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1.
DNA条形码技术是利用DNA保守片段对物种进行快速准确鉴定的新兴技术。本研究根据GenBank中禾本科牧草matK和rbcL基因的核苷酸序列,设计4对通用引物,建立并优化了针对禾本科7个主要牧草属8种牧草11个样品[高丹草(Sorghum bicolor×S.sudanense)、玉米(Zea mays)、针茅(Stipa capillata)、"贝克"多年生黑麦草(Lolium perenne‘Plxie)、"凯帝莎"多年生黑麦草(L.perenne‘Caddieshack’)、甘肃羊茅(Festuca kansuensis)、"百琪"紫羊茅(F.rubra‘Bargena’)、"梦神"紫羊茅(F.rubra‘Maxima’)、"百胜"草地早熟禾(Poa pratensis‘Barvictor’)、"钻石"草地早熟禾(P.pratensis‘Diamond’)和芨芨草(Achnatherum splendens)]的目的片段的扩增条件。对扩增产物进行测序和分析,经分别比对,筛选出8种牧草的4个标记位点5’端和3’端保守序列。对各标记位点保守区内的核苷酸进行单核苷酸多态性(SNPs)的单倍型分析。结果表明,matK1、matK2、matK3分别有6个单倍型(H1~A、H1~B、H1~C、H1~D、H1~E和H1~F)、7个单倍型(H2~A、H2~B、H2~C、H2~D、H2~E、H2~F和H2~G)和3个单倍型(H3~A、H3~B和H3~C),rbcL基因有5个单倍型(H4~A、H4~B、H4~C、H4~D和H4~E)。根据matK(matK1、matK2、matK3)和rbcL基因筛选的4个标记位点为8种牧草建立了相对应的特异DNA识别码。本研究可为混合禾本科牧草饲料中的高粱属、玉蜀黍属、芨芨草属、针茅属、黑麦草属、羊茅属和早熟禾属的8种牧草准确识别提供分子水平上的科学依据。 相似文献
2.
本试验利用新杨州鸡L、I品系,研究了鸡卵球蛋白G_2、G_3两位点在生产性能方面存在交互效应的可能性。结果表明:G_2、G_3两位点对300日龄产蛋量有显著的交互影响,基因G_2~D和基因G_3~A、G_3~B间存在正互作,基因G_2~C和基因G_3~A、G_3~B间存在负互作。G_2和G_3两位点对体重和蛋重无显著的交互影响。 相似文献
3.
固原鸡是宁夏唯一的地方鸡品种资源,具有肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富等遗传特性。该试验采用PCR和直接测序的方法测定固原鸡(白羽、麻羽、红羽)线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,结果表明固原鸡3个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1230bp、1231bp或1232bp。分析种内的遗传变异,3个类群固原鸡共发现6个变异位点,其中4个转换,2个缺失/插入,没有观测到颠换;A、T碱基含量占59.9%~60.0%,G、C碱基含量占40.0%;固原鸡与其它8种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明固原鸡不同类群与红色原鸡亲缘关系最近。 相似文献
4.
采用BSA?SSR技术对高丹草低氢氰酸含量性状DNA目的片段进行了筛选和鉴定。结果表明,利用筛选出的9对SSR适宜引物PCR扩增找到了与高丹草低氰酸性状相关的SSR目的片段26个,经对PCR产物回收、部分纯化及测序分析,得到了这些低氰DNA片段的碱基序列。经与BLASTn数据库序列比对发现,有2个低氰目的片段TF8和TF16分别与高粱叶绿体磷酸核糖激酶XM_021458168.1和高粱克隆BAC 88M4 AY661656.1基因同源性高达95.4%和97.0%,其片段大小分别为101和586 bp。但在DNA碱基上有一定变异,TF8片段发生了3次碱基替换和1次插入,导致丙氨酸和甘氨酸替换成半胱氨酸,苏氨酸替换成丙氨酸,甘氨酸缺失;TF16片段缺失了1个碱基A,导致丙氨酸缺失。据此推测TF8和TF16这2个低氰目的片段具有调控低氢氰酸含量性状的作用。该研究结果为深入开展高丹草低氢氰酸含量性状主效QTL精细定位及标记辅助育种等研究奠定了基础。 相似文献
5.
线粒体DNA指纹是指线粒体DNA控制区内的高变异区碱基突变导致的多态、重复序列数目的变异导致的异质型多态和分子长度多态。试验根据牛线粒体DNA非编码区D-loop环全长序列和编码区细胞色素B(Cyt B)基因部分序列,研究在日本黑牛和延边黄牛、鲁西黄牛群体中碱基由于发生倒换、颠换、插入、缺失形成的DNA多态性。结合生物信息学方法分析,发现在15头日本黑牛群体中489号个体D-loop全序列存在44处特异性位点,日本黑牛489号和120号Cyt B部分序列存在4处特异性位点。构建分子进化树结果表明:日本黑牛和延边黄牛存在较近的亲缘关系;日本黑牛489号、120号个体与鲁西黄牛中D-loop单倍型H18、H19、H21有较近的亲缘关系,120号Cyt B的单倍型又与鲁西黄牛共享1个单倍型Hap4,120号与鲁西黄牛存在更近的亲缘关系。 相似文献
6.
鸭mtDNA控制区遗传变异与进化研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用DNA测序技术测定了我国6个家鸭品种31个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示：A、T、C、G碱基的平均含量分别为0．313、0．201、0．355和0．130;检测到6个变异位点,约占分析位点总数的1．80％;检测到两种变异类型：颠换和转换,没有插入缺失类型;确定了9种单倍型,其中单倍型A1为本研究中6个地方鸭种的共享单倍型;本研究系统发育树结果支持我国家鸭起源于绿头野鸭（Anas platyryhynchos）和斑嘴鸭（Anas peocilorhycha）的“二元论”, 相似文献
7.
对欧拉型藏绵羊生长激素释放激素受体(GHRHR)基因部分片段进行PCR扩增和克隆测序(GenBank Accession No:EU289218),利用BioEdit7.0.9.0、DnaSP 4.10.9和MEGA4.0等生物信息学软件对该部分序列与GenBank中普通牛、瘤牛、水牛相应序列进行比对分析,并对58只欧拉型藏绵羊该基因片段进行SmaI-RFLP研究。结果表明:欧拉型藏绵羊与普通牛、瘤牛、水牛3个物种基因序列间同源性大小依次为92.5%、92.0%、91.5%;4个物种间共发现41处序列间碱基差异(9.65/100 bp),其中藏绵羊与普通牛、瘤牛、水牛3个牛亚科物种均存在差异碱基29处。碱基变异类型主要表现为碱基转换和颠换,少数为碱基插入和缺失。推导的部分氨基酸序列间同源性大小依次为88.8%、88.8%、94.4%。58只欧拉型藏绵羊该基因片段SmaI-RFLP分析均为单态,表现为AA基因型。 相似文献
8.
SNP（single nucleotide polymorphism，SNP），即单核苷酸多态性，主要是指由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换．以及单碱基的插入／缺失等。在SNP之前有过两代遗传标记：①限制性片段长度多态（restriction fragment length polymerphisms，RFLP），为20世纪70年代中后期建立起来的标记系统，在整个基因组中确定的位点可达100，000以上；②微卫星多态（microsatellite polymorphisms）， 相似文献
9.
四川黄牛品种线粒体DNA 遗传多样性研究 总被引：10，自引：5，他引：10
测定了四川黄牛5个品种的线粒体细胞色素b部分片段（420bp）42个个体以及28个个体线粒体DNA控制区（D-loop）的全序列，结合已报道的中国8个黄牛品种22个个体的线粒体DNA控制区（D-loop）全序列，分析结果表明：四川黄牛的部分Cytb基因片段有5个变异位点，7种单倍型可分为以2个单倍型为主的2大类型；线粒体DNA控制区检测到64个变异位点，28种单倍型，单倍型H1～H23为普通黄牛类型，单倍型H24～H28为瘤牛类型的单倍型。在四川黄牛中，67．86％为普通牛类型，32．14％为瘤牛类型。研究结果表明四川黄牛主要有2类母系来源。 相似文献
10.
我们依据牛Y染色体特异性DNA探针ES8的第1—20bp和541—560bp的碱基顺序,合成一对引物,用PCR方法扩增公牛和母牛染色体DNA,在扩增公牛DNA时发现四种前所未知的DNA片段,即使扩增的雄性DNA量为10~(-6)μg时,也可得到这些片段。用双脱氧末端终止法分析这些DNA片段的碱基顺序时,发现没有一个片段能与ES8完全配对,而只能与ES8部分配对。四个片段与ESg序列的一致率分别为:92bp片段(I0—1)为65％;142bp片段(I0—2)为51%;170bp片段(I0—3)为57％;224bp片段(I0—4)为84％。与公牛和母牛DNA杂交结果证明这些片段的雄性特异性,结果表明,本研究得到的这四种DNA片段可用作牛雄性特异性DNA片段。 相似文献
11.
梨叶绿体DNA结构高度保守,利用其非编码区的高变区域accD-psaI,从母系遗传的角度评价梨主要栽培品种的遗传多样性和亲缘关系,为梨育种计划亲本的选择提供参考。结果显示,42个梨品种的叶绿体高变区域accD-psaI的扩增片段长度为653-932bp,其中简约信息性突变位点3个,占片段总长的0.32%,插入/缺失片段（INDEL）为6个,总长280bp,占片段总长的30.04%。42份材料共检测到6个单倍型,单倍型多样性Hd为0.78,不同梨系统Hd的变化范围在0.29-0.80之间,秋子梨和西洋梨栽培品种的Hd最低,为0.29,种间杂交新品种的的Hd最高,为0.80。白梨、秋子梨、砂梨、新疆梨、西洋梨和种间杂交品种的单倍型个数分别为3、2、2、3、2和3。中介网络图显示,单倍型H1和H3,H5和H6的亲缘关系近。研究结果为育种计划亲本的选配提供参考依据。 相似文献
12.
3种冠环线虫rDNA-ITS的PCR扩增及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本试验利用PCR扩增3种冠环线虫5个样品的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S片段,将PCR扩增产物纯化后直接进行序列测定和分析。序列比对和分析结果显示,所测样品ITS1-5.8S-ITS2的长度范围为748~843 bp,总变异位点(包括gaps)119个,简约信息位点18个;其中ITS1和ITS2的长度范围分别为367~370 bp和228~320 bp,变异位点分别为14个和105个,简约信息位点均为9个。所有测试样品的5.8S片段完全相同,长度为153 bp。5条序列ITS1区的G+C含量(48.0%~48.5%)明显高于ITS2区(37.7%~40.3%)。通过序列两两比对,3种冠环线虫ITS1和ITS2的种间差异性分别为1.9%~3.5%和5.6%~31.8%;而种内差异性分别为0~0.5%和0~0.9%。并且所测序列与GenBank中已知序列的同源性为99.07%~99.41%。本研究认为,ITS序列可以作为冠环线虫种类鉴定的分子标记。 相似文献
13.
本文以3头南阳牛线粒体DNA D-loop区910bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现，3头南阳牛D－loop区的核苷酸序列有3种单倍型。南阳牛1、2和3号D－loop区的平均核苷酸变异率分别为0.44%、4.84%和0.44%，其高变区的平均核苷酸变异率分别为0.81%、7.57%和0.00％。南阳牛1号的核苷酸变异类型只有转换一种式，南阳牛2号的核苷酸变异类型有转换、颠换、插入和缺失四种形式，南阳牛3号的核苷酸变异类型有转换和插入两种形式。在3头牛的核苷酸变异类型中，均以转换最常。说明南阳牛mtDNA D-loop区表现出丰富的核苷酸变异多态性。从线粒体D－loop区核苷酸序列的3种单倍型分析，提出南阳牛可能有两种不同的母系起源。 相似文献
14.
马立克氏病病毒 (MDV) GA强毒株的 Bam H - L 片段 DNA全长为 2 892 bp,G C比率为 5 5 .91%。用内切酶将其亚克隆为 6个片段 :Bam H - Pst 、Pst - Pst 、Pst - Cla 、Cla - Sm a 、Sm a - Sma 和 Sm a - Bam H 。用地高辛标记 L 片段 DNA或者分别标记其 6个亚片段核酸 ,通过斑点杂交试验都可将 MDV血清 1型毒株与 2型和 3型的毒株区分开来 ,应用 PCR方法可获得相同结果。但 PCR方法更敏感、更快捷。结果表明 ,MDV GA强毒株的Bam H - L片段 DNA对 MDV血清 1型毒株是特异的 相似文献
15.
利用线粒体D-loop区分析家鸭品种遗传多态性与系统进化 总被引：17，自引：2，他引：17
通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究我国家鸭的遗传多态性与系统进化。利用DNA测序技术测定了我国9个家鸭品种106个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、C、T、G碱基的平均含量分别为25.6%、33.3%、15.2%和25.9%。检测到34个变异位点,约占分析位点总数的5.1%,有转换、颠换、插入/缺失4种类型的变异。确定了31种单倍型,其中单倍型A7为家鸭的主体单倍型,品种之间有9种共享单倍型。9个家鸭品种单倍型多样度(Hd)平均为0.798,核苷酸多样度(Pi)平均为0.28%,单倍型多样度在荆江麻鸭中最高,其次是攸县麻鸭和恩施麻鸭,在文登黑鸭中最低。9个品种家鸭之间双参数距离范围为0.001 3~0.004 4。31个家鸭单倍型序列的系统发生分析表明,9个家鸭品种只有1个母系起源,没有发现东亚斑嘴鸭对9个家鸭品种起源有贡献的证据。 相似文献
16.
贵州省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解2007年4月至2008年7月贵州省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分子流行病学特征,在此期间基于PRRSV的Nsp2基因在全省33个发病猪场展开调查。结果表明,有3种不同Nsp2基因缺失类型毒株在贵州省流行。参考PRRSV经典毒株相应序列,根据Nsp2基因缺失的不同情况将PRRSV贵州省流行毒株分为3种类型,类型Ⅰ(3/33)缺失177个碱基,类型Ⅱ(29/33)缺失90个碱基,类型Ⅲ(1/33)缺失93个碱基。类型Ⅱ毒株与近年来国内广泛流行的高致病性PRRSV缺失情况一致,类型Ⅰ和Ⅲ是2种新发现的缺失型毒株,但其系统发生地位与高致病性PRRSV接近。 相似文献
17.
采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。 相似文献
18.
根据GenBank中3条羊亚科动物线粒体DNA全序列设计并合成1对引物,成功扩增了新疆天山亚种野生盘羊线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全长序列片段,并进行序列分析。结果显示,1号和2号盘羊mtDNA D-loop序列全长分别为1 070,1 169 bp;在检测的2个个体上共发现73个突变位点,其中有7个插入,50个转换,11个颠换,5个缺失,表明碱基的替换有明显偏倚;1号和2号新疆天山亚种野生盘羊mtDNA D-loop区核苷酸突变位点分别为35个和38个,核苷酸变异率分别为3.27%和3.25%。这一结果表明,新疆天山亚种野生盘羊群体线粒体D-loop区存在着丰富的多态性,同时进一步说明了我国新疆野生盘羊遗传资源比较丰富。 相似文献
19.
为探究不同混播模式对牧草产量和营养价值的影响,本试验通过设置11种混播模式,即4个豆科牧草混播模式[杂花苜蓿(Medicago varia)+红豆草(Onobrychis viciaefolia)+百脉根(Lotus corniculatus)混播比例为1∶1∶1,1∶1∶2,1∶2∶1,2∶1∶1(Z1H1B1,Z1H1B2,Z1H2B1,Z2H1B1)],4个禾本科牧草混播模式[披碱草(Elymus dahuricus)+无芒雀麦(Bromus inermis)+扁穗冰草(Agropyron cristatum)混播比例为：1∶1∶1,1∶1∶2,1∶2∶1,2∶1∶1(W1P1B1,W1P1B2,W1P2B1,W2P1B1)]和3个豆科禾本科牧草混播混播模式[杂花苜蓿+红豆草+百脉根+披碱草+无芒雀麦+扁穗冰草豆禾比为1∶3,1∶1,3∶1(L25G75,L50G50,L75G25)],分析研究不同混播模式对牧草产量和营养价值的影响。结果表明：6种牧草混播模式下各牧草株高、密度、干物质产量均显著低于3种豆科牧草混播模式和3种禾本科牧草混播模式(P<0.05),且牧草粗蛋白含... 相似文献
20.
测定了4个地方品种、7个培育品系和10个引进品种共124只家兔的线粒体ATPase6,8基因801bp序列。结果表明:124只家兔ATPase6,8基因的A、G、T、C4种碱基的含量分别为30.46%、10.74%、29.34%和29.46%,A+T含量(59.8%)明显高于G+C(40.2%);发现了9个变异位点,其中转换7个,颠换2个,没有发现缺失或插入,变异多发生在密码子的第3位,核苷酸多样度为0.0004,说明家兔线粒体DNA遗传差异较小;确定了5种单倍型,单倍型多样度为0.121,单倍型H5为所有品种的共享单倍型,大多数个体属此单倍型,这可能与家兔的连续定向选育有关,用邻接法构建的家兔分子系统发育树表明我国家兔起源于2个母系。 相似文献