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1.
长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。 相似文献
2.
为探讨长江流域大眼鳜(Siniperca kneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素 b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对 4 个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计 79 尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长 1141 bp 的 Cyt b 基因全序列,共检测到 26 种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为 0.685 (CS)~0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为 0.176%(CS)~0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在 0.002~0.003。(2)获得了长度为 834~840 bp 的 D-loop 全序列,在 79 尾个体中共检测到46 种单倍型。单倍型多样性指数为 0.754 (CS)~0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为 0.548%(CS)~1.412%(YC)。群体内遗传距离在 0.005 (CS)~0.014 (YC),群体间遗传距离在 0.008~0.012,提示 4 个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。 相似文献
3.
基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析 总被引：4，自引：2，他引：2
选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。 相似文献
4.
《淡水渔业》2021,51(4)
为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_d:0.769;P_i:0.001 43),原种场群体次之(H_d:0.766;P_i:0.001 13),苗种场群体最低(H_d:0.649;P_i:0.000 84)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_d:0.857;P_i:0.002 05),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_d:0.791;P_i:0.001 47)和最低(H_d:0.247;P_i:0.000 24)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。 相似文献
5.
采用19对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星引物对兰州鲇(Silurus lanzhouensis)野生和人工繁育2个不同群体进行微卫星标记的遗传结构分析,结果显示:(1)2个不同种群检测出11个有效微卫星位点,共94个等位基因;各基因座位间除DQ223153与DQ223150,DQ223177与DQ223182,DQ223164与DQ223176存在一定程度连锁(P<0.05),其余连锁关系不显著。(2)2个种群平均有效等位基因数为7.28,平均观测杂合度为0.8873,平均期望杂合度为0.7732,PIC值0.7055,均为高度多态,但人工繁育群体的总扩增位点数和遗传多样性均低于野生群体;(3)两群体间的遗传相似性指数(I)为0.9915,遗传距离(D)为0.0086;各位点F-统计量分析结果表明,群体遗传分化系数(FST)为-0.0392～0.0754,平均值为0.0205;基因流(Nm)为1.6625。综合结果说明,虽然兰州鲇人工繁育群体的遗传多样性降低,但两群体遗传多样性丰富,亲缘关系较近,遗传分化较低,属于同一个种内水平遗传变异。 相似文献
6.
长江不同江段青虾的遗传多样性 总被引：9，自引：3，他引：6
利用20个微卫星分子标记对长江不同江段共6个青虾群体进行了遗传多样性分析,采样点包括重庆、万州、宜昌、武汉、九江和江阴。结果表明,6个青虾群体平均等位基因数(A)为5.25,平均有效等位基因数(Ne)为3.4622;20个位点平均多态信息含量(PIC)为0.5894;期望杂合度(He)由高到低依次为江阴群体(0.6308)、九江群体(0.6096)、宜昌群体(0.5945)、武汉群体(0.5934)、万州群体(0.5844)、重庆群体(0.5821),平均值为0.6296。分子方差分析(AMOVA)结果表明长江青虾6群体间遗传变异6.92%来自群体间,93.08%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0253～0.0838(P<0.05)之间,表明群体间已明显出现分化,但分化程度中等,与湖泊青虾群体相比,长江各群体间遗传分化程度较弱,可能是由于流动的江水增加了群体间的交流。Hardy-Weinberg遗传平衡分析表明,6群体均出现杂合子缺失现象,可能是由于稀有等位基因缺失或无效等位基因造成;6群体间遗传距离为0.0620～0.1809,UPGMA聚类分析表明,江阴群体单独聚为一类,其余5个群体聚为另一类,其中... 相似文献
7.
中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)是中国最重要的淡水养殖蟹类,广泛分布于东亚地区,养殖区域主要集中在长江、黄河和辽河流域。本研究基于线粒体DNAD-loop区评估辽河野生群体(LW)和养殖群体(LC)、黄河野生群体(HW)和养殖群体(HC)及长江野生群体(YW)和养殖群体(YC)的遗传多样性和种群结构。结果显示:(1)用于本研究的D-loop基因片段长度为477 bp,共包含234个变异位点和131个简约信息位点, 6个群体的262个个体中共有110个单倍型,包括90个独有单倍型和20个共享单倍型;(2)6个种群的单倍型多样性指数(Hd)范围为0.88889～0.96522,核苷酸多样性指数(π)范围为0.00887～0.01602,养殖和野生群体遗传多样性水平依次为:HCYCLC及HWLWYW;(3)6个群体的遗传距离(Da)范围为0.0119～0.0173,不论是养殖群体还是野生群体,辽河群体和长江群体之间的遗传距离均最小,且6个群体间遗传分化指数FST为0.12938。对6个群体进行中性检验显示Tajima’s D和Fu’s Fs的值均为负值。综上,基于线粒体D-loop基因的研究结果表明,三水系养殖和野生群体均具有较高的遗传多样性,且辽河和长江水系中华绒螯蟹的亲缘关系相对较近,该研究为中华绒螯蟹的种质资源评估、保护和开发提供了参考。 相似文献
8.
中国沿海光裸方格星虫6个地理群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为科学保护和开发我国光裸方格星虫自然资源,本研究以cytb基因全长为分子标记分析了山东烟台、福建古雷、香港、海南儋州、海南陵水、广西东兴6个光裸方格星虫群体的遗传多样性。结果显示,203个个体共检出128个单倍型,299个多态位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.0488和0.9773,且变异主要来自群体间(88.4%)。6个光裸方格星虫群体间遗传分化指数(F_(st))分析结果显示,南方5个群体间F_(st)0.15,基本无分化或呈低度分化;而烟台与南方5个群体间的固定指数都很大,F_(st)0.15,群体间呈高度分化。中性检验(Fu’s Fs、Tajima’s D)结果为负值,北方群体和南方群体的核苷酸错配分布图为单峰,单倍型网络分布图为以主单倍型为中心的放射状结构。用203条cytb序列构建的系统发育树显示,烟台群体聚为一个进化支,南方群体聚为一个进化支。研究表明,中国沿海的光裸方格星虫群体在历史上经历过大规模群体扩张,但目前遗传多样性较低,说明光裸方格星虫对环境变化的适应能力较差,应加强野生资源的保护,在进化关系上,烟台群体与其他5个群体之间存在较大的遗传分化,但是否已经形成隐秘种仍需进一步的研究。 相似文献
9.
为研究长麦穗鱼(Pseudorasbora elongata)的遗传多样性现状,本研究利用线粒体Cyt b基因和D-loop区序列,分析了长江中下游安徽境内皖南山区的闪里(SL)、历口(LK)和石台(ST) 3个长麦穗鱼群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,基于Cyt b和D-loop序列定义的单倍型数分别为18和27,整体单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.792和0.01332、0.777和0.01140,2个标记均显示ST群体遗传多样性相对最低;群体间的遗传距离为0.00173～0.03615 (Cyt b)、0.00193～0.02639 (D-loop);遗传分化指数(Fst)和基因流(Nm)均表明ST群体和SL及LK群体间存在显著的遗传分化;分子方差分析(AMOVA)表明,长麦穗鱼群体间的遗传变异(94.60%、90.69%)远高于群体内(5.40%、9.31%),遗传变异主要来自群体间;单倍型系统进化树及网络结构图分析显示,SL和LK群体遗传关系较近,聚为一支,而ST群体单独聚为一支,... 相似文献
10.
《淡水渔业》2020,(4)
为了解长江中游鳙(Aristichthys nobilis)群体的遗传特征,利用12对微卫星引物对长江中游石首、监利和长沙3个鳙群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示:12个微卫星位点中有8个为高度多态位点,4对为中度多态位点,群体的观察杂合度(Ho)为0.398～0.778,期望杂合度(He)为0.425～0.919,多态含量信息(PIC)为0.371～0.907,3个群体遗传多样性较高。95.60%的遗传变异来自群体内,4.40%来自群体间,群体间的遗传分化程度较低(F_(st)=0.044),石首和监利群体的遗传分化最小(F_(st)=0.002 53),遗传距离最近(d=0.031 9),监利和长沙群体的遗传分化指数和遗传距离均最大(F_(st)=0.023 69,d=0.076 6)。结果表明长江中游三个群体具有较高的遗传多样性,长江中游干流群体与长沙群体间的遗传分化较小。 相似文献
11.
运用AFLP分子标记技术对大连庄河石城岛(SCD)、瓦房店将军石(JJS)、长海县大长山(DCS)、旅顺董砣子(DTZ)和旅顺盐场(YC)5个野生鼠尾藻(Sargassum thunbergii)种群与山东蓬莱(PL)1个野生群体的共60个个体进行遗传多样性分析。采用10对引物组合共扩增出条带530条,其中多态性带417条,平均多态性检出比例为78.68%。AMOVA分析显示,大部分的遗传变异(76.58%)存在于种群内,少部分(23.42%)存在于种群之间。遗传分化系数(Gst)为0.2418,与遗传固定化系数(Fst)的值(0.2342)接近,表明鼠尾藻种群内部具有较高的遗传分化,同时种群间的基因流Nm=0.8175,表明基因流动较低。UPGMA聚类分析表明,大连5个野生鼠尾藻种群与山东蓬莱鼠尾藻种群遗传距离较远,明显聚为2支;大连种群中将军石和大长山2个种群聚为1支,遗传相似系数为0.7698,再与董砣子种群聚类到一起;盐场种群单独聚为1支,且与其他种群的遗传相似系数均在0.5830以下。分析结果表明,各鼠尾藻种群内部存在着较高的遗传多样性,而种群间的遗传多样性水平较低,其遗传距离的远近不仅与地理隔离因素有关,高盐等外界环境胁迫也可能起到了一定的作用。鼠尾藻的生殖方式、种群间基因流动的大小以及生长环境的差别可能是其种群分化的主要原因。 相似文献
12.
为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY 1、WY 1、YY 1和YY 2型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97~302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1~13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167~9.333,平均有效等位基因数为1.624~4.966,平均观测杂合度为0.324~0.983,平均期望杂合度为0.329~0.782,平均多态信息含量为0.275~0.753;两个尼罗罗非鱼群体、WY 1和YY 2群体达到高度多态(PIC>0.5),两个奥利亚罗非鱼群体、ZY 1和YY 1群体为中度多态(0.25相似文献
13.
我国五个青蛤地理群体遗传变异的RAPD分析 总被引：23，自引：6，他引：17
本文利用RAPD方法对我国浙江、江苏、辽宁、天津和福建沿海青蛤地理群体的遗传变异和遗传结构进行了分析。从60条随机引物中,筛选出其中12条扩增效果好、条带清晰的引物进行扩增。结果表明,青蛤遗传多样性较丰富,五个群体的多态度在0.249～0.307之间,平均为0.278,按递减依次为江苏>福建>辽宁>浙江>天津;经分子方差分析(AMOVA),10.69%的遗传变异来自于群体间,89.31%来自于群体内,遗传分化除辽宁与江苏、天津群体间不显著外,其它群体间分化显著;根据遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析表明,浙江群体与江苏群体,辽宁群体与天津群体分别先聚在一起,最后与福建群体聚类;S11、S424、S228、S4254个引物可以区分这五个青蛤地理种群,作为群体特征标记。 相似文献
14.
青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析 总被引：19，自引：0，他引：19
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80．0％。数据分析结果显示：青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0．3395,Shannon遗传多样性信息指数为0．4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0．0788,基因分化系数Gst为0．1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。 相似文献
15.
应用RAPD标记技术对魁蚶Scapharca broughtonii1个韩国群体与3个中国群体的遗传多样性进行RAPD分析。对4个群体的133个个体进行扩增,共检测到171个位点。其中,多态性位点为167个,4个群体的多态性位点比例:韩国群体为86.55%、黄岛群体为90.06%、蓬莱群体为85.96%和前三岛群体为89.47%;4个群体的Shannon’s多样性指数为(0.460±0.232)~(0.491±0.214),Nei’s多样性指数为(0.308±0.171)~(0.331±0.199),表明4个群体遗传多态性较高;4个群体遗传分化指数在0.006~0.121之间。其中,韩国与中国的3个群体分化明显,说明韩国与中国3个群体的遗传结构差异较大,黄岛群体与前三岛群体间的遗传分化最小。基于4个群体Nei’s遗传距离的UPGMA方法进行聚类分析显示,黄岛群体与前三岛群体最先聚类,两群体间距离最短,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类。这些数据可为魁蚶种质资源的合理开发和保护及遗传改良提供科学依据。 相似文献
16.
三个不同养殖群体金鱼遗传多样性的RAPD分析 总被引：4，自引：0，他引：4
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对金鱼3个不同地区养殖群体-天津塘沽(TJ)、江苏苏州(JS)及福建福州(FZ)群体各20ind的DNA多态性进行了分析。在事先优化的反应条件下,所使用的100个随机引物中,有14个引物扩增出清晰稳定的片段,共计103条,大小在200~2500bp,其中多态性片段27条。金鱼总的DNA多态位点百分率为26.21%。数据分析结果显示,3个金鱼群体内遗传多样性偏低,遗传相似度为0.9519~0.9785。金鱼3个群体总的Nei基因多样性指数为0.1061,Shannon信息指数为0.1547。金鱼3个群体间平均遗传距离为0.0375,基因分化系数Gst为0.243,表明3个养殖群体间产生了一定程度的遗传分化。UPGMA法和NJ法的聚类分析显示,两者结果一致。TJ群体和JS群体优先聚类,再与FZ群体聚类。 相似文献
17.
皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析 总被引：7，自引：0，他引：7
对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。 相似文献
18.
棘头梅童鱼七个野生群体遗传多样性的微卫星分析 总被引：5，自引：1，他引：4
为研究中国沿海地区棘头梅童鱼群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用9对微卫星引物对中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,实验检测到63个等位基因,各位点等位基因数为3~13个,有效等位基因数为1.7510~8.0317;各位点的观测杂合度(Ho)为0.3596~0.7854,期望杂合度(He)为0.4300~0.8780;多态信息含量(PIC)为0.3604~0.8631,其中有2个位点表现为中度多态(0.25PIC0.5),7个位点表现为高度多态(PIC0.5),具有较丰富的遗传多样性水平。Hardy-Weinber平衡分析显示,7个群体的大部分位点未偏离平衡。基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的7个野生群体UPGMA系统进化树结果显示,ND和WZ群体遗传关系最近,ZS和WZ群体遗传关系最远,WZ和ND聚为一支,但总体上没有显著的遗传分化。 相似文献