| 基于RNA-seq数据筛选鸡睾丸附睾间差异表达基因及其功能分析 |
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| 引用本文： | 赵延辉,陈余,王梁,吕学泽,齐晓龙,王相国,倪和民,邢凯,盛熙晖,郭勇.基于RNA-seq数据筛选鸡睾丸附睾间差异表达基因及其功能分析[J].中国畜牧杂志,2022(1):117-122. |
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| 作者姓名： | 赵延辉 陈余 王梁 吕学泽 齐晓龙 王相国 倪和民 邢凯 盛熙晖 郭勇 |
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| 作者单位： | ;1.北京农学院动物科学技术学院;2.北京市畜牧总站 |
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| 基金项目： | 北京市家禽产业创新团队(BAIC04-2021)。 |
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| 摘 要： | 本文旨在通过对种公鸡睾丸和附睾进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出2种组织中的差异表达基因并分析其生物学功能,探究睾丸和附睾在鸡精子发生和成熟过程中的作用。本研究共以8只公鸡的睾丸和附睾组织为对象,采用RNA-seq技术分析2种组织中的基因表达情况,筛选出差异表达基因并对差异表达基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果表明,在种公鸡的睾丸和附睾组织的样本中平均获得3.1×107条cleanreads,其中80%的cleanreads比对到鸡参考基因组上。与附睾组织相比,睾丸中共有5124个差异表达基因,包括2 300个上调基因和2 814个睾丸下调基因。GO富集分析表明,差异表达基因主要富集在细胞分化、细胞发育和细胞粘附以及蛋白质分解过程;KEGG通路主要富集在MAPK通路、谷胱甘肽代谢途径、细胞色素P450对外源物质的代谢作用途径、药物代谢-细胞色素P450途径。综合分析基因表达水平,GO和KEGG富集结果表明,睾丸中上调表达基因LAMTOR3、AVBD10、HPGDS可能在精子发生过程中发挥作用;附睾中上调基因TRIM36、TCP11在调节精子运动能力中发挥重要作用;睾丸在外源物...
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| 关 键 词： | 鸡 睾丸 附睾 转录组 差异基因 |
Screening and Functional Analysis of Differentially Expressed Genes in Chicken Testis and Epididymis Based on RNA-seq Data |
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| ZHAO Yanhui,CHEN Yu,WANG Liang,LYU Xueze,QI Xiaolong,WANG Xiangguo,NI Hemin,XING Kai,SHENG Xihui,GUO Yong.Screening and Functional Analysis of Differentially Expressed Genes in Chicken Testis and Epididymis Based on RNA-seq Data[J].Chinese Journal of Animal Science,2022(1):117-122. |
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| Authors: | ZHAO Yanhui CHEN Yu WANG Liang LYU Xueze QI Xiaolong WANG Xiangguo NI Hemin XING Kai SHENG Xihui GUO Yong |
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| Institution: | ,College of Animal Science and Technology, Beijing University of Agriculture,Beijing Animal Husbandry Station |
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