Biotechnology,2011,19(1). |
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| Authors: | Yang Li Guan Yu Zhang Zhijun |
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| Institution: | Yang Li Guan Yu Zhang Zhijun State Key Laboratory Cultivation Base of Subtropical Silviculture,Zhejiang Agriculture and Forestry University,Lin'an 311300,China |
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| Abstract: | The development of expressed sequence tags(ESTs) from moso bamboo has provided a useful source for mining novel simple sequence repeat(SSR) markers,which would be used for the taxonomy of bamboo. Four hundred and eight simple sequence repeats(SSR)were obtained by screening 3 087 EST sequences of moso bamboo(Phyllostachys pubescens). Among the SSR-ESTs,trinucleotides(49.75%) were most abundant,followed by dinucleotides(43.14%),penta-nucleotide(4.41%),tetra-nucleotide(1.72%) and hexa-nucleotide (0.98%). Among... |
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| Keywords: | Bamboo EST-SSRs Molecular marker |
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