| 利用加权基因共表达网络分析筛选天农麻鸡胴体性状候选基因 |
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| 引用本文： | 赵迪,康慧敏,谭晓冬,刘冉冉,张正芬,李华,赵桂苹.利用加权基因共表达网络分析筛选天农麻鸡胴体性状候选基因[J].畜牧兽医学报,2022,53(7):2130-2140. |
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| 作者姓名： | 赵迪 康慧敏 谭晓冬 刘冉冉 张正芬 李华 赵桂苹 |
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| 作者单位： | 1. 佛山科学技术学院生命科学与工程学院 广东省动物分子设计与精准育种重点实验室, 佛山 528225;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;3. 广东天农食品集团股份有限公司, 清远 511827 |
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| 基金项目： | 高层次人才计划(cgz07243)；广东省动物分子设计与精准育种重点实验室(2019B030301010)；广东普通高校动物分子设计与精准育种重点实验室(2019KSYS011) |
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| 摘 要： | 旨在通过转录组测序(RNA-Seq)与加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选慢速型黄羽肉鸡天农麻鸡胴体性状相关候选基因。本研究以104只天农麻鸡为素材，在126日龄时进行屠宰，测定胸肌重等7个胴体性状，采集胸肌组织进行RNA-Seq。基于RNA-Seq数据获得基因表达矩阵后，结合表型进行WGCNA分析，确定目标模块，筛选目标模块的枢纽基因，并分别进行KEGG通路富集、蛋白质互作网络(protein-protein interaction network，PPI)构建和相关性分析。104份胸肌组织RNA-Seq质控后获得15 092个基因的表达量。与胴体表型进行WGCNA，共得到19个模块，其中4个模块与胴体性状极显著相关。功能富集结果表明，目标模块内基因主要富集在ECM-受体相互作用、黏着力等通路。以|Module membership|> 0.8、|Gene significance|> 0.2为标准筛选到58个枢纽基因，并通过PPI网络构建鉴定到5个网络节点基因，整合相关性分析确定COL1A2和SPARC为最重要候选基因。本研究通过大样本量转录组分析，发现ECM-受体相互作用等通路在天农麻鸡胴体性状调控中发挥主要作用，筛选到COL1A2和SPARC是影响全净膛率性状的重要候选基因，研究结果为鉴定选育分子标记，解析胴体性状分子机制奠定理论基础，为慢速型黄羽肉鸡育种提供重要参考。
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| 关 键 词： | 天农麻鸡 胴体性状 转录组测序 WGCNA |
| 收稿时间： | 2021-10-15 |
Screening of Candidate Genes for Carcass Traits of Tiannong Partridge Chicken Using Weighted Gene Co-expression Network Analysis |
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| ZHAO Di,KANG Huimin,TAN Xiaodong,LIU Ranran,ZHANG Zhengfen,LI Hua,ZHAO Guiping.Screening of Candidate Genes for Carcass Traits of Tiannong Partridge Chicken Using Weighted Gene Co-expression Network Analysis[J].Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica,2022,53(7):2130-2140. |
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| Authors: | ZHAO Di KANG Huimin TAN Xiaodong LIU Ranran ZHANG Zhengfen LI Hua ZHAO Guiping |
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| Institution: | 1. Guangdong Provincial Key Laboratory of Animal Molecular Design and Precise Breeding, School of Life Science and Engineering, Foshan University, Foshan 528225, China;2. Institute of Animal Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China;3. Guangdong Tinoo's Food Co. Ltd., Qingyuan 511827, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Tiannong partridge chickens carcass traits RNA-Seq WGCNA |
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