猪嗜淋巴细胞疱疹病毒2型GD27株gB基因生物信息学分析     

朱事康  佟铁铸  刘星  李春萍  陈燕忠  罗卓军  林志雄  刘中勇  周宇 《中国畜牧兽医》2017,44(1):186-193

试验采用PCR方法扩增出猪嗜淋巴细胞疱疹病毒2型（porcine lymphotropic herpesviruses 2,PLHV-2）gB基因全序列,并进行测序,使用生物信息学软件对gB蛋白进行生物信息学分析和预测。结果显示,gB蛋白由876个氨基酸组成,分子式为C₄₅₀₀H₆₉₇₅N₁₁₉₉O₁₃₅₁S₄₀,分子质量为100.77 ku,等电点为6.45,不稳定系数为38.58;二级结构预测以无规则卷曲为主要结构,1-39位氨基酸为信号肽,761-780位氨基酸为跨膜区结构,具有多种功能位点,存在多处天然非规则结构蛋白;三级结构显示有一个具有溶解作用的环状构象。综合多种方法分析预测结果表明,gB基因存在多个B细胞线性抗原表位,可作为PLHV-2疫苗的候选抗原。  相似文献   

固始鸡XCL1基因CDS区克隆与生物信息学分析     

田慧慧  丁梦霞  郭玉洁  苏阿茹  孙桂荣  田亚东  蒋瑞瑞  韩瑞丽  康相涛  闫峰宾 《中国畜牧兽医》2021,48(11):4047-4054

本研究旨在克隆鸡淋巴细胞趋化因子（lymphotactin,XCL1）基因CDS区并探索其生物学特性。试验以固始鸡胸腺组织总RNA为模板,采用RT-PCR技术对该基因的CDS区进行扩增和克隆,并通过生物信息学软件进行相关生物信息学分析。结果表明,固始鸡XCL1基因CDS区长294 bp,编码97个氨基酸。相似性分析结果发现,鸡XCL1基因CDS区序列与牛、山羊、绵羊、人、小鼠、猪和大鼠的相似性分别为53.7%、53.0%、52.9%、51.8%、51.1%、50.9%和50.4%。进化树结果表明,鸡作为非哺乳动物,与哺乳动物亲缘关系较远。XCL1蛋白分子式为C₄₉₁H₈₂₂N₁₅₀O₁₃₂S₆,理论等电点为10.95,属于碱性蛋白;分子质量为11.13 ku,脂肪系数为102.37,不稳定系数为51.44,属于不稳定蛋白,半衰期为30 h;具有跨膜结构（第5-27位氨基酸）和信号肽区域（第1-18位氨基酸）,属于亲水性分泌型蛋白。XCL1蛋白存在8个潜在的磷酸化修饰位点和3个潜在的糖基化修饰位点。XCL1蛋白的二级结构由α-螺旋（35.05%）、β-转角（5.15%）、延伸链（26.80%）和无规则卷曲（32.99%）组成,三级结构预测结果与二级结构一致。亚细胞定位分析表明XCL1蛋白主要在细胞外发挥作用;该蛋白有1个位于第31—88氨基酸残基处的SCY保守性结构域;该蛋白能与OXT、PTAFR、GPR132和XCR1等分子形成互作网络。本试验结果为进一步研究鸡XCL1基因功能提供理论参考。  相似文献   

牛病毒性腹泻病毒NS3蛋白的生物信息学分析及多表位筛选     

何金科  杨亚军  邓肖玉  何延华  张超  马忠臣  王勇  陈创夫 《中国畜牧兽医》2019,46(12):3475-3485

本研究旨在对牛病毒性腹泻病毒（BVDV）NS3蛋白进行生物信息学分析及T细胞和B细胞表位的筛选。从GenBank数据库中找到NS3蛋白的氨基酸序列，用Expasy ProtParam在线服务器分析所得序列理化性质。使用TMHMM Server分析跨膜结构域，使用DNAStar软件预测NS3蛋白的二级结构，为了更准确地预测蛋白质的二级结构，使用SOPMA分析软件进行了二次预测。使用Phyre2在线服务器预测NS3蛋白的三级结构，并用Raswin软件标出各个元素所处的位置。使用4种预测软件（BCPREDS、ABCpred、BepiPred和SVMTriP）分析NS3蛋白的线性B细胞表位，使用NetMHCⅡpan预测CD4⁺ T细胞表位，使用NetBoLApan和IEDB预测CD8⁺ T细胞表位，将所得到的结果进行T细胞和B细胞表位筛选。结果表明，NS3蛋白质由683个氨基酸组成，分子质量为75 ku，理论等电点（pI）为8.31，化学式为C₃₃₄₇H₅₃₄₆N₉₁₆O₁₀₀₉S₂₈，不稳定系数为35.93，平均亲水性（GRAVY）值为-0.267，表明NS3为稳定性亲水蛋白质。TMHMM结果显示，NS3蛋白不具有跨膜结构域。SOPMA结果表明，在NS3蛋白的二级结构中，α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别约占30.75%、22.55%、8.35%和38.35%，用DNAStar软件分别标出了α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲所处的位置。运用4种不同的B细胞预测软件筛选出8个线性表位：12-16、289-298、349-360、394-407、421-432、489-498、515-525和665-679位氨基酸。用NetMHCⅡpan筛选出4个T细胞表位：248-262、315-320、400-414和482-496位氨基酸。本研究为BVDV NS3蛋白优势抗原的筛选提供了理论依据。  相似文献   

水牛SND1基因克隆及生物信息学分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

黄韵琪  邓廷贤  唐辉  马小娅  梁莎莎  陆杏蓉  段安琴  王文文  庞春英  梁贤威 《中国畜牧兽医》2018,45(7):1759-1767

试验旨在利用电子克隆法对水牛SND1（staphylococcal nuclease and tudor domain containing 1）基因进行克隆和序列分析，为探究该基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础。以奶牛SND1基因（GenBank登录号：NM_205784.1）作为种子序列，利用Primer Premier 5.0设计3对引物，以水牛基因组DNA为模板，PCR扩增水牛SND1基因mRNA序列，扩增获得序列连接pMD18-T载体，通过测序拼接获得水牛SND1基因mRNA全序列，并对其进行生物信息学分析。结果显示，水牛SND1基因完整编码序列长为3 503 bp，包含长为2 733 bp CDS序列，编码910个氨基酸，蛋白分子式为C₄₅₂₃H₇₁₈₃N₁₂₈₁O₁₃₅₄S₂₆，分子质量为102.01 ku，理论等电点（pI）为6.74，不稳定系数为42.07，平均亲水性为-0.419，属可溶酸性蛋白。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主，其中α-螺旋占37.80%，无规则卷曲占34.18%。结合Protfun 2.2在线软件对SND1的功能进行预测分析表明，该蛋白在嘌呤和嘧啶、中央中间代谢、能量代谢、氨基酸生物合成发挥功能的可能性分别为0.449、0.401、0.303和0.262。SND1基因编码区序列与黄牛、绵羊、山羊、猪、马、人的同源性分别为98.7%、97.8%、97.8%、93.8%、93.1%和91.7%，物种之间同源性较高，系统进化情况与其亲缘关系远近一致。利用SMART在线软件预测蛋白结构域，结果显示，水牛SND1蛋白包含有4个SN区域，说明SND1基因编码区在进化过程中较为保守。  相似文献   

哈萨克羊INHβA基因克隆及生物信息学分析     

解津刚  巴合提&#  博代  热衣扎别克&#  哈德坎  吾热力哈孜&#  哈孜汗 《中国畜牧兽医》2019,46(5):1290-1298

试验旨在克隆哈萨克羊抑制素βA （inhibin beta A，INHβA）基因序列，并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中绵羊INHβA基因序列（登录号：NM_001009458.1）设计1对特异性引物，通过RT-PCR方法对哈萨克羊INHβA基因进行扩增，将获得的INHβA基因片段插入到pMD19-T载体中进行克隆测序，并结合生物信息学方法预测和分析其核苷酸序列、氨基酸序列、蛋白跨膜、蛋白修饰位点及二级结构、三级结构模型等。结果显示，哈萨克羊INHβA基因长1 278 bp，编码425个氨基酸。哈萨克羊INHβA基因与绵羊、牛、野猪、小鼠、人、大鼠、猫、兔、马的同源性分别为98.6%、97.7%、90.4%、87.9%、91.1%、88.2%、91.8%、89.8%和91.8%，表明INHβA基因在不同物种之间具有较高的保守性。INHβA蛋白分子式为C₂₀₇₂H₃₃₂₅N₆₀₃O₆₂₈S₂₆，分子质量为47.57 ku，理论等电点（pI）为7.87，不稳定系数为66.16，脂溶指数为78.47，亲水值为-0.507。INHβA是一种碱性不稳定的亲水性脂溶性蛋白，没有跨膜结构，含有信号肽。二级结构预测显示，INHβA蛋白α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占22.59%、4.47%、54.12%和18.82%。三级结构预测显示，INHβA蛋白以α-螺旋为主，是含有8种蛋白修饰位点的β-桶状蛋白。本试验结果为深入研究哈萨克羊INHβA蛋白功能及探讨INHβA基因对提高哈萨克羊繁殖力的影响提供参考数据。  相似文献   

猴源葡萄糖调节蛋白78生物信息学分析及其真核表达     

焦文强  刘运超  邢广旭  陈鹏举  徐引弟  王治方  张青娴  许峰 《中国畜牧兽医》2021,48(4):1170-1178

试验旨在探究葡萄糖调节蛋白78（glucose regulatory protein 78,GRP78）基因的理化性质和结构特点,阐述GRP78在猪流行性腹泻病毒复制中的分子伴侣作用和调控机制。通过RT-PCR方法扩增GRP78基因,并插入到pMD20-T Simple载体进行克隆测序,利用生物信息学方法对其氨基酸序列、跨膜结构、糖基化位点、磷酸化位点、三级结构等进行预测和分析。将GRP78基因插入pCDNA 3.1中,然后转染Vero-E6细胞。Western blotting检测Vero-E6细胞中GRP78的表达。生物信息学分析结果表明,GRP78基因全长1 965 bp,编码654个氨基酸,蛋白质分子质量为72.33 ku,理论等电点为5.07,分子式为C₃₁₈₉H₅₁₅₃N₈₆₅O₁₀₁₉S₁₃。遗传进化树分析显示,猴源GRP78基因与双峰驼、犬、猫、大猩猩、蝙蝠、狒狒、猪、马的氨基酸序列同源性为99.5%~99.8%;遗传进化分析显示,大猩猩和狒狒亲缘关系最为接近。跨膜区和信号肽预测结果显示,该蛋白存在信号肽但不存在跨膜结构。GRP78蛋白无N-糖基化修饰位点,存在6个O-糖基化位点、28个磷酸化位点,表明GRP78可能有与激酶磷酸化有关的PKC、PKA特异性蛋白激酶的结合位点,可能参与己糖代谢和单糖代谢。  相似文献   

鸡堆型艾美耳球虫新基因的克隆与生物信息学分析     

阎晓菲  黄兵  韩红玉  杨斌  岳城  赵其平  姜连连  董辉 《中国畜牧兽医》2014,41(7):49-53

试验旨在对堆型艾美耳球虫（Eimeria acervulina）孢子化卵囊新基因EST序列进行克隆与生物信息学分析。通过RACE技术扩增从E. acervulina cDNA表达文库中筛选获得的EST序列,得到EST全长cDNA序列,利用多种生物信息学分析软件对其编码蛋白进行分析和预测。结果表明,该EST序列为E.acervulina孢子化卵囊阶段新基因,GenBank登录号为EU590120;该基因含1个492 bp的开放阅读框,编码163个氨基酸,理论分子质量为17.049 ku,等电点为6.69,酸性氨基酸8个,碱性氨基酸8个,分子式为C₇₆₁H₁₂₂₃N₁₉₉O₂₁₉S₁₂;总平均亲水性（GRAVY）为0.731;该蛋白有信号肽,为分泌性蛋白;具有4个跨膜结构,在105～115、28～32和132～138位之间有很强的疏水性;具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、1个N-糖基化位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、4个N端豆蔻酰基化位点。因此根据生物信息学全面预测和分析,发现该基因所编码的蛋白具有较多的生物学功能位点和潜在的抗原表位区域。  相似文献   

东北虎γ-干扰素基因的克隆、生物信息学分析及其在毕赤酵母中的表达     

翟俊琼  吴亚江  代军威  陈安妮  周妞  王晨  杜雪晴  罗满林  陈武 《中国畜牧兽医》2021,48(1):72-82

本试验旨在通过克隆东北虎γ-干扰素（IFN-γ）基因,研究其分子特征并预测蛋白生物学功能,为后续研究干扰素抗病毒活性做前期准备。通过RT-PCR从ConA诱导过的东北虎血淋巴细胞中扩增东北虎IFN-γ基因并测序,应用生物信息学方法进行序列分析。结果表明：东北虎IFN-γ编码区由504个核苷酸组成,共编码167个氨基酸,蛋白相对分子质量为19.59 ku,等电点为9.03,所编码的蛋白为碱性亲水性蛋白,其中前23个氨基酸可能为信号肽,IFN-γ编码蛋白保守结构域为IFN-γ超家族,且存在跨膜结构,其中1－6位氨基酸为胞内区域,7－28位氨基酸为跨膜区域,29－167位氨基酸为胞外区域;IFN-γ编码蛋白二级结构主要以α-螺旋（58.08%）和无规则卷曲（33.53%）为主,存在5个潜在的B细胞抗原表位,3个潜在的N-糖基化位点;分子进化分析显示,东北虎IFN-γ与GenBank上发表的东北虎、非洲狮、金钱豹、美洲狮、猎豹、家猫、加拿大猞猁、野猪等的核苷酸相似性为80.4%~99.8%,氨基酸相似性为70.5%~100%,东北虎IFN-γ与非洲狮、金钱豹亲缘关系最近,美洲狮、猎豹、家猫、猞猁次之,野猪最远。通过合成改造后的东北虎IFN-γ基因,构建能表达IFN-γ蛋白的重组质粒pPIC9K-IFN-γ,将其导入高效表达系统-毕赤酵母中进行诱导表达,经SDS-PAGE分析,表达蛋白的分子量约17.8 ku,与预期大小相符,表明东北虎IFN-γ成功表达。  相似文献   

水牛PTHLH基因克隆分析及其真核表达载体构建     

陆杏蓉  梁莎莎  邓廷贤  段安琴  马小娅  庞春英  梁贤威 《中国畜牧兽医》2018,45(11):2979-2988

为揭示甲状旁腺激素样激素（parathyroid hormone-like hormone,PTHLH）基因对水牛繁殖性能的影响,本研究对水牛PTHLH基因进行克隆,并对其核苷酸和氨基酸序列进行生物信息学分析。以牛PTHLH基因为种子序列（GenBank登录号：NM_001290949）,应用CE Design软件设计引物序列,运用PCR扩增和测序技术获得水牛完整编码区序列,使用DNAMAN、ProtParam、SOPMA、PSORTⅡ Prediction等在线软件分析PTHLH蛋白的一级结构、二级结构、三级结构与理化性质,并进行同源性比对分析及系统进化树构建。结果显示,试验克隆了水牛PTHLH基因完整编码区序列,该序列长为534 bp,可编码177个氨基酸。水牛PTHLH基因编码区核苷酸序列与黄牛、猪、马、山羊、绵羊和骆驼的同源性分别为98.3%、90.4%、90.1%、98.1%、97.5%和89.2%,物种之间同源性较高,系统进化树分析结果与其亲缘关系远近一致,表明水牛PTHLH基因编码区在进化过程中比较保守。蛋白理化性质分析显示,水牛PTHLH蛋白分子式为C₈₉₅H₁₄₅₁N₂₇₁O₂₆₆S₂,分子质量为2 885 u,半衰期为30 h,理论等电点（pI）为10.00,水溶液在280 nm处的消光系数为23 950,肽链N端为蛋氨酸（Met）,不稳定系数为60.04,属于碱性不稳定蛋白;脂肪系数为72.15,总平均亲水性为－0.928,该蛋白属于不可溶性蛋白,亚细胞定位于细胞核、细胞质和线粒体。结构域预测结果显示,水牛PTHLH蛋白包含有1个PTH区域,同时还包含有1个低复杂度区域。二级结构分析显示,水牛PTHLH蛋白包含83个α-螺旋（46.89%）、17个延伸链（9.60%）、10个β-转角（5.66%）和67个无规则卷曲（37.85%）,与三级结构预测结果相一致。试验构建了PTHLH基因真核表达载体pcDNA3.1-PTHLH,并通过电泳和测序验证了载体的准确性。PTHLH基因的成功克隆及其真核表达载体的成功构建为今后研究水牛PTHLH基因的功能和遗传特性提供了材料。  相似文献   

草原红牛Acot2基因克隆及其在各组织中的表达差异研究     

刘理想  高一  吕阳  薛佳佳  胡忠昌  张国梁 《中国畜牧兽医》2019,46(11):3154-3162

本研究旨在探究草原红牛酰基辅酶A硫酯酶2（Acot2）的基因功能，并对其进行生物信息学分析，检测Acot2基因在草原红牛不同组织中的表达差异。根据GenBank中公布的牛Acot2基因序列（登录号：NM_001101938.1）设计引物，PCR扩增获得草原红牛Acot2基因的完整CDS并进行测序，利用分析软件进行序列同源性比对并构建系统进化树；获得对应的氨基酸序列并分析蛋白理化特性及蛋白亚细胞结构、亲疏水性和磷酸化位点，预测蛋白二级结构并构建蛋白质三级结构模型；利用实时荧光定量PCR方法检测Acot2基因在不同组织中的表达差异。结果显示，草原红牛Acot2基因CDS大小为1 395 bp，编码464个氨基酸，其核苷酸序列与亚洲水牛的同源性较高（98.3%），与猕猴和黑猩猩的同源性较低（80.5%和80.4%）。Acot2蛋白分子式为C₂₃₁₇H₃₆₀₆N₆₄₀O₆₂₈S₁₄，分子质量为50.924 ku，理论等电点为8.84。蛋白质不稳定指数为37.50，氨基酸残基多数为亲水性残基，总平均亲水性为-0.094。亚细胞定位分析表明，Acot2蛋白分布在内质网（30.4%）、线粒体（26.1%）、高尔基体（17.4%）、细胞质（17.4%）、液泡（4.3%）和细胞质（4.3%）中；磷酸化位点分析发现，Acot2蛋白存在20个磷酸化位点。二级结构主要形式有α-螺旋（21.8%）、β-转角（33.4%）、β-折叠（18.4%）和无规则卷曲（26.4%），三级结构预测结果与其相一致。实时荧光定量结果显示，Acot2基因在草原红牛胃中表达量最高，在肺脏中表达量极少。Acot2基因在生物进化过程中具有低保守性，其编码氨基酸组成的蛋白质结构稳定，属于水溶性蛋白，在线粒体和内质网中发挥作用，在草原红牛不同组织的表达量有明显差异。本研究结果为进一步探究Acot2基因对家畜脂代谢的影响和筛选草原红牛肉质候选基因提供资料。  相似文献   

斯氏副柔线虫GP基因的克隆、抗原表位预测及生物信息学分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

赵学亮  王梦雅  孙柯  冯陈晨  王文龙 《中国畜牧兽医》2018,45(6):1645-1652

试验旨在克隆斯氏副柔线虫糖蛋白（glycoprotein，GP）抗原基因，并对其进行生物信息学分析。提取斯氏副柔线虫组织RNA，反转录合成cDNA，设计特异性引物以扩增GP基因CDS区，同时将其插入到克隆载体pMD19-T后测序，并对该基因编码蛋白的抗原表位、理化性质、信号肽、跨膜结构域等进行生物信息学预测。结果表明，GP基因开放阅读框（ORF）全长1 149 bp，编码382个氨基酸，其分子式为C₁₇₆₀H₂₈₇₈N₄₅₈O₅₉₀S₁₇₆₀，理论分子质量约为40.15 ku，等电点为4.37，无信号肽，总平均亲水性为0.032，不稳定系数为42.43，是疏水、不稳定蛋白；其磷酸化位点分布位于丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）残基上；二级结构分析显示，斯氏副柔线虫GP蛋白以α-螺旋和无规则卷曲为主，与三级结构预测结果一致；抗原表位预测表明，GP蛋白可能有6个B细胞抗原表位和8个T细胞抗原表位，有望用作免疫诊断抗原和疫苗候选抗原。本研究成功克隆了斯氏副柔线虫GP基因，同时进行了系统的生物信息学分析和抗原表位预测，为斯氏副柔线虫病iELISA诊断方法的建立和DNA疫苗的研究提供理论依据。  相似文献   

奶牛妊娠相关糖蛋白2的表达及结构功能预测分析     

杨亚军  何金科  白天鸽  宋胜男  杨宁宁  陈创夫  王震 《中国畜牧兽医》2020,47(10):3039-3048

为了获得高效表达纯化并且抗原性较好的牛妊娠相关糖蛋白2（bovine pregnancy-associated glycoprotein 2，BoPAG2），对该蛋白的结构与功能进行生物信息学预测分析。通过PCR扩增荷斯坦奶牛BoPAG2基因，并将该基因连接至表达载体pET-28a，转化至大肠杆菌（BL21）中诱导表达并纯化，通过SDS-PAGE和Western blotting验证与检测该蛋白的大小和免疫学特性，通过生物信息学对BoPAG2蛋白的糖基化修饰、B细胞抗原表位、亲水性、信号肽，蛋白二级结构和3D模型、保守结构域以及蛋白互作进行预测分析。结果表明，本研究成功克隆出BoPAG2基因，通过诱导表达并纯化相应蛋白，通过SDS-PAGE和Western blotting验证BoPAG2蛋白的大小与预期结果相符，通过生物信息学预测分析结果显示，BoPAG2蛋白有5个位点发生糖基化修饰，分别为Asp⁵¹、Asp⁷¹、Asp¹¹⁴、Asp²⁵²和Asp³⁴³，该蛋白含有15个B细胞抗原表位，在N端含有15个氨基酸组成的信号肽序列，二级结构主要以无规则卷曲和延伸链为主，并且成功建立了BoPAG2蛋白的3D模型，该蛋白含有4个超家族结构域，蛋白互作分析结果显示，与BoPAG2互作的蛋白有7个，该蛋白可能参与了消化和吸收，以及母体在妊娠期的调节功能等过程。综上所述，本试验成功表达并纯化获得了BoPAG2蛋白。通过对BoPAG2蛋白的结构及功能进行生物信息学预测分析，为BoPAG2蛋白抗体的制备以及功能的研究提供了理论基础。  相似文献   

猪PFKL基因克隆及生物信息学分析     

葛晨玲  李珣  王晓晔  梁莹莹  陈志英  杜倩  唐胤晟  黄明光  胡传活 《中国畜牧兽医》2020,47(2):315-325

试验旨在探究猪精液6-磷酸果糖激酶（6-phosphofructokinase,PFKL）基因的理化性质和结构特点,以期阐明糖酵解在精子发生过程中的生理作用及调控机制。通过RT-PCR技术扩增PFKL基因,将获得的基因片段插入到pUC57载体上进行克隆测序,并结合生物信息学方法预测和分析其氨基酸序列、跨膜结构、修饰位点、二级结构、三级结构、抗原位点、功能注释等。结果表明,PFKL基因全长2 349 bp,编码782个氨基酸,蛋白质分子质量为83.819 ku,等电点为6.96,为酸性蛋白质,分子式为C₃₆₇₄H₅₈₉₇N₁₀₅₁O₁₁₀₉S₄₀。猪源PFKL基因与鼠、鸭、羊、牛、猩猩、人的参考序列同源性均高达80.0%以上。该蛋白不存在跨膜结构和信号肽区域,含有2个N-糖基化修饰位点、14个O-糖基化位点、35个磷酸化位点。PFKL蛋白三维建模结构主要由无规则卷曲和α-螺旋构成,与肌肉型磷酸果糖激酶和血小板型磷酸果糖激酶的同源性分别为68.24%和70.84%。PFKL基因含有的27个抗原位点强弱不同,柔韧性分布较均匀,有较高的表面可塑性,且存在PKC、PKA特异性蛋白激酶的结合位点,为具有较多潜在B细胞抗原表位的亲水性蛋白。GO功能注释分析结果表明,PFKL基因具有碳水化合物激酶活性、磷酸果糖激酶活性,能够参与己糖代谢和单糖代谢。本研究结果为改善精子品质和提高精卵结合发生率奠定了分子生物学基础。  相似文献   

Expression and Structure Function Prediction of Bovine Pregnancy-associated Glycoprotein 2     

YANG Yajun  HE Jinke  BAI Tiange  SONG Shengnan  YANG Ningning  CHEN Chuangfu  WANG Zhen 《中国畜牧兽医》2007,47(10):3039-3048

In order to obtain bovine pregnancy-associated glycoprotein 2 (BoPAG2) with high expression and purification and good antigenicity,the structure and function of the protein were analyzed by bioinformatics prediction.The BoPAG2 gene of Holstein dairy cow was amplified by PCR,and the gene was ligated into the expression vector pET-28a,transformed into E.coli (BL21) to induce expression and purification.SDS-PAGE and Western blotting were used to verify and detect the size and immunological characteristics of the protein.The glycosylation modification,B-cell epitope,hydrophilicity,signal peptide,secondary structure and 3D model,conservative domain and protein interaction of BoPAG2 protein were predicted and analyzed by bioinformatics.The results showed that the BoPAG2 gene was successfully cloned,and the corresponding protein was expressed and purified by induction.The size of the BoPAG2 protein was consistent with the expected results by SDS-PAGE and Western blotting.The results of bioinformatics prediction analysis showed that five sites of BoPAG2 protein occurred glycosylation modification,Asp⁵¹,Asp⁷¹,Asp¹¹⁴,Asp²⁵² and Asp³⁴³,respectively.The protein contained 15 B-cell epitopes and a signal peptide sequence consisting of 15 amino acids in the N terminal.The 3D model of the BoPAG2 protein was successfully established.The protein contained 4 superfamily domains.The results of protein interaction analysis showed that there were 7 proteins that interact with BoPAG2.The protein might be involved in digestion and absorption.Other processes in the maternal regulatory function during pregnancy.In summary,the BoPAG2 protein was successfully expressed and purified in this experiment.The bioinformatics prediction analysis of the structure and function of BoPAG2 protein provided a theoretical basis for the preparation and function research of BoPAG2 protein antibody.  相似文献   

豫南地区猪伪狂犬病病毒流行株的主要毒力基因遗传变异分析     

曲哲会  张喜文  赵瑜  郑全芳  连慧香  赵云焕  郭晓秋 《中国畜牧兽医》2021,48(8):3019-3029

为掌握豫南地区猪群中流行的伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）分子遗传特征,本研究利用PCR方法从PRV感染猪的组织中扩增其主要毒力基因gB、gE、gC、gD和TK,并进行核苷酸序列测定。利用MegAlign软件进行流行毒株的主要毒力基因与已发表的参考序列的相似性、进化树和关键位点氨基酸变异分析。测序结果表明,本研究成功从5份PRV感染猪组织中扩增出PRV的gB、gE、gC、gD和TK基因。氨基酸相似性和进化树分析结果表明,豫南地区的5株PRV流行株与国内流行毒株在G1群,与G1群国内流行毒株的gB、gE、gC和gD氨基酸相似性分别为98.5%~100%、97.2%~100%、97.5%~100%和98.3%~100%;与G2群亲缘关系较远（以Bartha、Becker、NiA3株为代表的欧美地区流行毒株）,与G2群内毒株的gB、gE、gC和gD氨基酸相似性分别为96.4%~97.4%、94.6%~95.7%、92.7%~94.0%和96.3%~99.0%。关键氨基酸变异分析结果表明,与Bartha株（或Becker和NiA3株等）相比,5株流行毒株的gB氨基酸存在75-77位"PGL"的缺失,94位"G"的插入;gE氨基酸存在48和496位有"D"的插入,gC氨基酸存在57-63位"VSGTTGA"的插入和65-69位"SPEAG"突变为"ASTPA",gD氨基酸存在278-281位"RP"或"RPRP"的插入。此外,流行株的gB、gE、gC、gD和TK氨基酸序列存在多个单位点的氨基酸突变。因此,豫南地区PRV流行株具有PRV变异毒株的分子遗传特征。上述结果证实,5株PRV流行毒株均为变异毒株,与疫苗毒株Bartha-K61株亲缘关系较远。  相似文献   

陇东肉牛PON1基因结构与功能的生物信息学分析     

张娟  母童  赵平  冯小芳  吴建平  顾亚玲 《中国畜牧兽医》2018,45(7):1750-1758

为阐明陇东肉牛对氧磷酶1（paraoxonase 1,PON1）基因的结构与功能,本研究运用PCR扩增陇东肉牛PON1基因所有外显子序列并测序,通过Seqman软件完成序列拼接,结合生物信息学方法预测和分析其碱基组成、开放阅读框及编码蛋白的理化性质、原子组成、氨基酸残基数、亲水性和疏水性、分子质量、等电点、二级结构、高级结构等。结果显示,陇东肉牛PON1基因CDS区序列全长1 068 bp,编码355个氨基酸残基,其中数目最多的为亮氨酸（Leu）,数目最少的为半胱氨酸和色氨酸（Cys和Trp）。碱基组成中A+T含量（56.55%）高于G+C含量（43.26%）。与GenBank中牛PON1基因序列（登录号：EU289337）比对分析发现,在PON1基因外显子4、6、8、9中存在突变,但均未导致氨基酸发生变化,为同义突变。PON1蛋白的原子组成是C₁₈₁₀H₂₇₉₆N₄₅₄O₅₃₃S₁₂,分子质量为39.83 ku,理论等电点为5.24,为稳定的水溶性蛋白质。PON1蛋白二级结构中无规则卷曲、延展链、α-螺旋和β-转角分别由159、116、55和25个氨基酸构成,最终形成了以无规则卷曲和延展链为主的混合型。PON1蛋白的疏水性结果表明,第8位苏氨酸（Thr）疏水性最强（最高分值2.878）,第299位脯氨酸（Pro）亲水性最强（最低分值-2.222）。本试验结果为深入研究陇东肉牛PON1蛋白功能及探讨PON1基因突变对甘肃地方肉牛胴体、肉质性状的影响奠定基础。  相似文献   

沙葱萤叶甲GdHsp70-2,GdHsp70-3的克隆鉴定与表达谱分析     

张宏玲  任浩  田羽  单艳敏  王莹  李玲  李艳艳  庞保平  谭瑶 《草地学报》2023,31(1):61-72

为明确沙葱萤叶甲Galeruca daurica热激蛋白70 (Heat shock protein 70,Hsp70)基因的序列结构及其系统进化关系,本研究通过PCR技术克隆沙葱萤叶甲Hsp70基因cDNA全长序列与基因组序列,并进行生物信息学与表达谱分析。结果显示,克隆获得了沙葱萤叶甲2条Hsp70基因GdHsp70-2(GenBank登录号：MZ853083)和GdHsp70-3(Genbank登录号：OK585088),基因全长分别为2 410 bp和2 242 bp,各自编码657和646个氨基酸,均含有3个保守的HSP70家族特征序列,预测蛋白三维结构均由N-端ATPase功能域和C-端底物结合功能域所组成;系统发育分析表明GdHSP70-2,GdHSP70-3分别与松墨天牛(Monochamus alternatus)MaltHSC70-1、玉米根萤叶甲(Diabrotica virgifera virgifera) DvirHSP70-2的亲缘关系最近;基因组DNA克隆获得GdHsp70-2的两段内含子序列,GdHsp70-3则不含有内含子;表达谱分析结果表明GdHsp...  相似文献   

羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因的克隆及生物信息学分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

李宝宝  张振兴  黄海峰  张萌萌  郑义盈  王成强  章泸尹  安琪  杨小健  聂鑫  曹瑞勇  朱姝  王凤阳  杜丽 《中国畜牧兽医》2019,46(1):28-36

试验旨在克隆羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因，并对其序列进行生物信息学分析。根据GenBank中多杀性巴氏杆菌HN07株ompW基因序列（登录号：CP007040.1），使用DNAMAN 5.0软件设计1对引物，选取高保真酶PrimeSTAR Max DNA Polymerase进行PCR反应获取目的基因片段，并对ompW基因的核苷酸序列及预测的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明，PCR扩增产物约为615 bp，编码204个氨基酸。核苷酸同源性比对分析显示，羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因与猪源、牛源、禽源多杀性巴氏杆菌同源性较高，而与兔源同源性较低。系统进化树结果发现，羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因与猪源多杀性巴氏杆菌ompW基因亲缘关系最近。经生物信息学分析发现，ompW蛋白分子式为C₁₀₀₇H₁₅₆₇N₂₅₇O₂₈₃S₃，分子质量为21.90 ku，理论等电点（pI）为9.16，属碱性蛋白质，疏水指数为96.57，总平均疏水性（GRAVY）为0.173（> 0），属于疏水类蛋白；前21位氨基酸为信号肽，第5－27位氨基酸区域存在1个跨膜区，存在N-糖基化位点及磷酸化位点，不存在O-糖基化位点，具有多个B细胞、CTL细胞及Th细胞抗原表位；二级结构的α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别占17.65%、35.29%、3.92%和43.14%；三级结构是呈β-桶状的单聚体，隶属于外膜蛋白家族成员之一。本研究结果为进一步阐明羊源多杀性巴氏杆菌侵染宿主过程中自身的抗宿主免疫胁迫机制及疫苗的开发与研制提供了理论依据。  相似文献   

奶水牛固醇携带蛋白2基因克隆、生物信息学分析及其组织表达检测   总被引：1，自引：1，他引：0  

梁莎莎  庞春英  邓廷贤  马小娅  陆杏蓉  段安琴  梁贤威 《中国畜牧兽医》2018,45(9):2358-2367

本研究旨在对水牛固醇携带蛋白2（sterol carrier protein 2,SCP2）基因进行克隆及生物信息学分析,并检测其在水牛不同组织中的表达。以黄牛SCP2基因（登录号：NM_001033990.3）为种子序列成功克隆了水牛SCP2基因完整CDS区,该序列长1 632 bp,可编码543个氨基酸;其与黄牛、绵羊、山羊、白鲸、人、家犬和家猫的同源性分别为95.9%、93.4%、92.4%、89.4%、88.3%、86.3%和86.9%,说明SCP2基因CDS区在不同物种间具有较高的保守性。聚类分析则表明水牛与黄牛的分子进化关系最近;氨基酸序列分析表明,SCP2蛋白的分子式为C₂₆₀₂H₄₁₃₁N₇₀₉O₇₇₄S₂₉₈,分子质量为58.66 ku,理论等电点（pI）为8.59,不稳定系数为27.94,平均亲水性为-0.215,属于碱性、稳定、亲水蛋白质;二级结构分析表明水牛SCP2蛋白由α-螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,其中α-螺旋占35.54%,无规则卷曲占48.99%,延伸链占15.47%,与三级结构预测结果一致;亚细胞定位分析表明,水牛SCP2蛋白分布在细胞质（43.5%）、过氧化物酶体（21.7%）、线粒体（17.4%）、细胞核（13.0%）和细胞骨架（4.4%）;跨膜结构和信号肽预测分析表明,水牛SCP2蛋白不含跨膜结构和信号肽;磷酸化位点分析发现,水牛SCP2蛋白有13个Ser、3个Thr和2个Tyr可能成为蛋白激酶磷酸化位点;蛋白质结合位点预测结果显示,水牛SCP2蛋白含有12个蛋白质结合位点和1个多核苷酸结合位点;实时荧光定量PCR结果表明,水牛SCP2基因在肝脏中表达量最高,其他组织中表达量从高到低依次为乳腺、淋巴、肾脏、大肠、胃、肺脏、脾脏、卵巢、垂体、大脑和心脏。本试验为今后进一步探讨SCP2基因的功能奠定了基础。  相似文献   

草原红牛肝配蛋白A5基因克隆及其在不同组织中的表达研究     

薛佳佳  秦立红  曹阳  高一  刘理想  李旭  肖成  王晶  张国梁 《中国畜牧兽医》2021,48(6):1967-1975

研究旨在克隆中国草原红牛肝配蛋白A5（ephrin A5，EFNA5）基因，并对其进行生物信息学分析，检测EFNA5基因在中国草原红牛不同组织中表达的差异。以中国草原红牛为研究对象，根据GenBank公布的牛EFNA5基因序列（登录号：NM_001076432.1）设计引物，PCR扩增获得EFNA5基因的完整编码区（CDS）序列后进行测序验证，利用分析软件进行序列相似性比对并构建系统进化树；分析对应的氨基酸序列蛋白理化特性并预测蛋白亚细胞定位、蛋白亲/疏水性和磷酸化位点；预测蛋白二级结构并构建蛋白三级结构模型；以实时荧光定量PCR法检测EFNA5基因在中国草原红牛各组织中的相对表达量。结果显示：中国草原红牛EFNA5基因与普通牛和美洲野牛相似性最高，分别为100%和99.8%，与羊、人的相似性分别为95.6%、97.2%，与海豚、鸡、马、猕猴、小鼠和猪的相似性较低，分别为83.6%、85.8%、84.5%、84.9%、84.1%、82.8%；EFNA5基因CDS大小为687 bp，编码228个氨基酸，EFNA5基因编码蛋白的分子式为C₁₁₈₃H₁₇₉₁N₃₁₅O₃₃₉S₁₃，总原子数为3 641，分子质量为26.266 ku，理论等电点为5.97，不稳定系数为49.66，总平均亲水性为-0.313。磷酸化位点预测分析发现，EFNA5蛋白共有27个磷酸化位点；亚细胞定位结果表明，EFNA5蛋白主要位于细胞质（26.1%）、分泌系统囊泡（27.1%）、细胞核（13.0%）、线粒体（13.0%）、质膜（8.7%）、内质网（4.3%）、高尔基体（4.3%）、细胞骨架（4.3%）及液泡（4.3%）中；二级结构主要由α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲组成，分别占18.9%、30.2%、26.4%和24.5%，与三级结构预测结果相符；EFNA5基因在中国草原红牛不同组织的相对表达量差异较大，在肾脏和胃组织中表达量较高，在肺脏组织中表达量最少。本研究结果可为进一步筛选草原红牛肉质候选基因提供参考。  相似文献