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1.
沙鞭是禾本科、沙鞭属的一种多年生大型根茎类草本植物，主要分布于青海柴达木盆地和内蒙古高原及其毗邻荒漠地区，具有较强的耐旱、耐寒、耐碱、抗风沙和抗病能力。本研究使用MISA(Microsatellite identification tool)软件对沙鞭全长转录组测序获得的184 076条Unigenes的SSR位点进行搜索和特征分析，共获得3 563个SSR重复序列，分布于56 824条Unigenes上，SSR发生和出现频率分别为30.87%和50.83%；重复类型以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主。单核苷酸重复中，(A/T)n基元类型占总SSR位点的42.26%；二核苷酸重复优势基元类型为(AG/CT)n，占总SSR位点的9.29%。SSR数量随重复次数增加而降低；重复次数类型随基元序列长度增长而减少。此外，本研究还得到沙鞭29 444条和10 864条Unigenes的KOG和GO注释，其主要集中于翻译后修饰、蛋白质周转、催化活性和代谢过程。因此，本研究认为沙鞭转录组SSR序列呈现较高的多态性潜能，具有较大的开发价值，为今后沙鞭分子标记开发、辅助育种、种质资源评价提供了理论依据。 相似文献
2.
《蚕业科学》2022,(1)
通过高通量测序获得柞蚕幼虫的转录组数据,利用MISA软件从该转录组数据中检索到分布于12 846条UniGene的15 568个符合筛选条件的SSR位点,SSR位点的出现频率为14.72%。这些SSR位点的优势重复基元为单、二碱基,分别占SSR位点总数的77.64%和14.92%。在全部SSR位点共搜索到41种重复基元,其中单碱基重复基元以A/T为主,占该类型的98.71%;而二、三碱基重复基元以AT/AT和AAT/ATT为主,占比分别为73.47%和39.75%。序列长度≥20 bp的SSR位点共有511个,占总SSR位点的3.28%,也以单碱基和二碱基重复基元为主,占比分别为33.66%和37.57%。在其中选取69对引物进行PCR验证,筛选到31对有效扩增引物。利用10个柞蚕品种的幼虫总DNA,对随机选择的14对引物进行多态性验证,筛选到12对稳定、可重复的多态性SSR引物。研究结果将有助于建立柞蚕分子标记技术体系和开展柞蚕分子标记辅助育种研究。 相似文献
3.
青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是危害青藏高原高寒草甸最重要的害虫之一。本研究通过第二代高通量测序技术对青海草原毛虫4龄幼虫、雌雄成虫进行转录组测序并进行基因功能注释，同时筛选获得其气味结合蛋白基因(GqinOBPs)并进行生物信息学分析。结果表明：转录本经过组装之后总计得到63 335条unigenes,在全部unigenes中筛选并鉴定出17个GqinOBPs基因，通过生物信息学分析发现这些气味结合蛋白为热稳定性蛋白，亚细胞定位主要在胞外，二三级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成，多序列比对显示GqinOBPs具有昆虫OBPs的半胱氨酸模式识别序列；系统分析表明，GqinOBPs基因与同是鳞翅目昆虫的桃蛀螟、小线角木蠹蛾和沙棘木蠹蛾亲缘关系较近。该研究首次公开并分析青海草原毛虫转录组数据，同时挖掘出其气味结合蛋白基因，为进一步研究青海草原毛虫的基因功能奠定基础。 相似文献
4.
构建燕麦隐性核不育转录组数据库,开发cSSR标记,丰富燕麦分子标记数据库,并对隐性核不育相关cSSR标记进行验证,为充分利用燕麦种质资源及深入研究隐性核不育奠定基础。对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行转录组测序,利用软件对得到的EST序列进行SSR位点查找和分析,开发cSSR 引物。并用CAMS1×品燕2号F2代群体对所开发的雄性不育相关的cSSR引物进行验证。通过转录组测序获得的EST序列中6409条存在SSR位点,736条序列中有2个及2个以上SSR位点;在所有SSR位点中三核苷酸、二核苷酸重复序列最多,分别为4340(56.66%)和1768(24.30%)个。三核苷酸重复中,CCG/CGG(26.68%)、AGG/CTT(21.29%)、AGC/CTG(18.48%)出现的频率较多,二核苷酸重复中,以AG/CT(60.63%)和AC/GT(26.24%)出现的频率较高;根据开发的cSSR设计了13344对cSSR引物,选择与雄性不育相关且能设计引物的21条序列合成45对SSR引物。PCR检测表明,32对引物(71%)有扩增产物,其中11对cSSR引物在亲本间的扩增产物具有多态性,7对引物在可育和不育性状池间存在差异。本研究对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行了转录组测序,根据得到的EST序列开发了13344对cSSR 引物,并利用CAMS1×品燕2号F2代群体进行有效性检测,32对引物有扩增产物,7个标记可用于燕麦雄性不育材料的分子检测。 相似文献
5.
柞蚕SSR标记的开发对研究柞蚕的遗传与进化、分子遗传图谱构建、功能基因定位和克隆等有重要意义。从1 500条柞蚕表达序列标签(EST)中鉴定了71个SSR位点,平均5.2 kb出现1个SSR位点,在1~6个碱基的重复基元中,以3个和4个核苷酸重复为主导类型。设计合成了29对EST-SSR引物,通过PCR扩增和电泳检测鉴定了7对具有多态性的引物,测序验证结果表明其中的4对为有应用价值的EST-SSR标记。建立的利用EST数据开发柞蚕SSR标记的方法,有助于进一步大量开发柞蚕SSR分子标记。 相似文献
6.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(9)
为了探究黔金荞麦1号种质资源遗传背景、挖掘基因表达和群体遗传学信息,试验采用Illumina HiSeq~(TM)2500高通量测序技术平台对黔金荞麦1号进行转录组测序,并结合生物信息学对转录组数据进行分析。结果表明:测序质控共得到39 954 078条校正数据(clean reads),包含了5.7 Gb碱基序列信息。对clean reads组装聚类去冗余,获得40 919个单基因簇(Unigene),预测出36 741个编码区序列(Coding sequence,CDS)。将Unigene与9大数据库进行比对注释、基因功能及代谢通路分析,共有33 486(81.83%)条Unigene得到注释;13 856条Unigene注释到KOG数据库的25个分类中,其中参与翻译修饰、一般功能及信号传导方面相关注释基因最多;KEGG通路分析共有2 854条Unigene注释到23条代谢通路,其中参与代谢通路、信号传导的注释基因最多。基因结构分析共检测到16 152个单核苷酸突变(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点、1 243个插入缺失标记(insertion-deletion,InDels)及1 419条Unigene含有短片段重复序列(Simple sequence repeat,SSR)位点,其中SSR以三核苷酸重复基元类型最多(983个),占69.27%,以GCC/GGC为主要优势重复序列。说明黔金荞麦1号具有较强的代谢活动和遗传信息处理及修饰能力,并存在丰富的基因结构多样性,可为后期进一步研究其代谢途径、分子遗传标记和基因工程提供基础数据。 相似文献
7.
旨在开发猪SSR标记,为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础。本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果,根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点,设计合成SSR引物,进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证,开发多态性SSR标记。利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析,以评价所开发SSR标记的应用效果。结果,从36 693条转录组Unigene序列中搜索到10 488个SSRs位点,纯合型SSR为9 424个,复合型SSR为1 064个,分布于6 953条Unigene序列,其中4 727条Unigene含有单个SSR,2 226条Unigene含有2个及以上SSRs,SSR发生频率为18.95%,出现频率为28.58%。优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复,其重复次数主要集中于5~22次;优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC,长度类型为10~20 bp。随机筛选154个位点进行验证,共有124对引物扩增出清晰、特异的条带,扩增效率为80.52%,其中25对SSR引物具有多态性,占比为16.23%。利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析,共识别到131个等位基因,等位基因数为2~7个,平均等位基因数为5.24,平均有效等位基因数为3.487 1,平均PIC为0.646 7,呈高度多态,总体表现出较高的多样性。本研究结果表明,基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的,结果丰富了猪可用SSR标记数据库,且开发的SSR标记准确可靠,多态性高,可用于猪的遗传多样性分析。 相似文献
8.
美国基因组研究协会网上公布了138 259条曼氏血吸虫EST（表达序列标签）序列,总长约为52345kb。通过分析发现,其中包含了8 133条SSR（简单重复序列）,检出率为5.88%,平均每6.4 kb含有一个SSR。三核苷酸重复基元的SSR最多,占总数的54.2%,其次为二核苷酸和四核苷酸,分别占20.5%和20.6%,五核苷酸最少,只占4.7%。在曼氏血吸虫EST中没有发现单核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元的SSR。同时,在各种SSRs重复单元中,富含A碱基的重复单元占据优势地位,如：AT、AG、AC、AAT、AAG、AAC、AAAT、AAAC、AAAAT和AAAAG重复基序,而富含GC碱基的重复单元在基因编码区中含量较低。本文通过分析SSR在曼氏血吸虫EST中的分布频率与密度,为曼氏血吸虫和近缘种属寄生虫SSR标记的开发提供信息,有利于进一步开展吸虫的系统发育以及比较基因组学的研究。 相似文献
9.
高粱EST-SSR标记的建立及其在苏丹草中的应用初探 总被引：1，自引：1，他引：0
从NCBI中下载了202 325条高粱Sorghumbicolor EST序列。去除低质量和冗余的序列后,在5 661条高粱EST中共发掘出了6 663个SSR位点,出现频率是20.19%,平均分布频率是1/3.93 kb。在5 197条EST序列中,共有3 446条序列能够设计引物,占总数的66.3%。在高粱EST-SSR中,三核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元是GGC/GCC。在3 446对高粱EST-SSR引物中,随机选择了20对引物进行了合成。以苏丹草Sorghumsudanense722和高粱Sorghumbicolor TX623A为模板,用这20对引物进行PCR扩增,结果全部可以扩增出条带,可用率为100%,有差异的有4对,多态性比率为20%。研究结果证明了根据高粱EST建立SSR标记是有效、可行的。 相似文献
10.
为了开发适用于栽培金鸡菊的EST-SSR分子标记,采用二代高通量测序技术对剑叶金鸡菊‘斯丹泰勒’（Coreopsis lanceolata ‘Sterntaler’）的叶片进行转录组测序。结果表明：通过转录组测序共得到42 958条Unigene,利用MISA软件共检测出个6 546个SSR位点,平均分布距离6.36 kb。除单核苷酸外,重复类型以二核苷酸和三核苷酸为主,分别占总数的19.28%和30.13%,二者优势重复单元和占比分别为AG/CT （57.30%）和AAT/ATT （27.94%）。通过Primer3软件设计得到4 499条引物,在随机筛选的50对引物中成功开发出22对多态性较好的引物,扩增出的166个条带全部具有多态性。通过UPGMA聚类分析,在遗传距离为0.460时可将100个栽培金鸡菊种质划分为7类,其遗传相似系数介于0.542 2~1之间,平均为0.747 6。金鸡菊组、两色组、歧序组和轮叶组相关的种质可作为金鸡菊远缘杂交育种的材料。本研究为栽培金鸡菊的分类鉴定、杂交育种和绘制指纹图谱提供了理论依据。 相似文献
11.
苏丹草是一种高产优质的禾本科牧草,优质分子标记的缺乏成为苏丹草育种工作顺利开展的限制性因素。本研究基于高通量测序结果开发苏丹草EST-SSR标记,并对34份苏丹草和2份高丹草种质资源进行了遗传多样性分析,验证所开发的EST-SSR引物的可应用性。从苏丹草转录组的80686条序列中鉴定出17548个SSR位点分布在13574条序列中,分布频率为16.82%。一、二和三核苷酸重复分别占38.59%、19.18%和39.09%,SSR重复基元的重复次数分布在5~23次;开发的300对引物扩增成功率达73.67%,其中54对多态性引物在36份供试材料中共扩增出275条带,其中多态性条带有205条,多态位点百分率(PPB)为73.05%,多态信息含量(PIC)平均值为0.41,遗传距离的变化范围为0.3922~0.9020;聚类分析结果将36份供试材料分为3大类群,相同品种的材料大致聚为一类,材料间的聚类与地理来源呈一定的相关性。以上结果证明了利用苏丹草转录组数据开发SSR标记的可行性并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为苏丹草及近源物种种质资源的多样性水平和变异分析以及分子标记辅助育种等研究提供依据。 相似文献
12.
利用高通量测序技术对东北林蛙(Rana dybowskii)转录组进行了Next Seq500测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析。结果表明:共获得456 669条Unigene,其中二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸比例较为平均,分别为32.25%、29.12%、27.91%。二碱基重复类型中AT/AT为优势重复单元,有6 063个,占全部二碱基重复的61.0%;三碱基重复类型中AAT/ATT为最主要的重复单元,有2 668个,占全部三碱基重复的29.7%,其次为TCC/GGA重复数,有2 211个,占全部三碱基重复的24.6%;四碱基重复类型中AAAT/ATTT占绝对优势,有2 788个,占全部四碱基重复的32.4%。按照标准对全部的Unigenes进行位点搜索,筛选出89个微卫星位点,最终选择8个位点应用于36个个体上进行等位基因分型。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.000～0.667,0.105～0.926,0.099～0.921。这些位点可作为后续对东北林蛙的种群遗传、个体识别等研究的有力工具。 相似文献
13.
偃麦草EST-SSR标记开发及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
利用NCBI数据库中偃麦草(Elytrigia repens)EST序列开发偃麦草EST-SSR引物,并对47份偃麦草资源进行遗传多样性分析,验证所开发EST-SSR引物在偃麦草上的可应用性。结果显示,在27 891条偃麦草EST序列中可以搜索到SSR位点1 068个;其中六核苷酸重复序列最多,占总SSR的53.83%;二、三、四、五、六核苷酸优势重复基元及出现频率分别为AC/TG(2.72%)、CGC/GCG(1.87%)、CGAC/GCTG(5.24%)、CCGCC/GGCGG(0.37%)、CAGCTC/GTCGAG(3.37%)。开发的105对偃麦草EST-SSR引物中有64对引物(60.95%)可以有效扩增;随机选取18对多态性引物对47份偃麦草进行遗传多样性分析,其多态性百分率为78.64%,多态性指数(PIC)为0.22~0.83。以上结果表明,开发的偃麦草EST-SSR标记是有效的,有较高的应用价值,为偃麦草遗传多样性、重要性状关联分析研究奠定了基础。 相似文献
14.
微卫星序列(SSR)因具有分布广、共显性遗传、稳定、多态性丰富等优点而被广泛应用于动植物遗传研究中。利用EcoRⅠ,MseⅠ2 种内切酶酶切蕨麻基因组,酶切片段与用生物素标记的探针(AG)15、(GT)15杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、含有SSR片段的基因组片段被吸附,再经洗脱、PCR扩增、克隆和测序,完成微卫星序列的收集。共获得有效克隆236个,随机挑选其中80个进行测序,结果显示68条序列(85%)为唯一序列,挑选出其中40条含有SSR位点的序列,用引物设计软件Primer 5 成功设计出 40 对引物,经初步筛选,最终获得多态性丰富,可稳定扩增的SSR引物20对,扩增成功率达50%。对20对引物扩增结果做了初步分析,扩增出多态性位点共338个,平均每对引物扩增出17个,平均有效等位基因数(Ne)、多态性信息含量(PIC)、Nei’s 基因多样性指数(H)和Shannon’s 信息指数(I)平均值分别为1.2440、0.8996、0.1768和0.3078。20对SSR引物为蕨麻遗传变异研究提供了新的分子标记工具。 相似文献
15.
《蚕业科学》2015,(1)
以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069条unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268个SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库。从EST-SSR引物数据库中随机挑选100对SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段。100对引物涉及的SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46%,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12%、10%、10%、22%。KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢。实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性。 相似文献
16.
以盐生草全长转录组数据为基础,用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索,共鉴定到29640个SSR位点,每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型,重复次数主要为4~20次,其中,三核苷酸重复单位最多,占38.25%;四核苷酸重复单位类型最少,仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中,A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地,对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选,共筛选到多态性较高的33对标记,这些标记共检测得到199个等位基因位点,等位基因数（AN）为3~13个,平均为6.03个;基因多样性指数（GD）为0.583~0.869,平均为0.698;基因型数量（GN）为2~13,平均值为5.88;多态性信息含量（PIC）值为0.527~0.856,平均值为0.623。聚类分析结果表明,18个不同生态点盐生草的遗传相似系数（GS）为0.528~0.859,平均值为0.683。在GS为0.68处,可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。 相似文献
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表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础。通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1 187个多态性EST-SSR位点。其中,三核苷酸重复数目最多(54.42%),其次是二核苷酸重复(37.66%)。分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′UTRs中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记。本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础。 相似文献
18.
表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础.通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点.其中,三核苷酸重复数目最多(54.42％),其次是二核苷酸重复(37.66％).分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′U T R s中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记.本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础. 相似文献
19.
从NCBI公共数据库获得2806条柔嫩艾美耳球虫敏感株与马杜拉霉素耐药株表达序列标签(EST),通过前处理得到全长为421.186kb的无冗余EST共1519条。在这些序列中搜索出202个简单重复序列(SSR),分布于1519条EST中,出现频率是17.45%。三核苷酸重复和四核苷酸重复是主要的类型,其中三核苷酸占67.92%,四核苷酸占25.28%,占总SSR的近93.20%。AAG/CTT和ACGT/ATGC是三、四核苷酸中的优势重复类型,分别占三、四核苷酸重复的62.72%和56.76%。 相似文献
20.
为加速分子标记在翦股颖中的应用,利用GenBank中翦股颖EST数据信息,展开了翦股颖EST-SSR信息分析和标记开发研究。在16992条翦股颖EST序列中,共发现微卫星序列254条,占整个EST总数的1.49%。EST序列总长为12717kb,平均每50.07kb含有1个SSR。EST-SSR分布特征分析表明,在所有SSR中,六核苷酸基序最多(37.80%),三核苷酸基序(31.10%)次之;六核苷酸基序以TGCGGC/ACGCCG出现频率最高(3.15%),TCCAGC/AGGTCG次之(2.36%);三核苷酸基序以CAG/GTC出现频率最高(10.63%),其次分别为GCA/CGT(3.54%)、GAT/CTA(2.36%)和AAG/TTC(2.36%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Pri mer 5.0软件,设计了77对EST-SSR引物,并选择其中15对引物进行合成。15对引物在翦股颖中均有PCR扩增条带。利用这些引物,选用8个翦股颖品种进行多态性研究,其中9对EST-SSR引物有多态性,共检测到23个多态性位点,平均每对引物产生2.56个多态性位点。 相似文献