| 刀鲚基因家族鉴定及扩张与收缩 |
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| 引用本文： | 张金鹏,高淑芳,施永海,严银龙,齐明,刘其根.刀鲚基因家族鉴定及扩张与收缩[J].水产学报,2022,46(6):897-905. |
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| 作者姓名： | 张金鹏 高淑芳 施永海 严银龙 齐明 刘其根 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学，水产科学国家级实验教学示范中心，上海 201306;上海海洋大学，农业农村部鱼类营养与环境生态研究中心，上海 201306;上海市水产研究所，上海市水产技术推广站，上海 200433 |
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| 基金项目： | 上海海洋大学农业农村部鱼类营养与环境生态研究中心专项 (A1-3201-19-300204)；上海市科委项目 (17391900300) |
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| 摘 要： | 为增加对刀鲚在进化过程中因核心基因家族改变而产生的特殊机制的了解。实验利用比较基因组学，通过比较刀鲚及其近缘物种斑马鱼、三刺鱼、青鳉、红鳍东方鲀和绿河鲀基因组，鉴定刀鲚基因家族；利用CAFév 4.2软件进行基因家族扩张和收缩分析；最后将鉴定的扩张基因家族基因与GO、KEGG等数据库进行比对、注释和通路分析。结果显示，刀鲚具有11 872个基因家族，包含16 470个基因，有2 963个基因未形成基因家族。同其他5个物种相比，刀鲚有150个特有基因家族，包含419个基因。刀鲚扩张和收缩基因家族分析结果表明，刀鲚有1 200个基因家族扩张了，7 543个基因家族收缩了。刀鲚显著扩张的基因家族有39个，包含508个基因；显著收缩的基因家族有36个，包含21个基因。刀鲚显著扩张基因家族GO富集分析条目中鉴定较多的是，代谢过程、催化活性、细胞、细胞组分等。KEGG富集分析条目中鉴定较多的是紧密连接、心肌细胞的肾上腺素能信号、心肌收缩、细胞黏附分子等。与渗透压调节相关的通路有紧密连接、心肌收缩等；与生殖洄游行为相关的通路有GnRH信号通路、嗅觉转导通路等。对显著扩张基因家族基因进行基因组定位，结...
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| 关 键 词： | 刀鲚 基因家族 收缩 扩张 通路分析 |
| 收稿时间： | 2020/11/4 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/4/13 0:00:00 |
Identification and analysis of gene families expansion and contraction in Coilia nasus |
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| ZHANG Jinpeng,GAO Shufang,SHI Yonghai,YAN Yinlong,QI Ming,LIU Qigen.Identification and analysis of gene families expansion and contraction in Coilia nasus[J].Journal of Fisheries of China,2022,46(6):897-905. |
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| Authors: | ZHANG Jinpeng GAO Shufang SHI Yonghai YAN Yinlong QI Ming LIU Qigen |
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| Institution: | National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;Centre for Research on Environmental Ecology and Fish Nutrition of the Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Coilia nasus gene family expansion shrink pathway analysis |
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