| 怀菊转录组中SSR位点信息分析 |
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| 引用本文： | 邢冰,董诚明,魏硕,李曼,李询.怀菊转录组中SSR位点信息分析[J].江苏农业科学,2020,48(11):57-60. |
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| 作者姓名： | 邢冰 董诚明 魏硕 李曼 李询 |
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| 作者单位： | 河南中医药大学药学院,河南郑州450046;河南中医药大学药学院,河南郑州450046;呼吸疾病河南省协同创新中心,河南郑州450046;四川大学,四川成都610000 |
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| 基金项目： | 中央引导地方科技发展专项 |
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| 摘 要： | 以转录组测序数据为基础,利用MISA软件对简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)进行检测及分析,分析怀菊转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测等提供参考。结果表明,共检测到8 553个SSR位点,它们分布在7 369条Unigene中,出现频率为2.83%,SSR位点的发生频率为2.44%;其中单核苷酸重复基序最多、其次为三核苷酸重复基序。怀菊转录组基序长度主要集中于12～19 bp,多具有中等多态性。对SSR序列设计引物,共得到25 662对引物可供今后使用。总之,怀菊SSR位点类型丰富,具有良好的多态性潜力及可开发性。
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| 关 键 词： | 怀菊 SSR 位点信息 转录组 |
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