| 基于转录组测序的半滑舌鳎长链非编码RNA的初步鉴定与分析 |
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| 引用本文： | 徐浩,徐锡文,周茜,陈松林.基于转录组测序的半滑舌鳎长链非编码RNA的初步鉴定与分析[J].上海海洋大学学报,2020,29(2):161-170. |
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| 作者姓名： | 徐浩 徐锡文 周茜 陈松林 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,山东 青岛 266071;上海海洋大学 水产与生命学院,上海 201306;农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室,山东 青岛 266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,山东 青岛 266071;农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室,山东 青岛 266071 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31530078）；国家海水鱼产业技术体系（CARS47G03）；青岛海洋科学与技术国家实验室资助的鳌山人才培养计划（2017ASTCP-OS15） |
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| 摘 要： | 以抗病家系与易感家系半滑舌鳎为材料,进行哈维弧菌感染实验,并对易感家系感染前(CsSU)、易感家系感染后(CsSC)、抗病家系感染前(CsRU)、抗病家系感染后(CsRC)4组进行转录组测序,根据RNA-seq数据挖掘半滑舌鳎长链非编码RNA信息;通过生物信息学分析,筛选出与抗哈维弧菌病相关的差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。结果显示,共识别出4 584个lncRNA座位,包含5 714个转录本;其基本特征与编码基因的比较分析,lncRNA的GC含量低于编码基因,单外显子基因数多于编码基因,转录本的平均长度长于编码基因,基因表达量低于编码基因。对4组样品进行两两比较(CsRU vs CsSU、CsRC vs CsSC、CsRC vs CsRU、CsSC vs CsSU)分别筛选出818、813、261、140个差异表达lncRNA,其中CsRU与CsSU之间、CsRC与CsSC之间lncRNA数目差异最多,通过聚类分析确定了各实验组的表达模式之间的联系,CsRU与CsSU之间的表达模式最为相近。通过共表达分析,预测出lncRNA和274个编码基因可能存在14 539种相互关系,并进行了功能注释,进而筛选出7个关键lncRNA。qRT-PCR结果显示,差异表达lncRNAs的表达模式和转录组数据得到的基本一致。研究结果为揭示lncRNA在半滑舌鳎抗哈维弧菌免疫调控反应中的作用提供重要的参考数据。
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| 关 键 词： | 半滑舌鳎 哈维弧菌 长链非编码RNA 免疫调控 差异表达 |
| 收稿时间： | 2019/5/13 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2019/10/18 0:00:00 |
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