苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析   总被引：15，自引：1，他引：15  

高源  刘凤之  曹玉芬  王昆 《果树学报》2007,24(2):129-134

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。  相似文献   

日本“二十世纪”梨及其近缘品种的SSR分析     

鲁敏  汤浩茹  罗娅  张勇  刘泽静 《中国南方果树》2012,41(6)

采用定位于梨遗传连锁图谱中具高度多态性的4对SSR引物(CH01h01、CH03d02、CH04a12、CH05d04)对二十世纪梨及其近缘集团进行分析与鉴定,发现任何一对单独的SSR引物都不能将21个梨品种鉴别开,必须两对以上引物同时作用才能将其全部区分开.4对SSR引物可将21个供试梨种质按相似系数在0.84～0.96之间,划分为5个组.  相似文献   

苹果品种的SSR分析   总被引：18，自引：0，他引：18  

王爱德  李天忠  许雪峰  韩振海 《园艺学报》2005,32(5):875-877

 利用SSR方法对苹果25个品种进行了基因组多态性分析, 从20对引物中筛选出10对多态性引物用于正式扩增, 一共扩增出97个位点, 平均每对引物扩增出917个位点, 扩增条带的多态性百分率在56.4%～100%之间。用两对引物(GD142和02b1) 即可区分全部供试品种。根据SSR 分析结果, 应用NTSYS软件进行相似性系数计算, 利用UPGMA法构建聚类树状图。其结果表明, 供试苹果品种分为4个类群, 与传统系谱基本一致。  相似文献   

应用TP-M13-SSR技术鉴定苹果品种     

《果树学报》2010,(5)

研究利用在SSR扩增产物检测过程中的一种基于荧光测序技术的高通量低成本分析技术体系TP-M13-SSR(simple sequence repeat with tailed primer M13)对苹果种质资源的26份材料进行了SSR标记的鉴定,5对引物共获得52个等位基因,平均10.4个。引物对CH04h02可区分全部的供试品种,5对引物多态性好。26份材料5个SSR位点的遗传多样性、多态性信息含量和位点杂合度的变化为0.6620～0.9149、0.6326～0.9086和0.6538～1.0000。这种方法具有经济、灵敏、高效等优点,在苹果品种鉴定中得到成功应用。  相似文献   

马铃薯SSR标记在茄子上的通用性分析     

陈孟强  张娅  庄泽彬  张叶  牛玉  汪国平 《中国园艺文摘》2013,(10):28-30

目前有多种发展微卫星标记（SSR）的方法,对基因组未测序的物种利用近缘物种引物进行跨物种扩增是一种简便方法。本研究利用马铃薯的640对SSR引物对茄子进行扩增,并利用获得的多态引物进行了12份茄子材料的聚类分析。结果表明：192对引物能够在茄子基因组DNA上扩增出清晰、稳定条带,引物通用率为30．05％;10对引物在随机选择的4份材料上有多态性,聚类分析结果表明类群与材料的来源、果实形态、颜色及青枯病抗性间没有相关趋势。  相似文献   

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析     

陈传爱  王宁  秦士超  荣恒  孟庆杰 《落叶果树》2014,(4):5-7

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.  相似文献   

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析     

宋晓燕  张春芝  李颖  冯爽爽  杨清  黄三文 《园艺学报》2016,43(11):2266-2276

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。  相似文献   

利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱   总被引：3，自引：0，他引：3  

高源  田路明  刘凤之  曹玉芬 《园艺学报》2012,39(8):1437-1446

 利用SSR荧光标记技术筛选出的10对SSR荧光标记引物,构建中国建国以后选育的92个梨品种的SSR指纹图谱。10对SSR引物共扩增出132个等位基因,位点的杂合度在0.2421 ~ 0.8632之间。10对引物的扩增带型为8 ~ 44个,平均为29.7个。利用其中5对引物KA16、NH009b、NH013a、CH02b121和CH05d04可区分所有供试品种。92个梨品种10个SSR位点的遗传多样性和多态性信息含量的变化范围分别为0.4886 ~ 0.8810和0.4537 ~ 0.8707,平均值分别为0.7920和0.7732。92个梨品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。  相似文献   

云南田头菇属两个物种遗传多样性的AFLP分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

何莹莹  陈卫民  赵永昌  周德群 《北方园艺》2012,(21):85-88

利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术分析了田头菇属的茶树菇(Agrocybe aegerita)及杨柳田头菇(Agrocybe.salicacola)基因组DNA的多态性,使用11对引物组合建立了18个供试菌株的指纹图谱。结果表明:通过聚类分析,18个供试菌株聚为两大类,彼此关系得到很好的分辨。AFLP技术可用于茶树菇和杨柳田头菇2个形态上非常相似物种的DNA分子指纹图谱构建。  相似文献   

利用苹果SSR引物分析山楂属植物遗传关系   总被引：2，自引：0，他引：2  

张叶  代红艳  张琪静  李贺  张志宏 《果树学报》2008,25(4)

SSR引物在不同物种间具有通用性,从141对苹果属(Malus spp.)SSR引物中筛选出10对适合于山楂属(Crataegus spp.)植物的SSR引物,并对8个种37份山楂种质资源的遗传关系进行了分析。10对SSR引物共检测到91个多态性谱带,每个位点的等位基因数为3～13个,平均为9.1个。位点杂合度为0.432～0.790,平均为0.688。10对SSR引物可以将20份山楂资源区分开,17份不能区分的资源分为3组,第1组为3个伏山楂品种,第2组和第3组分别包括大果山楂的2个和12个品种。基于SSR标记构建的聚类树状图将供试37份山楂资源分成2个类群,第1类群包括6个山楂野生种,第2类群包括供试的所有伏山楂、山楂和大果山楂资源。该聚类结果与传统形态学分类一致。  相似文献   

梨果实褐皮性状的SSR标记   总被引：4，自引：0，他引：4  

宋伟  王彩虹  田义轲  田伟  殷豪 《园艺学报》2010,37(8):1325-1328

以梨品种‘黄金’（Pyrus pyrifolia Nakai‘Whangkeumbae’）与‘砀山酥’（Pyrus bretschneideri Rehd.‘Dangshansu’）的F1代杂交分离群体为试材,用分离群体分组分析法（Bulked Segregant Analysis,BSA）对果实褐皮性状进行了SSR分子标记研究。通过对源自梨和苹果基因组的281对SSR引物的筛选,获得了与梨果实褐皮性状相连锁的SSR标记CH01c06和Hi20b03,遗传连锁距离分别为4.8 cM和12.0 cM,据此,将控制该性状的基因定位在梨公共遗传图谱的LG8上。  相似文献   

莲雾转录组SSR信息分析及其分子标记开发   总被引：3，自引：0，他引：3  

魏秀清  许玲  章希娟  余东  陈志峰  张丽梅  陈长忠  许家辉 《园艺学报》2018,45(3):541-551

对莲雾[Syzygium samarangense（Bl.）Merr. et Perry]开展转录组测序分析,共获得87 538条Unigene。利用MISA软件搜索1 kb以上的21 153条Unigene,共检测出11 641个SSR位点,分布于8 115条Unigene中,出现频率为55.03%,平均分布距离为4.08 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的43.44%、30.98%和24.38%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的26.99%,三核苷酸重复基元以CCG/CGG为主。利用Primer 3.0共设计出25 734对SSR引物。从94对有效扩增引物中随机选择35对引物,对30个莲雾种质进行多态性验证分析,其中25对（占71.43%）引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将30份供试材料分为2类。利用莲雾转录组数据进行SSR标记开发能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,可为莲雾遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。  相似文献   

苹果酸度基因（Ma）SSR 标记及遗传分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

王雷存  樊红科  高华  赵政阳 《园艺学报》2012,39(10):1885-1892

 研究果实含酸量的遗传特性及其酸度基因的分子标记可以为果品品质育种提供辅助手段。以果实低酸的‘短枝富士’（Spur Fuji）和高酸的‘粉红女士’（Pink Lady）F₁代群体（216株）为试材，利用SSR（simple sequence repeat）技术，结合集群分类分析法（bulked segregation analysis，BSA）进行了苹果酸度基因（Ma）分子标记研究。经过102对SSR引物的筛选，获得了与果实酸性状紧密连锁的分子标记CH03d12₁₀₄和CH03d12₁₁₈两个位点，连锁距离分别为3.24和2.31 cM。分析表明Ma₁与Ma₂对果实含酸量有控制作用，Ma对ma表现为完全显性。  相似文献   

黄皮转录组SSR挖掘及其可用性分析     

陆育生  陈喆  常晓晓  邱继水  林志雄  潘建平 《园艺学报》2018,45(1):149-158

利用MISA软件筛选黄皮（Clausena lansium）转录组测序获得的68 998条Unigene,共检测出单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点11 825个,分布于11 000条Unigene中,出现频率为17.14%,平均分布距离为4.41 kb。6种SSR位点类型中主要为单、二、三个核苷酸重复,分别占总SSR位点的41.48%、24.92%和27.53%。11 825个SSR位点中共发现207种重复基序,重复次数在4 ~ 24次之间,其中出现频率高的基序有A/T、AG/CT、AT/AT、AAG/CTT和AAT/ATT。位点序列长度分布在12 ~ 25 bp之间,其中12 ~ 15 bp最多,占50.95%（6 025个SSR位点）。通过Primer 3设计得到6 102对SSR引物,随机选择30对引物进行多态性验证分析,结果显示24对有效扩增引物中,13对引物在16份不同黄皮种质中表现出多态性。以上结果表明,黄皮转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,开发的大批量SSR标记可为黄皮种质资源遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。  相似文献   

Genetic characterisation of oak seedlings, epicormic, crown and micropropagated shoots from mature trees by RAPD and microsatellite PCR     

C. Barrett  F. Lefort  G.C. Douglas 《Scientia Horticulturae》1997,70(4):319-330

DNA was isolated from seedlings of Quercus robur, collected from a single provenance, and from epicormic, crown shoots and in vitro shoots from a single tree of Q. petraea using a CTAB method of extraction. DNA was obtained in sufficient quantity and purity, from 13 out of 30 seedlings, and from all isolations from epicormic and in vitro shoots (2.5–10.0 μg/g fresh/ weight). Smearing was minimised at a primer concentration of 0.12 μM with Taq polymerase at 0.5 unit/reaction. Nine primers produced 142 bands, 28 of which were polymorphic. A similarity index showed that 11 seedlings were closely related with high coefficients (0.85–0.90), but each could be identified from another using only 9 primers (OPA-02 and -05, OPG-04 and -05, OPE-01, -02, -03, -08, -09). DNA was isolated from crown, epicormic and in vitro leaves originating from a single 150-yr old tree of Q. petraea and analysed by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) and microsatellites. With each primer, a characteristic RAPD pattern was obtained, and it was common to all six epicormic shoots derived from different parts of a single branch of this tree; also to the shoots from the crown of the same tree with OPE1 OPA-05, OPA-08, OPA-01, OPA-02, OPA-04, OPA-05, OPG-02, OPG-10, OPE-12. Similarly, the RAPD pattern obtained from shoot cultures in vitro, derived from individual nodes of epicormic shoots produced by six different branch segments, were uniform for each of 15 primers. This work was repeated using microsatellite PCR. Three microsatellite loci AG16, AG 1/2 and AG 1/5 were amplified by PCR. It showed a uniformity of these microsatellite loci in shoots from the crown of the tree, and from epicormic shoots cultures derived from six different sections of branch.  相似文献   

韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发   总被引：1，自引：0，他引：1  

李延龙  张华敏  崔蕴刚  陈建华  吕爱芹  李纪军  李艺潇 《园艺学报》2020,47(4):759-768

利用MISA软件筛选韭菜（Allium tuberosum）全长转录组测序获得的49 876条（大于500 bp）转录本序列（89.44 Mb），共检测出13 111个SSR位点，分布在10 332条转录本中，SSR出现频率为26.29%，平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中，1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位，占总SSR位点数的98.74%，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55%、12.52%、19.67%。发现重复序列的基序有103个，其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT（2.54%）、CA/TG（2.29%）、GAA/TTC（1.85%）和AAG/CTT（1.60%）。重复序列的长度在10 ~ 289 bp之间，其中小于20 bp的有11 128个（84.88%），大于20 bp的有1 983个（15.12%）。根据这些SSR位点，共设计出3 311对SSR引物，在随机选取的208对引物中有164对（78.85%）能进行有效扩增，其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性。利用多态性引物SSR41，鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代。以上结果表明，基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源。  相似文献   

适宜加工用苹果品种TP-M13-SSR 指纹图谱构建及遗传关系分析     

高源  王昆  刘凤之  聂继云  王大江  龚欣  刘立军 《园艺学报》2014,41(5):946-956

 采用TP-M13-SSR 荧光标记方法,构建19 个适宜加工脆片和25 个适宜制汁的苹果品种在 11 个SSR 位点的指纹图谱,并通过聚类分析研究其遗传关系。仅利用两对引物CH04h02 和CH05d04 即 可区分44 个供试品种,各品种的TP-M13-SSR 指纹图谱互不相同。构建的适宜加工苹果品种的SSR 指纹 图谱可以作为品种特异指纹图谱为品种鉴别提供重要依据。44 个苹果品种的相似系数在0.7259 ~ 0.9704 之间,在相似系数0.798 处划分供试品种,除瑞光、马空、红月、蜜脆、珍宝、赤阳和短枝金冠,其余适 宜制汁的品种均聚到了一起,而适宜加工脆片的品种聚类比较分散。适宜加工苹果品种遗传基础广泛, 适宜加工特性与亲本相关。在制订和完善制汁用和加工脆片用苹果品质评价体系时,需要兼顾遗传关系 与加工特性的相关性。金冠、红玉、国光、富士和元帅等为较好的加工苹果品种的育种亲本,应加强育 种利用。  相似文献