| O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR/Cas系统结构的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 王鹏飞,王颖芳,段广才,詹煜慧,陈帅印,郗园林,徐亚珂.O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR/Cas系统结构的生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2020,47(2):363-371. |
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| 作者姓名： | 王鹏飞 王颖芳 段广才 詹煜慧 陈帅印 郗园林 徐亚珂 |
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| 作者单位： | 1. 河南科技大学医院, 洛阳 471023;2. 河南科技大学医学院, 公共卫生教研室, 洛阳 471023;3. 郑州大学公共卫生学院, 流行病学教研室, 郑州 450001 |
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| 基金项目： | 国家科技部重大专项资助课题（2013ZX10004607、2018ZX10301407） |
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| 摘 要： | 为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR）分布和结构特征及cas基因分布情况，本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列、CRISPR位点位置、CRISPR的侧翼序列及cas基因簇的序列范围，利用多序列比对、启动子预测和RNA二级结构预测等方法分析细菌中CRISPR系统的特点。结果显示，O157∶H7型大肠埃希菌的基因组存在3个CRISPR位点（CRISPR1、CRISPR2和CRISPR3），每个CRISPR位点上的序列一致；CRISPR1和CRISPR2的重复序列可形成茎环状结构，环上的碱基易发生变化；CRISPR2中存在一段长451 bp的序列（命名为序列X），该序列X将CRISPR2分为2个部分CRISPR2a和CRISPR2b，其碱基A和T比例为74%，在91株O157∶H7型大肠埃希菌中均存在该序列，在该序列中可预测出至少有1个启动子和9个转录因子结合位点；侧翼序列中的疑似前导序列位于CRISPR2下游，序列长340 bp，其碱基A和T比例为69%，在92株O157∶H7型细菌中均存在该序列，其可预测出至少有1个启动子和3个转录因子结合位点；在20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列中，有15株具有完整的cas基因簇，有5株缺乏cas3基因。本试验结果表明，O157∶H7型大肠埃希菌的CRISPR系统结构稳定，序列具有较高保守性，cas基因簇也相对保守。CRISPR2的结构与其他类型大肠埃希菌有较大差别。本研究发现的序列X在O157∶H7型大肠埃希菌分布广泛且序列保守，可作为鉴定O157∶H7型大肠埃希菌的潜在分子靶标。
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| 关 键 词： | O157∶H7型大肠埃希菌 CRISPR cas |
| 收稿时间： | 2019-08-13 |
A Bioinformatics Analysis of CRISPR/Cas Structure in Escherichia coli O157∶H7 |
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| WANG Pengfei,WANG Yingfang,DUAN Guangcai,ZHAN Yuhui,CHEN Shuaiyin,XI Yuanlin,XU Yake.A Bioinformatics Analysis of CRISPR/Cas Structure in Escherichia coli O157∶H7[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2020,47(2):363-371. |
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| Authors: | WANG Pengfei WANG Yingfang DUAN Guangcai ZHAN Yuhui CHEN Shuaiyin XI Yuanlin XU Yake |
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| Institution: | 1. The Hospital of Henan University of Science and Technology, Luoyang 471023, China;2. Department of Public Health, Medical College, Henan University of Science and Technology, Luoyang 471023, China;3. Department of Epidemiology, College of Public Health, Zhengzhou University, Zhengzhou 450001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Escherichia coli O157∶H7 CRISPR cas |
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