| 马铃薯SSR引物的开发、特征分析及在彩色马铃薯材料中的扩增研究 |
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| 引用本文： | 张霞,于卓,金兴红,于肖夏,李景伟,李佳奇.马铃薯SSR引物的开发、特征分析及在彩色马铃薯材料中的扩增研究[J].作物学报,2022(4):920-929. |
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| 作者姓名： | 张霞 于卓 金兴红 于肖夏 李景伟 李佳奇 |
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| 作者单位： | 内蒙古农业大学农学院 |
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| 基金项目： | 内蒙古自治区科技重大专项(ZDZX2018019);内蒙古农业大学科技成果转化专项资金动植物品种培育项目(YZGC2017006);内蒙古自治区马铃薯种业技术创新中心项目资助。 |
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| 摘 要： | 彩色马铃薯较普通栽培马铃薯具有更丰富的营养物质,特别是富含抗氧化物质花青素,是近年来育种家研究的焦点。迄今为止开发的马铃薯SSR引物数量有限,特别是彩薯相关的SSR引物。本研究基于马铃薯全基因组序列利用MISA软件对SSR位点进行了分析。研究发现,在马铃薯全基因组序列中共获得218,997个SSR位点,平均3.39 kb出现一个SSR位点。单核苷酸是主要重复类型,占总SSR的62.05%,其次是二核苷酸和三核苷酸,所占比例为22.39%和13.11%。6种核苷酸类型的重复次数分布在5～746次,以5～10次为主,占总SSR的60.9%。在检测到的全部SSR中,共获得215种基元类型,除六核苷酸重复类型外,其他5种核苷酸重复类型的优势基元均以含有A/T-的基序为主。SSR基序长度主要分布在12～20bp之间,占全部SSR的43.19%。通过Primer5共设计出100对SSR引物,利用彩薯双亲的DNA初步筛选出48对可以扩增出条带的引物,有效扩增率达48%。进一步验证引物的有效性,随机选择F2群体的6个单株进行PCR扩增,筛选出条带清晰稳定,多态性较高的引物26对,平均多态性比率为72....
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| 关 键 词： | 马铃薯基因组 彩色马铃薯 SSR 引物开发 |
Development and characterization analysis of potato SSR primers and the amplification research in colored potato materials |
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| ZHANG Xia,YU Zhuo,JIN Xing-Hong,YU Xiao-Xia,LI Jing-Wei,LI Jia-Qi.Development and characterization analysis of potato SSR primers and the amplification research in colored potato materials[J].Acta Agronomica Sinica,2022(4):920-929. |
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| Authors: | ZHANG Xia YU Zhuo JIN Xing-Hong YU Xiao-Xia LI Jing-Wei LI Jia-Qi |
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| Institution: | (Agronomy College,Inner Mongolia Agricultural University,Hohhot 010019,Inner Mongolia,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | potato genome colored potato SSR primer development |
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