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相似文献
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1.
薄壳山核桃全基因组LBD基因家族的生物信息学分析   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
  目的  研究薄壳山核桃Carya illinoensis LBD基因家族结构特征、进化模式和在胚发育过程中的表达模式。  方法  运用生物信息学手段鉴定薄壳山核桃LBD基因,分析该基因结构特征、系统发生学关系、显花植物中的进化历史和在胚发育过程中3个关键阶段的表达模式。  结果  薄壳山核桃全基因组中一共鉴定到52个候选LBD基因。根据基因结构、系统发生学最大似然树和Motif分析可分为3类:GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ。多序列比对分析中,52个LBD基因LOB结构域中鉴定出3个重要的结构:CX2CX6CX3C锌指结构、高度保守的甘氨酸GAS结构和亮氨酸拉链(zipper-like)结构,并且在3类内都分别发生了特异性的的变异或者缺失。根据代表性显花植物LBD基因家族的系统发生学分析,从变异程度看GroupⅠ和GroupⅡ相对较为保守,而GroupⅢ内的所有LBD基因共享1支较长的分支,它们已发生了较大的变异,可能已经分化出新的功能。表达分析结果显示:LBD基因家族参与调控胚发育过程,通常控制子叶的发育和形态建成。薄壳山核桃LBD基因中又有在整个胚发育过程中都高表达的一簇基因,这些基因可能在胚发育过程中发挥了更加重要的作用。  结论  薄壳山核桃全基因组中共获得LBD基因52个,共可分为3个亚家族,不同的亚家族具有不同的基因结构、蛋白质结构、进化模式和表达模式,转录组表达分析显示:不同亚家族之间在胚发育不同阶段具有差异性表达,它们共同参与调控薄壳山核桃胚发育过程。图5表2参47  相似文献   

2.
<正>18日,中山大学和深圳华大基研究院召开新闻发布会,宣布石斑鱼基因组序列图谱绘制完成。这是中国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目鮨科石斑鱼类基因组序列图谱。图谱的建立,对建立鱼类性别控制的生物技术途径和揭示整个脊椎动物性别决定机制的形成及进化途径具有重要的理论价值。  相似文献   

3.
葫芦科拥有许多常见的蔬菜和瓜果,在农业生产和人民生活中占有举足轻重的地位。高质量参考基因组是重要农艺性状相关基因挖掘、种质资源精准鉴评及分子设计育种体系建立及应用的重要前提。随着测序技术的快速发展,陆续建立了Sanger、Roche 454、Illumina、PacBio等测序平台,测序成本不断降低,不同物种的基因组测序工作陆续完成。黄瓜是葫芦科作物研究的模式作物,是第一个完成基因组测序的蔬菜作物。随后,包括西瓜、甜瓜、南瓜和冬瓜等在内的葫芦科作物逐步完成了全基因组测序,显著提升了葫芦科作物的基因组学、系统进化和分子生物学研究水平。本文综述了葫芦科主要作物在全基因组测序方面取得的一系列重要进展,全基因组测序工作在葫芦科作物起源与进化、重要农艺性状相关基因挖掘等方面的实际应用情况,并对葫芦科作物端粒到端粒(T2T)基因组和泛基因组的构建进行了展望。  相似文献   

4.
前沿动态     
<正>二倍体棉花-亚洲棉(Gossypium arboreum)全基因组测序及图谱绘制完成近日,科研人员完成了二倍体亚洲棉(A基因组)全基因组测序工作,为阐明棉花的起源、进化、揭示四倍体棉种及其他多倍体物种形成过程奠定了坚实的基础。科研人员对高纯系的亚洲棉品种-石系亚1号进行了全基因组测  相似文献   

5.
近几年,果树植物全基因组测序研究迅速升温,多个果树基因组图谱被陆续公布,为果树分子生物学和比较基因组学研究提供了大量的数据信息。通过比较分析已经完成全基因组测序的11种我国主栽果树的测序研究结果,就果树植物的起源和进化、重要农艺性状相关基因的发掘以及测序结果的应用前景方面进行了概述。  相似文献   

6.
为研究薄壳山核桃根际土壤微生物群落结构特征,利用Illumina高通量测序技术对其根际与非根际的土壤样品进行对比分析。结果表明,薄壳山核桃非根际土壤细菌和真菌序列数分别比根际土壤多1867条和11163条,薄壳山核桃非根际土壤真菌的Chao1指数、ACE指数、Shannon指数均显著大于根际土壤,但两者之间的细菌差异不显著。从细菌和真菌组成来看,薄壳山核桃根际与非根际土壤中丰度最高的细菌为放线菌门(Actinobacteria)、真菌为子囊菌门(Ascomycota)。总体而言,薄壳山核桃根际与非根际土壤微生物存在一定差异,非根际土壤真菌多样性显著大于根际土壤,但细菌差异不显著。  相似文献   

7.
随着人们对薄壳山核桃了解的日益深入,薄壳山核桃的栽培工作得到了人们越来越充分的重视。云南是种植薄壳山核桃较多的地区之一,种植技术对其生长成熟至关重要。基于此,从苗木定植、整形修剪、抚育管理、病虫害防治以及果实采收5个环节对薄壳山核桃在云南种植的技术重点进行探讨。  相似文献   

8.
【目的】分析广东省牛流行热病毒(Bovine ephemeral fever virus,BEFV)分离株JM 2020与其他地区毒株的进化关系,阐明遗传进化与全基因组的特征,为中国乃至世界对牛流行热疾病的流行情况以及预防该疾病提供有用信息。【方法】根据从GenBank下载的BEFV毒株的全基因组序列信息,设计引物PCR扩增糖蛋白(Glycoprotein,G)基因;另设计10对引物用于扩增全基因组,送测序得到10个片段的基因序列,运用DNAStar软件中的EditSeq手动编辑和拼接获得全基因组序列。运用MEGA 6.0分别构建G基因和全基因组进化树进行进化分析。【结果】JM 2020毒株的G基因和全基因组与泰国毒株的核苷酸序列相似性均最高,分别为94.9%~99.3%和99.0%,进化分析表明JM 2020与2013—2017年泰国毒株处于同一小分支,而与JB76H、JT02L等国内毒株有一定进化距离。全基因组测序结果表明,JM 2020全基因组长度为14 902个核苷酸(nt),包括50 nt的前导序列,1 296 nt的核蛋白(Nucleoprotein,N)基因,837 nt...  相似文献   

9.
吴杨  周会 《农业科学与技术》2013,(12):1693-1697,1706
随着现代分子生物学技术的发展,目前已经完成了多种植物叶绿体基因组的全序列测定,并研究了这些基因的结构、功能与表达。大部分高等植物的叶绿体基因组结构稳定,基因数量、排列顺序及组成上具有保守性。甘蔗叶绿体基因组测序工作的完成为甘蔗叶绿体相关研究奠定了良好基础。文章从甘蔗叶绿体基因组图谱、结构和功能基因、叶绿体RNA编辑以及甘蔗属叶绿体系统进化等方面综合概述了甘蔗叶绿体基因组研究取得的成果,并从甘蔗叶绿体遗传转化、甘蔗及近缘属叶绿体基因组测序和叶绿体基因组cpSSRs开发利用等方面指出甘蔗叶绿体基因组今后的研究方向。  相似文献   

10.
随着现代分子生物学技术的发展,目前已经完成了多种植物叶绿体基因组的全序列测定,并研究了这些基因的结构、功能与表达。大部分高等植物的叶绿体基因组结构稳定,基因数量、排列顺序及组成上具有保守性。随着甘蔗叶绿体基因组测序工作的完成,为甘蔗叶绿体相关研究奠定了良好基础。文章从甘蔗叶绿体基因组图谱、结构和功能基因、叶绿体RNA编辑以及甘蔗属叶绿体系统进化等方面综合概述了甘蔗叶绿体基因组研究取得的成果,并从甘蔗叶绿体遗传转化、甘蔗及近缘属叶绿体基因组测序和叶绿体基因组cpSSRs开发利用等方面指出甘蔗叶绿体基因组今后的研究方向。  相似文献   

11.
随着现代分子生物学技术的发展,目前已经完成了多种植物叶绿体基因组的全序列测定,并研究了这些基因的结构、功能与表达.大部分高等植物的叶绿体基因组结构稳定,基因数量、排列顺序及组成上具有保守性.随着甘蔗叶绿体基因组测序工作的完成,为甘蔗叶绿体相关研究奠定了良好基础.文章从甘蔗叶绿体基因组图谱、结构和功能基因、叶绿体RNA编辑以及甘蔗属叶绿体系统进化等方面综合概述了甘蔗叶绿体基因组研究取得的成果,并从甘蔗叶绿体遗传转化、甘蔗及近缘属叶绿体基因组测序和叶绿体基因组cpSSRs开发利用等方面指出甘蔗叶绿体基因组今后的研究方向.  相似文献   

12.
高等植物线粒体基因组研究进展   总被引:1,自引:0,他引:1  
高等植物线粒体基因组在目前已知生物中是最大、最复杂的, 阐述了高等植物线粒体基因组的最新研究进展。从全基因组的测序方法开始,重点介绍了高等植物线粒体基因组的组成和结构特点,特别是基因含量、内含子、基因间隔序列、RNA编辑、重复序列、叶绿体和细胞核与线粒体之间的DNA交换以及线粒体基因的遗传起源和进化等热点问题,以期为更好的了解核质互作、植物进化等科学问题奠定基础。  相似文献   

13.
<正>由我国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目又取得阶段性重大成果,完成了甘蓝基因组测序和分析。该研究近日在线发表在国际权威学术期刊《自然·通讯》。甘蓝基因组测序是白菜、甘蓝和油菜等芸薹属全基因组测序项目的一部分。这是继白菜基因组测序项目后的又一重大成果。据甘蓝项目组技术负责人、中国农科院油料所刘胜毅研究员介绍,甘蓝基因组至少包含45758个蛋白编码基因,与白菜基因组相似,其基因组的大部分能够与十字花科近缘模式植物拟南芥基因组建立共线性关系,进而为基因组进化研究提供了良好的模式材料。通过对这组模式材料的分析,科学家最终揭示出甘蓝和白菜基因组间存在转座子扩增  相似文献   

14.
《福建农业科技》2014,(6):29-29
由我国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得了阶段性重大成果,项目组完成了甘蓝基因组测序和分析,并在此基础上与其他近缘种植物基因组比较,发现了作物种间和种内基因组呈现多层次的不对称的进化规律。该研究目前在线发表在国际权威学术期刊《Naturecommunications》。  相似文献   

15.
利用RT-PCR方法,对梅花鹿源(DRV)和鼠源(MRV)2个狂犬病毒街毒株进行全基因组测序,获得2个毒株全基因组序列(GenBank登录号分别为DQ875051和DQ875050).DRV和MRV毒株全基因组分别与具有代表性的毒株全基因组进行N、P、M、G、L基因的核苷酸和氨基酸同源性比较.不同毒株的全基因组构建的分子系统进化树表明,DRV和MRV分属2个进化支.DRV与Ni-CE、RC-HL和SRV9的亲缘关系最近;MRV与HEP-Flury的亲缘关系最近,并与HHV-RAB-H街毒株同属一个进化支.  相似文献   

16.
薄壳山核桃育苗与造林技术   总被引:1,自引:1,他引:0  
薄壳山核桃(Carya illinoinensis)是重要的木本油料树种,材质上等,同时也是城乡绿化优良的行道树,因而研究薄壳山核桃具有重要意义。本文阐述了薄壳山核桃的育苗技术,包括实生苗培育和嫁接苗培育,同时总结了造林技术,以期为薄壳山核桃育苗、造林工作者提供参考。  相似文献   

17.
利用全基因组重测序数据组装得到了夏石金花茶等4种金花茶的叶绿体全基因组序列,并进行了注释和比较分析.结果表明,4种金花茶植物叶绿体基因组序列高度相似,约为156 657~157 046 bp,均预测注释134个基因,包含89个蛋白编码基因、8个rRNA和37个tRNA;金花茶植物的叶绿体基因组在结构和进化上具有保守性,它们具有相似的密码子偏好性且均未发生大面积的倒位和基因重排;通过叶绿体基因组的比较分析和核苷酸多态性分析发掘了rps16和ycf1等高变异片段,这些片段可作为金花茶植物的分子标记;基于金花茶叶绿体基因组数据构建的系统进化树具有较高的支持度,说明金花茶叶绿体基因组序列的公布对其系统发育的研究具有重要意义.  相似文献   

18.
薄壳山核桃又称作长山核桃,是由国外引入的优良品种,是世界重要的干果、食用油料、绿化树种。为提升薄壳山核桃扦插成活率,采用4种基质配比探究其对薄壳山核桃生长情况和成活率。研究结果表明,薄壳山核桃扦插生长应合理控制氮肥和土壤的透气性,这种树种光合作用存在季节性差异,为种植薄壳山核桃提供重要参考。  相似文献   

19.
薄壳山核桃在中国的引入有着悠久的历史,因此,薄壳山核桃的育苗研究和实施已经建立了相对成熟的技术体系。随着人民生活水平的提高,对于食品品质的要求也逐渐增长,人们对坚果类食物的关注度和需求量变得更加多元化和高质量化。薄壳山核桃作为坚果中的一种品类,在此社会背景下有着相当可观的市场前景;薄壳山核桃所具备的高营养、相对易取食的特点,成为市场竞争中的重要优势,深受广大人民的喜爱。因此,不断完善并提高薄壳山核桃的育苗技术对改善林农经济收入有着不容小觑的作用。本文通过阐述薄壳山核桃的生长特征及习性,浅析薄壳山核桃育苗技术的实施措施及育苗过程中的注意事宜,为促进薄壳山核桃品质的提高提供参考。  相似文献   

20.
对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。  相似文献   

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