| 中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析 |
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| 引用本文： | 俞菊华,李红霞,戈贤平,李建林,唐永凯.中华绒螯蟹核糖体DNA全序列分析[J].水产学报,2010,34(5):696-703. |
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| 作者姓名： | 俞菊华 李红霞 戈贤平 李建林 唐永凯 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,农业部水生动物遗传和养殖生物学重点实验室,江苏,无锡,214081 |
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| 基金项目： | 中央级公益性科研院所摹本科研业务费专项资金项目(2007JBFB10); 农业行业专项优质蟹种规模化繁育与养殖示范(nyhyzx07-045); 农业部水生动物遗传育种和养殖生物学重点开放实验室开放课题(BM2007-04) |
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| 摘 要： | 核糖体DNA通常被选作系统发育研究的分子标记,核糖体DNA中IGS部分序列的变异在一定程度上影响着生物的生长。报道了中华绒螯蟹核糖体DNA全序列的分离和序列特征。中华绒螯蟹核糖体DNA全长11660bp,包括18S(1873bp),ITS1(317bp),5.8S(163bp),ITS2(614bp),28S(4461bp)和IGS(4240bp);不同部分AT含量在40.1%～48.6%之间,低于果蝇(55.8%～80.0%),高于鲤(22.0%～43.7%)。平均100个核苷酸含简单重复序列(SSR)数由高到低依次为ITS2(0.98%),IGS(0.49%),28S(0.38%),ITS1(0.32%),18S(0.21%),5.8S(0%)。个体内差异分析结果表明,中华绒螯蟹个体内存在两类ITS2序列,其中一类在405nt处有一12bp(CGCAGGACCACC)插入序列。中华绒螯蟹rDNA的IGS部分长4240bp,AT含量为42.6%。IGS部分包含一个有约7个连续136～139bp单元组成的重复序列区,重复序列单元中存在XhoⅠ内切酶位点,为河蟹特有的重复序列;重复序列区后有一个由182个碱基对...
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| 关 键 词： | 中华绒螯蟹 核糖体DNA 个体内差异 IGS结构 |
| 收稿时间： | 2009/10/20 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2010/1/19 0:00:00 |
Characteristics analysis of complete ribosomal DNA sequence in Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis) |
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| LI Hongxi,GE Xianping,LI Jianlin and TANG Yongkai.Characteristics analysis of complete ribosomal DNA sequence in Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis)[J].Journal of Fisheries of China,2010,34(5):696-703. |
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| Authors: | LI Hongxi GE Xianping LI Jianlin and TANG Yongkai |
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| Institution: | YU Ju-hua,LI Hong-xia,GE Xian-ping*,LI Jian-lin,TANG Yong-kai (Key Laboratory for Genetic Breeding of Aquatic Animals , Aquaculture Biology Certificated by the Ministry of Agriculture,Freshwater Fisheries Research Center,Chinese Academy of Fishery Sciences,Wuxi 214081,China) |
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| Abstract: | Ribosomal DNA is usually selected as molecular marker for phylogenetic study and the sequence variances especially in IGS region can affect the growth rate of organisms to certain extent. A complete rDNA of Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis) was isolated in this study. The rDNA is 11 660 bp in size and consists of 18S(1 873 bp),ITS-1(317 bp),5. 8S(163 bp),ITS-2(614 bp),28S(4 461 bp) and IGS(4 240bp). The (AT) contents of different regions range from 40. 1% to 48. 6% ,which are lower than those in Dros... |
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| Keywords: | Eriocheir sinensis ribosomal DNA intra-individual variances IGS structure |
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