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1.
根据GenBank中已发表的鹅副粘病毒GPV-SF02株全基因组序列设计5对引物,采用RT-PCR扩增出白鹭源禽Ⅰ型副粘病毒(W13株)L基因的LA(1121 bp)、LB(1481 bp)、LC(1439 bp)、LD(1476 bp)、LE(1608 bp)5个片段,用DNA Star软件比铰分析后进行拼接,获得长约6760 bp包含有L基因全长的核苷酸序列,而W13株L基因的mRNA全长为6704 bp、开放阅读框(ORF)为6615个碱基、编码2204个氨基酸.氨基酸同源性分析表明:W13株L基因与鹅源SF02、ZJl、NA-1株及鸡源Guangxi7株的同源性均超过97.0%;而核苷酸同源性分析表明:W13株L基因与鹅源SF02、ZJl、NA-1株及鸡源Guangxi7株的同源性均超过93.0%.可见,W13株与鹅源SF02、ZJl、NA-1株及鸡源Guangxi7株的亲缘关系较近. 相似文献
2.
用RT -PCR一步法扩增了华南地区野毒NDVWS99株的HN基因 890bp片断 ,并对其进行克隆、核苷酸测序及同源性分析 结果表明 :WS99株的HN基因与其他 2 9株NDV的核苷酸同源性在 88.0 %～ 99.8%之间 ,氨基酸同源性在 90 %～ 97%之间 鸡源NDVWS99株与鹅源副粘病毒GPMV株有极高的同源性 ,高达 99.8% 该毒株与TEX/ 48和B1/ 47一样 ,在HN基因 130 1bp处由G突变为A ,对应氨基酸由V突变为I,但其半胱氨酸位点和个数没有改变 ,且所克隆的目的片段中含有HN基因上 5个凝血抗原位点其中的 4个 相似文献
3.
用RT－PCR一步法扩增了华南地区野毒NDV WS99株的HN基因890bp片断，并对其进行克隆、核苷酸测序及同源性分析。结果表明：WS99株的HN基因与其他29株NDV的核苷酸同源性在88．0％－99．8％之间，氨基酸同源性在90％－97％之间。鸡源NDV WS99株与鹅源副粘病毒GPMV株有极高的同源性，高达99．8％。该毒株与TEX／48和B1／47一样，在HN基因1301bp处由G突变为A，对应氨基酸由V突变为I，但其半胱氨酸位点和个数没有改变，且所克隆的目的片段中含有HN基因上5个凝血抗原位点其中的4个。 相似文献
4.
复合RT-PCR快速鉴别鹅副粘病毒与鸡新城疫病毒 总被引：2，自引：0，他引：2
对新近分离的鹅副粘病毒SF02株通过自行设计的3条引物建立了复合RT-PCR方法。该方法对鹅源副粘病毒SF02株和GPV2株均可检测到215bp和401bp2条带，对12株(其中7株参考株，5株野毒)鸡源新城疫、2株鸽源新城疫、1株鸭源新城疫病毒的检测只出现1条401bp带，与预期的大小一致，对H5、H9亚型禽流感病毒、鸭病毒性肝炎病毒、传染性支气管炎病毒、SPF鸡胚尿囊液均未检测到特异性条带。 相似文献
5.
从山东省梁山县疑似鹅副粘病毒感染的病死鹅中分离到1株LS-1病毒株,经血凝和血凝抑制试验,证实该毒株为禽1型副粘病毒.毒力测定结果表明,该病毒对鸡胚平均致死时间(MDT)为39.5 h;1日龄无特定病原体(SPF)鸡脑内接种分离病毒的致病指数(ICPI)为1.76;6周龄SPF鸡静脉接种致病指数(IVPI)为2.42.序列测定结果表明LS-1株F基因核苷酸长度为1 653 bp,编码为551个氨基酸,有6个糖基化位点,其裂解位点的氨基酸序列为112-Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe-117,与已公布的强毒株裂解位点的氨基酸序列相符.同源性分析表明,该毒株F基因与目前已公布的鹅副粘病毒F基因核苷酸同源性在87.0%~98.4%之间,推导的氨基酸序列同源性在87.0%~98.5%之间. 相似文献
6.
鹅副粘病毒QY分离株的蚀斑纯化及F基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
将鹅副粘病毒QY分离株蚀斑纯化后,根据已发表的鹅副粘病毒SF02株全基因序列,分别设计合成3对引物,设计合成F基因引物,经RT-PCR方法扩增,克隆入PMD18-T载体,鉴定、测序。测序后拼接得出F基因的全序列长度为1662kb,编码553个氨基酸残基,与GenBank下载的几株参考毒株比较F基因编码区的核苷酸序列,发现所测QY株F基因核苷酸序列同源性与参考毒株SF02为98．3％,与LaSota分别为82．4％,同源性分析表明分离株QY与国内的强毒株参考毒株的同源性较高。 相似文献
7.
为了解不同鸭源鸡杆菌菌株外膜蛋白W基因(ompW)的差异性,对不同地域32株鸭源鸡杆菌ompW基因进行扩增、测序,并应用DNAstar/MegAlign和MEGA.5.05软件对其进行比对及遗传进化分析。结果表明:ompW基因存在于所有检测的鸭源鸡杆菌中。全长在630~711bp,编码209~236个氨基酸。与参考株UMN179的ompW核苷酸同源性为88.7%~100%,氨基酸同源性为86.7%~99.6%。不同来源的鸭源鸡杆菌的核苷酸同源率为84.1%~100%,氨基酸同源性为78.7%~99.6%。进化树分析表明,鸭源鸡杆菌ompW序列差异与分离地理位置,毒力无明显的相关性。 相似文献
8.
[目的]克隆鹅副粘病毒GX1株HN基因与F基因,并进行序列分析。[方法]根据Genbank已发表的鹅副粘病毒GPV-SF02株基因组核苷酸序列设计2对引物,对从广西发病鹅分离到的鹅副粘病毒毒GX1株的HN和F基因进行PCR扩增,将扩增产物与pMD18-T载体连接并测序。[结果]该株副粘病毒株的HN基因和F基因核苷酸序列全长分别为1 716和1 662 bp,与GPV-SF02株的同源性均在97.3%左右,与LaSota株、F48E9株、JS株的同源性为80.3%~97.5%,与M iyadera株的同源性仅84.8%。[结论]分离株GX1株与禽Ⅰ型副粘病毒(A PMV-1)强毒株特征相符,属于A PMV-1基因Ⅶ型。 相似文献
9.
鹅副粘病毒分离株 YG97经 1 0日龄鸡胚增殖后纯化 ,提取病毒基因组 RNA,采用 RT-PCR一次性扩增出与预期设计的 1 .7kb大小相符的特异性条带。将扩增产物提纯后克隆入 p GEMR -T载体 ,经转化、筛选及酶切鉴定后 ,初步获得了含鹅副粘病毒 F基因的阳性克隆 ,并进行了序列测定。序列分析表明 :扩增的 F基因片段的长度为 1 695bp,共编码553个氨基酸 ,F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为 1 1 2 R-R-Q-K-R-F1 1 7,与 NDV的强毒株特征相符 ,同时也与鹅副粘病毒分离株致病性试验结果相符。同源性分析表明 :与国内标准强毒株 F48E9的核苷酸同源性为 86%,与国内外部分发表的其他 NDV毒株的核苷酸同源性在 84 %～ 89%之间 ,说明该毒株相对于经典的 NDV在 F基因上已发生了较大的变异 相似文献
10.
以鹅副粘病毒HZ株的基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增出HN基因片段,然后将其克隆到pUCm-T载体中.经转化、筛选、酶切和PCR鉴定后,初步获得含鹅副粘病毒HN基因的阳性克隆,并进行序列测定验证.结果表明,该基因由1 716个核苷酸组成,共编码571个氨基酸.与GenBank下载的11株参考毒株的HN基因作同源性比较,发现HZ株与ZJ1、GY97等毒株的核苷酸同源性高达97%以上,而与Lasota、F48E9等经典NDV株的同源性在80%～83%之间.说明HZ株与经典NDV株的亲缘关系较远,而与江苏近年来分离的鹅源副粘病毒株的亲缘关系非常近;本试验克隆到的是完整的鹅副粘病毒HN基因. 相似文献
11.
12.
根据GenBank上已发表的东北白鹅α干扰素（IFN-α）基因（AY524422）序列设计1对特异性引物,采用RT-PCR从经鹅副粘病毒（GPMV）刺激培养的鹅外周血淋巴细胞中克隆获得广西鹅IFN-α基因,将其连接pMD18-T载体、转化DH5α感受态细胞后进行序列分析.结果表明,广西鹅IFN-α基因完整的开放阅读框大小为576 bp,共编码192个氨基酸残基,其推导的氨基酸中有7个半胱氨酸残基和2个潜在的糖基化结合位点（NDT和NHT）.与GenBank上已公布的其他IFN-α基因进行同源性比较分析,发现广西鹅IFN-α基因与东北白鹅的同源性最高（核苷酸同源性为98.3%、氨基酸同源性为96.4%）,与鸡、牛、猪、鼠、犬、人等的同源性较低.说明IFN具有种属特异性,且亲缘关系越近同源性越高,这与物种之间的进化亲缘关系一致. 相似文献
13.
[目的]了解广西猪源禽Ⅰ型副粘病毒的流行特征、毒力强弱及基因类型,为今后开展猪源副粘病毒的相关研究提供参考,也为有效防控副粘病毒感染奠定基础.[方法]采集疑似发病猪组织病料,通过鸡胚接种传代分离病毒后,分别进行血凝(HA)与血凝抑制(HI)试验、平均死亡时间(MDT)和脑内接种致死指数(ICPT)测定,然后运用RT-PCR对分离株进行鉴定及扩增部分F基因片段,并对扩增片段进行克隆测序及比对分析.[结果]从广西疑似发病猪组织中分离获得一株猪源禽Ⅰ型副粘病毒,其HA、HI效价均为26,鸡胚最小致死量为10-8/0.1mL,MDT为60 h,ICPI为1.45;分离株F基因112~117位裂解位点的氨基酸组成为R-R-Q-R-R-F,与NDV标准强毒株HER33、F48E9的裂解位点一致;同源性分析结果表明,分离株与标准强毒株F48E9、中等毒力代表毒株BeaudetteC的核苷酸同源性分别为86.5%和85.7%,其推导氨基酸同源性分别为90.1%和90.8%.[结论]猪源禽Ⅰ型副粘病毒分离株为强毒株,属于基因Ⅱ型,是传统型毒株,广西地区禽Ⅰ型副粘病毒宿主范围呈不断扩大趋势. 相似文献
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[目的]通过测定广西流行狂犬病毒糖蛋白(G)基因的全序列,了解广西狂犬病的流行趋势和遗传变异规律,为制定广西狂犬病的防控策略提供科学依据.[方法]2000年10月~2007年10月,从广西14个市采集1569份动物脑组织,经RT-PCR检测及小白鼠脑内接种试验分离狂犬病毒,然后对狂犬病毒G基因进行测序分析.[结果]从广西各地共分离获得26株狂犬病毒野毒株,其中犬23份,牛、猪、猫各1份.狂犬病毒G基因核苷酸全长2067 bp,开放阅读框1575bp,编码524个氨基酸.根据G基因核苷酸同源性及遗传进化树分析结果,可将广西流行的狂犬病毒株分成3个群,Ⅰ群15株,其核苷酸同源性为97.7%~99.9%; Ⅱ群10株,其核苷酸同源性为98.0%~99.9%; Ⅲ群只有1株.通过氨基酸变异分析,了解了26株野毒株G基因编码蛋白的氨基酸突变位点.[结论]广西存在3个群的狂犬病毒野毒株,且以Ⅰ群和Ⅱ群流行为主,3个群的氨基酸变异均呈现明显的特异性. 相似文献
15.
根据GenBank中已发表的猪Ⅱ型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对特异性引物。将PCV2新疆分离株(PCV2-XJ)用PK15细胞培养数代,从细胞培养物中提取病毒总DNA,并取其作为模板,PCR扩增出病毒全基因和结构基因(ORF2)。将PCR回收产物克隆到pMD18-T载体,成功构建了重组质粒pMD18-TPCV2和pMD18-T-ORF2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用序列分析软件对测序结果分析可知,克隆得到的PCV2-XJ基因组全长1 768 bp。通过序列分析结果显示,PCV2-XJ与国内外PCV1、PCV2参考毒株的核苷酸同源性分别为99.5%～99.7%和68.7%;与HuB08(FJ041151)参考株核苷酸同源性最高(99.7%)。PCV2-XJ株ORF2基因与参考株核苷酸和氨基酸同源性分别高达99.3%和98.8%。 相似文献
16.
为探索某鹅场鹅巴氏杆菌病疫情发生的原因,采集初诊为鹅巴氏杆菌感染病例的肝脏、心脏等样品进行细菌分离纯化,经过染色镜检、培养特性、生化试验、种与血清型PCR鉴定、致病性试验和药敏试验等进行鉴定,并根据GenBank中多杀性巴氏杆菌血清型相关基因设计引物进行其血清型相关基因的克隆分析。结果显示,分离到1株荚膜A型鹅源多杀性巴氏杆菌,属于多杀亚种,血清型Ⅰ型,具有较强致病性,对实验小鼠最小致死量为5 cfu。该分离菌株具有多重耐药性,仅对头孢三嗪、头孢噻吩、头孢他啶、头孢唑肟和氟苯尼考5种药物敏感。成功克隆的该分离菌株荚膜合成相关基因hyaD hyaC的开放阅读框4 155 bp,与已发布基因序列同源性高达99%;血清型Ⅰ型PCR的扩增基因片段303 bp,与巴氏杆菌C48 1株扩增基因片段序列完全相同。综上,该株血清型Ⅰ型荚膜A型的鹅源多杀性巴氏杆菌强毒株,是鹅场疫情发生的病原,克隆的荚膜合成相关基因和菌体血清型特异性基因遗传相对稳定。 相似文献
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白斑综合征病毒广西株缺失区基因的比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解广西养殖凡纳滨对虾中白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的感染流行情况,并探讨WSSV广西株缺失区ORF23/24基因的遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系,2010年5月至2013年9月在广西凡纳滨对虾主产区北海、钦州和防城港共采集306份患病虾样品,应用世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式聚合酶链式反应(nested-PCR)方法进行WSSV检测;选取第一轮PCR为阳性的53份样品进行缺失区ORF23/24基因的PCR扩增,并将12份阳性PCR产物进行克隆、序列测定与比较分析。结果显示:306份患病虾样品中有82份为WSSV感染阳性,阳性率为26.8%;12株WSSV广西株缺失区ORF23/24基因大小均为2 096 bp,相对于此区域最为完整的WSSV-TW株,广西株均在中间缺失了10 970 bp;12株WSSV广西株的缺失区ORF23/24基因差异小,核苷酸同源性均在99.6%以上,仅存在少数碱基的替换,没有缺失和插入,其中BH-3、QZ-1、FCG-1和FCG-2的核苷酸序列完全一致;基于缺失区构建的系统发育进化树显示,WSSV广西地方株在遗传上相距较近,全部与印度株IN-05-Ⅰ聚在一个大的分支,而与台湾株、中国株及韩国株在遗传上相距较远。研究表明,WSSV感染在广西凡纳滨对虾主要养殖地区存在一定程度的流行;广西WSSV毒株缺失区ORF23/24基因的变异类型为中间大片段缺失,各毒株间无明显的地域和时间差异;WSSV广西株与印度株IN-05-Ⅰ的遗传进化关系最近。 相似文献