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1.
《中国动物传染病学报》2019,(1)
为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(avian Pasteurella multocida,Pm)四环素(Tetracycline,Tet)敏感株与耐药株(MIC=32μg/mL)在转录组水平上的差异,本研究采用RNA-seq技术对Tet敏感株与耐药株进行双向测序,通过GO、KEGG和ARDB数据库对表达差异基因进行注释和富集性分析。结果显示,共筛选出442个差异表达基因,其中包括103个上调基因和339个下调基因。通过GO功能富集分析显示差异表达基因多数富集于核糖体结构成分、rRNA结合、跨膜运输和离子转运等生物过程;对差异表达基因进行信号通路富集性分析,大多数差异表达基因分布在ABC转运蛋白与核糖体代谢途径中;对差异表达基因进行耐药基因注释(ARDB),发现其中的耐药基因主要为核糖体保护蛋白和外排系统两类。本研究表明禽源Pm对四环素耐药的耐药机制可能与细胞膜上ABC转运蛋白的过量表达以及核糖体保护蛋白有关。 相似文献
2.
《中国预防兽医学报》2017,(4)
为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(Avian Pasteurella multocida,Pm)敏感株与环丙沙星(Cip)耐药株的差异表达基因,本研究采用高通量转录组测序的RNA-seq技术对敏感株与Cip耐药株进行检测,参考Pm70株基因组(NC_002663.1)进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得表达差异基因,利用GO和KEGG数据库对表达差异基因进行注释与富集性分析,并利用荧光定量PCR对转录组测序中的差异表达基因进行验证。结果显示,所有样品测序数据参考Pm70全基因组匹配率均达到95.87%以上,对基因差异表达进行分析后鉴定得到19个差异表达基因,其中15个上调,4个下调。通过GO功能富集分析显示差异表达基因主要为转运运输功能,并对差异表达基因进行信号通路富集性分析,结果表明最具代表性的信号通路为"ABC转运蛋白"(ko02010)。推测禽源Pm中的ABC转运蛋白超家族可能在Cip耐药机制中具有重要作用。 相似文献
3.
从89株临床分离鸭源大肠杆菌中选择5株氨基糖苷类高水平耐药菌,应用实时荧光定量RT-PCR方法测定其主动外排基因acrD mRNA水平,选用1株中介株、1株敏感株和大肠杆菌ATCC25922作为对照,分析其mRNA转录水平与耐药强度的相关性。结果显示,5株耐药菌的acrD mRNA相对表达量均高于中介株和敏感株,其相对表达量分别是2.00、1.96、2.22、1.84、4.39,敏感对照株为1.67,中介对照株为1.75,除4号菌株外,其余4株耐药菌相对表达量和标准菌株ATCC25922具有显著性差异;同是高度耐药的4号菌和5号菌存在较大差异,5号菌相对表达量是4号菌的2.39倍,这说明对氨基糖苷类不同耐药程度的菌株acrD基因的转录、表达存在差异,且与耐药水平呈正相关,但同时存在其他重要耐药机制介导氨基糖苷类耐药。 相似文献
4.
为探明捻转血矛线虫阿苯达唑敏感株和耐药株在转录组水平的差异,挖掘耐药相关基因,本研究采用Illumina HiSeq 4000对敏感虫株和耐药虫株进行转录组测序,构建cDNA文库,通过质控后,对其进行生物信息学分析。结果显示:敏感和耐药虫株相比较共获得218个显著(P≤0.05)差异表达基因,对显著差异表达基因进行GO功能富集,有121、82和102个基因分别注释到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类的206个GO terms上。KEGG数据库分析显示,有42个显著差异表达基因参与31条KEGG信号通路,显著富集在药物代谢-细胞色素P450、药物代谢-其他酶等通路。在敏感株和耐药株中,筛选出GST、CYPs和UGT等9个耐药相关基因,这些基因在捻转血矛线虫耐药中发挥重要的作用。本研究利用RNA-Seq预测出敏感虫株和耐药虫株差异表达基因在功能分类和代谢通路等方面的生物学特征,挖掘出耐药相关基因,进一步为捻转血矛线虫药物靶点预测及耐药性早期鉴别诊断的建立提供重要基础。 相似文献
5.
捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后比较转录组学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探明捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后在转录组水平上的差异,本研究采用Illumina Hiseq4000对给药前后的捻转血矛线虫进行转录组测序,筛选得到差异表达基因并通过GO和KEGG数据库对其进行功能注释及富集性分析,并利用荧光定量PCR验证部分差异表达基因。结果显示,共筛选获得851个显著差异表达基因,其中包括584个上调基因和267个下调基因。通过GO功能富集分析显示,有458、418和367个基因分别注释到生物学过程、分子功能和细胞组分三大类;对差异表达基因进行KEGG富集分析显示,有173个差异表达基因参与到75条KEGG通路中,显著富集在核糖体合成、细胞凋亡、过氧化物酶增殖体激活受体(PPAR)等信号通路。本试验初步筛选了阿苯达唑耐药株给药前后的差异表达基因,为深入探索捻转血矛线虫耐药性分子机制、筛选对耐药性检测的分子标记及耐药性早期鉴别诊断方法的建立提供重要数据。 相似文献
6.
为了调查广西猪源大肠杆菌O157∶H7分离株的耐药表型和消毒剂抗性情况,本研究测定5株猪源大肠杆菌O157∶H7广西分离株的药物敏感性和消毒剂抗性,并应用PCR对5株细菌的耐氨基糖苷类抗生素基因:氨基糖苷磷酸转移酶基因aph(3)-Iia、乙酰转移酶基因aadA和aadB进行扩增。27种抗菌药物的敏感结果表明,5株菌株只对氟苯尼考、头孢曲松、头孢西丁和头孢噻肟敏感;对罗红霉素、多黏菌素B、利福平、林可霉素、阿莫西林、氨苄西林和头孢噻吩的耐药率为100%;对壮观霉素、链霉素、头孢拉定等药物的耐药率在20%~60%之间。在5株大肠杆菌O157∶H7广西分离株中,分别有1株、1株和3株菌株对23种、11种和9种抗菌药产生耐药性。PCR结果证实,5株细菌携带有耐氨基糖苷类抗生素基因,耐药基因的存在与其耐药表型有一定的相关性。消毒剂抗性结果显示,5株细菌对聚维酮碘溶液、新洁尔灭消毒液、稀戊二醛溶液、双季铵盐—碘消毒液、复方过氧乙酸具有抗性,只对二氯异氰尿酸钠粉敏感。研究结果对预防和控制广西大肠杆菌O157∶H7提供了数据。 相似文献
7.
为调查犬源大肠杆菌氨基糖苷类药物4种耐药基因的携带情况,探讨氨基糖苷类耐药表型与耐药基因的相关性,本试验选用氨基糖苷类代表药物庆大霉素、阿米卡星、大观霉素和妥布霉素进行药敏试验,参照相关文献用已建立的检测氨基糖苷类4种主要耐药基因的PCR方法对分离鉴定的156株犬源大肠杆菌进行分子检测。随机选取4种耐药基因阳性进行克隆测序并对药敏试验结果和耐药基因检测结果进行比较分析。结果显示,犬源大肠杆菌对庆大霉素、妥布霉素、大观霉素和阿米卡星的耐药率分别为55.8%、32.7%、25.0%和20.5%;所检大肠杆菌4种耐药基因aacC2、aphA3、aadA和aacC4的检出率依次为55.8%、26.3%、23.1%和9.0%。两株携带4种耐药基因,8株携带了3种耐药基因,携带两种或两种以上耐药基因菌株数占总菌株的40.4%(63/156)。序列分析结果表明,犬源大肠杆菌扩增产物与GenBank中的相应序列同源性较高。犬源大肠杆菌氨基糖苷类耐药基因以aacC2为主,耐药率与耐药基因的符合率基本呈正相关。 相似文献
8.
为了明确禽大肠埃希菌的耐药情况和氨基糖苷抗性基因的流行情况,用K-B纸片扩散法检测了27株致病性大肠杆菌对19种常用抗生素的耐药谱,用PCR方法检测了耐氨基糖苷抗生素分离株的4种氨基糖苷抗性基因,包括腺苷转移酶基因aadA1和aadB、乙酰转移酶基因aacA4 和磷酸转移酶基因apH(3')-Ⅱ.结果表明,氨苄青霉素、安灭菌、青霉素G和四环素的耐药菌株率高达100%,利福平的耐药菌株率达96.3%,氯霉素、红霉素的耐药菌株为70.4%,卡那霉素、环丙沙星、氟哌酸的耐药菌株率为59.3%, 链霉素的耐药菌株达到63.0%.氨苄西林/舒巴坦复方制剂、复达欣、庆大霉素和磷霉素的高敏菌株率分别为100%、 77. 8%、74.1%和51.9%.氨基糖苷抗性基因aadA1、aacA4 和apH(3')-Ⅱ的阳性率分别是44.4%、27.8%和55.6%,aadB未捡出.这些数据提示禽致病性大肠埃希菌存在广泛的耐药谱,氨基糖苷抗性基因aadA1和apH-(3')-Ⅱ是主要流行基因. 相似文献
9.
《黑龙江畜牧兽医》2014,(17)
为了解鱼源致病性小肠结肠炎耶尔森菌对氨基糖苷类药物的耐药现状,试验采用KirbyBauer纸片法检测12株鱼源小肠结肠炎耶尔森菌对3种氨基糖苷类药物的耐药表型,PCR方法分析氨基糖苷类耐药基因aph(3)-Ⅲ、ant(3″)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰ和aac(3)-Ⅱ在致病菌中的分布情况。结果表明:12株菌株均对卡那霉素、庆大霉素高度敏感,其中1株菌株对链霉素中度敏感。4种耐药基因aph(3)-Ⅲ、ant(3″)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰ和aac(3)-Ⅱ的检出率分别为91.7%、83.3%、83.3%、0。鱼源小肠结肠炎耶尔森菌耐氨基糖苷类药物的耐药基因检出率显著高于耐药表型,因此检测耐药基因比耐药表型更能体现该类药物的耐药现状。 相似文献
10.
《中国畜牧兽医》2019,(11)
为了探究弗氏柠檬酸杆菌的耐药机制,试验使用氟苯尼考为诱导药物,提取正常培养与400μg/mL氟苯尼考胁迫下的菌株RNA,利用转录组测序技术对菌株间基因表达水平与差异表达基因进行了分析。结果显示,每个样品平均产出1.31 Gb数据,与参考基因组的平均比对率为67.01%。对样品间差异表达基因进行检测,共筛选出2 019个显著差异表达基因,其中上调963个,下调1 056个,并发现emrA和emrB 2个基因。KEGG Pathway分析中,富集到代谢途径的显著差异表达基因最多,占全部的72%,碳水化合物代谢、能量代谢、氨基酸代谢、膜转运等通路明显富集。GO功能分析中,生物过程分布的显著差异基因最多,占全部的46%。显著差异表达基因主要涉及到代谢进程、催化活性、结合。本试验结果表明,弗氏柠檬酸杆菌耐药性的产生可能与细胞外排泵介导的主动外排作用、靶位改变、酶的水解作用、细胞膜通透性改变及生物膜的形成有关。 相似文献
11.
为了探究弗氏柠檬酸杆菌的耐药机制，试验使用氟苯尼考为诱导药物，提取正常培养与400 μg/mL氟苯尼考胁迫下的菌株RNA，利用转录组测序技术对菌株间基因表达水平与差异表达基因进行了分析。结果显示，每个样品平均产出1.31 Gb数据，与参考基因组的平均比对率为67.01%。对样品间差异表达基因进行检测，共筛选出2 019个显著差异表达基因，其中上调963个，下调1 056个，并发现emrA和emrB 2个基因。KEGG Pathway分析中，富集到代谢途径的显著差异表达基因最多，占全部的72%，碳水化合物代谢、能量代谢、氨基酸代谢、膜转运等通路明显富集。GO功能分析中，生物过程分布的显著差异基因最多，占全部的46%。显著差异表达基因主要涉及到代谢进程、催化活性、结合。本试验结果表明，弗氏柠檬酸杆菌耐药性的产生可能与细胞外排泵介导的主动外排作用、靶位改变、酶的水解作用、细胞膜通透性改变及生物膜的形成有关。 相似文献
12.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(15)
为了探讨在环丙沙星(ciprofloxacin,CIP)药物培养后,多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)对CIP的药物敏感性变化及其耐药机制,试验采用体外递增药物浓度的方法诱导出禽源Pm标准株C48-1对CIP的耐药菌株,并对CIP耐药菌株的最小抑菌浓度(MIC)值变化及耐药稳定性、生化特性、生长曲线和基因组位点突变进行了研究。结果表明:诱导的CIP耐药菌株的MIC由0.25μg/mL上升至16μg/mL;与亲本株比较,生化特性与生长曲线无显著差异,但诱导株的喹诺酮类耐药决定区(QRDR)gyrA基因编码的氨基酸发生了Thr99→Ala的变化,该位点突变首次发现,gyrB、parC、parE耐药基因均未发生变化。说明逐步递增药物浓度可以诱导禽源Pm对氟喹诺酮类药物的耐药性,并导致靶基因发生突变。 相似文献
13.
广东水禽源大肠埃希菌耐药性及氨基糖苷类耐药基因研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了调查广东地区水禽源大肠埃希菌对氨基糖苷类药物耐药现状和耐药基因的流行情况,探索大肠埃希菌的氨基糖苷类耐药基因型与耐药表型之间的关系,本研究采用琼脂梯度稀释法测定251株广东地区水禽源大肠埃希菌对氨基糖苷类药物的耐药性和采用PCR方法检测耐药基因。药敏试验结果显示,大肠埃希菌对链霉素耐药较严重,鸭源和鹅源的耐药率分别为81.58%和75.43%,对庆大霉素和卡那霉素较敏感,耐药率分别为25%和54.86%,对阿米卡星最为敏感,其中鸭源的菌株耐药率仅为1.32%。PCR方法检测显示,aadA1和aph(3′)-1检出率较高,为84.6%和91.9%,表明携带aadA1和aph(3′)-1耐药基因的水禽源大肠埃希菌在广东地区呈流行趋势。耐药基因型与耐药表型相关性分析结果显示,耐药基因rmtB的携带与4种药物(庆大霉素、阿米卡星、卡那霉素和壮观霉素)耐药株的产生具有显著相关性,表明耐药基因rmtB对大肠埃希菌耐药株的产生起重要的作用。本试验结果可为指导广东地区水禽大肠埃希菌病的临床用药提供理论基础和研究大肠埃希菌的耐药基因提供相关的数据。 相似文献
14.
为探究温和气单胞菌对氨基糖苷类和四环素类抗生素的耐药性,试验采用PCR法检测10株来源不同的鱼源温和气单胞菌对氨基糖苷类抗生素的4种耐药基因(aph(3′)-Ⅱa、ant(3″)-Ⅰa、aac(6′)-Ⅰb、aac(3)-Ⅱa)及四环素类抗生素的3种耐药基因(tetA、tetC、tetM)的表达情况,并利用K-B纸片扩散法对6种抗生素进行耐药表型分析。结果显示,10株温和气单胞菌对氨基糖苷类耐药基因aph(3′)-Ⅱa、ant(3″)-Ⅰa、aac(6′)-Ⅰb的检出率分别为20%、30%、20%,未检测出aac(3)-Ⅱa基因;对四环素类的耐药基因tetA、tetC、tetM的检出率分别为70%、20%、60%。K-B纸片扩散法结果显示,10株菌对四环素耐药率最高,对链霉素敏感,对庆大霉素、卡那霉素、多西环素、米诺环素高度敏感。结果表明,本次分离的温和气单胞菌对氨基糖苷类和四环素类抗生素具有一定的耐药性,为深入了解温和气单胞菌的耐药机制提供参考。 相似文献
15.
禽致病性大肠杆菌中四种抗氨基糖苷类药物耐药基因的分子流行病学调查 总被引：3，自引：0，他引：3
氨基糖苷类药物曾经是临床最为常用而有效的抗生素,长期应用与不合理使用使得该药物效果不尽理想。本研究参照GenBank中耐药基因相关序列,设计引物,结果从禽源大肠杆菌基因组中扩增出4种抗氨基糖苷类药物基因aadA1、strA、strB、aph(3′),经pGEX-T-easy和pET32a载体克隆和序列分析,证明扩增获得的基因序列与GenBank中参考序列同源性达到97%以上。对分离保存的216株禽致病性大肠杆菌进行氨基糖苷类药物耐药基因的分子流行病学检测,结果表明:aadA1阳性率高达49.1%,strA和strB的阳性率分别为56%和65.7%,aph(3′)的阳性率为16.2%;近三分之二的被检菌株携带有2种以上氨基糖苷类药物耐药基因。药敏试验结果显示所有被检菌株对链霉素耐药率为68.9%,而对阿米卡星的耐药率为38.9%。本研究结果说明禽类细菌的耐药性与相关耐药基因的检出率基本呈正相关,临床日益严重的耐药现象与耐药基因的普遍存在有着很大的关系,提示控制禽源耐药细菌对人类健康与卫生安全有重要意义。 相似文献
16.
喹/诺/酮/类/抗/菌/药/耐/药/新/机/制 总被引：1，自引：0，他引：1
近年来喹诺酮类的耐药性问题备受关注。细菌对喹诺酮类的耐药机制过去普遍认为主要起因于染色体基因突变(靶位改变、主动外排和膜孔蛋白缺失),而不存在水平传播的可转移基因。近年来开始出现一些新的喹诺酮耐药机制,包括qnr、mfpA和氨基糖苷乙酰转移酶的变异基因(aac(6’)-Ib-c 相似文献
17.
为调查不同动物源性大肠杆菌的耐药性,本试验对65株源于畜禽的大肠杆菌进行18种常见抗菌药的药敏试验,用PCR法检测3种氨基糖苷类耐药基因aac(3)-II、arm(A)和aac(6′)-Ib。结果显示：65株大肠杆菌中对氨基糖苷类药物链霉素耐药率最高(75.38%),其次为复方新诺明(69.23%),耐药率最低的是头孢哌酮舒巴坦(0%);耐药基因aac(3)-II、arm(A)和aac(6′)-Ib的检出率分别为29.23%、1.54%和9.23%;有51株分离菌株存在多重耐药,占总株数的78.46%。结果表明,动物源大肠杆菌对多种抗菌药具有耐药性,在氨基糖苷类耐药基因中以携带aac(3)-II为主。 相似文献
18.
19.
《中国家禽》2016,(17)
为调查禽源沙门菌临床分离株对耐药基因的携带情况,探讨氨基糖苷类药物的耐药表型与耐药基因的相关性。试验选用氨基糖苷类代表药物阿米卡星等7种抗菌药物采用K-B法对135株沙门菌进行药敏试验,应用PCR技术进行了7种代表性耐药性基因的检测。结果显示:135株分离株对链霉素、阿米卡星、新霉素、卡那霉素、庆大霉素、大观霉素、妥布霉素的耐药率分别为88.9%、83.0%、54.8%、74.8%、78.6%、66.7%、65.9%;共检测出6中耐药基因,add A1、aph(3′)-Ⅱa、aac C2、ant(3′′)-Ⅰa、arm A、rmt B,阳性率分别为57.8%、17.0%、45.2%、31.9%、16.3%、30.4%;所检沙门菌携带2种或2种以上的菌株占63.7%(86/135),有2株同时携带6种耐药基因;耐药性与耐药基因的检出率基本一致,但无绝对相关性。结果表明江苏地区沙门菌对氨基糖苷类药物耐药现象非常严重,且耐药基因广泛存在。 相似文献
20.
对来自禽养殖场的季铵盐抗性菌进行分离及鉴定,并通过分析第一类整合子特性来探讨整合子对细菌耐药性的影响。生化鉴定耐药菌,采用K-B法研究菌株对10种抗生素的药敏试验,PCR法扩增一类整合酶基因和内部的基因盒,电泳检测后测序。结果显示：22株菌全部对至少3种抗生素表现出耐药性。Ⅰ类整合子检测全部阳性,检出率为100%。对其基因盒进行扩增,只有11株检测含有耐药基因盒,其序列分析显示多对甲氧苄啶、氨基糖苷类抗生素耐药。Ⅰ类整合子广泛存在于禽养殖环境菌中,其对细菌多重耐药的产生和传播起着重要作用。 相似文献