| 鲤胰蛋白酶原基因的电子克隆及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 陈文波,李卫国,赵亚军.鲤胰蛋白酶原基因的电子克隆及生物信息学分析[J].水产学报,2010,34(11):1664-1672. |
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| 作者姓名： | 陈文波 李卫国 赵亚军 |
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| 作者单位： | 河南理工大学资源环境学院生物系,河南,焦作,454000 |
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| 基金项目： | 河南理工大学博士基金项目资助(B20107) |
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| 摘 要： | 为深入研究胰蛋白酶在鱼类中的生理功能和作用机制,利用生物信息学的方法,成功获得了鲤3种胰凝乳蛋白酶原cDNA序列(ccTRP1、ccTRP2和ccTRP3)并对其进行了序列分析。结果表明,三者均含有一个长度为729bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码由242个氨基酸组成的胰蛋白酶原,其中包括15个氨基酸组成的信号肽和5个氨基酸(LDDDK)组成的激活肽。总平均亲水性GRAVY(grand average of hydropathicity)分析表明,三者均是亲水性蛋白。氨基酸比对结果显示,三者具备胰蛋白酶原的保守结构特征,如含有催化三联体氨基酸(His-57、Asp-102和Ser-195),12个半胱氨酸,位于底物结合口袋底部Asp-189和口袋开口处的Gly-216、Gly-226等。同时,鲤3种胰蛋白酶之间具有90%以上的同源性。进化树结果显示,鲤3种胰蛋白酶均属于Group I(阴离子型胰蛋白酶),且三者的进化距离不一致。
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| 关 键 词： | 鲤 胰蛋白酶原 表达序列标签 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2010/7/22 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2010/9/10 0:00:00 |
In silico cloning and bioinformatics analysis of trypsinogen genes in common carp(Cyprinus carpio) |
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| CHEN Wen-bo,LI Wei-guo and ZHAO Ya-jun.In silico cloning and bioinformatics analysis of trypsinogen genes in common carp(Cyprinus carpio)[J].Journal of Fisheries of China,2010,34(11):1664-1672. |
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| Authors: | CHEN Wen-bo LI Wei-guo and ZHAO Ya-jun |
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| Institution: | CHEN Wen-bo,LI Wei-guo,ZHAO Ya-jun (Department of Biology,School of Resource and Environment,Henan Polytechnic University,Jiaozuo 454000,China) |
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| Abstract: | Trypsin is one member of the serine protease family,which is synthesized as proenzyme trypsinogen by pancreas.After being secreted into the intestine,enterokinase removes the N-terminal activation peptide converting it into its active form,trypsin which can specifically cleave at the peptide bond on the carboxyl side of basic L-amino acids such as arginine or lysine residues.Meanwhile,trypsin is one of the most abundant proteases in the digestive system of teleost fish,and plays important roles in the prote... |
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| Keywords: | common carp (Cyprinus carpio) trypsinogen expressed sequence tag (EST) bioinformatics |
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