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1.
为了了解海南地方猪TLR4基因的多态性,试验采用PCR技术对五指山猪、临高猪和屯昌猪的TLR4基因组序列进行了克隆、测序,应用DNAStar和BioEdit软件分析其序列,SMART、SOPMA、SWISS-MODEL在线软件分析TLR4蛋白的结构,并预测二级结构和三级结构。结果表明:获得的三个品种海南地方猪TLR4基因DNA序列全长均为10 435 bp,其中编码区长2 526 bp,编码841个氨基酸。三个品种猪TLR4基因序列种内比对时,五指山猪在种内有1个核苷酸位点存在多态性;屯昌猪在种内有6个核苷酸位点存在多态性,2处位于编码区;临高猪在种内有3个核苷酸位点存在多态性,1处位于编码区。三个品种猪TLR4基因序列种间比对时,有27个核苷酸位点存在多态性,其中2个为错义突变,导致氨基酸改变。三个品种猪的TLR4基因序列的同源性在99.8%～99.9%之间,高度保守。海南猪TLR4基因在7 209位点的G→T突变和7 781位点的G→A位点突变引起了TLR4蛋白二级结构和三级结构发生改变。说明海南地方猪TLR4基因存在多态性,并且其多态性引起的结构改变可能使TLR4基因功能发生变化。 相似文献
2.
采用PCR-RFLP法对海南五指山猪、临高猪及屯昌猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。结果表明:五指山猪和临高猪SLA-DQB基因外显子2经限制酶RsaⅠ酶切后出现7种基因型,均由4个复等位基因A、B、C、D控制。屯昌猪中仅出现4种基因型,由3个复等位基因A、C、D控制。经HaeⅢ酶切结果出现8种基因型,这8种基因型在五指山猪群体中均存在,由E、F、G、H4个复等位基因控制;临高猪、屯昌猪经HaeⅢ酶切分别出现6种和5种基因型,均由3个复等位基因E、F、G控制。χ2适合性检验结果表明,五指山猪的RsaⅠ和HaeⅢ酶切位点突变未达到Hardy-Weinberg平衡。临高猪SLA-DQB基因外显子2RsaⅠ酶切位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,屯昌猪SLA-DQB基因外显子2的2个酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。 相似文献
3.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(17)
为了探讨海南五指山猪TLR2基因的分子结构特征及相关遗传变异,为研究TLR2基因遗传变异与免疫疾病的关系打下基础,试验采用PCR技术对该基因组序列进行克隆、测序及相关生物信息学分析。结果表明:获得2 649 bp的五指山猪TLR2基因的DNA序列,其基因编码区全长2 358 bp,编码785个氨基酸;与Gen Bank中发布的普通猪TLR2基因序列相比,共发现9处突变,其中在编码区序列存在2处突变,属于有义突变;与普通猪、马、牛、绵羊、人、黑猩猩、猕猴、犬、小鼠、鸡、斑马鱼的氨基酸序列的一致性分别为99.7%、82.1%、81.4%、80.6%、78.4%、78.4%、77.8%、77.3%、68.2%、50.7%、40.4%;五指山猪TLR2编码的蛋白主要位于质膜,属于分泌性蛋白、亲水性蛋白和跨膜蛋白,有信号肽和5个糖基化修饰位点,存在较多的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点;不同物种TLR2基因在进化过程中具有较高的保守性。说明TLR2基因可作为今后研究海南五指山猪免疫疾病的重要指标之一。 相似文献
4.
为了解贵州省不同品种羊TLR2基因序列的多态性特征,本研究以不同品种羊血液DNA为模板,对TLR2基因完整ORF进行PCR扩增、测序及序列分析。结果显示,5种羊TLR2基因扩增长度均为2 355 bp。对贵州黑山羊、黔北麻羊、贵州白山羊、波尔山羊和湖羊5种羊TLR2基因进行种内比对结果显示,贵州黑山羊、黔北麻羊、波尔山羊种内TLR2基因序列保守,贵州白山羊种内A1732T位点存在多态性,湖羊种内在G1133A、T1162G、A1949G等位点存在基因多态性;种间比对结果显示,4种山羊有16个核苷酸位点存在多态性,其中有10个错义突变。4种山羊与湖羊进行比对结果显示,湖羊存在较多的多态性位点,其中有11处位点的差异导致氨基酸的变化。蛋白质结构预测分析显示,不同品种羊TLR2基因呈现的错义突变位点引起了其蛋白质二级结构和三级结构的变化,提示可能存在TLR2参与免疫相关信号通路水平的变化。本研究填补了贵州地方山羊品种TLR2基因多态性空白,为探究TLR多态性与羊疫病易感性关系提供基础研究资料。 相似文献
5.
采用PCR-SSCP技术,对五指山猪、海南地方猪2个品系(临高猪、屯昌猪)等猪种的IGFBP6基因的多态性进行研究。结果表明,引物P1和P2的PCR片断SSCP分析表现有多态性,且出现3种基因型。随后的测序结果表明,它们都在相应的区域存在着变异;引物P1在海南地方猪种大多表现BB基因型和以B等位基因为主,引物P2大多表现CC基因型和以C等位基因为主。SPSS软件分析五指山猪IGFBP6基因多态性与其3个生长阶段的关联程度,结果发现,引物P1 AA基因型和引物P2 DD基因型的猪个体在2月龄、8月龄、12月龄的生长体重高于其它基因型,但个体差异均不显著(P0.05)。 相似文献
6.
为获得五指山猪FUT1基因序列并分析其基因结构,检测FUT1基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点在五指山猪群体中的分布情况,本试验利用PCR扩增猪FUT1基因组序列,通过基因测序寻找该基因中的SNP位点,使用PCR-RFLP方法对120头五指山猪进行了FUT1基因型检测,并运用生物信息学方法对FUT1基因序列进行分析。在猪FUT1基因组中共发现两个单碱基突变,分别位于编码区(A+307G)和3'非翻译区(A+1856C);在FUT1基因A+307G突变位点上,五指山猪均为GG基因型;此外,FUT1基因启动子区域和第2外显子处存在CpG岛。本研究成功获得五指山猪FUT1基因序列信息,为下一步五指山猪FUT1基因的功能研究奠定基础。 相似文献
7.
根据人和小鼠TLR2基因序列设计了特异性PCR引物,优化PCR条件后扩增到中国梅山猪、欧洲约克夏猪、PIC-2系及PIC-3系商品猪的TLR2基因690 bp的基因片段,并对其进行序列分析。序列分析结果显示,猪TLR2基因多态性程度低,发现在猪TLR2基因编码区第1 255位点上存在1个单碱基突变位点。利用双向特定等位基因PCR扩增法(B i-PASA)建立了检测猪TLR2基因变异的遗传标记。利用猪TLR2基因的B i-PASA标记,分析了TLR2基因在大河乌猪、撒坝猪和黔邵花猪中的基因频率和多态性。研究建立的B i-PASA遗传标记和基因变异信息,将为进一步分析猪TLR2基因变异与疾病抵抗力及经济性状的相关分析提供基础资料。 相似文献
8.
利用NCBI公布的TLR2基因序列设计引物,RT-PCR克隆巴马香猪(Sus barbatus)TLR2基因。核酸序列分析表明,巴马香猪TLR2基因开放阅读框长2358bp,编码785个氨基酸,该蛋白等电点为7.52,相对分子质量为89480;与普通猪比对发现,巴马香猪TLR2基因有15个碱基发生突变;与小鼠、狗、鸡、牛、羊和人的同源性分别为73.4%,82.4%,59.5%,85.3%,84.6%,82.4%。TLR2膜外区蛋白为背侧多个α螺旋和内侧多个β折叠平行交替排列构成一个弯曲状螺旋结构;N末端存在信号肽,且可能在21～22位氨基酸处存在裂解位点;胞外区有4个明显的LRR,分别位于第76～99、360～385、413～432和457～476位氨基酸区;膜外区含6个N连接的糖基化位点。 相似文献
9.
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
10.
为探讨不同遗传背景猪黏病毒耐药蛋白1（myxovirus resistance,Mx1）基因的遗传多态性,本试验采用RT-PCR方法扩增克隆出猪Mx1基因并进行生物信息学分析,采用高分辨率熔解曲线法（HRM）对民猪、长白山野猪与民猪杂交猪（简称野杂猪）和大白猪3个群体Mx1基因外显子2区多态性进行分析。结果显示,从民猪及野杂猪中成功克隆出4条Mx1基因mRNA序列。该序列含有1个1 992 bp的完整开放阅读框（ORF）,编码663个氨基酸。比较发现4条Mx1基因序列中共含有30个SNPs位点,其中17个SNPs位点引起了氨基酸序列的变异。功能结构域分析发现,大部分氨基酸突变位点位于Mx1基因功能结构域两侧。HRM多态性分析显示,Mx1基因外显子2区DD基因型作为优势基因型在3个群体中具有最高的基因型频率,其中大白猪中DD基因型频率为100%,野杂猪为62.5%,民猪为56.2%。基因多态性分析还发现该区域存在更多的核苷酸及氨基酸突变位点,表明民猪和野杂猪Mx1基因存在更丰富的基因多态性。 相似文献
11.
为研究日粮粗纤维水平对定安鹅生产性能及器官指标的影响,试验选取遗传背景一致、体重相近[(1384.33±0.76)g]的28d定安鹅120只,随机分为3个处理组,每个处理组设4个重复,每个重复10只。分别饲喂粗纤维水平为4.29%、5.29%和6.29%的日粮。试验期为35d。结果表明:(1)5.29%粗纤维组末重和日增重较6.29%粗纤维组分别提高13.57%和27.95%(P<0.05);5.29%粗纤维组采食量比4.29%和6.29%粗纤维组提高5.72%和7.95%(P<0.05);5.29%粗纤维组料重比较6.29%粗纤维组降低16.05%(P<0.05)。(2)5.29%粗纤维组屠宰率、半净膛率、腿肌率和胸肌率分别比4.29%和6.29%粗纤维组分别提高1.64%和2.28%、0.38%和1.03%、0.51%和9.45%、4.31%和6.84%(P>0.05)。腹脂率随着粗纤维水平的提高有下降的趋势(P>0.05)。(3)与4.29%和6.29%粗纤维组相比,5.29%粗纤维组心、肝、胃、肌胃及脾脏指数分别提高5.31%和2.43%、6.15%和5.03%、10.45%和7.29%、11.45%和7.94%、1.65%和2.50%(P>0.05)。综合认为,5.29%粗纤维可使35~70d定安鹅获得较优的生产性能。 相似文献
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13.
旨在通过研究鸭miR-21的分子特征、时空表达模式以及对鸭骨骼肌卫星细胞的增殖与分化的影响,为探索骨骼肌发育机制提供支撑。本研究选取180枚(98±5)g鸭蛋,相同条件孵化。从孵化第11天到第27天每天取3枚鸭蛋(分别表示为:E11、E12、E13……E26、E27),无菌状态下逐只采集鸭胚胸肌样品。E27时另取3只鸭胚逐只采集腿肌、心、肝、肾、肌胃、小肠、腹脂和皮脂。混合酶消化法和差速贴壁法分离和纯化骨骼肌卫星细胞,骨骼肌卫星细胞增殖、分化时期分别过表达和干扰miR-21表达,利用荧光定量、蛋白杂交、EdU检测及流式细胞术等检测miR-21对鸭骨骼肌卫星细胞增殖和分化的影响。qRT-PCR结果显示,miR-21的表达随着孵化时间的增加而增加,E19天时到达最高,然后逐渐降低;E27时,miR-21在肝中的表达量最高。在增殖的鸭骨骼肌卫星细胞中过表达miR-21,荧光定量PCR检测CDK2和CyclinD1基因的mRNA表达量分别显著(P<0.05)和极显著增加(P<0.01),EdU检测阳性细胞数目显著增加(P<0.05),流式细胞仪检测发现G2期细胞数目极显著降低(P<0.01)、S期细胞数量显著增加(P<0.05)。在增殖的骨骼肌卫星细胞中,干扰miR-21表达,所得结果相反。在分化的鸭骨骼肌卫星细胞中过表达miR-21,qRT-PCR检测MyoG和MyHC基因的mRNA表达量均极显著增加(P<0.01);蛋白杂交(WB)检测结果显示,MyoG蛋白表达显著增加(P<0.05),MyHC蛋白表达极显著增加(P<0.01)。免疫荧光检测发现,MyHC阳性细胞数和10核以上的肌管数都极显著增加(P<0.01)。在分化的鸭骨骼肌卫星细胞中,干扰miR-21的表达,所得结果相反。结果表明,miR-21具有促进成肌细胞鸭骨骼肌卫星细胞增殖和分化的作用。 相似文献
14.
为获得一种具有抗原性的牛结核分枝杆菌(MB)感染早期标识物MPB70、MPB83分泌性蛋白的串联抗原蛋白,本研究利用DNAStar生物信息软件对MB感染早期标识性分泌性蛋白MPB70、MPB83抗原结构区域进行预测后设计合成相应引物,并在两个片段之间引入16位柔性多肽,通过重叠延伸PCR技术获得MBP70与MBP83基因的抗原优势区核苷酸串联片段,将其连接至原核表达载体pGEX-6p-1中经诱导、表达,结果显示构建的重组表达载体获得高效表达,目的抗原蛋白的分子质量约58ku,纯化后重组蛋白的纯度>90%,经免疫BALB/c小鼠4次后,抗体效价达到1∶51200。本实验获得了具有明显抗原活性的MB感染早期分泌性蛋白串联抗原MPB70+MPB83,为后续进一步研发MB早期感染标识物快速检测试剂盒奠定了基础。 相似文献
15.
旨在研究1株连续传代的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) SDZP P126 GP2基因的变异情况,以及GP2对病毒增殖的影响。构建GP2基因全长真核载体pEGFP-N1-GP2,利用生物学软件对GP2基因进行核苷酸和氨基酸的同源性分析,并将重组质粒pEGFP-N1-GP2转染到Marc-145细胞上,接毒后检测对病毒增殖的影响。通过GP2基因核苷酸和氨基酸的同源性分析,发现9个碱基的突变,这9个碱基的突变导致了5个氨基酸的突变。其中氨基酸序列中的第10位由亮氨酸突变为苯丙氨酸,这一突变在多株致弱毒株中存在,在Marc-145细胞转染重组质粒pEGFP-N1-GP2对病毒的增殖无显著影响。初步推断SDZP P126 GP2基因的突变对病毒在Marc-145细胞上增殖没有影响。 相似文献
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旨在研究1株连续传代的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) SDZP P126 GP2基因的变异情况,以及GP2对病毒增殖的影响。构建GP2基因全长真核载体pEGFP-N1-GP2,利用生物学软件对GP2基因进行核苷酸和氨基酸的同源性分析,并将重组质粒pEGFP-N1-GP2转染到Marc-145细胞上,接毒后检测对病毒增殖的影响。通过GP2基因核苷酸和氨基酸的同源性分析,发现9个碱基的突变,这9个碱基的突变导致了5个氨基酸的突变。其中氨基酸序列中的第10位由亮氨酸突变为苯丙氨酸,这一突变在多株致弱毒株中存在,在Marc-145细胞转染重组质粒pEGFP-N1-GP2对病毒的增殖无显著影响。初步推断SDZP P126 GP2基因的突变对病毒在Marc-145细胞上增殖没有影响。 相似文献
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为进一步了解Ⅰ群禽腺病毒鸭源分离株的致病性和生物学特性,采取接种鸡胚和鸭胚,攻毒SPF鸡和雏鸭,并应用鸡胚成纤维细胞(CEF)和鸡胚肝细胞(CEL)培养观察细胞病变。试验结果表明,SPF鸡胚和鸭胚均出现死亡以及心包积液等典型症状,SPF鸡和雏鸭也引起不同程度死亡,且出现与临床送检病例类似的症状,PCR检测与序列分析证实分离的2株鸭源Ⅰ群禽腺病毒均为FadV-4血清型,病毒接种CEF细胞后没有细胞病变,而接种CEL细胞后则出现很强的聚集性、细胞变圆等典型病变。表明分离的鸭源FadV-4对SPF鸡和雏鸭均具有一定的致病性,对CEL细胞具有一定的适应性。 相似文献
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为制备兔出血症病毒VP60单克隆抗体,利用HEK293T细胞瞬时表达VP60,免疫Balb/c小鼠,将小鼠脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞融合,间接ELISA筛选获得阳性克隆细胞株-5D11。利用血凝抑制(HI)、间接免疫荧光(IFA)和Westernblot等方法对5D11分泌的单克隆抗体活性进行鉴定,并对其识别区域进行了定位。结果显示,5D11能抑制病毒凝集人“O”型红细胞,与杆状病毒表达的VP60蛋白发生特异性抗原抗体反应,且其识别VP60蛋白线性抗原表位,并定位于494aa-579aa区段。成功制备了抗VP60蛋白单克隆抗体,为开展病原学检测、流行病学研究等奠定了基础。 相似文献
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为制备兔出血症病毒VP60单克隆抗体,利用HEK293T细胞瞬时表达VP60,免疫Balb/c小鼠,将小鼠脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞融合,间接ELISA筛选获得阳性克隆细胞株-5D11。利用血凝抑制(HI)、间接免疫荧光(IFA)和Westernblot等方法对5D11分泌的单克隆抗体活性进行鉴定,并对其识别区域进行了定位。结果显示,5D11能抑制病毒凝集人“O”型红细胞,与杆状病毒表达的VP60蛋白发生特异性抗原抗体反应,且其识别VP60蛋白线性抗原表位,并定位于494aa-579aa区段。成功制备了抗VP60蛋白单克隆抗体,为开展病原学检测、流行病学研究等奠定了基础。 相似文献
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山东及周边部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的变异与遗传演化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解中国山东及周边部分地区自2017年以来猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的分子流行病学特征、基因组变化规律,作者收集来自山东省、河南省和江苏省的部分猪场采集及送检的疑似PRRS症状猪组织样品70份,利用RT-PCR方法对其进行PRRSV检测。对部分阳性病料中PRRSV的基因重组、决定中国高致病性PRRSV(HP-PRRSV)致病性和复制力的Nsp9第561、586和592位氨基酸等进行分析,以探明该区域PRRSV的遗传演化规律。结果显示,PRRSV检出率为55.7%,从上述样品筛选11株PRRSV分离株。Nsp2序列分析显示,与经典美洲毒株VR-2332相比,7株PRRSV分离株的Nsp2蛋白分别在第481及533-561位发生了30个氨基酸的不连续缺失,这与我国自2006年以来流行的HP-PRRSV的缺失特征相同;2株PRRSV分离株的Nsp2蛋白在481、533-561及595-597位发生了三个部位的共33个不连续氨基酸的缺失;2株PRRSV分离株的Nsp2蛋白在475-518及533-561位出现了两个部位的共73个不连续氨基酸的缺失。该研究中PRRSV分离毒株的Nsp2基因已发生了明显的新型缺失。采用基因重组分析软件RDP4分析显示,以上后4株新型缺失株存在较大的基因重组,且重组部位和重组片段数量不相同;4株病毒均以高致病性毒株JXA1作为重组的主要亲本毒株,多数重组变化集中在Nsp2蛋白区域,在其他非结构蛋白和次要蛋白区域也可见部分重组变化。另外,Nsp9第561、586和592位氨基酸变异分析显示,该4株病毒在上述三个氨基酸位点与中国HP-PRRSV相符。本研究为深入探索PRRSV的遗传变异规律及相关生物学特性研究积累了数据。 相似文献