| 大豆抗菌核病的全基因组关联研究 |
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| 引用本文： | 张羽,Fran?ois Belzile.大豆抗菌核病的全基因组关联研究[J].华北农学报,2020,35(1):205-213. |
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| 作者姓名： | 张羽 Fran?ois Belzile |
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| 作者单位： | 陕西理工大学 生物科学与工程学院,陕西 汉中 723000,Département de Phytologie,Université Laval,Québec,QC,Canada G1V 0A6 |
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| 基金项目： | 陕西省农业厅项目;陕西理工大学访问学者项目;陕西省教育厅项目 |
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| 摘 要： | 找到大豆与抗菌核病强关联的候选位点或候选基因,为抗病基因克隆和抗病分子标记开发提供借鉴,服务大豆抗菌核病育种。对126个加拿大大豆品种的基因组DNA用ApekⅠ酶消化后Illumina Hiseq2000平台测序进行基因分型,供试的126个材料用棉垫接种核盘菌菌丝体进行表型鉴定。采用Structure 2.3.4、SPSS 20.0、TASSEL 5.0和PLINKv 1.07软件分别模拟群体遗传结构、二元主成分分析、邻接法聚类,进行SNP-phenotype和Haplotype-phenotype的关联分析(只考虑加性效应)。最小等位基因频率0.01过滤,得到30 125个SNPs。主成分及群体结构聚类结果中度一致,将126个供试材料划分为2个组群,Kappa聚类一致度检验K=0.44。邻接法(The neighbor-joining algorithm,NJ)聚为3个组群。α≤0.05时,在单个SNP-phenotype的关联研究中,最强关联在3号染色体物理位置34387780、34387823和34387841处(P值都为8.669E-7),可分别解释表型变异的17.80%,其次在20,1,4,17号染色体上。Haplotype-phenotype的关联分析中,最强关联在17号染色体物理位置5575883/5647814/5648648/5734897处(P值为1.038E-6),可解释表型变异的17.56%。200 kb范围内,3号染色体上的候选基因有Glma.03g129100、Glma.03g129200、Glma.03g129300、Glma.03g129500、Glma.03g129800、Glma.03g129900。17号染色体上为Glma.17g071300、Glma.17g072200、Glma.17g073300。
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| 关 键 词： | 大豆 菌核病 GWAS 单个SNP 单倍型 |
Genome-wide Association Study for Sclerotinia sclerotiorum Resistance of Soybean |
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| ZHANG Yu,Fran?ois Belzile.Genome-wide Association Study for Sclerotinia sclerotiorum Resistance of Soybean[J].Acta Agriculturae Boreali-Sinica,2020,35(1):205-213. |
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| Authors: | ZHANG Yu Fran?ois Belzile |
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