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基因组选择是当前畜禽育种领域一项热门的分子育种方法,已经在实际育种中得到应用并取得良好的效果。基因组选择使用数学模型计算出覆盖全基因组范围内的高密度标记的效应值,从而得到个体基因组估计育种值,再进行高效的选种选配工作。该方法可以提高传统育种值估计的准确性,实现畜禽育种早期选择,缩短世代间隔,从而加快遗传进展。同时,随着第二代测序平台和基因芯片技术不断成熟,单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）标记已成为普遍且重要的动植物研究手段,SNP芯片检测成本也不再高昂。文章综述了常见的基因组选择模型及其在家禽育种中的应用,讨论了其面临的挑战,并且展望了其应用前景,为我国地方家禽保护、评价和利用提供参考。 相似文献
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畜禽的选种选育在生产中至关重要,育种值估计是选种选育的核心。基因组选择（genomic selection,GS）是利用全基因组范围内的高密度标记估计个体基因组育种值的一种新型分子育种方法,目前已在牛、猪、鸡等畜禽育种中得到应用并取得了良好的效果。该方法可实现畜禽育种早期选择,降低测定费用,缩短世代间隔,提高育种值估计准确性,加快遗传进展。基因组选择主要是通过参考群体中每个个体的表型性状信息和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）基因型估计出每个SNP的效应值,然后测定候选群体中每个个体的SNP基因型,计算候选个体的基因组育种值,根据基因组育种值的高低对候选群体进行合理的选择。随着基因分型技术快速发展和检测成本不断降低,以及基因组选择方法不断优化,基因组选择已成为畜禽选种选育的重要手段。作者对一些常用的基因组选择方法进行了综述,比较了不同方法之间的差异,分析了基因组选择存在的问题与挑战,并展望了其在畜禽育种中的应用前景。 相似文献
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高密度SNP芯片及其对肉牛育种影响的研究进展 总被引：1，自引：1，他引：0
近年来先进的测序和基因分型技术促进了肉牛育种方法的革新。从过去低通量、耗时的限制性片段多态标记(RFLP)到如今高通量、高密度的单核苷酸多态性(SNP)标记,基因检测效率大幅提高。随着肉牛基因组序列图谱及SNP图谱的完成,基于高密度SNP标记的牛全基因组选择成了牛育种的新热点。作者立足高密度SNP芯片对肉牛育种的影响,综述高密度SNP芯片及和下一代测定技术及肉牛全基因组选择的研究进展,阐明高密度SNP芯片对多品种全基因组选择的模型的建立及准确的预测基因组育种值极其重要。 相似文献
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全基因组选择技术在牧场的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
奶牛育种是牧场管理工作中的基础工作,全基因组选择技术为牧场奶牛育种提供了新的育种工具,是目前奶牛选种育种已成熟使用的最前沿技术,该技术主要通过检测覆盖全基因组的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体进行遗传评估,可以大幅提高育种值估计准确度、缩短世代间隔、降低群体的近交水平,快速提升个体遗传进展和生产水平。本文对全基因组选择技术的发展、遗传进展进行了论述并对牧场检测的头胎母牛305d产奶量、乳脂率、乳蛋白率等表型值与基因组检测的产奶量、乳脂率、乳脂量、乳蛋白率、乳蛋白量5个生产性能单性状育种值进行分析,为基因组选择在牧场的应用提供参考。 相似文献
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数量性状是羊育种中的重要性状,受微效多基因控制、遗传力低,而传统育种方法难以提高羊的育种效率。提高动物育种效率对于选种选配工作和经济生产效益至关重要。随着育种新技术的不断革新与发展,基因组选择(genomic selection, GS)方法已成为育种技术中强大的工具,且已成功运用于个体经济价值较大的物种中,其具有缩短世代间隔、提高育种准确性、减少生产成本、提高畜禽经济效益等优势。近年来,由于基因组技术的不断成熟和各个统计模型的升级优化,以及高密度SNP芯片价格的下调,报告有关于基因组选择育种的实证和模拟研究层出不穷,且基因组选择技术已在羊育种中逐步开展,特别是在羊的重要性状中已有不少报道。由于羊的品种较多,地方性状差异化较大,个体经济价值略低,尽管基因组育种的新技术已经非常成熟,但目前仍没有在羊育种中大范围普及。为了更全面地了解该技术在羊育种中的研究现状,且基于选种选配的重要地位,作者就基因组选择在羊育种中的研究进展展开综述,主要从表型测定、基因分型、不同模型方面介绍了基因组选择在羊的重要性状中的应用和现状,讨论了其优势与挑战,并展望了基因组选择的未来发展方向。 相似文献
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旨在系统比较GBLUP、SSGBLUP、BayesA、BayesB、BayesC、BayesLASSO、BSLMM和BayesR等8种方法对猪重要经济性状基因组选择的准确性。本研究以本实验室收集的2 585头大白猪达100kg日龄、达100kg背膘厚和母猪乳头数3个性状为分析对象,结合猪50K基因芯片分型数据,以加性模型为基础,利用5倍交叉验证比较8种方法的基因组选择准确性。研究发现,基因组选择的准确性与不同性状估计遗传力呈正相关。交叉验证结果表明,预测准确性最高的性状为达100kg日龄,但不同方法在不同性状中表现并不完全相同,在达100kg日龄和达100kg背膘厚中SSGBLUP基因组预测准确性均为最高,而在母猪乳头数中BayesA的基因组预测准确性最高。综上表明,对小样本开展基因组预测时,中、高等遗传力性状可以选择SSGBLUP方法,低等遗传力性状可以选择BayesA方法。如何优化和选择一种广泛适用于所有性状的方法,可能是未来研究的方向。 相似文献
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旨在研究猪胎盘特异性基因PLAC1的表达规律,并对其基因结构、生物功能和遗传方式进行初步鉴定。本研究以妊娠26、50和95天的猪胎盘组织为材料,利用RACE-PCR及RT-PCR技术克隆猪PLAC1基因及其不同转录本的全长序列,同时通过原位杂交验证其在胎盘中的表达模式。并检测猪PLAC1基因的序列变异。结果表明,猪PLAC1基因存在3种不同的转录本,3种转录本的CDS区完全相同,长525bp,编码174个氨基酸;组织表达谱和原位杂交结果显示,PLAC1基因特异性表达于猪胎盘绒毛膜上皮细胞中,并在不同妊娠时期差异表达,妊娠50和95天PLAC1mRNA的表达显著高于妊娠26天(P<0.01)。猪群中PLAC1基因的SNP基因分型检测结果表明该基因遵循半合基因的遗传方式。本试验结果为研究猪PLAC1基因在胎盘发育过程中的生物功能奠定了基础。 相似文献
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恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明, 16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积。此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头。基于CLR方法共检测到126个显著选择信号候选区域,总长约为51.6 Mb,占基因组总长的2.1%。利用iHS方法,共发现248个显著选择信号候选区域,长度约为78.78 Mb,约占基因组总长的3.2%。富集分析表明,与选择信号区域重叠的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关。研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势。选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据。 相似文献
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控制成本一直是牧场经营的重要环节。油菜易种植、生长快、产量高,可以作为优质的蛋白补充饲料。晾晒处理是青贮前进行水分控制的较为经济的手段。本试验研究了油菜刈割后不同时间晾晒处理对其主要营养物质成分的影响,为湖北地区饲料油菜青贮应用与生产实践提供理论支持。结果表明:春季刈割油菜经15～27℃晾晒处理,水分含量显著下降(P<0.05),并在晾晒第2日低于75%;粗蛋白含量显著下降(P<0.05)且随着晾晒时间的增加变化不明显;粗脂肪含量显著上升(P<0.05),并在第2日达到最高;粗纤维、中性洗涤纤维和酸性洗涤纤维均出现下降趋势(P<0.05)。因此,综合认为,依湖北地区气候特点,在气温15～27℃条件下,全株油菜晾晒处理2日可满足油菜青贮水分条件并能最大限度保存油菜的营养成分。 相似文献
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试验旨在通过研究地面平养模式下不同饲养密度对蛋鸡行为、外观、血液应激指标及生产性能的影响,筛选保证蛋鸡福利状况及生产性能的最大饲养密度,为我国推广地面平养模式蛋鸡福利养殖奠定理论基础。将780只苏禽绿壳蛋鸡按舍内密度分为四组,其中地面平养分为低密度组(6只/m^2)、中密度组(8只/m^2)、高密度组(10只/m^2),笼养组为对照组,每组3个重复。试验期为18~27周龄,蛋鸡行为学数据均采用视频录像收集,在27周龄末进行翅静脉采血和福利外观评价,统计分析24~27周龄生产性能。结果显示:笼养蛋鸡的产蛋率,攻击、刻板等非福利行为均显著高于平养组(P<0.05),脚垫损伤、羽毛评分、应激激素浓度(CORT、ACTH)显著低于平养组(P<0.05)。地面平养各组间,高密度组蛋鸡料蛋比显著高于低、中密度组(P<0.05);低、中密度组蛋鸡行走和休息时间比例均显著高于高密度组(P<0.05);低密度组蛋鸡啄羽行为显著低于高密度组(P<0.05),但与中密度组差异不显著(P>0.05);低、中密度组蛋鸡脚垫损伤、背羽损伤显著低于高密度组(P<0.05);高密度组蛋鸡血清中CORT和ACTH浓度显著低于低、中密度组(P<0.05)。由此可见,平养蛋鸡比笼养蛋鸡行为表现更积极,羽毛覆盖度更好,但应激水平和足部损伤较高、生产性能较低;在试验场地模式下,推荐8只/m2为最佳饲养密度。 相似文献
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牛奶中各种成分含量是影响牛奶品质的重要因素,也是决定其价格的重要因素之一,高品质的牛奶和奶产品往往对人们的健康具有重要的意义。而具有高效低成本的中红外光谱(MIR)已逐渐成为奶产品品质检测的有效新方法。十多年来,欧美发达国家已利用MIR建立了牛奶和奶产品中脂肪酸、蛋白质、矿物质等成分含量预测模型,并投入生产使用。然而,我国在利用MIR预测牛奶中成分的研究较晚、没有得到有效应用。在建立模型的过程中,可选择较多的建模方法,其中回归建模方法的正确选用是决定模型预测能力的关键所在,而正确的预测方法往往意味着更高的预测精度和更强的泛化能力。偏最小二乘法(PLS)、最小二乘支持向量机(LS-SVM)、人工神经网络(ANN)以及贝叶斯回归(Bayes-R)因为其各自不同的优点已成为目前使用较多的几种预测方法。本文对这些方法及其特征进行介绍和总结。 相似文献
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为了建立一种敏感和特异的猪圆环病毒3型(PCV3)抗体检测方法,对PCV3-Cap蛋白抗原表位预测发现其抗原表位多聚集在C端(羧基端),而N端前33氨基酸为核定位序列。以截断N端前120个氨基酸后的PCV3ORF2序列为靶基因,设计引物。以PCV3阳性病料为模板,PCR扩增截短的ORF2基因,并将其克隆至pET-30a载体构建重组质粒,并转染至大肠杆菌E.coli BL21感受态细胞,获得重组菌后选择最佳诱导表达条件,采用Ni-NTA亲和层析柱纯化表达产物。以纯化后的重组Cap蛋白作为包被抗原,建立PCV3间接ELISA (indirectELISA)诊断方法,并初步用于临床样品检测。结果:从阳性病料中扩增出大小为285bp的PCV3ORF2基因片段,重组质粒经双酶切和测序鉴定构建成功。采用1mmol·L-1 IPTG诱导,在37℃条件下培养6h重组菌,重组蛋白获最佳表达。Western blot结果表明,该重组蛋白与PCV3阳性血清具有较好的反应原性。ELISA的最佳包被抗原质量浓度为1μg·mL-1,待检血清最佳稀释度为1∶20,酶标抗体最佳工作浓度为1∶5 000。阳性判定值为S/P≥0.273。批内和批间系数均小于10%,表明该方法具有较好的重复性。PCV2阳性血清用本方法检测为阴性,表明该方法有较好的特异性。检测采集的439份临床猪血清,PCV3抗体阳性检出率为60.59%(266/439)。结果表明,本研究建立了一种快速、简便、敏感、特异的猪圆环病毒3型(PCV3)抗体检测方法。 相似文献
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本研究旨在了解我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌(Pm)的主要基因型。利用荚膜基因分型、脂多糖(LPS)基因分型、多位点序列分型(MLST)对2013年12月—2017年12月4年间来源于我国各地区规模化猪场患有疑似呼吸系统疾病的病死猪肺、鼻拭子、气管、肝等样品中分离鉴定的Pm进行基因型分析,并对23种主要毒力基因进行检测。结果表明,当前在我国猪群中流行的Pm的荚膜基因型为A(48.85%)、D(42.75%)、F(2.67%),优势基因型为A和D;LPS基因型为L3(25.00%)和L6(75.00%)型,优势基因型为L6;MLST基因型为ST3(21.25%)、ST10(27.50%)、ST11(42.50%)、ST12(2.50%)、ST16(2.50%)、ST74(1.25%)及ST75(2.50%),优势基因型为ST3、ST10和ST11。如果将荚膜基因型、LPS基因型和MLST基因型组合起来看,当前在我国猪群中流行的Pm的主要基因型为荚膜:脂多糖:MLST基因型A:L3:ST3(20.00%)、A:L6:ST10(26.25%)及D:L6:ST11(42.50%)。毒力基因检测的结果发现部分毒力基因的分布表现出一定的"基因型偏好性"。结果提示,D:L6:ST11是我国猪群中流行的多杀性巴氏杆菌的主要基因型,可能与我国猪群中由多杀性巴氏杆菌导致的呼吸道疾病密切相关。 相似文献
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microRNAs是广泛存在于真核生物中的小分子非编码RNA,在转录后水平调节多种生物进程,包括细胞分化和发育、免疫反应、凋亡等。microRNA-155是一个多功能的microRNA,研究发现microRNA-155在结核分支杆菌与巨噬细胞互作中发挥着重要的调控作用,巨噬细胞是结核分支杆菌在体内的主要宿主细胞,结核分支杆菌与巨噬细胞互作的结果与结核病的发展密切相关。论文对结核分支杆菌与巨噬细胞互作中microRNA-155调控细胞自噬、细胞凋亡、细胞杀菌能力等作用的研究进展进行综述,以期为结核病的诊断和治疗提供新的思路。 相似文献