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捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后比较转录组学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探明捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后在转录组水平上的差异,本研究采用Illumina Hiseq4000对给药前后的捻转血矛线虫进行转录组测序,筛选得到差异表达基因并通过GO和KEGG数据库对其进行功能注释及富集性分析,并利用荧光定量PCR验证部分差异表达基因。结果显示,共筛选获得851个显著差异表达基因,其中包括584个上调基因和267个下调基因。通过GO功能富集分析显示,有458、418和367个基因分别注释到生物学过程、分子功能和细胞组分三大类;对差异表达基因进行KEGG富集分析显示,有173个差异表达基因参与到75条KEGG通路中,显著富集在核糖体合成、细胞凋亡、过氧化物酶增殖体激活受体(PPAR)等信号通路。本试验初步筛选了阿苯达唑耐药株给药前后的差异表达基因,为深入探索捻转血矛线虫耐药性分子机制、筛选对耐药性检测的分子标记及耐药性早期鉴别诊断方法的建立提供重要数据。 相似文献
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为探究捻转血矛线虫的伊维菌素(IVM)敏感虫株与耐药虫株显著差异的microRNA (miRNA)转录谱，发掘其耐药相关的miRNA，本实验采用Illumina Hiseq2000平台分别对捻转血矛线虫IVM敏感虫株与耐药虫株测序，构建cDNA文库，通过质控后采用生物信息学软件筛选捻转血矛线虫IVM敏感与耐药虫株的差异mi RNA。结果显示，捻转血矛线虫的IVM敏感与耐药虫株筛选出转录显著差异的miRNA共375个，其中253个转录上调，122个转录下调。利用RNAhybrid (V6.01)、Miranda (V3.3a)、TargetScan (V7.0)软件对筛选到的mi RNA靶基因进行预测，并取交集作为mi RNA靶基因预测结果，将筛选出显著差异的靶基因通过perl脚本与显著差异的miRNA进行关联分析，结果显示共关联到2 106对miRNA-mRNA为负调控关系，其中涉及到477个差异的m RNA和603个差异的miRNA。对显著差异的miRNA靶基因进行GO富集分析，结果显示其中有492个GO terms，包括生物过程(BP) 322个、细胞组分(CC) 47个、分子功能... 相似文献
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《中国动物传染病学报》2019,(1)
为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(avian Pasteurella multocida,Pm)四环素(Tetracycline,Tet)敏感株与耐药株(MIC=32μg/mL)在转录组水平上的差异,本研究采用RNA-seq技术对Tet敏感株与耐药株进行双向测序,通过GO、KEGG和ARDB数据库对表达差异基因进行注释和富集性分析。结果显示,共筛选出442个差异表达基因,其中包括103个上调基因和339个下调基因。通过GO功能富集分析显示差异表达基因多数富集于核糖体结构成分、rRNA结合、跨膜运输和离子转运等生物过程;对差异表达基因进行信号通路富集性分析,大多数差异表达基因分布在ABC转运蛋白与核糖体代谢途径中;对差异表达基因进行耐药基因注释(ARDB),发现其中的耐药基因主要为核糖体保护蛋白和外排系统两类。本研究表明禽源Pm对四环素耐药的耐药机制可能与细胞膜上ABC转运蛋白的过量表达以及核糖体保护蛋白有关。 相似文献
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为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(Pm)链霉素(Str)敏感株与耐药株(MIC=1024μg/mL)在转录组水平上的差异,本研究采用RNA-seq技术对Str敏感株与耐药株进行双向测序,筛选得到差异表达基因,通过GO、KEGG和ARDB数据库对差异表达基因进行分组和富集性分析,并利用荧光定量PCR对筛选出的差异表达基因进行验证。结果显示,共筛选获得625个差异表达基因,其中包括581个上调基因和44个下调基因。通过GO功能富集分析显示差异表达基因多数发挥细胞膜转运功能;对差异表达基因进行信号通路富集性分析显示,大多数差异表达基因分布在ABC转运蛋白与双组分系统代谢途径中;采用ARDB对差异表达基因进行耐药基因分析,显示其中的耐药基因主要为氨基糖苷转移酶类和外排系统两类。本研究结果表明,禽源Pm对Str的耐药机制可能与细胞膜上多药外排泵的过量表达和氨基糖苷转移酶类灭活抗菌药物有关。同时,也为进一步研究禽源Pm对Str的耐药机制奠定了基础。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2017,(4)
为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(Avian Pasteurella multocida,Pm)敏感株与环丙沙星(Cip)耐药株的差异表达基因,本研究采用高通量转录组测序的RNA-seq技术对敏感株与Cip耐药株进行检测,参考Pm70株基因组(NC_002663.1)进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得表达差异基因,利用GO和KEGG数据库对表达差异基因进行注释与富集性分析,并利用荧光定量PCR对转录组测序中的差异表达基因进行验证。结果显示,所有样品测序数据参考Pm70全基因组匹配率均达到95.87%以上,对基因差异表达进行分析后鉴定得到19个差异表达基因,其中15个上调,4个下调。通过GO功能富集分析显示差异表达基因主要为转运运输功能,并对差异表达基因进行信号通路富集性分析,结果表明最具代表性的信号通路为"ABC转运蛋白"(ko02010)。推测禽源Pm中的ABC转运蛋白超家族可能在Cip耐药机制中具有重要作用。 相似文献
7.
为分析捻转血矛线虫ITS序列的变异与虫株特性之间的关系,对捻转血矛线虫不同药物抗性虫株(苯并咪唑类药物抗性虫株、伊维菌素抗性虫株、莫西菌素抗性虫株、药物敏感虫株)、不同宿主来源虫株(长颈鹿、牛、绵羊、山羊、牦牛)和不同地理位置(中国、美国、意大利、法国、也门、马来西亚、澳大利亚)的分离株,以及毛圆科的其他线虫的ITS序列进行了分析。结果发现捻转血矛线虫与毛圆科其他线虫的ITS-2基因的相似性高,基于该基因建立的系统进化树可以很好地区分毛圆科不同属的线虫;捻转血矛线虫的抗药性特点与其ITS-1基因的变异进化关系不大;不同地理位置的捻转血矛线虫分离株的ITS-2基因变异很小;从野生动物长颈鹿体内分离的捻转血矛线虫的ITS-1基因与家养反刍动物分离株的差异较明显。研究结果表明捻转血矛线虫ITS序列在种内相对保守,不同虫株间变异较小,在毛圆科线虫的分子分类中具有一定意义。 相似文献
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为探究高低海拔斑头雁肺脏差异表达基因和差异代谢通路的变化,基于Illumina NovaSeq 6000测序平台对斑头雁肺脏组织进行转录组测序,分析差异表达基因,利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果:与高海拔组斑头雁肺脏相比,筛选出差异表达基因84个,其中上调差异表达基因51个,下调差异表达基因33个。经GO功能注释后富集到21个显著性GO功能,"生物过程"显著富集到11个条目,涉及代谢过程以及内源性刺激的应答等。"细胞组成"显著富集到1个条目,涉及到细胞外区域。"分子功能"显著富集到9个条目,涉及到酶活性、激素、转录因子、钠离子跨膜转运等。注释到KEGG的显著性富集通路有3条,涉及到糖胺聚糖降解通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路以及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路。本研究结果丰富了斑头雁的基因资源,为该物种海拔适应相关基因的功能研究奠定了基础。 相似文献
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捻转血矛线虫P糖蛋白基因的表达与耐伊维菌素药物相关性 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国兽医学报》2020,(4)
为了解P糖蛋白(Pgp)与捻转血矛线虫(Haemonchus contortus,Hco)耐伊维菌素(IVM)药物的相关性,分别从山西榆次和内蒙古乌审旗分离得到伊维菌素敏感和耐药虫株,并运用RT-qPCR法,检测比较Hco-Pgp-2和Hco-Pgp-9在捻转血矛线虫乌审旗耐药株(WS-R)和山西敏感株(SX-S)之间的表达差异性。结果显示,Hco-Pgp-2和Hco-Pgp-9在耐药株WS-R中,雌虫的表达量均低于雄虫;而在敏感株SX-S中,雌虫的表达量均高于雄虫。雌虫Hco-Pgp-2和Hco-Pgp-9表达量,均是耐药株WS-R低于敏感株SX-S,而雄虫则相反。由此推断,这种性别间的表达差异可能与虫体耐药性相关,可以作为耐药性监测的依据之一。 相似文献
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选取捻转血矛线虫脂肪酶(Lipase)进行基因克隆、表达并对其生物学特性进行探究。PCR克隆捻转血矛线虫lipase基因,构建表达载体,获得融合蛋白质,采用Western blot检测该蛋白质的抗原特性;酯类酶解反应检测该融合蛋白质脂肪酶活性;实时定量PCR检测该基因在捻转血矛线虫不同发育阶段的转录情况;间接免疫荧光试验检验该抗原蛋白质在虫体组织的定位情况。结果表明,去除lipase基因信号肽序列后,基因片段长864bp,融合蛋白质大小50ku;该融合蛋白质在37℃左右、pH为7的条件下酶活力最高;雄性成虫lipase转录量相对虫体其他阶段最高;该抗原蛋白质主要表达于虫体表皮和肠腔。Lipase具有较好的抗原性,可能与捻转血矛线虫发育和宿主免疫调节有关,深入研究捻转血矛线虫Lipase的特性对寻找新的免疫保护性抗原和药物靶标具有意义。 相似文献
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《中国兽医杂志》2015,(1)
为了解谷氨酸门控氯离子通道(Glucl)gbr-2基因在捻转血矛线虫抗伊维菌素虫株是否存在突变,以及变异情况如何,本试验以捻转血矛线虫耐伊维菌素虫株作研究对象,提取基因组DNA后以特异性引物扩增gbr-2基因,并对扩增产物进行测序和分析。同时以敏感株虫体作对照。试验结果表明,与对照组相比,耐药株的基因序列发生了突变,在80~170 bp处出现多处突变;在192~207 bp处的碱基发生丢失。两者同源性为88.9%。试验结果说明,捻转血矛线虫抗伊维菌素虫株的谷氨酸门控氯离子通道gbr-2基因确实存在突变,为进一步了解捻转血矛线虫抗伊维菌素虫株的耐药性分子机制,以及筛选耐药性检测的分子标记,建立耐药性的早期检测手段提供重要数据。 相似文献
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为了解内蒙古地区捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株Ⅰ型β微管蛋白基因单核苷酸多态性的情况,对来自内蒙古乌审旗、察右后旗和科右前旗3个地区各19条捻转血矛线虫雄虫进行ITS-2基因特异性PCR鉴定为捻转血矛线虫后,扩增出Ⅰ型β微管蛋白基因,测序后对耐药相关167、198和200位点突变情况进行调查分析。结果表明,在这3个地区均未发现167位点突变,主要是198和200位点发生突变,总体上看198位点突变频率高于200位点。分析这57条雄虫基因序列发现4种基因型,分别是198纯合耐药型及200纯合敏感型、198纯合敏感型及200纯合耐药型、198纯合敏感型及200杂合耐药型和198及200均杂合耐药型。而耐药基因型频率乌审旗为100%,察右后旗68.42%,科右前旗94.74%,这与粪便虫卵减少试验结果一致。研究结果为捻转血矛线虫病的预防和治疗提供一个新思路,可有效避免耐药性或者减缓耐药性的产生,减少畜牧养殖行业的经济损失。 相似文献
13.
旨在对美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达进行分析。本试验将美国短毛黑水貂45、90日龄各3只健康公貂的胸肌组织作为试验材料,利用Illumina HiSeq~(TM)2500高通量测序平台建立转录组文库,对两个生长阶段差异显著性的基因进行GO功能富集和KEGG Pathway分析,寻找调控水貂快速生长期的相关候选基因和代谢通路,并利用qRT-PCR对转录组测序结果进行验证。结果表明,以P0.05,|log_2FC|1为条件筛选到279个显著差异基因,对这些差异基因进行GO和KEGG分析,筛选到与肌肉生长相关显著富集GO条目有66条、相关差异表达基因44个,其中上调20个,下调24个;与肌肉生长相关显著富集KEGG通路12条,如p53信号通路、PPAR信号通路、FOXO信号通路等。这些差异基因可能在水貂的快速生长过程中起到调控作用,可以作为后续研究水貂生长发育的候选基因。本研究结果为探究水貂生长发育调控机制及培育大体型水貂品种奠定基础。 相似文献
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旨在基于RNA-Seq技术对塔里木马鹿毛色相关基因进行筛选及分析。采用Illumina Hi Seq TM2000测序平台对塔里木马鹿和天山马鹿的皮肤组织进行转录组测序,所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释,并对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。结果表明,测序获得25 038个有注释信息的Unigenes,比对分析显示,塔里木马鹿与天山马鹿有922个差异表达基因,其中上调表达基因495个,下调表达基因427个;GO功能富集分析结果显示,568个差异表达基因富集到61个GO条目上,分别参与了生物学过程、细胞组分及分子功能;KEGG代谢通路富集分析发现,在差异表达基因中富集最显著的代谢通路是ECM-受体相互作用。利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）方法分析与塔里木马鹿毛色相关的7个候选基因的转录水平变化来验证转录组测序结果的准确性和可靠性,这些基因的表达趋势与转录组测序结果相一致。ECM-受体相互作用、蛋白质消化与吸收、PI3K-Akt信号通路及与黑色素合成相关的酪氨酸等通路可能与塔里木马鹿的毛色有关;候选基因MITF、Ggt1、VDR、PTPRF、CⅡTA、ARPC5L、POMC等可能在塔里木马鹿毛色形成过程中发挥重要作用。本研究结果为今后塔里木马鹿毛色相关基因的分子调控机制方面及挖掘潜在的新基因提供了丰富的试验数据。 相似文献
15.
旨在通过转录组测序技术筛选出共轭亚油酸(conjugated linoleic acids,CLA)影响边鸡胸肌脂类代谢的相关基因,为日粮中CLA调控边鸡脂类代谢的作用机制提供理论依据。本试验选取90日龄健康边鸡180只,随机分为5组,每组3个重复,每组日粮中分别添加不同比例的CLA 0%(对照组)、0.5%、1.0%、1.5%和2.0%,预饲期1周,正饲期6周。饲养试验结束后采集胸肌组织进行转录组测序,使用DESeq2软件对测序数据进行差异表达分析,对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选出与胸肌脂类代谢相关的差异表达基因,利用qPCR对差异表达基因进行验证。通过转录组测序数据分析,共筛选出1 229个差异表达基因,其中594个基因上调,635个基因下调。随机选取9个差异表达基因进行qPCR验证,其相对表达量变化趋势与测序结果一致。GO功能分析发现,差异表达基因主要集中在生物学过程中的细胞过程、单一生物过程、生物调节和代谢过程。KEGG通路富集分析发现,各试验组中差异表达基因显著富集在不同的信号通路中,主要富集在ECM-受体相互作用、黏着斑、吞噬体、细胞凋亡、肌动蛋白细胞骨架调节和细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路中。通过GO和KEGG功能注释分析,共筛选出MCAT、APOA1、PTGDS、ALDH3A2、PLTP、FABP3、FOXO1、UCP3和FABP4等18个主要的参与脂类代谢相关的差异表达基因,可能在调控边鸡胸肌脂类代谢中发挥重要的作用。本研究通过转录组测序筛选出CLA影响边鸡胸肌脂类代谢过程中的主要调控基因,发现了日粮中CLA影响差异表达基因作用的主要生物学过程和信号通路,为今后研究CLA影响边鸡胸肌脂类代谢的分子作用机制奠定了基础。 相似文献
16.
【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd... 相似文献
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为了解大肠杆菌O157∶H7毒力差异株转录组差异,丰富O157∶H7转录组数据信息,本研究采用Illumina HiSeqTM 2000平台对两株大肠杆菌O157∶H7毒力差异株进行高通量测序,测序数据采用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析。结果发现,经过测序,两个菌株分别获得3 113 118和2 944 912条reads,比对到参考基因组上的reads分别占总reads的83.76%和78.97%。以中等毒力株为参考,在高毒力株中共获得941个差异表达基因,其中上调基因637个,下调基因304个。GO功能注释分析表明,差异表达基因主要与催化活性功能、黏附、转运活性、受体活性、酶调节活性、定位、生化调节、运动等诸多生理生化过程相关;KEGG富集分析发现共有425个基因注释到160个代谢通路中,其中新陈代谢、核糖体、鞭毛合成、嘧啶代谢、糖类代谢、细菌趋化等通路显著富集。此次通过大肠杆菌O157∶H7毒力差异株转录组研究对差异表达基因涉及的信号调控及可能的功能基因进行了探索,丰富了转录组信息,为进一步开展大肠杆菌O157∶H7毒力相关基因的研究及分子调控机制奠定了基础。 相似文献
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《中国兽医学报》2019,(12):2342-2349
捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)是最重要的家畜寄生虫之一。已报道秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)转甲状腺素蛋白(transthyretin,TTR)参与虫体细胞间的相互作用。目前捻转血矛线虫转甲状腺素蛋白(Hc-TTR-51)的定位及功能尚未见报道。研究首先克隆捻转血矛线虫Hc-ttr-51基因,然后分析其蛋白在捻转血矛线虫、HEK 293T细胞内的定位情况,最后RNA干扰Hc-ttr-51基因分析对秀丽隐杆线虫生长发育的影响,从而对其功能进行预测分析。结果表明,捻转血矛线虫Hc-ttr-51基因在虫体各发育阶段均有表达,与其他发育期虫体相比,L1、L3、雄成虫该基因的转录水平显著上升。在L3期虫体体内该蛋白广泛表达,L4期和成虫体内该蛋白特异性表达于性腺。在HEK 293T细胞中,该蛋白在细胞质中呈明显的点状分布。RNA干扰秀丽隐杆线虫Hc-ttr-51基因表达后,虫体产卵量极显著下降,体长体宽显著缩短,咽泵率显著下降。以上研究为捻转血矛线虫生长发育特性、疫苗研究等提供依据。 相似文献
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《中国兽医学报》2015,(8)
18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2016,(9)
为了探明猪鞭虫(Trichuris suis)雌、雄虫的转录组差异,丰富T.suis转录组数据信息,利用Illumina Hiseq2000对临床采集的T.suis雌、雄虫进行高通量测序,将组装得到的Unigenes在NR、GO、COG和KEGG数据库中比对注释,并进行差异表达基因分析。结果,T.suis雌、雄虫分别获得59 657 854条和48 414 184条高质量测序数据,分别组装获得21 026个和28 886个Unigenes。注释到NR、GO、COG和KEGG数据库的雌虫Unigenes数量分别为11 700、2 287、1 650和9 690个,雄虫Unigenes数量分别为12 902、2 414、1 791和10 377个,在NR数据库比对显示84.90%以上信息均来源于猪鞭虫。T.suis雌、雄虫共有4 320个差异表达基因。以雌虫为对照,雄虫中共有3 496个基因表达上调,有824个基因表达下调。共有906个差异表达基因获得160个KEGG通路富集,其中显著富集通路7个。在T.suis转录组中发现了许多重要基因的表达,包括与T.suis繁殖相关的主要精子蛋白、组蛋白H2A/H2B及卵黄蛋白原,与T.suis致病性、免疫及炎症调节相关的蛋白酶、丝氨酸蛋白酶抑制分子和半胱氨酸蛋白酶抑制分子,以及众多未知功能的基因。本研究揭示了T.suis雌、雄虫差异表达基因的数量,获得了这些差异表达基因的功能、分类和代谢通路注释,为丰富T.suis转录组信息,揭示鞭虫与宿主互作特点及抗鞭虫靶点药物研发奠定基础。 相似文献