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1.
为了解我国猪圆环病毒2型(PCV2)的流行态势和毒株的基因变异情况,从北京、江苏、湖北等地疑似断奶仔猪多系统综合征(PMWS)患病死亡猪中采集肺脏、脾脏和淋巴结等组织,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到6株猪圆环病毒2型毒株,分别命名为B07、B12、HB、LHW、LPC和NJ。对其全基因组进行克隆和序列分析的结果显示,LPC基因组全长为1766 bp,其余均为1767 bp;6个毒株序列之间同源性高达96.0%~99.9%,6个毒株与参考毒株序列的同源性为94.4%~99.8%。PCV2全基因组的进化分析结果表明,B12、HB、LHW、LPC和NJ为PCV2b亚型,B07为PCV2d亚型,从而证实PCV2b亚型毒株成为我国猪群中分离率较高的流行毒株,并且我国猪群存在PCV2d亚型毒株。 相似文献
2.
《中国兽医学报》2016,(6):896-901
为了解闽西地区2013-2015年猪圆环病毒2型(PCV2)血清学及流行毒株的遗传变异规律,本研究采集闽西地区规模化猪场1 771份血清样品,应用ELISA方法对其进行PCV2抗体水平检测,结果血清样品的总阳性率为93.00%,其中种猪血清阳性率最高为99.78%,哺乳仔猪、保育猪和育肥前期猪血清阳性率逐渐降低,分别为91.62%,80.78%,77.68%,育肥后期猪血清阳性率上升为100.00%。应用PCR方法对10株PCV2全基因组进行遗传变异分析,结果表明,PCV2基因组全长为1 766~1 768bp,10株PCV2的核苷酸序列同源性为94.6%~99.7%,其与国内外参考毒株的同源性为94.0%~99.2%。系统进化树结果表明,10株PCV2毒株可分为2个大支,1株属于PCV2a,9株属于PCV2b(2株为1A/AB,7株为1C);氨基酸序列分析表明在Cap蛋白的53~91,121~151和185~215位存在3个高度变异区,表明闽西地区PCV2流行毒株主要为PCV2b亚型。 相似文献
3.
本试验从辽宁地区某猪场疑似患有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪群中采集病料,采用PCR方法进行猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的检测,在此基础上对阳性病料进行PCV2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV2辽宁分离株基因组全长为1768 bp,与国内外PCV2分离株的同源性为95.9%~99.5%,其中与丹麦分离株(EF565365)、澳大利亚分离株(AY424405)和江苏分离株(FJ158606)同源性最高,均为99.5%;与广东分离株(JX912915)同源性最低,为95.9%。 相似文献
4.
猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
5.
为研究仔猪腹泻中猪圆环病毒2型(PCV2)的生物信息,参考Gen Bank发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组序列,设计并合成一对特异性引物,从四川地区猪场送检的腹泻仔猪病料中扩增PCV2全长基因序列,回收PCR产物。将其插入PMD19-T载体,构建了重组质粒,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。将测序结果及推导的氨基酸序列与国内外的不同分离株进行生物信息学分析。结果表明,分离株基因组全长为1 767 bp,分离的三株基因组与Gen Bank上已发表的PCV2分离株之间的核苷酸同源性分别为1#94.7%~89.6%、2#94.7%~89.3%、3#96.4%~86.8%,氨基酸序列同源性为1#97.9%~95.7%、2#97.1%~95.5%、3#98.4%~94.8%,说明四川地区腹泻仔猪病料中PCV2的变异相对保守。 相似文献
6.
为了解2013年-2015年辽宁地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,采用PCR对辽宁地区采集到PCV2阳性病料样品进行全基因组扩增,并应用DNA Star软件进行序列比对和遗传演化分析.结果表明,检测的15株PCV2全基因组全长为1 767 bp和1 768 bp,基因核酸序列同源性为94.4％～99.8％;15株PCV2毒株中有11株属于PCV2b基因型,4株属于PCV2a基因型.结果表明,目前在辽宁地区有多种血清型PCV2同时流行,应该针对优势血清型制定免疫策略. 相似文献
7.
8.
为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。 相似文献
9.
利用PCR方法,对河南郑州、南阳、焦作等地采集的疑似猪圆环病毒2型（PCV2）感染的病料进行检测。PCR检测为阳性的病料经处理后,接种无PCV污染的PK-15细胞中盲传6代,克隆11株PCV2全基因组并进行序列分析。结果表明,11株PCV2中有10株基因组全长为1 767bp,基因组分型为PCV2b,1株为1 768bp,说明PCV2b是河南省断奶后多系统衰竭综合征（PMWS）发生的主要因素;11个毒株的同源性位于94.9%～100%,与其他毒株的同源性为94.7%～100%;10株基因组为1 767bp的毒株处于一大分支上,遗传进化比较稳定;本试验为PCV2在河南地区的分子流行病学、遗传变异及防治奠定了基础。 相似文献
10.
5株猪圆环病毒2型全基因克隆和序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解广东地区猪圆环病毒2型(PCV2)流行势态及毒株的基因变异情况,从广东珠三角地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)患病死亡猪中采集淋巴结,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到5株猪圆环病毒2型毒株,分别标记为GD-jm、GD-sz、GD-pz、GD-gj和GD-ss。再从细胞培养物中提取病毒基因组DNA,对5株PCV2分离株全基因组进行PCR扩增并克隆到pMD18-T Simple Vector进行测序,测序结果提交GenBank,登录号分别为JX912914、JX912915、JX945575、JX945576和JX945577。借助相关生物学软件作同源性分析,这5株PCV2基因组长度均为1767 bp,其中3株为PCV2b亚型,2株为PCV2d亚型。 相似文献
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Cloning and Sequence Analysis of Complete Genome of Porcine Circovirus Type 2 from Liaoning Province
It was aimed to lay a foundation for epidemiological survey of porcine circovirus type 2(PCV2) in Liaoning province and selection of highly homologous strain inactivated vaccine.Some pigs suspected of having postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) from Shenyang,Chaoyang,Tieling,Dalian and other places in Liaoning province,were detected by PCR method,then the whole genome of 10 positive samples were cloned and sequenced.The result showed that all of them were virulent strains,9 strains were 1767 bp and 1 strain was 1768 bp,and there was a T base additon at 1039 bp.The nucleotide homology was 95.1% to 98.5% with HM038034 and JQ692110.In the phylogenetic tree,JHZ2 was PCV2a type,the other 9 strains were PCV2b type,DLS38,LYD32 and SYX7 were in the same branch and same onset time.The amino acid homology of ORF2 was 89.6% to 100.0%,there were 35 mutation points,large degree of variation,the only glycosylation site (NYS) was conserved.10 strains did not change significantly,mutants were not due to PCVD,PCV2b was the predominant type,and PCV2 was related with seasonality. 相似文献
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为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
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MENG Fan WU Xin YAO Jing-ming FAN Zhen-hua LIU Wen-jun WANG Juan-ping HAN Yi-chao XUE Yi-peng MI Rui-juan Li Yu-bin 《中国畜牧兽医》2016,43(12):3127-3134
In order to study genetic variation of porcine circovirus type 2 (PCV2) strains in Shanxi province, the genomic sequences of four PCV2 strains which were SXXZ1, SXXZ2, SXTY and SXJZ were isolated recently from some areas of Shanxi province, they were amplified, cloned and sequenced. The amplified PCV2 genomic sequences of these four strains were analyzed and compared with that of 34 published PCV2 stains by DNAStar and drawing phylogenetic tree. The results showed that the genomic sequences of SXJZ PCV2 strain was 1 768 bp, and the others were 1 767 bp, which accounted for 25% and 75%, respectively. The homologies of nucleotide sequences of the four strains were 95.9% to 100.0%, the homologies of nucleotide sequences of the four strains with the 34 isolates from different regions of the world PCV strain were 94.5% to 99.9%, and the homologies of nucleotide sequences of the four strains with the domestic vaccine strains were 95.6% to 99.8%. The phylogenetic tree analysis showed that SXXZ1, SXXZ2 and SXTY belonged to PCV-2b genotype, and SXJZ belonged to PCV-2e genotype. The evolutionary relationship among SXXZ1, SXXZ2 and the QY strain of Guangdong were closer, we also found a recent evolutionary relationship between SXTY and AUT5 of Austria, and a recent evolutionary relationship between SXJZ and FJ of Fujian. Besides the evolutionary relationship among SXXZ1, SXXZ2, SXTY and the DBN-SX07-2 of PCV2 vaccine of Shanxi province, a recent evolutionary relationship between SXJZ and LG of PCV2 vaccine were found. Thus PCV2 strains were popular based on PCV-2b in Shanxi province, also PCV-2e was isolated and existed. It laid a foundation for the molecular epidemiology, genetic variation, prevention and control of PCV2 in Shanxi province. 相似文献
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为了解山西省猪圆环病毒2型（PCV2）的遗传变异情况,本试验采用PCR方法对山西省分离的4株猪圆环病毒流行株（SXXZ1株、SXXZ2株、SXTY株和SXJZ株）的全基因组进行了扩增、克隆和测序,并将其全基因组序列与国内外34株主要流行毒株进行核苷酸同源性与系统进化树分析。结果显示,4株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJZ株为1 768 bp,其余均为1 767 bp,分别占25%和75%。4株毒株核苷酸同源性为95.9%~100.0%,与国内外34株参考株同源性为94.5%~99.9%,与国产疫苗株同源性为95.6%~99.8%;PCV2全基因组序列进化分析表明,本研究分离的SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株属于PCV-2b基因型,SXJZ株属于PCV-2e基因型,其中SXXZ1株和SXXZ2株与广东QY株的进化关系最近,SXTY与奥地利AUT5株的进化关系最近,SXJZ与福建FJ株的进化关系最近;而SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株与山西PCV2疫苗DBN-SX07-2株的进化关系较近,SXJZ株与国内PCV2疫苗LG株的进化关系较近。从而证实在山西省流行的PCV2毒株以PCV-2b为主,同时还分离出了PCV-2e亚型,表明山西省存在PCV-2e亚型毒株。本试验结果为山西省PCV2的分子流行病学、遗传变异及防控奠定了基础。 相似文献
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为了解江西地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行和进化情况,根据GenBank上已发表的PCV-2全基因序列设计1对引物,PCR扩增后得到9条PCV-2全基因序列,并对其全基因序列核苷酸和蛋白序列进行分析,绘制遗传进化树。结果表明,江西地区流行的9株PCV-2中,基因组序列全长分为8株1 767 bp和1株1 768 bp,9株PCV-2的核苷酸同源性为94.7%~99.9%,与GenBank己发表的PCV-2分离株全基因组同源性介于94.3%~99.8%之间,而9株PCV-2的ORF1核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%。ORF2和ORF3编码的蛋白氨基酸序列存在部分位点突变。遗传进化树显示为3种基因型：5株PCV-2b、3株PCV-2d、1株PCV-2a。本研究有助于江西地区PCV-2的监测和防制。 相似文献