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1.
日本沼虾不同地理种群的遗传多样性研究 总被引：6，自引：1，他引：5
本文采用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对6个地理种群（微山湖、洪泽湖、太湖、龙感湖、洪湖、珠江）的日本沼虾各30个个体进行了遗传多样性分析。在筛选出的18个引物中共检测到201个位点,大小在100～2000bp之间。多态位点141个,多态位点比例70.15％;各种群的多态位点数为30～99不等,多态位点比例为21.13%～55.93%。日本沼虾中国不同地理种群的平均遗传杂合度为0.2446,各种群内平均遗传杂合度为0.1132～0.2071。Shannon信息指数（I）为0.1695～0.2950。日本沼虾6个地理种群的两两地理种群间遗传分化指数Gst值在0.2116～0.4442之间,种群间总的遗传分化指数Gst0值为0.4858,Nm值在0.6257～1.8628之间,表明日本沼虾种群间已经发生显著或重要分化。同时发现OPX－830bp、OPI－360bp为珠江种群区别于其他种群的特征标记。聚类分析结果表明,洪湖种群与龙感湖种群,洪泽湖种群与微山湖种群分别先聚在一起,再与太湖种群聚类,最后与珠江种群聚合在一起。 相似文献
2.
亚硝酸盐胁迫下丁酸梭状芽孢杆菌对日本沼虾应激代偿的调节 总被引：1，自引：1，他引：0
以日本沼虾（Macrobrachium nipponense）为试验材料,研究了在亚硝酸盐的污染胁迫下,饲料中添加一定量的丁酸梭状芽孢杆菌（Clostridium butyricum）对试验沼虾的生长及肌肉组织中超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化氢酶（CAT）活性的影响。研究结果表明,经21d的试验,添加1%和5%的丁酸梭状芽孢杆菌可显著提高沼虾的生长率、SOD和CAT的活性（P<0.01）,但2个添加组之间的差异不明显（P>0.05）。当养殖水环境中的亚硝酸钠浓度在0~0.50 mg?L-1范围内,试验组沼虾肌肉的SOD和CAT活性随着亚硝酸钠质量浓度和丁酸梭状芽孢杆菌添加量的上升而升高,在试验的第6~9d时达到峰值,随后又开始下降。至试验21d时,沼虾肌肉组织中SOD和CAT活性取决于水环境中亚硝酸钠的质量浓度和饲料中丁酸梭状芽孢杆菌的添加量。研究表明饲料中添加丁酸梭状芽孢杆菌不仅可促进日本沼虾的生长,而且还可以增加日本沼虾对亚硝酸盐污染胁迫的耐受和抵抗能力,其适宜的添加量为106个活菌数/克饲料。 相似文献
3.
木薯EST资源的SSR信息分析 总被引：3，自引：1，他引：2
为了进一步利用现有木薯 EST-SSR 资源.笔者从 NCBI 公共数据库下栽了 38411 条木薯 EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为 4.16×103kb 的无冗余序列5401条.在无冗余序列中发现含有 SSR 的 EST 序列595条.共691个SSR,平均相隔 6.02 kb 出现一个 SSR.这些 SSR 的出现频率和平均长度分别是 11.02%和 18.89 bp.在 1～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%).出现较多的重复基元是 A/T(29.23%),其次是 AG/CT(24.75%).结果说明,木薯的 EST-SSR 出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值. 相似文献
4.
《分子植物育种》2021,19(7):2273-2278
采用生物信息学方法对槟榔(Areca catechu L.)果实转录组中的SSR位点信息进行分析,以期为槟榔SSR标记开发提供依据。利用MISA工具对槟榔转录组测序获得的Unigene序列进行SSR检索、位点信息分析和SSR引物设计。从94 562条Unigene中共检索到51 245个SSR位点,分布在31 482条Unigene序列中,平均分布距离为1/2.12 kb,发生频率为54.19%。单核苷酸是主要重复类型,所占比例为30.14%。优势重复基元是A/T、AG/TC、GA/CT和TA/AT,分别占单核苷酸的80%、二核苷酸的27%、26%和25%。重复次数以3～11次重复为主,所占比例为69.37%。大部分基序长度集中在12～20 bp之间,所占比例为92.77%。设计获得34 983对SSR引物。研究结果表明槟榔SSR位点分布频率较高、类型丰富、具有较高的多态性潜能和可用性,可为槟榔SSR标记开发、种质资源鉴定、遗传多样性分析、分子标记辅助育种等方面提供的理论基础。 相似文献
5.
应用Dynal磁珠-生物素标记的微卫星探针(AC)8,(AG)8和(ATG)12与地黄基因组DNA酶切片段杂交,捕获含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD 18-T栽体上,转入感受态细胞Trans 5 α,构建地黄富集微卫星文库.利用M13F和M13R载体序列引物筛选文库,对插入片段长度为400～ 800 bp的克隆进行测序.共获得96条序列,48条(50％)含有微卫星位点,其中完美型占66％,非完美型22％,混合型12％.微卫星重复基元中,二核苷酸(AG)n和三核苷酸(CAT)n最为常见. 相似文献
6.
丁香酚对日本沼虾麻醉效果的研究 总被引：5，自引：1，他引：5
研究了丁香酚对日本沼虾的麻醉效果。在不同浓度(100,200,300,400和500mg/L)和不同温度(17,22和27℃)条件下,观察日本沼虾的麻醉状态和苏醒状态,然后对试验数据进行统计分析。结果表明(P<0.05):日本沼虾进入麻醉状态所需的时间(麻醉时间)随丁香酚浓度的升高而缩短,随麻醉温度的升高而缩短;苏醒所需时间(苏醒时间)随丁香酚浓度的升高而加长,随麻醉温度的升高和而缩短;苏醒后第14d统计,各实验组存活率均为100%。多重比较结果表明(P<0.05):对于麻醉效果的影响,不同的麻醉浓度之间存在显著差异,不同的麻醉温度之间也存在显著差异;对于恢复效果的影响,麻醉浓度100mg/L和200mg/L之间的差异不显著,浓度400mg/L和500mg/L之间差异也不显著,麻醉温度17℃和22℃之间差异不显著,其他两两相互比较,差异均显著。研究表明,丁香酚对日本沼虾的麻醉效果良好,是一种合适的麻醉剂。 相似文献
7.
猕猴桃EST序列的SSR信息分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）中随机抽取56,400条序列,应用SSRHunter软件查找微卫星（Microsatellite,SSR）重复序列。研究结果表明,从猕猴桃EST序列中获得了7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条（64.63%）,三核苷酸重复1237条（15.58%）,四核苷酸重复284条（3.58%）,五核苷酸重复397条（5.00%）, 六核苷酸重复890条（11.21%）。大约每2.48kb 长度的单一基因序列中即存在1个SSR, 即平均7个单一基因中存在1个SSR。二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复。在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复,共分布4654条（90.70%）。通过筛查猕猴桃EST序列中的SSR,可为猕猴桃基于EST-SSR的分子生物学研究奠定理论基础。 相似文献
8.
《分子植物育种》2017,(1)
本研究以4个兰属品种为材料,通过PCR扩增及构建系统发育树,分析4个兰属品种之间的亲缘关系。结果表明:(1)4个兰属品种的ITS序列长度在647~655 bp之间,其中ITS1的序列长度为242 bp,ITS2的序列长度为244 bp。(2)四个品种共存在175 bp的变异位点,其中ITS1和ITS2的变异位点数较多,5.8S区域较为保守。(3)4个兰属品种的(G+C)含量在60.12%~68.21%之间,其中文山红柱兰的(G+C)含量最高,垂花兰的(G+C)含量最低。研究认为,ITS基因可以作为植物系统发育研究的标记,而且具有一定的灵敏度,为兰属植物的系统发育研究提供了较好的技术支持。 相似文献
9.
半番鸭和北京鸭MC1R基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
羽色是半番鸭一个重要的经济性状。黑素皮质素受体1 （melanocortin receptor 1,MC1R）基因是控制动物黑色素合成的重要基因。本研究根据鸡、鹌鹑、雪雁、孔雀等MC1R基因同源序列的保守区设计1对引物,以半番鸭、北京鸭总DNA 为模板,PCR扩增,克隆测序。结果,获得了2个长度为900bp 的基因片段, 并提交GenBank, 登录号分别为EU877265和EU877264。经比对,发现北京鸭与半番鸭核苷酸序列存在8个变异位点,其中位于184bp（T/A）、229bp（G/A）、364bp（A/G）、385bp（G/A）处的变异导致了氨基酸序列分别在第62位（C/S）、77位（E/K）、122位（T/A）和129位（V/I）发生突变。为进一步研究半番鸭羽色MC1R基因单核苷酸多态性（SNP）奠定了基础;通过BLAST进行相似性搜索,结果表明,鸭与黑雁MC1R基因的核苷酸序列同源性最高为98.4％,与其他家禽的同源性也保持在92.8％～98.2%之间。可见禽类的MC1R 基因编码区序列具有高度的保守性;系统进化分析表明,半番鸭、北京鸭与雪雁、黑雁、皇雁亲缘关系相近,从分子角度验证了它们在动物学分类上的地位。 相似文献
10.
马氏珠母贝TLR2基因cDNA的分子特征及组织表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
TLR2（toll like receptor 2）是TLR模式识别受体家族的重要成员之一,参与有机体的免疫识别。本研究采用cDNA末端快速扩增（RACE）技术克隆获得了马氏珠母贝（Pinctada martensii）TLR2基因（PmTLR2）cDNA的全长序列并对其序列特征进行分析;同时检测了PmTLR2基因的mRNA在马氏珠母贝六个组织中的表达。结果表明：PmTLR2基因的cDNA全长2614 bp,包含41 bp的5'UTR,299 bp的3'UTR,27 bp的polyA,开放阅读框为2274 bp,编码758个氨基酸残基。多序列比对显示PmTLR2与牡蛎TLR2的序列相似性最高,为51%;Smart软件分析显示PmTLR2的蛋白序列中含有8个亮氨酸重复序列（Leucine rich repeats,LRRs）, 1个C端亮氨酸富集区（Leucine-rich repeat C-terminal,LRR-CT）,1个N端亮氨酸富集区（Leucine-rich repeat N-terminal,LRR-NT）,1个TIR（Toll/IL-1R）同源结构域（TIR）;荧光定量PCR分析表明PmTLR2在马氏珠母贝肝胰脏、性腺、血淋巴、鳃、外套膜和闭壳肌六个组织中均有表达,鳃中表达量最高。本研究为进一步阐述PmTLR2在马氏珠母贝免疫应答中的作用机制提供理论基础。 相似文献
11.
本研究首次克隆了青虾的Usp9 (ubiquitin-specific protease 9)基因全长 cDNA序列,并在青虾中使用荧光定量 PCR 技术首次检测了 Usp9 基因在不同组织和发育阶段中的表达变化。青虾 Usp9 基因cDNA全长 1259 bp,包括 162 bp的 5’ UTR, 978 bp的开放阅读框以及 116 bp的 3’ UTR。氨基酸序列比对分析显示,青虾 Usp9蛋白与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)、凤仙花熊蜂(Bombus impatiens)及灰短尾负鼠(Monodelphis domestica)的蛋白相似度分别为 99%、 97%和 95%。应用 MEGA5.1软件对青虾与其他物种的 Usp9氨基酸进行系统进化树分析,结果表明,青虾 Usp9与同为甲壳纲的钩额型蚤状溞聚为一支,具有最近的亲缘关系。采用荧光定量 PCR技术检测了 Usp9基因的时空表达,水温 28℃时, Usp9基因在青虾发育的后幼体发育期第 5天 PL5出现表达高峰。Usp9基因在 6种成体组织中均有表达,表达水平依次为：脑＞腹神经＞精巢＞卵巢＞肌肉＞肠。而在雌雄组织差异表达分析表明,精巢中Usp9基因表达量比卵巢的比值为 2.86,脑组织中雄虾的表达量比雌虾为 2.27,差异均为极其显著(P＜0.01)。这表明Usp9基因的表达和雄性偏向基因趋势是一致的（雄性表达：雌性表达≥1.5）。本研究为进一步开展青虾Usp9基因功能等相关研究奠定了基础,并可为青虾性别的遗传调控机制研究提供参考。 相似文献
12.
为检测X射线对日本沼虾精子的灭活效果,利用X射线对雄性日本沼虾进行不同时间的照射处理,将处理后的雄虾与刚完成生殖脱壳的雌虾交配。待雌虾产卵后,计数雌虾抱卵天数,并在显微镜下观察卵的畸形情况。X射线管照射强度为100 k V,5 m A,源距10 cm,照射时间为0、30、60、90、120 min。结果发现:照射30 min组的抱卵天数及卵的畸形率较0 min组无变化,卵的畸形率为0,卵能正常发育至孵化出膜。随着照射时间的增加,在30~90 min之间,雌虾抱卵天数逐渐减少,且所抱卵的畸形率呈上升趋势。照射120 min组的抱卵天数较90 min组变化不大,卵的畸形率达100%。在本试验照射时间范围(0~120 min)内,灭活日本沼虾精子遗传物质的最佳照射时间为90~120 min。 相似文献
13.
日本沼虾捕捞后保活试验初报 总被引：3，自引：0，他引：3
对影响日本沼虾存活的几大因素,包括存养密度、水温、水中溶解氧、氨氮、呼吸强度等进行了探讨.从多个方面深入了解各个因素对日本沼虾存活的影响程度并总结出相对合理的保活条件. 相似文献
14.
茶树花转录组微卫星分布特征 总被引：9，自引：0，他引：9
中国农业科学院茶叶研究所 《作物学报》2014,40(1):80-85
利用Perl语言,对茶树花转录组序列进行大通量SSR位点的发掘,发现含SSR的序列10 290条,共12 582个SSR,平均2.41 kb出现一个SSR。在茶树花的转录组中共发现340种碱基重复模式,所占比例最高的是(AG/CT)n(44.99%)。在49 586条注释成功的茶树花Unigene中,共发现10 490个SSR位点,其中位于编码区的1917个,其出现频率仅为0.102 SSR/1000 bp,而非编码区为3.072 SSR/1000 bp。在基因编码区中出现频率最高的是三碱基微卫星(1140,59.5%),其次是六碱基微卫星(524,27.3%)。茶树花转录组所含微卫星以重复长度小于20 bp的序列最多,大于20 bp的仅为25.2%。茶树花转录组中,含微卫星基因的平均表达水平显著低于不含微卫星基因,其中含复杂微卫星基因的平均基因表达水平最低。 相似文献
15.
苎麻基因组微卫星的分离与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
以苎麻[Boehmeria nivea (L.) Gaud.]栽培品种芦竹青为材料,经MseⅠ酶切并与相应接头连接,然后与生物素标记的探针(CT)15杂交,再用链亲和素包被磁珠(Dynabeads M-280)捕捉杂交产物,以21碱基接头寡核苷酸为引物经PCR扩增获得了双链目的片段,回收300~1 000 bp DNA片段,然后克隆到pMD18-T载体上,转化至DH5α中,这样就构建了苎麻富含(GA)n微卫星的部分基因组文库。随机挑取36个克隆,以锚定简单重复序列为引物对其进行PCR筛选。测序分析了22个阳性克隆,每个克隆都含有微卫星DNA,阳性克隆率为61.1%,微卫星种类以与探针互补的（GA/CT）n为主,占83.3%,同时还存在（TG/AC）n和三碱基、六碱基为单元构成的苎麻微卫星,如(GAC)n、(ACG)n、(TCT)n、(TCG)n、(GAA)n、(CCGACG) n、(GAGAAA)n等。最后以18个微卫星位点设计了18对苎麻微卫星特异引物。GA/CT重复单元的长度从7到40范围内变化,平均为19.2,显示了它们将产生良好多态性,为一种强有力的遗传标记。苎麻微卫星DNA标记可广泛应用于苎麻基因型鉴定,基因和QTL分析,分子标记辅助育种,系谱分析等。 相似文献
16.
棉花非冗余性EST-SSR新标记的开发及其评价 总被引：2，自引：0，他引：2
利用Clustal X等软件对公共数据库现有的393 753条棉花EST序列分析,得到349 815条非冗余EST序列,借助自主开发的SSRmine软件共发掘SSR位点11 372个,分布于10 507条EST中,EST-SSR的频率是3%,平均相隔21 kb出现一个SSR。在2~6 bp的重复基元中,三核苷酸和六核苷酸分别占34.1%、40.6%,二、三、四、五和六核苷酸基序分别以AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT和AAAAAG/CTTTTT的类型最多。利用去冗余的且在亚洲棉、陆地棉、海岛棉中没有被开发过的410条EST序列设计开发了200对非冗余性SSR引物,利用自主开发的SSRD软件通过SSR引物序列下载、预处理、Blastn、提取相似性分值≥81%的引物编号、提取引物冗余对、冗余引物写成一行等6个步骤去除来源于自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种相似性SSR引物,得到了非相似性引物,定名为CRIXXX (CRI即Cotton Research Institute)。并分别选用棉花12个种的代表性材料对其中100对进行引物功效评价,包括多态信息含量(polymorphism information content, PIC)及引物通用性研究。结果显示,从自主开发的100对SSR引物筛选出56对均能在12份材料间扩增出稳定明显的条带, 其中多态性引物35对,多态率占35%。引物的PIC变幅为0.097~0.888,平均为0.482;1对海岛棉EST-SSR引物在12份材料间的通用性为100%,25对亚洲棉引物通用性为81%,74对陆地棉引物通用性为80.1%。 相似文献
17.
日本沼虾对碱性湖泊水含盐量的适应性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
采用室内急性毒性实验法,研究日本沼虾对东北地区碱性湖泊水含盐量的适应能力,探讨碱性湖泊增殖与养殖日本沼虾的可能性。结果表明,在pH 为7.72~7.81、碱度7.87~14.49 mmol/L时,含盐量对幼虾毒性作用的24 h半数有效浓度为3.17 g/L,95%置信限3.02~3.32 g/L。在pH为 7.85~8.07、碱度16.97~26.96 mmol/L时,含盐量对幼虾毒性作用的24 h、48 h、96 h半数致死浓度分别为7.95、6.84、5.77 g/L,95%置信限分别为7.74~8.11、6.69~6.99、5.59~5.93 g/L。日本沼虾对东北地区碱性湖泊水含盐量的适应上限为3.69 g/L,耐受限8.65 g/L,耐受范围4.25~8.19 g/L,长期生存所适应的含盐量为1.52 g/L。碱性水环境下日本沼虾对含盐量的适应能力将下降。东北地区含盐量在4.0 g/L以下、碱度在10~30 mmol/L的碱性湖泊可以增殖与养殖日本沼虾。 相似文献
18.
Hikaru Tsukazaki Tsukasa Nunome Hiroyuki Fukuoka Hiroyuki Kanamori Izumi Kono Ken-ichiro Yamashita Tadayuki Wako Akio Kojima 《Euphytica》2007,157(1-2):83-94
Bunching onion (Allium fistulosum L.) is one of the most important vegetables in Japan. To establish a genetic basis for molecular breeding of bunching onion,
we isolated 1,796 simple sequence repeat (SSR) clones by large-scale sequencing of SSR-enriched genomic DNA libraries. Of
these, 1,331 (74.1%) contained (GT)
n
repeats (n > 5), while 314 (17.5%) were (GA)
n
-containing clones. The average number of SSR repeats was 10.5 and 10.4 in the (GT)
n
- and (GA)
n
-containing clones, respectively. In a sample of five bunching onion inbred lines, an average of 3.2 alleles were detected
in the 100 SSR loci investigated, with the polymorphic information content averaging 0.55. These results indicate that bunching
onion SSRs are very rich sources of highly informative genetic markers. 相似文献