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1.
非致细胞病变(NCP)牛病毒性腹泻病毒(BVDV)可引起持续的潜伏感染和免疫抑制,但是具体的感染机制尚不清楚。采用RNA测序(RNA-seq)技术,以NCP BVDV感染牛单核细胞2h和24h的细胞为样本分别提取总RNA,并采用HiSeqTM2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。结果显示,在感染2h后,筛选出差异表达基因9959个,其中4968基因表达上调;在感染24h后,筛选出差异表达基因7977个,其中4184的基因表达上调;进一步分析NF-κB信号通路的变化,结果显示,在感染后2h,与免疫反应或抗病毒活性相关的基因表达显著增加,到感染24h表达水平显著下降。变化显著的基因均与炎症、免疫、自噬和凋亡密切相关。研究建立的牛外周血单核细胞感染BVDV后差异表达基因数据库,丰富了BVDV与宿主之间的相互关系,为BVDV持续感染机制的研究奠定基础。 相似文献
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本研究试图寻找参与布鲁菌胞内感染相关的宿主相关基因,为从感染宿主角度阐述布鲁菌的致病机制奠定基础.布鲁菌感染小鼠巨噬细胞后,利用数字基因表达谱技术筛选小鼠巨噬细胞感染布鲁菌16M株的差异表达基因,并利用荧光定量PCR对差异表达基因进行验证.差异表达基因经GO Term、KEGG分析,识别感染后显著富集的信号通路.在感染后4h,筛选出差异表达基因3 576个,其中58％的基因表现上调.并且NOD凋亡信号通路、溶酶体信号通路、NOD受体信号通路、FcγR-介导的吞噬通路、p53信号通路、内质网蛋白处理相关通路被显著富集.利用数字基因表达谱技术成功分析巨噬细胞感染布鲁菌后转录组学变化,为布鲁菌致病机制的逐步阐述奠定基础. 相似文献
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为深入研究牛场中普遍存在的持续性感染,探讨不同生物型牛病毒性腹泻病毒（bovine viral diarrhea virus,BVDV）转化的分子机制,本试验将致细胞病变型BVDV （CP型BVDV）和非致细胞病变型BVDV （NCP型BVDV）感染MDBK细胞,观察细胞变化,感染后12~72 h期间每间隔12 h收集1次细胞,同时对24、48 h收集的细胞进行转录组学分析。结果显示,不同生物型BVDV感染宿主细胞24 h后,与感染NCP型BVDV的细胞相比,感染CP型BVDV的MDBK细胞中上调差异表达的基因2 849个,下调差异表达的基因3 347个,48 h后,上调差异表达的基因2 933个,下调差异表达的基因2 831个。对差异基因的GO功能分析结果表明,差异基因参与的分子功能主要有催化活性、结合活性、酶调节活性、分子转导活性和蛋白结合转录因子活性等;Pathway显著性富集分析结果显示,差异表达基因主要参与细胞自噬、细胞凋亡、免疫调节因子等相关的信号通路。本试验结果可为进一步揭示病毒致病的分子机制、控制BVDV和研制其候选疫苗奠定基础。 相似文献
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脑心肌炎病毒(EMCV)可感染人和多种动物。为了探索EMCV对N2a细胞转录组的影响,揭示基因表达与致病性之间的关联,本研究用EMCV BD2毒株感染N2a细胞,收集感染后7 h的细胞样本,提取总RNA,使用NimbleGen杂交体系将标记好的ds-cDNA与小鼠基因表达谱芯片杂交,对芯片进行扫描,获得差异表达基因数据;应用生物信息学方法对筛查出的差异表达基因数据进行分析,筛选差异表达的免疫相关基因及信号通路;利用real-time FQ-PCR方法,对微阵列数据结果进行验证。结果表明,EMCV感染N2a细胞后共有21 143个差异表达基因;通路分析表明,差异表达的主要信号通路包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞因子间相互作用、趋化因子信号通路、TCR/RLR信号通路和细胞凋亡通路等;Real-time FQ-PCR检测的10个差异表达基因的变化情况与通过微阵列分析预测的变化一致。 相似文献
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布鲁菌16M感染后宿主免疫相关蛋白质泛素化修饰的差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《畜牧兽医学报》2019,(11)
为探究布鲁菌感染宿主细胞早期泛素化修饰蛋白质组表达变化并筛选出影响免疫应答的关键调控蛋白,通过Label-free和泛素化富集技术以及高分辨率LC-MS/MS联用的定量蛋白质组学研究策略,对布鲁菌16M感染11 h (感染5 h,胞内复制6 h)后的巨噬细胞和未感染布鲁菌16M的巨噬细胞进行了泛素化蛋白质组学定量研究,数据库检索分析了16M感染后的巨噬细胞和未感染的巨噬细胞差异表达的泛素化位点对应的蛋白质,并应用生物信息学方法筛选出16M感染巨噬细胞后可造成宿主免疫抑制的关键蛋白质。结果显示,共鉴定出349个蛋白质上580个泛素化位点。布鲁菌16M感染组相对于未感染组167个蛋白质上259个位点泛素化修饰水平发生上调,212个蛋白质上321个位点泛素化修饰水平发生下调(差异倍数1.5,P0.05);35个泛素化修饰差异表达的蛋白质可能与布鲁菌感染后宿主的免疫应答有关,其中27个泛素化修饰的下调蛋白质(如Bcap31、Btk、Faf1和Akap31等),1个泛素化修饰上调蛋白质Ubqln1可能是布鲁菌感染宿主后造成免疫抑制的关键蛋白。本研究筛选获得了布鲁菌16M感染宿主细胞免疫相关差异表达的泛素化修饰蛋白质,初步揭示布鲁菌能够调控宿主免疫信号通路、自噬和凋亡等免疫应答过程中相关蛋白质的泛素化修饰,为进一步研究布鲁菌感染后调节宿主泛素化修饰进而形成免疫逃逸的分子机制提供理论基础。 相似文献
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为筛选鸭细小病毒(DPV)感染鸭胚成纤维(DEF)细胞后的差异表达基因,本研究利用DPV接种DEF细胞作为试验组,对照组加入相同体积的2%DMEM,培养至72 h后提取2组样品的总RNA,利用RNA-Seq技术筛选出DEF细胞感染DPV后的差异表达基因,并对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG分析。结果显示,差异表达水平变化倍数(fold change,FC)在2倍以上的基因共有4 073个,其中上调表达基因1 904个,下调表达2 169个。GO功能分析显示,这些基因主要涉及到炎症反应、免疫反应、蛋白结合、转运活动等功能。KEGG信号通路分析表明,这些差异表达基因参与细胞因子受体相互作用、新陈代谢、TNF、NF-κB、Jak-STAT、Toll样受体等信号通路。应用荧光定量PCR(Real-time FQ-PCR)验证部分差异表达基因的检测结果显示,差异基因的相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致,表明了RNA-Seq检测结果的可靠性。本研究为进一步研究DPV的致病作用及宿主抗病机制奠定了基础。 相似文献
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《中国家禽》2016,(16)
为探讨鸡NLRC5信号通路相关基因在禽网状内皮组织增生病病毒(REV)刺激后转录水平的变化,通过REV刺激鸡胚成纤维细胞(CEF),在刺激后7天采集细胞,提取总RNA,并设计相关引物,应用荧光定量PCR方法检测NLRC5信号通路相关基因(NLRC5、MHC-I、IL-6、IL-18、STAT1、STAT3、NF-κB)m RNA表达变化规律。结果表明:REV感染后MHC-I、IL-18、STAT1和STAT3的转录水平高于未刺激组,差异显著(P0.05),NLRC5、IL-6和NF-κB转录水平低于未刺激组,差异不显著(P0.05),研究初步证实REV刺激能够引起CEF产生免疫应答反应,且对NLRC5基因及其信号通路产生影响,REV可能通过抑制NLRC5基因表达来抑制机体先天性免疫。 相似文献
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布鲁菌病是由布鲁菌引起的一种人兽共患性传染病,曾被用作生物恐怖战剂。本研究利用深度测序技术对布鲁菌感染小鼠巨噬细胞RAW264．7的转录组学轮廓进行了描述。在感染后4h,筛选出差异表达基因3576个,其中58％的基因表现上调;在感染后24h,筛选出差异表达基因3962个,其中45％的基因表现上调。并且在感染后24h内,变化显著的基因都是与炎症、免疫、吞噬、凋亡紧密相关的。进而我们分析了在感染后24h内显著变化的代谢途径,这些代谢途径包括内质网代谢途径、溶酶体代谢途径、及与凋亡相关的代谢途径;及被显著富集的信号通路,这些信号通路包括凋亡通路、NOD受体信号通路、Fc γR介导的吞噬通路、溶酶体信号通路、p53信号通路、内质网相关蛋白的通路;并且发现B细胞受体和toll样受体信号通路在感染后24h与感染后4h相比被显著富集。本研究建立的巨噬细胞感染布鲁菌后差异表达基因数据库,将为布鲁菌致病机制的逐步阐述奠定基础。 相似文献
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禽腺病毒血清4型(FAdV-4)引起的禽肝炎-心包积液综合征已严重危害我国养禽业的发展,迫切需要深入了解FAdV-4的致病机制并制定有效的防控方案。论文旨在利用高通量测序技术分析禽腺病毒血清4型感染鸡肝癌(Leghorn male hepatocellular, LMH)细胞后差异表达的mRNA,以探究mRNA在FAdV-4感染过程中的作用及其调控机制。结果显示,与对照组相比,FAdV-4感染48 h共筛选到2 604个上调的差异表达基因,2 883个下调的差异表达基因。其中,GNB3、NECTIN4、SFRP4、FABP2、PLPP3、GALR1L和MBL2等基因之前并没有被报道过与FAdV-4感染相关。通过GO和KEGG分析得知,差异表达基因主要富集在从细胞表面位点和信号受体结合至细胞周期调节、MAPK信号通路、细胞黏附分子作用等;其中,显著下调的差异基因还富集到多种代谢途径中,提示病毒感染会影响宿主细胞的代谢水平。本研究为深入解析FAdV-4感染宿主细胞的致病机制提供了相关的理论基础及科学依据。 相似文献
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为研究猪A型塞内卡病毒(SVA)感染猪肾细胞(PK-15)后对于PK-15 lncRNA表达谱的影响,本研究进行了高通量测序以检测SVA感染诱导PK-15产生的差异表达lncRNA。结果显示,在SVA感染后24 h,共诱导1043个lncRNA差异表达,其中已知的lncRNA 420个,未知的lncRNA 623个。GO富集和KEGG通路分析显示,lncRNA靶基因富集于p53信号通路、RIG-I样受体信号通路、MAPK信号通路、IgA生成的肠道免疫网络通路等。根据高通量测序结果选择了8个差异表达的lncRNA采用荧光定量PCR验证,验证结果与高通量测序结果一致。本研究初步表明lncRNA参与了SVA对PK-15细胞的感染过程,为SVA的分子机制研究提供了新的方向。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2016,(2)
为筛选禽致病性大肠杆菌(APEC)感染雏鸡后其小肠损伤的差异表达基因,本研究利用APEC菌株经腿部肌肉途径接种两周龄雏鸡,对照组鸡以相同的途径注射相同体积的生理盐水,选取病变严重的肠道与对照组肠道,利用高通量RNA-Seq技术筛选出雏鸡小肠受APEC损伤后的差异表达基因,对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG信号通路分析,并利用荧光定量PCR验证部分差异表达基因。结果显示差异变化在2倍以上的基因共有131个,其中74个上调表达,57个下调表达。GO功能分类结果显示,这些基因主要涉及到蛋白结合、免疫反应、转运活动等功能。KEGG分析表明这些差异表达基因参与PPAR、新陈代谢、细胞因子受体相互作用、Jak-STAT、RIG-I-样受体、吞噬体等信号通路。本研究为进一步研究APEC的致病作用及宿主抗病机制奠定了基础。 相似文献
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【目的】明确布鲁氏菌BvfA对宿主睾丸支持细胞(TM4细胞)的损伤作用,以揭示布鲁氏菌对宿主的致病机制。【方法】利用RNA-Seq双端测序、Label-free蛋白组学技术和LC-MS非靶代谢组学技术分析感染布鲁氏菌S19△bvfA与S19菌株的TM4细胞的组学差异,采用KEGG数据库对差异表达蛋白及差异代谢物通路进行分析,并利用平行反应监测(PRM)对蛋白表达量进行验证。【结果】感染S19△bvfA和S19菌株的TM4细胞差异表达基因共400个,差异表达蛋白共422个,差异代谢产物共271种。多组学联合分析发现,S19△bvfA和S19菌株感染TM4细胞差异表达基因、差异表达蛋白和差异代谢产物共同富集的KEGG通路为内源性大麻素信号通路,在该通路中发现S19△bvfA菌株感染TM4细胞的线粒体NADH-泛醌氧化还原酶复合体(ComplexⅠ)中有20个蛋白表达量下调。PRM验证结果显示,ComplexⅠ中Ndufb11、Ndufa9、Ndufv1、Ndufv2、Ndufs8和Ndufs2蛋白的表达趋势与Label-free蛋白组学技术测定结果一致。【结论】BvfA在布鲁氏菌感染TM4... 相似文献
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试验旨在分析鸭瘟病毒（duck plague virus，DPV）感染樱桃谷鸭后十二指肠黏膜转录组水平的变化，筛选出DPV感染后参与炎症的相关基因和调控通路。DEV-GZ株经腿部肌肉接种35日龄鸭后，于接种后24、48和72 h采集鸭十二指肠黏膜组织样本，提取总RNA进行转录组测序，对数据进行质控与注释，筛选与炎症相关的差异表达基因及调控通路，并应用实时荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示，对照组与试验组总计得到21.39 Gb的Clean Bases，测序样本有效序列占原始序列的99%以上，映射率高于83%。鸭接毒DPV后24 h十二指肠黏膜的差异表达基因有221个，参与炎症相关生物学过程的有3个，均为下调基因；接毒DPV后48 h差异表达基因有499个，参与炎症相关生物学过程的有17个，均为下调基因；接毒DPV后72 h差异表达基因有798个，参与炎症相关生物学过程的有20个，其中上调基因13个、下调基因7个。GO数据库分析显示，参与炎症相关的差异表达基因主要是CCR8、CCL19、CCL4、IL-17、IRF1、IFN-γ、SLC11A1等，涉及急性炎症反应、趋化因子受体活性、急性期反应、炎症反应和炎症反应的正调节等生物学过程。KEGG数据库分析显示，差异表达炎症相关基因主要富集在Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路和炎症性肠病等；实时荧光定量PCR结果显示，IFN-γ和MALT基因的相对表达倍数与转录组结果基本一致。本试验完成了DPV感染樱桃谷鸭十二指肠的转录组测序分析，获取了差异表达基因的功能注释信息，初步揭示了参与DPV感染的炎症相关通路，为深入探究DPV的致病机制提供了理论参考。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(11)
本研究旨在研究禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)强毒株S1133和弱毒疫苗株aS1133分别感染鸡肝癌(LMH)细胞后,LMH细胞基因组的转录水平变化。将1 MOI的ARV强毒株S1133和弱毒疫苗株aS1133分别感染LMH细胞,感染后6、12和24h,收集感染细胞和阴性对照细胞,制备总RNA样品,使用Illumina HiSeq~(TM)2000测序仪进行转录组学测序。以感染组之间样品中上下调转录差异≥2且P≤0.001的基因为差异基因,进行生物信息学分析并进行荧光定量PCR验证。分析结果表明,与ARV aS1133感染组相比,S1133感染组共有4 013个差异表达基因,其中6hpi时,58个上调表达差异基因,5个下调基因;12hpi时,1 429个上调基因,354个下调基因;24hpi时,1 680个上调基因,481个下调基因。K-平均值聚类分析结果说明这些差异基因的表达模式主要呈上调表达模式,并且有10种共表达趋势。GO功能注释和分析结果表明差异基因主要具有GTP酶调节活性、信号转导活性、蛋白激酶活性等生物功能;主要参与机体应激、细胞信号转导、细胞凋亡等生物过程。Pathway富集分析结果表明差异表达基因主要参与Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路、病原体感染应答等细胞信号通路。随机选择部分差异表达基因进行荧光定量RT-PCR验证,其结果表明与转录组学测序结果基本一致。以上数据比较分析了ARV强毒株和弱毒疫苗株感染后LMH细胞的基因表达的变化差异,探讨了宿主细胞对ARV不同毒力毒株的可能不同应答机制,有利于进一步阐明ARV致病机制。 相似文献
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J亚群禽白血病病毒(ALV-J)诱导的免疫抑制能够影响鸡的生长和繁殖,并造成其他病原的继发感染,是危害养禽业的重要病原之一。近年来,很多研究表明ALV-J感染宿主而引起的免疫抑制和致瘤是一个多因素参与的复杂过程,影响体液免疫和细胞免疫水平。论文对ALV-J病毒粒子侵入宿主及复制过程进行阐述,主要包括吸附、侵入、复制及释放等过程。论文简要探讨了ALV-J造成免疫抑制的主要原因及感染宿主后涉及的几条信号转导通路的研究状况,并对ALV-J的相关研究做了展望。 相似文献
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为探究鸭感染鸭肠炎病毒（Duck enteritis virus,DEV）后肝脏miRNA表达谱的差异,试验以DEV-GZ株经腿部肌肉接种30日龄麻鸭,于感染后66、90和114 h采集鸭肝脏组织样本,提取组织总RNA,经质检合格后,采用高通量测序技术对对照组和试验组样品进行miRNA测序,筛选出DEV感染鸭肝脏组织的差异表达miRNA,对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG信号通路分析,并随机选取部分差异表达miRNA进行实时荧光定量PCR验证。结果显示,鸭感染DEV后66、90和114 h,肝脏组织差异表达miRNAs数量分别为227、225和231个。GO功能注释显示,感染鸭肝脏差异表达miRNA在生物过程分类中主要为细胞过程、单有机体过程和代谢过程类别;在细胞成分分类中主要是细胞、细胞部分和细胞器类别;在分子功能分类中主要是绑定分子功能和催化活性功能类别。KEGG通路富集显示,差异表达miRNA主要涉及PI3K-Akt、JAK-STAT、磷脂酰肌醇信号通路系统、ECM-受体相互作用、MAPK、Wnt、Toll样受体、IL-17、脂质代谢、钙离子信号通路和cAMP等信号通路,其中感染66 h差异表达miRNA主要在生物系统及神经系统中发挥作用;感染90 h主要在内分泌系统及消化系统中发挥作用;感染114 h主要在全身生物、免疫和消化系统等中发挥作用。选取10个差异表达miRNAs进行实时荧光定量PCR验证,结果与高通量测序结果一致。表明DEV感染对鸭肝脏组织miRNA表达具有显著影响,为从宿主miRNA角度揭示DEV致病机制提供了参考依据。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(5)
本研究旨在分析山羊副流感病毒3型(CPIV3)感染MDBK细胞和正常MDBK细胞差异表达的miRNA,以探索miRNA在CPIV3感染过程中的作用及其调控机制。将CPIV3感染MDBK细胞,利用高通量测序技术检测分析MDBK细胞中miRNA表达谱,并筛选差异表达的miRNA。对靶基因进行GO注释和KEGG富集。结果显示,有37个miRNA显著差异表达(P0.001),其中18个miRNA在病毒感染中上调,19个miRNA在病毒感染中下调。经RT-qPCR方法验证5个差异表达的候选miRNA,结果与高通量测序分析有很好的一致性。进一步GO功能注释表明:差异表达的miRNA靶基因生物学功能相对集中在免疫调节、细胞生物调控及细胞新陈代谢等生物过程。这些靶基因参与多种细胞的信号通路,包括细胞黏附分子、B细胞受体信号通路、MAPK信号通路、代谢通路、黏合斑、钙离子信号通路和趋化因子信号通路等。本研究为进一步探讨CPIV3致病机制奠定了基础。 相似文献
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MicroRNA(miRNA)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码小RNA,在鸡的许多生物学功能中发挥重要作用,但在鸡的应激性免疫抑制的分子调控机制中尚不完全清楚。本试验通过在日粮中添加外源皮质酮激素,构建雏鸡应激性免疫抑制模型,高通量Solexa测序技术建立雏鸡法氏囊差异miRNA表达谱,共鉴定出77个差异表达的miRNAs,34个上调,43个下调,生物学分析预测差异表达miRNA的靶基因有282个,对这些预测的靶基因进行GO和KEGG通路富集分析,结果显示这些通路主要富集到心肌收缩、精氨酸和脯氨酸代谢、RNA聚合酶、肾素-血管紧张素系统。试验结果为揭示家禽应激性免疫抑制转录后分子调控机制提供了依据。 相似文献
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禽网状内皮组织增生症流行现状及检测技术研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
禽网状内皮组织增生症(RE)是禽类一种重要的致瘤性和免疫抑制性疾病。近年来,国内外鸡群中网状内皮组织增生症病毒(REV)流行比较严重;REV与马立克病病毒(MDV)、鸡贫血病病毒(CAV)和J亚群禽白血病病毒(Avianleukosis virus subgroup J,ALV-J)几种免疫抑制性病毒的混合感染在我国部分养鸡场中均普遍存在,使得鸡群处于免疫力低下的状态,导致禽流感、新城疫等重要疫苗免疫失败,并容易造成继发感染,使疫病的诊断和防控难度加大。另外,REV可以整合到MDV和鸡痘病毒(Fowlpox virus,FPV)基因组中,从而导致商品化疫苗受到污染,并可用做将外源基因插入到鸡和哺乳动物细胞内的表达载体;基于REV传统检测方法的基础上,新型的分子生物学检测技术如PCR、实时荧光PCR、LAMP提高了诊断REV的敏感性和特异性。 相似文献