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【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(iHS)和等位基因频率差(△AF),分别取前5%作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对iHS、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的iHS、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号。【结果】iHS结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5 112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb。基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9 579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb。基于合并后的iHS和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因。【结论】皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考。 相似文献
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旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号,以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片,对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测;计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率,分析保种群体的遗传多样性;利用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)矩阵和分析每个样本的连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵,分析合川黑猪保种群的亲缘关系;利用Mega X(V10.0)软件进行群体聚类分析,研究合川黑猪保种群的家系结构;运用Tajima’s D和iHS方法分析合川黑猪群体基因组上受选择的信号区域,挖掘潜在的候选基因。结果表明,合川黑猪保种群体的群体有效含量、平均多态信息含量、多态标记比例、平均有效等位基因数、最小等位基因频率分别为4.2、0.156、0.534、1.38、0.141,说明合川黑猪保种群体的遗传多样性较丰富;群体的平均期望杂合... 相似文献
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旨在检测"马脸"型和"狮子头"型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号,结合全基因组关联分析(GWAS),鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理。本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头"马脸"型个体和12头"狮子头"型个体,利用Illumina猪60KSNP芯片对这些个体进行扫描和基因分型。基于60K SNP芯片数据,检测"马脸"型和"狮子头"型两个类群间的遗传分化系数(Fst)。同时,进行病例-对照的GWAS分析和连锁不平衡(LD)分析,根据Fst、GWAS和LD分析结果确定重要候选基因。结果表明,两个群体间最强的遗传分化信号位于猪10号染色体,GWAS同样在该区域检测到显著的关联位点。LD及单倍型分析将置信区间锁定在该染色体11.76~12.05 Mb的一段290kb的区域。本研究基于猪60K芯片数据,通过遗传分化分析、全基因组关联分析和连锁不平衡分析等手段,初步推测RAB3GAP2和IASR2为影响玉山黑猪头型的候选基因,该结果为进一步解析中国地方猪不同头型的形成机制奠定了基础。 相似文献
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利用RAD-seq简化基因组测序鉴定狼山鸡保种群个体基因组SNP标记,计算个体(间)分子近交系数和分子亲缘系数,结合系谱信息组建高、低近交两个试验组。分析后代繁殖性状近交衰退系数,评价近交对繁殖性状的影响。结果显示:利用FROH、FGRM、FHOM和FUNI四种分子近交系数结合亲缘系数kin估算的后代分子近交系数较为一致。低近交组后代的平均分子近交系数小于0.04,高近交组(6个家系)后代的平均分子近交系数介于0.14~0.25。近交对各繁殖性状的效应表现并不一致。高近交组后代母鸡开产日龄、300日龄产蛋数发生显著衰退(P<0.05,P<0.01),且与分子近交系数呈显著相关(P<0.05,P<0.01);开产体重和开产蛋重未发生显著性衰退(P>0.05)。研究结果为进一步探讨狼山鸡繁殖性状近交衰退分子机制提供了基础。 相似文献
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[目的]利用德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与澳大利亚西门塔尔母牛品系间、及德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与本地肉用母牛选种选配后,培育优秀种群。[方法]通过个体牛只信息和编号、父母代和祖父母代信息和编号,采用近交系数和亲缘系数的计算公式,利用R语言编制程序计算47头德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)的后代母牛个体间亲缘系数和近交系数。[结果]所有个体间均无近交,近交系数为0,群体亲缘系数值在0～0.500 0之间。本试验的牛群主要来自于自繁自育母牛场,做选配时,较好地控制了近交系数,但是,从亲缘系数来看,在群使用的种公牛较少,为防止近交,有必要提高使用种公牛家系的数量,每年都要计算近交系数和亲缘系数。 相似文献
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旨在研究德国肉用美利奴羊基因组选择信号。利用绵羊高密度SNPs芯片,运用iHS方法检测德国肉用美利奴羊基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。选择信号检测结果表明,在全基因组范围内共检测到220个具有选择信号的基因组区段,这些区段内与895个候选基因紧密相关。基因富集结果表明,这些基因主要与蛋白翻译、骨骼发育、生物合成调控、肌肉器官发育、视黄酸受体活性、转录因子结合、核糖体组分等相关。研究结果为充分利用德国肉用美利奴羊的种用价值以及高效开展该品种羊的群体改良工作提供了参考依据。 相似文献
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旨在利用基因组长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)信息评估河南省不同中国荷斯坦牛群体的全基因组近交水平，并通过ROH检测鉴定基因组ROH富集区域，筛选与奶牛经济性状相关的候选基因。本研究基于GGP Bovine 150K芯片对来自河南省7个牧场900头荷斯坦牛进行全基因组ROH检测，统计ROH在荷斯坦群体中的数目、长度及频率，根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释。结果表明，在全部900个体中共检测出55 908个ROH片段，平均长度4.23 Mb。7个牧场平均近交系数(FROH)的变化范围从0.082(H7)到0.123(H2),平均FROH为0.106。在ROH的高频区域内共鉴定到79个与奶牛经济性状相关的基因，如与牛体型、体高有关的基因AKAP3、C5H12orf4、FGF6,与胴体及繁殖性状相关的基因CAPN3,与妊娠维持和胎儿生长直接相关的基因CHST14,影响牛奶蛋白质组成的基因IL5RA,参与调节胎儿卵泡生成的基因FGF10。其中，在14号染色体... 相似文献
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【目的】皮山红羊是分布于新疆和田地区的新发现多羔性地方绵羊品种。本研究基于全基因组重测序技术从基因组水平上了解皮山红羊的群体遗传结构及产羔性状受选择信号区域,并对候选基因进行验证。【方法】选择30只连续产2～3羔的经产皮山红羊母羊为高繁组(high fertility, HF),30只连续产单羔的经产皮山红羊母羊为低繁组(low fertility, LF),对这两个群体进行全基因组重测序。应用主成分分析(PCA)、系统进化树、群体遗传结构及全基因组扫描(Fst&θπ)等综合分析法确定候选区域,进一步筛选皮山红羊产羔性状候选基因。采用飞行质谱分型技术对候选基因进行分型验证。【结果】皮山红羊高、低繁殖组群体连锁不平衡(LD)分析衰减曲线相似,系统进化树显示两组群体分化程度不明显。PCA结果显示,两个群体明显聚成一簇,个别个体离群,其位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果。设置同时达到Top 1%Z(Fst)值和θπ值的窗口为候选区域,共注释229个强选择信号,HF和LF组注释基因分别为86和143个,其中筛选到42个可能与繁殖性状相关的候选基因,如MARF1、CHGA、BM... 相似文献
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为提高云南黄山羊新品种培育的育种效率和遗传进展，准确度量育种素材波尔山羊黄色群体的近交程度及亲缘关系是一个有效途径。本研究采用简化基因组测序（GBS）技术对来自云南省种羊推广中心的37只黄色波尔山羊公羊进行测序，通过质控获取高质量高密度SNP变异信息，并使用Gmatrix v2、Plink v1.90、MegaX v10.0等软件进行主成分分析（PCA）、状态同源距离计算（identity by state，IBS）、基因型亲缘关系G矩阵构建、亲缘系数计算、NJ聚类分析和基因组近交系数计算。结果显示，在37只黄色公羊中检测出位于29条常染色体上的高质量SNPs位点88 393个，共检测出长纯合片段（ROH）1 537条，大小在1 000.582~18 400.12 kb之间，平均每条ROH长2 576.34 kb，平均含有93.15个SNPs；37只黄色公羊被分为11个家系，其中3个家系仅各有1只黄色公羊，家系A与K亲缘关系最远；基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.043，其中3只黄色公羊的基因组近交系数>0.125，存在较多的近交积累。本研究结果为波尔山羊黄色群体在云南黄山羊新品种培育中的合理利用提供了科学依据，也为评估山羊个体近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供了有力的技术手段。 相似文献
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旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因。本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(F_(ROH)),并对高频ROH区域进行基因注释。结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异。ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均F_(ROH)的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊)。引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均F_(ROH)明显高于地方品种。在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均F_(ROH)。在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9。基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因。 相似文献
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在紫云英（Astragalus sinicus L）结荚成熟期分期收获,测定不同时期荚果数量及自然落荚、扰动落荚、留枝荚果成熟度和籽粒产量,分析各因素对紫云英种子产量和质量的影响,为紫云英种子最佳收获期的确定提供依据。结果表明,紫云英荚果数量随生育期延长逐渐增加,总荚果数和留枝荚果数于盛花期后26 d达最大值;自然落荚量随成熟度的升高显著增加,61.1%~88.8%荚果成熟时,自然落荚占总荚果数3.3%~24.1%,最高落荚损失占总产量的20.9%,自然落荚的荚果成熟度及千粒重显著高于留枝荚果和扰动落荚。在0~90%的成熟度区间内,单位成熟度对籽粒产量的影响为3.4至-1.1 g·m-2,随成熟度升高,籽粒产量增长率降低。在群落荚果68.7%成熟时,种子产量最高达1 250 kg ·hm-2,花序消失可作为紫云英种子最佳收获期的表观群体信号。 相似文献
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本试验通过高通量测序法研究了吸附在牧草细胞壁降解菌的群落结构,分别将粉碎后的苜蓿、燕麦草、羊草和稻草茎秆3.0g放入尼龙袋中,降解24h全部取出,洗净后提取总DNA,根据高通量测序要求制样。结果表明:(1)吸附于不同牧草细胞壁中的细菌群落结构丰富度:燕麦草>苜蓿>稻草>羊草;(2)四组牧草样品共鉴定得到16个门,27个纲,37个目,63个科和91个属。门水平上,硬壁菌门、拟杆菌门、螺旋体门、纤维杆菌门和变形菌门为优势菌门。综上,不同牧草吸附的细菌种类和数量存在显著差异。 相似文献
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本试验采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)对云南德宏水牛和杂交牛(摩拉水牛×德宏水牛)血清中乳酸脱氢酶(LDH)和过氧化物酶(POD)两种同工酶多态性进行研究,并采用GelDocTM.XR凝胶成像系统扫描仪对乳酸脱氢酶进行定量。结果表明两种牛血清中的两种同工酶均出现多态性,且德宏水牛血清同工酶多态性少于杂交牛。德宏水牛LDH1、LDH2、LDH3、LDH4、LDH5相对百分含量依次为47.25±1.62%、25.41±0.75%、14.07±0.49%、10.55±0.97%、5.98±0.45%;杂交牛依次为49.27±0.85%、26.26±0.55%、12.48±0.40%、8.89±0.52%、6.35±0.27%。对LDH相对百分含量进行方差分析的结果显示,两种牛之间只有LDH3差异显著(P<0.05),其余差异均不显著(P>0.05)。该结果为进一步研究血清同工酶的多态性与生产性能之间的关系提供了理论依据。 相似文献
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旨在筛选猪圆环病毒2型感染猪肾上皮细胞(PK-15)后差异表达miRNA和mRNA,并探究miRNA和mRNA之间的互作关系。使用茎环定量PCR检测多个热点miRNA在PCV2感染组和未接种病毒组之间的差异表达水平以发现差异表达miRNA,分析PCV2感染后第12小时的蛋白质组学研究结果(GEO登录号:GSE71945)以获得差异表达mRNA,并分析差异表达miRNA和mRNA之间的互相作用关系。结果显示,在PCV2感染后第12小时miR-10b、miR-128、miR-155-5p、miR-21、miR-29b、miR-361-3p等表达量显著性变化,使用miRecords预测其靶基因,分别发现7 105、9 741、7 451、7 183、7 971、8 793个靶基因;PCV2感染后第12小时共有158个差异表达mRNA,分属于多种细胞结构成分并参与多条重要的细胞生物途径,且差异miRNA的靶基因和差异mRNA之间有大量的交集基因。上述结果表明,PCV2感染能导致细胞内多种miRNA差异表达,造成miRNA的靶基因表达紊乱,进而影响细胞正常的生命进程。 相似文献
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贮存时间对小麦和玉米青贮质量的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在评价贮存时间对玉米和小麦青贮过程质量的影响。试验选择的原料为玉米和开花期及乳熟期小麦,将其放入1.5 L厌氧发酵罐重,分别发酵1周、2周、1个月、3个月、6个月和1年。贮存一年后,青贮玉米的干物质和中性洗涤纤维消化率显著下降(P <0.05)。干物质产量在贮存3个月后达到最大值(P <0.05)。开花期小麦pH随着贮存时间的延长而降低,乳酸含量在贮存3个月后最高(P <0.05),之后显著降低(P <0.05)。乳熟期小麦pH随贮存时间的升高而降低,乳酸含量在贮存3个月后最高(P <0.05),之后显著降低(P <0.05)。乙酸含量随着贮存时间升高而升高(P <0.05)。贮存时间显著影响青贮玉米干物质、干物质产量、乙酸、中性洗涤纤维消化率及CO_2产量(P <0.05),显著影响开花期小麦pH及CO_2产量(P <0.05),显著影响乳熟期小麦pH、干物质、灰分、乙酸含量、CO_2产量、中性洗涤纤维含量及干物质消化率(P <0.05)。玉米、开花期小麦和乳熟期小麦干物质的损失在3～6个月达到最大水平。乳酸在青贮1～3个月达到最大值,而乙酸则随贮存时间的升高而升高,这也是青贮料好氧稳定性随着时间的增加而升高的原因。 相似文献
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为了解不同贮存温度和时间对富含多不饱和脂肪酸(PUFA)鸡蛋品质的影响,收集饲喂6种日粮的41周龄海兰褐蛋鸡所产蛋,每组40枚,随机均分为2份,分别放置于室温和4 ℃冰箱,在保存0、15、30、60和90 d时各取4枚测定鸡蛋失重率、比重和蛋黄丙二醛(MDA)含量。结果表明:与对照组相比,富含PUFA鸡蛋在贮存过程中失重率、比重和蛋黄MDA含量无显著差异( P >0.05);鸡蛋室温与4 ℃贮存相比3个指标差异极显著( P <0.01),室温贮存失重率是4 ℃贮存的3倍左右,且失重率与贮存时间呈显著正相关;鸡蛋室温贮存比重下降大于4 ℃贮存,且比重与贮存时间呈显著负相关;室温贮存蛋黄MDA含量均高于4 ℃贮存( P <0.05),各组蛋黄MDA含量随贮存时间延长呈显著正相关增加趋势。研究揭示,富含PUFA鸡蛋在储存过程中失重率、比重和蛋黄MDA含量变化与普通鸡蛋无差异;鸡蛋室温贮存15 d或4 ℃贮存30 d仍为鲜蛋,4 ℃贮存优于室温贮存。 相似文献
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为研究不同厌氧处理方式对鲜麦秸品质、活体外瘤胃发酵及甲烷产量的影响,试验分为5个处理组,分别为全株微贮组、秸秆黄贮组、秸秆微贮组、秸秆氨化组和秸秆碱化组。其中全株微贮组、秸秆微贮组秸秆经铡切处理后分别喷洒5×104cfu/g混菌悬浮液,秸秆黄贮组喷洒相同质量的无菌水;秸秆氨化组按照干物质5%喷洒尿素溶液,秸秆碱化组按秸秆干物质4%喷洒生石灰熟化澄清液。结果表明:秸秆微贮组、全株微贮组感官性能优于其他处理组;与秸秆黄贮组相比,全株微贮组、秸秆微贮组、秸秆氨化组及秸秆碱化组粗蛋白质含量分别提高219.21%(P<0.05)、16.75%(P>0.05)、112.81%(P<0.05)、13.79%(P>0.05);全株微贮组的中性洗涤纤维、酸性洗涤纤维含量约是其他处理组的1/2(P<0.05);与秸秆黄贮组相比,秸秆微贮组、秸秆氨化组、秸秆碱化组中性洗涤纤维显著降低8.24%、13.01%、9.09%,酸性洗涤纤维显著降低17.67%、17.68%及15.61%;产气量:全株微贮组>秸秆氨化组>其他处理组;秸秆黄贮组比全株微贮组、秸秆氨化组体外消化率降低了56.39%、24.03%;与秸秆微贮组相比,全株微贮组体外发酵液NH3-N、TVFA、乙酸、丙酸、丁酸、戊酸、异丁酸及异戊酸含量分别提高41.29%、20.99%、10.48%、41.99%、14.61%、166.67%、43.75%及64.71%(P<0.05)。由此可知,秸秆氨化处理和全株小麦经微生物处理均可提高其感官性能,提升产气量、挥发酸及消化率,全株小麦经微生物处理性能优于各秸秆处理组。 相似文献
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大球盖菇是一种食、药用价值较高的珍稀食用菌,其人工培育具有栽培简便、低投入、高产出的经济优势。设计不同桑枝木屑含量配方的基质进行大球盖菇栽培,并利用反向高效液相色谱法测定大球盖菇子实体中1-脱氧野尻霉素(DNJ)的含量。结果表明,基质不同桑枝木屑含量及出菇潮次对大球盖菇子实体DNJ富集量的影响差异显著,桑枝木屑质量分数为70%的栽培基质生产出的第1潮菇子实体DNJ富集量最高,大球盖菇干品中DNJ的质量分数达到0.230 2 mg/g,高于桑枝DNJ的含量,接近桑椹中DNJ的含量。研究结果为进一步提高桑枝资源利用效率及生产较高保健价值食用菌提供了理论依据。 相似文献