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1.
旨在鉴定苏淮猪（含25%淮猪和75%大白猪血统的国家级新品种）在培育过程中受选择的与纤维表观消化率性状相关的基因片段，为解析苏淮猪耐粗饲遗传机制奠定基础。本研究首先检测分析了331头160日龄苏淮猪个体的中性洗涤纤维（neutral detergent fiber，NDF）表观消化率，计算群体NDF表观消化率估计育种值（estimated breeding value，EBV），选择其中EBV极高和极低各10%的个体（N=66）进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数（fixation index，Fst）和按长度划分隔离点数（number of segregating sites by length，nSL）法分析苏淮猪群体内的选择信号分布情况，寻找选择信号区域内与纤维消化相关的重要基因。最后，选择两种分析中受选择的共有SNPs位点在苏淮猪全群分型，开展与NDF表观消化率的关联性分析，进一步确定影响苏淮猪NDF表观消化率的SNPs位点。结果显示，通过对高、低NDF表观消化率苏淮猪群体芯片分型数据质控，共有51 367个有效SNPs位点用于后续分析。通过Fst和nSL选择信号分析，共鉴定到146个受选择信号区域和361个受选择的基因，其中多个基因被报道与肠道健康和肠道发育等功能相关，包括MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5等基因。选择两种分析中受选择且共有的8个SNPs位点，通过SNP与苏淮猪全群NDF表观消化率的关联性分析，发现rs81363074、rs327393763和rs81404927位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在显著关联（P<0.05），rs81347101和rs318870857位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在极显著关联（P<0.01）。其中，rs81363074位点位于MCC基因第二内含子上。通过高、低NDF表观消化率苏淮猪群体Fst和nSL选择信号分析，筛选到146个受选择信号区域，鉴定到影响苏淮猪NDF表观消化率的受选择候选基因MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5，筛选到了5个与NDF表观消化率显著关联的SNPs位点。本研究结果为解析苏淮猪耐粗饲性状的遗传机制奠定了重要基础。 相似文献
2.
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数（Fst）来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析（principal component analysis,PCA）和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48 358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离（Fst<0.05）,西藏山羊的遗传分化程度（Fst=0.0376）明显高于新疆山羊（Fst=0.0256）、太行山羊（Fst=0.0257）,表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。 相似文献
3.
旨在对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊的基因组选择信号进行筛选。本研究利用Illumina 50K的山羊芯片，对内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和黄淮山羊进行基因型检测，质控后获得50 010个共同SNPs位点。通过群体分化系数Fst和XP-EHH，以黄淮山羊为参考群体分别对内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊进行选择信号检测，Fst和XP-EHH值的top 5%作为阈值。结果，利用Fst在绒山羊基因组中筛选到501个候选基因，利用XP-EHH在绒山羊基因组中筛选到145个候选基因。其中有12个SNPs在绒山羊基因组中受到较强选择。通过基因注释筛选到21个候选基因，包括EXOC4、ASIC2、PCDH9、RHBDD1、IRS1和PDE10A等。这些基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、蛋白质消化吸收和松弛素信号通路等。研究结果发现，绒山羊在驯化过程中其基因组很多与毛囊相关的基因受到了强烈的选择。这些发现也有助于更好地了解绒山羊的选择进展，为中国绒山羊品种的种质资源保护和利用提供重要参考。 相似文献
4.
【目的】 试验旨在研究肌球蛋白重链3（myosin heavy chain 3，MYH3）和肌球蛋白重链13（myosin heavy chain 13，MYH13）基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】 利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状（肌内脂肪（intramuscular fat，IMF）、水分、滴水损失、酸碱度（pH）、肉色L*值、肉色a*值和肉色b*值）表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量，采用协方差分析，确定与猪肉质性状相关的SNPs，利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】 试验共筛选到9个SNPs，其中MYH3基因CDS区有1个错义突变（c.5782 G>C）与IMF显著相关（P<0.05），且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关；MYH13基因CDS区有4个SNPs，其中2个（c.1923 G>A、c.1308 G>A）与肉色a*值显著相关，1个（c.963 G>A）与滴水损失显著相关，1个（c.237 G>T）与肉色L*值显著相关（P<0.05）；MYH13基因启动子区有4个SNPs，其中2个（rs699287502、rs318639161）与肉色L*值显著相关，2个（rs321315318、rs330770991）与滴水损失显著相关（P<0.05），且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】 MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关，且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关，且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关；3个SNPs与肉色L*值显著相关；2个SNPs与肉色a*值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。 相似文献
5.
旨在探究安格斯牛生长相关的受选择基因,为肉牛生长相关主效基因的鉴定提供参考。本试验共采集72头南阳牛母牛和14头黑安格斯牛母牛血样并提取基因组DNA。利用SLAF-seq（specific-locus amplified fragment sequencing）技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数（Fst值）和核苷酸多态性（π ratio）筛选两品种间的差异基因组区域,并与动物QTL数据库中牛生长性状QTLs进行比对,重合区域作为候选区域。随后对候选区域内基因进行功能注释以筛选候选基因,并根据"Expression Atlas"数据库对候选基因的组织表达情况进行分析。经筛选后,本试验共得到69 762个SNPs,以Fst值和π ratio值的99%分位数为阈值筛选得到33个两品种间高度差异的基因组区域,其中16个基因组区域与生长性状相关QTLs重合。这些区域共包含27个基因,其中4个基因（FXR1、ADAR、IGF1和MNF1）与骨生长、肌肉发育和生长调控有关。FXR1和MNF1均在骨骼肌组织中高表达,ADAR和IGF1分别在脑组织和肝脏中表达最高。结果提示,IGF1基因可作为影响肉牛生长的关键候选基因,FXR1、ADAR、MNF1基因可优先进行进一步验证研究。 相似文献
6.
利用全基因组选择信号研究不同羊毛类型绵羊的群体结构及遗传分化程度,以挖掘与毛囊发育及脱毛性状相关的候选基因。本研究以3种羊毛类型的21个品种共290只绵羊群体为研究对象,利用Illumina Ovine SNP 50K芯片基因分型数据,基于群体分化指数Fst和核苷酸多样性比值θπ Ratio方法对无绒毛型、细毛型和中毛型绵羊进行选择信号检测。将Fst和θπ Ratio的top 5%作为阈值检测受到强烈选择的SNPs位点并进行注释。结果表明,SOX18、ALX4、FGF1和LRP4等与毛囊发育及脱毛性状相关的基因受到强烈选择。本研究通过Fst和θπ Ratio两种方法检测出与毛囊发育周期、羊毛形成以及毛囊和皮脂腺部分细胞相关的重要基因,这将为进一步研究绵羊重要经济性状形成的机制提供有意义的参考。 相似文献
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试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。 相似文献
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【目的】 通过高通量混池重测序和选择清除分析比较鸭不同产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP和基因差异,以筛选和鉴定出鸭产蛋量相关的遗传变异位点和功能基因,为通过分子遗传育种手段提高鸭产蛋性能提供依据。【方法】 根据金定鸭群体开产后150 d内个体产蛋量情况,选择2种极端表型,分为高产蛋组（CH）和低产蛋组（CL）。基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选不同鸭产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP及相关功能基因,通过单个样本PCR扩增子测序对筛选的产蛋量相关SNP进行验证,对筛选的候选基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定候选基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径,并分析不同基因型间产蛋量高低差异。【结果】 在低产蛋量组和高产蛋量组分别获得192 071 438和229 836 820条的clean reads,共定位到的SNP差异极显著区间为1 368个,受选择候选基因为214个,而且这些区间和基因主要位于Z号染色体,主要包括KDM4C、LURAP1L、PTCH1、PRUNE2、TRPM3和VPS13AD等基因。验证结果表明重测序结果准确。GO功能分析表明,受选择基因在分子功能、细胞组分和生物过程3个本体中均有富集。KEGG通路富集分析表明,受选择基因主要富集到代谢途径、肌动蛋白骨架调节、真核生物核糖体发生等信号通路。鉴定出候选基因KDM4C上Z-28286537、Z-28286879、Z-28288421、Z-28434122和Z-28436368位点,LURAP1L基因上Z-30802227位点、TRPM3基因上Z-36500134、Z-36503668、Z-36534782、Z-36684262、Z-36710928和Z-36732487位点,VPS13A基因上Z-37498270和Z-37513004位点,PTCH1基因上Z-41510597位点显著影响鸭的产蛋量（P<0.05）。【结论】 鸭Z号染色体上存在多个与鸭产蛋量显著相关的SNPs位点及相关基因,本研究结果为通过分子遗传育种手段提高蛋鸭产蛋性能提供了依据。 相似文献
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【目的】 通过基因组重测序技术对中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异进行分析，追溯两个品种鸭在不同人工选择下的基因组变异机制，以此阐明优异性状形成的遗传基础。【方法】 选择樱桃谷鸭商品代和中畜草原白羽肉鸭商品代各16只进行基因组重测序，过滤掉高缺失率与最小等位基因频率较低的位点，获得高质量SNPs用于后续分析；对两品种的基因型数据进行主成分分析（PCA）确定其遗传分化情况；采用群体遗传分化指数（Fst）和群体核酸多样性比值（Pi）两种分析方法综合筛选中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭的受选择信号。【结果】 主成分分析结果显示，中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭分化显著。以10 kb窗口5 kb步长分别计算Fst与Pi分析值，取前1%作为阈值（Fst>0.177，Pi>0.885），在两种分析方法的信号重叠区域共筛选到410 kb候选区域，共注释到21个候选基因。对候选基因进行GO与KEGG富集分析发现，12个基因显著富集到细胞组分和分子功能两大类中（P<0.05），2个基因显著富集到代谢相关通路（P<0.05）。这些基因中，与脂质代谢、氨基酸代谢、免疫调控相关的基因包括PDE3A、PRKAR2B、SEMA5A、SHANK2、STXBP6与LOC101803508（GOLGB1）受到了强选择。【结论】 虽然樱桃谷鸭与中畜草原白羽肉鸭均源自北京鸭，但经过不同强度、不同方向持续的人工选育，2个品种明显分化，且中畜草原白羽肉鸭具有更高的遗传多态性。筛选到了2个品种间一系列遗传分化候选基因，并重点挖掘了参与白羽肉鸭风味肉品质调控的相关基因，为后续研究不同白羽肉鸭品种特征、筛选品种特异性分子标记提供了参考。 相似文献
10.
为从基因组水平上探究香猪性成熟早、产仔数少、体型小的分子机理,本研究下载与香猪在繁殖和体型性状方面有明显差异的梅山猪、杜洛克猪的重测序数据作为参照,对26头香猪、24头梅山猪和24头杜洛克猪的重测序数据进行SNPs检测和等位基因频率差值分析,筛选香猪基因组外显子上与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs位点,并使用AS-PCR方法和Sanger测序方法统计其中8个SNPs位点的群体等位基因频率。最后,对含有高度分化SNPs位点的基因进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果显示,SNPs检测获得香猪基因组外显子上SNPs共236 710个,包括193个终止密码子丢失、1 238个终止密码子获得、90 945个错义SNPs和144 334个同义SNPs。得到1 046个香猪高度分化SNPs,包括429个错义SNPs、2个终止子丢失、6个终止子获得和609个同义SNPs,影响524个蛋白质编码基因;并发现X染色体上44-58 Mb的一段富含高度分化SNPs的热点区域。群体等位基因频率验证结果与重测序结果一致,鉴定了8个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs。对524个含有高度分化SNPs的基因进行GO和KEGG分析,富集到卵母细胞减数分裂、雌激素信号途径等繁殖相关通路;GO功能注释到细胞内雌激素受体信号、纤毛运动等繁殖相关条目,骨骼系统形态发生、骨骼发育、成骨细胞分化等体型相关条目。得到含有香猪高度分化SNPs的18个繁殖性状候选基因PTGFR、TRO、DNAH17、PKDREJ、KAT8、DNAI2、VDR、TEX14、QSOX1、AR、WNK3、ADCY3、SPEF1、MIGA2、SLC2A8、PSMF1、TBC1D20、IFT172和7个体型相关基因IBSP、NR6A1、HSPG2、TARS、PDZD2、FGF4、AMER1,可能是决定香猪性成熟早、产仔数少、体型小的关键基因。 相似文献
11.
旨在研究不同脱脂米糠水平日粮对苏淮猪胴体性状及肉品质的影响。选取35头初始体重为（62.9±0.8）kg的健康纯种苏淮阉公猪,随机分为5组,每组7个重复,每个重复1头猪,使用奥斯本种猪生产性能测定系统（OTSS）饲喂。对照组（CTRL）饲喂不含脱脂米糠的基础日粮,试验Ⅰ~Ⅳ组分别饲喂7%、14%、21%和28%脱脂米糠的试验日粮,5组日粮的中性洗涤纤维（NDF）水平分别为8.89%、11.80%、12.93%、14.35%和17.94%,各组日粮除纤维水平不同外,其他营养成分基本一致。试验预饲期10 d,所有猪饲喂基础日粮;正式期28 d,分别饲喂基础日粮和试验日粮。试验结束屠宰全部试验猪,测定其胴体性状（胴体重、屠宰率、胴体直长、胴体斜长、眼肌面积、平均背膘厚和皮厚）;采集肉样用于测定肉质性状（滴水损失、剪切力、熟肉率、肌内脂肪含量、pH和肉色）;采集背最长肌样品用于猪滴水损失主效基因磷酸化酶激酶γ1（phosphorylase kinase gamma1,PHKG1）表达分析。结果表明：1）日粮脱脂米糠水平对苏淮猪的胴体重、屠宰率、胴体直长、胴体斜长、眼肌面积、平均背膘厚和皮厚等胴体指标没有显著影响。2）随脱脂米糠水平的提高,苏淮猪背最长肌的滴水损失呈先降低后上升的二次曲线变化（P<0.05）,猪肉的剪切力线性降低（P<0.05）;熟肉率、pH24 h随脱脂米糠水平的增加呈线性增加的趋势（P=0.061,P=0.068）;日粮脱脂米糠水平的增加有降低L24 h*的趋势（线性,P=0.085）,脱脂米糠水平对其它肉质指标均无显著影响。3）PHKG1基因的相对表达量随脱脂米糠水平的增加趋于二次方升高（P=0.085）。综上所述,日粮脱脂米糠水平对苏淮育肥猪的胴体性状无显著影响,但在日粮中适度添加脱脂米糠可降低苏淮猪猪肉的滴水损失及剪切力,改善苏淮猪猪肉品质,但其背后的机制还有待进一步深入研究。 相似文献
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JIN Meilin LU Jian FEI Xiaojuan LU Zengkui QUAN Kai CHU Mingxing DI Ran WANG Huihua WEI Caihong 《畜牧兽医学报》1956,51(12):2991-3000
The purpose of this study was to screen the genome-wide selection signals of Liaoning cashmere goat and Inner Mongolia cashmere goat. Based on the Illumina Caprine 50K SNP chip, Liaoning cashmere goat, Inner Mongolia cashmere goat and Huanghuai goat were genotyped, and the common 50 010 SNPs were obtained after quality control. Using population differentiation coefficients Fst and XP-EHH, Huanghuai goats were used as reference populations to detect selection signals for Inner Mongolia cashmere goats and Liaoning cashmere goats. The top 5% of Fst and XP-EHH values was used as the threshold. The result showed that 501 candidate genes were selected by Fst and 145 candidate genes were selected by XP-EHH in cashmere goats. Based on these SNPs, we detected 12 SNPs under strong selection by Fst and XP-EHH. After gene annotation, 21 candidate genes were identified, such as EXOC4, ASIC2, PCDH9, RHBDD1, IRS1 and PDE10A. These genes were found to be mainly enriched in PI3K-Akt signaling pathway, protein digestion and absorption and relaxin signaling pathways. The study indicated that genes associated with cashmere traits were subjected to strong artificial selection pressure during domestication of the cashmere goats. These findings also help us better understand the selection progress of cashmere goats and provide a new theoretical basis for the protection and utilization of germplasm resources of Chinese cashmere goat breeds. 相似文献
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JIN Meilin LU Jian FEI Xiaojuan LU Zengkui QUAN Kai CHU Mingxing DI Ran WANG Huihua WEI Caihong 《中国畜牧兽医》2007,47(10):3214-3223
This study was aimed to screen the selection signatures on autosome of Tibetan goats and discover genes with important germplasm characteristics.Based on the Illumina 50K chip genotyping data of Tibetan goats,Xinjiang goats and Taihang goats,high quality SNP markers were obtained after filtering out SNPs with low allele frequency and not located.The genetic structure was analyzed by genetic differentiation coefficients (Fst).Meanwhile,the principal component analysis (PCA) and phylogenetic tree construction were conducted to determine the population structure.The selected genes in Tibetan goats were also identified through genome selective signals testing,which contained Di and XP-EHH with top 5% valued as a significant threshold.To identify the genes that were under selection,bioinformatics databases were examined that contained relevant data on goats.The results showed that 48 358 SNPs were identified in these three populations.Population genetic analysis showed that the three groups had similar genetic distance (Fst<0.05),but the degree of genetic differentiation of Tibetan goats (Fst=0.0376) was significantly higher than that of Xinjiang goats (Fst=0.0256) and Taihang goats (Fst=0.0257),indicating that Tibetan goats breed had already generated a certain degree of genetic differentiation.Based on these SNPs,36 SNPs and 211 genes were identified in Tibetan goats by Fst and XP-EHH.Among them,EGFR,AKT1,PDHB and PFKP genes were related to high altitude adaptation.These genes were found to be mainly enriched in purine metabolism pathway,metabolic pathway and HIF-1 signaling pathway.In conclusion,the genomic SNPs had more advantage in revealing the selection of Tibetan goats in high-altitude adaptability,and provided new theoretical references for the protection and utilization of germplasm resources. 相似文献
14.
DUAN Lian WANG Wen-hao LI Ting-ting WANG Jin-yu HAN Kun-peng WANG Yong-juan 《中国畜牧兽医》2016,43(5):1140-1147
The study was conducted to reveal the genetic basis of abdominal fat weight trait and scan molecular markers which could be used to improve the abdominal fat weight.The abdominal fat weight of female Jinghai Yellow chicken in core group were measured after being slaughtered.Genome-wide association study was carried out using specific-locus amplified fragment sequencing technology to detect SNPs associated with abdominal fat weight.Finally, five SNPs that associated with abdominal fat weight and reached suggestive genome-wide significance (P<1.1×10-5) were found, and four of them (rs18144674, rs18144680, rs12246236 and rs12257795) reached chromosome significance level.Three SNPs (rs18144674, rs18144680 and rs19745739) located in a 1.6 Mb area of chromosome 2, and two SNPs (rs12246236 and rs12257795) located in a 12 kb area of chromosome 14.Genes in the candidate regions with 0.1 Mb windows were screened.Finally, eleven candidate genes of VIM, TRDMT1, AXIN1, PDIA2, ARHGDIG, gga-mir-1763, gga-mir-1564, CLCN7, ECL1, DNASE1 and SDOS were obtained.The molecular function and biological processes were analyzed using GO database.The results showed that those genes might be candidate genes affecting abdominal fat weight in Jinghai Yellow chicken. 相似文献