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韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发 总被引:1,自引:0,他引:1
利用MISA软件筛选韭菜(Allium tuberosum)全长转录组测序获得的49 876条(大于500 bp)转录本序列(89.44 Mb),共检测出13 111个SSR位点,分布在10 332条转录本中,SSR出现频率为26.29%,平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中,1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位,占总SSR位点数的98.74%,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55%、12.52%、19.67%。发现重复序列的基序有103个,其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT(2.54%)、CA/TG(2.29%)、GAA/TTC(1.85%)和AAG/CTT(1.60%)。重复序列的长度在10 ~ 289 bp之间,其中小于20 bp的有11 128个(84.88%),大于20 bp的有1 983个(15.12%)。根据这些SSR位点,共设计出3 311对SSR引物,在随机选取的208对引物中有164对(78.85%)能进行有效扩增,其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性。利用多态性引物SSR41,鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代。以上结果表明,基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源。 相似文献
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韭菜平丰 8号是平顶山市农科所韭菜研究室以桂林大叶韭菜为母本 ,以平韭 4号为父本 ,通过杂交、测交、多代自交筛选和优系混合授粉培育而成的韭菜新品种。经品比试验、区域试验和生产示范试验 ,平丰 8号表现棵大叶宽 ,商品性状优良 ;生长势强 ,生长速度快 ,产量高 ,效益好 ;抗寒性极强 ,耐贮运 ;高抗韭菜疫病 ,对灰霉病、韭蛆有较强的抗性 ,深受广大菜农和消费者喜爱。1 植物学性状平丰 8号株高 5 0cm以上 ,株丛直立 ,叶深绿色 ,叶长约 35cm ,平均叶宽 1.15cm ,叶背脊突出 ,叶尖钝尖 ,叶片宽大肥厚 ,春季生长快时叶尖稍勾 ;叶鞘粗壮 ,鞘长… 相似文献
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