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1.
为了获得驯鹿β-防御素reBD-1全长cDNA序列,根据已获得的reBD-1cDNA的已知序列设计1条序列特异性引物作为上游引物,反转录引物中的部分序列即3′接合器引物作为下游引物,克隆reBD-1cDNA的3′末端序列。另外,采用反向嵌套PCRRACE法,根据reBD-1cDNA的已知序列,设计1条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和2对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,克隆reBD-1cDNA的5′末端序列。结果成功的克隆出了reBD-1cDNA的3′和5′末端序列,从而得到372bp的reBD-1cDNA全序列,其中包含44bp5′非翻译区(UTR)、192bp的开放读码框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′UTR和poly(A)15。reBD-1cDNA全序列的获得为进一步研究其基因结构、基因表达和基因功能奠定了基础。 相似文献
2.
SYBR Green实时荧光定量PCR检测水牛体细胞组蛋白乙酰化相关基因mRNA表达 总被引：4，自引：0，他引：4
以检测水牛成纤维细胞中组蛋白乙酰转移酶(HAT1)和脱乙酰化酶(HDAC1)转录活性为例,对SYBRGreen实时荧光定量PCR技术平台的建立进行了探讨.结果显示,适宜的引物,高质量RNA反转录得到的cDNA以及合适的PCR体系为SYBR Green实时荧光定量PCR能否成功的关键因素.本试验中3对引物的灵敏度高,其反应性能完全满足SYBR Green实时荧光定量PCR的要求.2个目的基因HAT1、HDAC1的扩增效率与参照基因H2A接近,试验结果可用2-△△Ct计算法进行分析.当cDNA模板量为0.5 μL(相当于总RNA 50 ng),引物为1 μmol/L时,SYBR Green实时荧光定量PCR能高效获得特异性强的目的产物. 相似文献
3.
根据禽腺病毒 CELO株的基因序列 ,设计合成了 1对引物 :上游引物为 5′-CCCTCCCACCGC-TAACCA-3′,下游引物为 5′-CACGTTGCCCTTATCTTGC-3′。用这对引物对 群禽腺病毒中 1 2个血清型病毒和 1 9个分离野毒株、 群 4个血清型病毒、 群禽腺病毒株的核酸模板进行了 PCR扩增 ,结果均特异性地扩增出了与设计片段大小相一致的 4 2 1 bp片段 ,而对其他 5种禽病病原体和哺乳动物腺病毒血清 2型核酸模板的扩增均为阴性。该 PCR能检出 1 fg禽腺病毒 DNA模板 相似文献
4.
为构建缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区(5′UTR)克隆,分析5′UTR的转录调控规律,以质粒WZSP-293-5′UTR为模板,应用重组PCR方法分别扩增5′UTR与缺失引物结合区及前导序列(PBS-Leader),即5′UTR(5′长末端重复区)、U3区、R区、U3区中重复序列的5′UTR等5种PCR片段,并分别将其克隆至T载体上,挑取阳性克隆,酶切鉴定插入方向,选择正确方向插入的克隆,测序并进行序列分析。结果表明,构建了系列功能区缺失的5种5′UTR克隆,分别命名为UTR-PMD、LTR-PMD、UTR-U3-PMD、UTR-R-PMD、UTR-U-PMD以备后用。结论:在PERV 5′UTR的不同功能区中含有一系列可能的转录因子结合位点;中国五指山猪内源性反转录病毒(WZSP-PERV)在293细胞中传代时,不仅U3重复区数目增加,重复亚型也发生了一定的改变。 相似文献
5.
鸡痘病毒PCR检测方法的建立 总被引：4，自引：2，他引：4
根据已发表的鸡痘病毒 (fowlpox virus,FPV) 4 b核心蛋白基因的核苷酸序列设计合成了 2对引物 ,通过对影响PCR扩增因素的优化 ,2对引物在同一反应条件下 ,以抽提 FPV DNA或直接用其毒液制备的模板均能分别扩增出预期的 5 4 9、136 1bp的片段。特异性检测表明 ,2对引物对 FPV10 2株、FPV2 82 E4 (北京 )、FPV2 82 E4 (吉林 )、v FV2 82重组鸡痘疫苗毒及 FPV临床分离株均能扩增出相应特异性片段 ,而用鸡马立克氏病病毒、鸡传染性喉气管炎病毒、羊痘病毒、鸡胚成纤维细胞 (CEF)制备的模板分别进行 PCR扩增却成阴性。敏感性检测表明 ,2对引物 (p1 ,2 、g1 ,2 )分别能检测到 10 - 2 、10 - 3fmol的 FPV DNA和 10 0 .5、10 - 0 .5TCID50 的病毒。以上结果表明 ,本试验所建立的 FPV PCR检测法具有较高的特异性和敏感性 ,模板制作简单 ,完全可用于 FPV的检测 相似文献
6.
为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)可视化反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法，本研究根据PEDV ORF1a/b基因的保守序列，设计了8组特异性引物，以PEDC cDNA为模板，采用试剂盒推荐的各反应条件经LAMP扩增，根据LAMP反应产物琼脂糖凝胶电泳结果筛选最佳引物组。以筛选的外引物PE2 F3/B3经PCR从PEDV cDNA中扩增ORF1a/b基因，构建重组质粒p PE-ORF1-2并分别经PCR和测序鉴定。结果显示，2号引物组(内引物PE2 FIP/PE2 BIP，外引物PE2 F3/PE2 B3)为最佳引物。PCR和测序鉴定结果表明重组质粒正确构建，经计算其浓度为1.56×1011拷贝/μL，将其稀释1 000倍后作为质粒标准品。为建立检测PEDV的RT-LAMP方法，本研究对该方法的反应时间、反应温度、Mg2+浓度、内、外引物及d NTP浓度进行了优化，结果显示，RT-LAMP反应体系为：60℃反应50 min,Mg2+浓度80 mmol/L，内外引物终浓度分别为32μmol/L和5μmol/L,d NTP浓度10 mmol/L；通过在上述体系中加入甲酚红指示... 相似文献
7.
紫花苜蓿耐盐测序扩增区段标记条件优化 总被引：2，自引：0，他引：2
以中苜一号紫花苜蓿(Medicago sativa L.cv.Zhang mu No.1)为材料,对SCAR反应中的引物浓度、退火温度、Mg2+、dNTP浓度、模板DNA用量及Taq酶用量进行优化。结果表明:在3对SCAR中有2对引物出现目标扩增带,其中以SCAR1的效果最好;适宜反应体系总体积为25μL、Mg2+浓度2.5mM、dNTP浓度200μM、引物浓度0.5μM、Taq酶1.5U、模板DNA为50~100ng;优化后的反应体系能得到清晰稳定的SCAR扩增条带,可用于苜蓿耐盐性分子标记鉴定分析。 相似文献
8.
获得全长cDNA 序列是研究基因结构、基因表达和基因功能的前提.我们根据已获得的骆驼β-防御素caBD-1 cDNA的已知序列设计一条上游引物,反转录引物中的部分序列即3′末端序列.另外,采用反向嵌套PCR RACE法,根据caBD-1 cDNA的已知序列,设计一条5′末端磷酸化的特异性反转录引物和两对特异性反向嵌套PCR引物,首先进行反转录(RT),然后将mRNA反转录成的cDNA 进行环化,最后进行反向嵌套巢式PCR,成功的克隆了骆驼β-防御素caBD-1 cDNA的5′末端序列.本研究扩增出的caBD-1 cDNA序列全322 bp,其中包含一个由192 bp组成的开放读码框(ORF),该ORF编码64个氨基酸残基的前原caBD-1肽. 相似文献
9.
《中国畜牧兽医》2017,(3)
为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将此扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定与分析。结果表明,成功克隆出长度约为172和299bp的siBD-1cDNA 5′-和3′-末端序列,从而得到418bp的siBD-1cDNA全序列(GenBank登录号:HM588696.1),其中包含89bp 5′-非翻译区(UTR)、192bp的开放阅读框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′-UTR和Poly(A)16。同源性比对结果显示,siBD-1cDNA与水牛的肠防御素(BEBD)同源性最高,为90.6%,与牛(EBD、LAP、TAP、BNBD-4)、山羊(GBD-1、GBD-2)、驯鹿(reBD-1)、绵羊(sBD-1、sBD-2)和骆驼(caBD-1)的防御素cDNA的同源性较高,分别为83.2%、83.1%、87.3%、87.0%、87.5%、87.5%、84.4%、79.9%、77.1%和70.5%;与马(hoBD-1)和猪(pBD-1)的同源性较低,为60.3%和72.4%;而与人(hBD-2)的同源性最低,为16.0%。siBD-1成熟肽由38个氨基酸残基组成,其中包含9个带正电荷的氨基酸残基。 相似文献
10.
通过 PCR条件选择 ,组装了可用于确诊鹅细小病毒 (goose parvovirus,GPV)感染的试剂盒。首先根据 Gen Bank中已发表的鹅细小病毒不同株的核苷酸序列 ,设计并合成了 GPV特异性简并引物 ,利用该引物确定 PCR扩增条件 ,并鉴定了扩增产物的特异性。根据上述扩增条件 ,组装 GPV诊断试剂盒。试剂盒共有 3个反应管 ,贮于 - 2 0℃ ,应用时取 1号管 ,加入煮沸的肝脏悬液上清 ,2、3号管分别为阴性和阳性对照。按固定条件扩增 ,结果显示 ,待检病料的检出率在 96 %以上。该试剂盒操作简单 ,效果稳定 ,可用于 GPV感染的确诊 相似文献