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1.
为构建布鲁氏菌Ⅳ型分泌系统蛋白BMEI0742基因的原核表达载体,并进行表达、鉴定。从羊种布鲁氏菌(Brucella melitensis)16M株的基因组中克隆BMEI0742基因片段,亚克隆到pMD19-T载体中并测序,克隆至表达载体pET-28a,构建重组质粒pET-28a-BMEI0742利用大肠杆菌进行表达,并进行Western-Blot检测,对该蛋白功能进行生物信息学分析。成功构建了pET-28a-BMEI0742原核表达载体,SDS-PAGE检测结果显示,重组蛋白的分子量约是50 ku,BMEI0742蛋白可与布鲁氏菌阳性血清发生特异性反应,表明其具有良好的反应原性。生物信息学分析显示,该蛋白无跨膜区结构,不存在信号肽,二级结构以α-螺旋为主并利用Phyre2服务器成功构建了该蛋白的三维模型。本研究成功表达了布鲁氏菌Ⅳ型分泌系统蛋白BMEI0742基因,并成功获得了BMEI0742蛋白,该蛋白具有与布鲁氏菌自身蛋白相同的抗原性,为布鲁氏菌翻译延伸因子Tu,为进一步研究其免疫性和保护性以及在布鲁氏菌的致病机制奠定基础。 相似文献
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为了确定泥蚶转录因子c-Myc(Tgc-Myc)与下游ATP结合盒转运蛋白ABCA3(TgABCA3)基因启动子的结合关系。利用在线生物信息学网站预测以及凝胶电泳迁移(electrophoretic mobility shift assay, EMSA)和染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation assay, ChIP)技术，对Tgc-Myc与TgABCA3启动子的结合位点进行分析。结果显示，TgABCA3启动子上的E-box顺式作用元件位于-40～-35 bp, Tgc-Myc能够与该序列特异性结合。转录因子Tgc-Myc通过调控TgABCA3基因转录，从而参与泥蚶应对重金属Cd胁迫的响应机制。 相似文献
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【目的】对斜卧青霉转录调控因子Hac1进行染色质免疫共沉淀(CHIP)试验,为其调控机制及生物学功能研究奠定基础。【方法】以斜卧青霉为材料,DTT诱导转录调控因子Hac1表达,用交联Buffer处理菌丝,使Hac1与靶基因交联,超声破碎染色质后,进行解交联染色体检验,研究不同交联时间(5,10,20,30,40min)、不同菌丝用量(10mL CHIP缓冲液中分别添加0.25,0.50,1.00,1.50g菌丝)及不同超声功率(15,20,25,30 W)、超声时间(1,3,5s)、超声间隔时间(10,20,30,40s)、超声次数(15,25,30,40次)对试验效果的影响。在优化的条件下对菌丝进行处理,获得合格的DNA片段,进行CHIP试验,采用随机PCR方法检测染色质免疫共沉淀效果。【结果】适用于斜卧青霉Hac1的最佳染色质免疫共沉淀试验的条件为:交联时间控制在20min以内;最佳菌丝用量为10mL CHIP缓冲液中加入1g菌丝;25 W超声功率,工作时间5s,间隔时间40s,超声30次。在优化的条件下富集DNA片段,进行随机PCR,结果在500~750bp间可见明显的扩增条带。【结论】优化了斜卧青霉转录调控因子Hac1CHIP条件,成功进行了CHIP试验。 相似文献
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《江苏农业科学》2017,(16)
拟南芥HD-ZIP家族转录因子GLABRA2(GL2)是控制植物表皮毛、根毛分化和发育的关键调控因子。为了深入研究GL2调控植物表皮细胞分化发育的分子机制,对GL2蛋白进行了生物信息学分析,选择其保守性较低的C端区域(597~776 aa)作为抗原区,构建了pET28a/GL2原核表达系统。通过异丙基-β-D-硫代半乳糖苷诱导获得了融合蛋白rGL2~(597~776),分子量约为19.6 ku。利用纯化得到的融合蛋白免疫家兔,获得了抗GL2的多克隆抗体,并利用抗原亲和纯化了GL2多克隆抗体。GL2多克隆抗体的制备及纯化为进一步通过染色体免疫共沉淀等方法筛选和鉴定其下游作用靶基因奠定了基础。 相似文献
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通过柽柳转录组分析克隆得到了一条bHLH基因（ ThbHLH1）。在此基础上,本研究通过TAIL－PCR的方法克隆ThbHLH1转录因子的启动子序列,长2061 bp。经PLACE等软件分析发现,ThbHLH1启动子中存在多个DOF元件,利用酵母单杂交和染色质免疫共沉淀试验（ ChIP 试验）研究发现,柽柳的ThDof16基因可识别Th-bHLH1基因启动子中的DOF元件,说明ThDof16基因是调控ThbHLH1基因表达的上游调控因子。另外,通过基因枪技术瞬时转化烟草叶片,进行GUS染色和GUS酶活测定的试验,得到进一步验证。 相似文献
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《东北林业大学学报》2016,(4)
通过柽柳转录组分析克隆得到了一条bHLH基因(ThbHLH1)。在此基础上,本研究通过TAIL-PCR的方法克隆ThbHLH1转录因子的启动子序列,长2 061 bp。经PLACE等软件分析发现,ThbHLH1启动子中存在多个DOF元件,利用酵母单杂交和染色质免疫共沉淀试验(ChIP试验)研究发现,柽柳的ThDof16基因可识别ThbHLH1基因启动子中的DOF元件,说明Th Dof16基因是调控ThbHLH1基因表达的上游调控因子。另外,通过基因枪技术瞬时转化烟草叶片,进行GUS染色和GUS酶活测定的试验,得到进一步验证。 相似文献
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紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术(UV laser crosslinking and chromatin immunoprecipitation,UV-X-ChIP)是研究蛋白质与DNA的相互作用及鉴定转录因子靶DNA的一条新途径。该技术结合DNA芯片、Southern杂交及DNA文库的构建可用于研究蛋白质与DNA的相互作用及高通量筛选已知转录因子在全基因组范围内的结合位点,这为转录因子调控网络的绘制奠定基础。笔者对紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术及应用作一综述。 相似文献
8.
为了利用染色质免疫共沉淀技术研究转录因子AtIDD4蛋白与下游DNA的互作,通过构建35S-AtIDD4CDS-3×Flag农杆菌原核表达载体,利用农杆菌花浸法将35S-AtIDD4CDS-3×Flag结构转入野生型拟南芥中,实现ATIDD4和3×Flag标签的共表达和超表达。结果表明:通过PCR扩增、DNA测序、实时荧光定量RT-PCR等方法对转基因突变体进行鉴定,3×Flag标签与AtIDD4共表达,同时AtIDD4基因的表达量显著提高。 相似文献
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转录因子FoxA1通过与染色体结合释放出DNA结合位点对信号转导和细胞增殖进行调控。研究发现多种肿瘤组织中FoxA1表达上调,参与肿瘤生长调控,揭示FoxA1有可能成为新的肿瘤治疗靶点。该研究采用生物信息学方法,在获得FoxA1基因和蛋白序列的基础上,对其结构、性质以及与其有相互作用的蛋白进行初步的生物信息学分析,以期为进一步研究FoxA1的生物学特性奠定基础。 相似文献
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微量元素锌与基因表达 总被引：2，自引：0，他引：2
锌可作为配基参与构成锌指蛋白和锌结合转录因子,并以此调控基因表达。日粮锌对金属硫蛋白基因表达有显影响。用差异ｍＲＮＡ显示技术能够鉴定哪些基因是锌反应基因。 相似文献
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SWI/SNF染色质重塑因子在植物的生长发育及逆境应答过程中起重要作用。本研究首先通过序列比对，从谷子基因组中鉴定出6个候选SiSWI3基因，分别命名为SiSWI3A、SiSWI3B、SiSWI3C1、SiSWI3C2、SiSWI3D1和SiSWI3D2。然后对上述基因的结构、编码蛋白、启动子元件、亚细胞定位等进行生物信息学分析和预测，结果表明：SiSWI3蛋白都含有SANT Motif，且亚细胞定位预测显示SiSWI3成员主要被定位在细胞核中；SiSWI3基因启动子区域含有大量与光响应、激素类应答、逆境应答、代谢调控等相关的顺式作用元件。最后采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测这些基因在谷子苗期盐胁迫和干旱胁迫下的表达量变化，检测结果表明：SiSWI3基因受盐和干旱不同程度的诱导，说明SiSWI3基因参与谷子苗期盐胁迫和干旱胁迫应答。本研究所得结论为进一步探究SiSWI3染色质重塑因子在抗逆作物谷子的逆境响应中的功能和机制奠定了基础。 相似文献
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多聚ADP-核糖聚合酶PARP[poly(ADP-ribose)polymerase]催化的多聚ADP-核糖化反应是一种重要的蛋白质翻译后修饰手段,在DNA修复、染色质结构重塑、基因转录、细胞周期和细胞凋亡等过程中发挥重要作用。目前,动物中的PARP研究较为深入,但植物中进展缓慢。本实验利用PCR技术从拟南芥中得到PARP2基因,利用原核系统表达并纯化出PARP2蛋白,体外测定了PARP2的酶活。SDS-PAGE和Western blotting结果表明,PARP2能够催化自身多聚ADP-核糖化修饰,这一发现为继续研究植物多聚ADP-核糖化聚合酶及多聚ADP-核糖化修饰开拓了新方向。 相似文献
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目的 应用网络药理学方法预测夏枯草抗乳腺癌的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗乳腺癌的作用机制。方法 在TCMSP和TCMID数据库中检索并筛选出夏枯草的潜在活性成分,在TCMSP数据库中查询活性成分作用靶点并采用Cytoscape 3.7.1软件构建活性成分-靶点网络图;在HPO和DisGeNET数据库中检索乳腺癌相关基因;将活性成分作用靶点和乳腺癌相关基因进行比对,得到重复项（即活性抗乳腺癌的可能靶点）;利用String平台构建潜蛋白互作网络（PPI）;使用Cytoscape 3.7.1软件构建夏枯草潜在活性成分-靶点-乳腺癌网络,并根据度值、介数和紧密度筛选出关键靶点;应用Metascape数据库分析关键靶点的KEGG信号通路并进行GO生物过程富集。结果 夏枯草中有19种活性成分,作用于253个靶点;夏枯草有17种成分可作用于乳腺癌相关的29个靶点,其中有7个关键靶点,7种主要活性成分,9条相关信号通路。结论 夏枯草可通过雌激素受体、细胞特异性周期蛋白、表皮生长因子受体等靶点及相关通路,发挥抗乳腺癌作用。 相似文献
14.
为在大肠杆菌全基因组范围内筛选和鉴定与喹诺酮类抗生素耐药性相关的基因,通过对临床分离的13株大肠杆菌进行药敏试验,选择耐药谱较广泛的菌株作为研究对象,利用Mariner转座子对其基因组进行随机突变,获得转座子突变株文库,并以亲本菌株为对照筛选文库中对喹诺酮类抗生素敏感的突变体,通过套式PCR、核苷酸测序及序列比对确定突变株中转座子的插入位点及其破坏的基因。结果表明:从突变株文库中筛选得到22株分别对诺氟沙星、环丙沙星、左氧氟沙星、萘啶酸敏感的突变株,其中7株对4种抗生素都敏感;插入位点分析发现,抗生素敏感突变株中被转座子破坏的基因包括ecs4206(磷酸核酮糖激酶)、ecs3959(β-D-半乳糖苷酶β亚基)、ecs3946(假定蛋白)和ecs1857(DNA结合转录调控因子)。筛选出的基因可被开发为控制或扭转大肠杆菌耐药性的作用靶点。 相似文献
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钙依赖蛋白激酶(CDPK或CPK)在植物生长和发育、逆境信号刺激及其对病原物的防御反应过程中发挥着非常重要的作用。本研究利用梨树全基因组数据,采用生物信息学的方法,在全基因组水平上对梨树CDPK基因家族进行系谱进化关系、基因结构、共线性关系及表达情况等分析。结果表明,梨树基因组中共存在31个CDPK基因,命名为PbCDPK1~PbCDPK31。系谱分析结果表明,这些CDPK基因归属于4个亚家族。共线性分析检测到12对CDKP基因间存在显著的共线性关系,其中10对由最近一次发生的全基因组复制事件形成。非同义/同义置换率的比率(dN/dS)说明CDPK基因在功能上进化得非常保守。荧光定量PCR结果发现,5个梨树CDPK基因对干旱逆境有响应。试验结果可为进一步开展梨树CDPK基因家族的功能鉴定和分子进化机制的研究提供参考。 相似文献
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为探讨花魔芋抵御软腐病害的分子机制,分别以染病初期和健康的花魔芋球茎为材料进行转录组测序。结果表明,健康和染病初期花魔芋两组出现3222个差异表达基因,其中2660个基因上调表达,562个基因下调表达,差异表达基因主要涉及细胞组分、生物学过程及分子功能等生理生化过程。表达量上调和下调最大的前10个基因包含编码MiAMP1抗菌蛋白、热激蛋白、胰蛋白酶与蛋白酶抑制剂、胰凝乳蛋白酶抑制剂等与抗病相关的基因。GO功能分类和KEGG通路分析表明,类黄酮和苯丙烷类物质在花魔芋抵御软腐病菌侵染初期发挥重要作用。值得关注的是,硒化合物代谢、维生素B6代谢、类黄酮生物合成、N-聚糖生物合成及链霉素生物合成通路等抗病相关的差异表达基因在花魔芋染病初期全部或大部分受诱导表达。利用高通量测序获得大量花魔芋转录组信息,有助于挖掘与花魔芋抗软腐病相关的关键基因,也为魔芋抗病分子育种提供理论参考。 相似文献
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肠道通透性与肠道稳态及个体健康状况直接相关，目前尚缺乏鱼类肠道通透性的定量评价方法及试剂。血清中肠脂肪酸结合蛋白（intestinal fatty acid binding protein，I-FABP）是肠道通透性的重要血清生物学指标，可用于肠道通透性的定量评价。为建立鲫（Carassius auratus）血清I-FABP的定量检测方法，克隆了鲫I-FABP基因，经原核表达和纯化，并利用重组蛋白分别免疫新西兰白兔（New Zealand white rabbit）及小鼠（Mus musculus），制备了兔源及鼠源多克隆抗体，其效价均为1∶80 000。以纯化的兔源多克隆抗体作为包被蛋白，以辣根过氧化物酶（horseradish peroxidase，HRP）标记的鼠源多克隆抗体作为酶标抗体，通过优化各反应条件建立了基于鲫I-FABP的双抗体夹心酶联免疫检测方法（double antibody sandwich ELISA，DAS-ELISA）。标准曲线的线性回归方程为y=0.003 5x+0.036 7，拟合度较高R2为 0.999 1，临界值为0.090 6。批内及批间变异系数分别为1.17%～5.50%及0.16%～4.78%，具有较好的重复性。以该方法对54份样品进行检测，与商业化试剂盒对比，符合率为100%。构建的DAS-ELISA检测方法可用于鲫肠道通透性的定量评估。鉴于鱼类I-FABP的保守性，该方法或可用于其他鱼类肠道通透性的定量评价。 相似文献
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山葡萄苯丙胺酸解氨酶（PAL）是苯丙烷途径的关键酶,在果皮着色中能够调控花色苷合成途径。构建PAL基因原核表达重组质粒pET28a-PAL,并对重组蛋白表达条件进行优化,以山葡萄DNA扩增PAL并连接到pMD18-T,筛选得到阳性克隆后连接到pET28a原核表达载体上,重组质粒转化至E.coli BL21后经不同浓度的IPTG、不同诱导温度、不同诱导时间处理,通过DPS设计正交试验优化重组蛋白的表达条件,并将重组蛋白纯化。结果显示,正交试验不同处理下的蛋白表达差异显著（P<0.05）,诱导因素的影响程度从强到弱分别为IPTG浓度、温度和时间。IPTG诱导浓度对其影响最显著（P=0.015<0.05）,且IPTG浓度为0.6 mmol·L-1,诱导温度为22℃,诱导时间为5 h时,诱导重组蛋白PAL的效果最佳。成功构建其原核表达载体并使其在大肠杆菌中得到高效表达,为探究PAL蛋白的表达提供参考。 相似文献
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Sirtuin蛋白是一类进化保守的NAD+依赖性脱酰基酶家族，可调控生物的新陈代谢、基因组稳定性和寿命。为探究西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族基因种类、分布和分子特征，以及不同级型、不同发育时期的表达模式，基于西方蜜蜂全基因组数据，采用生物信息学方法对西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族成员进行鉴定，预测家族基因的结构和染色体位置，分析家族基因的结构域和系统发育关系；采用qRT-PCR分析Sirtuin蛋白家族基因在西方蜜蜂雌性蜂不同发育时期的表达情况。结果表明，在西方蜜蜂全基因组中鉴定出10个Sirtuin蛋白基因，属于6个家族成员（ AmSirt1、 AmSirt2、 AmSirt4~ AmSirt7）， AmSirt1和 AmSirt2家族成员各包含3个基因。6个家族成员基因分别定位于不同的染色体上，其中 AmSirt1和 AmSirt2呈现典型的串联重复分布， AmSirt1、 AmSirt6和 AmSirt7主要定位于胞质/细胞核， AmSirt2和 AmSirt5主要定位于胞质， AmSirt4定位于线粒体。西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族基因的编码氨基酸数为265~899个，分子质量为 29.45~102.91 ku，等电点为4.58~9.09，外显子数为4~9个，内含子长56~2 719 bp，Sirtuin蛋白家族基因包含12个保守结构域，并发现3个西方蜜蜂所特有的保守氨基酸位点。Sirtuin蛋白家族基因鉴定和系统发育关系表明，西方蜜蜂缺少 Sirt3基因，10个Sirtuin蛋白基因聚合为4类6个分支，与东方蜜蜂、大蜜蜂的同源性较高。6个家族基因在蜂王和工蜂不同发育时期均有表达，蜂王整体基因表达量高于工蜂，各家族基因表达量均在2日龄蛹达到峰值。综上表明，西方蜜蜂有6个Sirtuin蛋白家族成员，系统进化中分为4类，缺少Sirt3家族成员。推测在西方蜜蜂雌性蜂不同发育时期，Sirtuin蛋白基因表达受禁食行为、热量限制和器官分化的影响。 相似文献
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为探究致奶牛乳房炎主要致病菌金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,S.aureus)的生物学特性,对新疆垦区部分奶牛场乳房炎奶样进行病原学分析,并对病原菌进行耐药性、毒力因子的表达分析。从乳房炎奶样中分离得到S.aureus,采用血浆凝固酶试验、KB法、琼脂筛选法、生化鉴定法(VITEK32)、聚合酶链式反应等法进行鉴定。针对毒力基因clfA(凝集因子A)和FnBP(纤维结合素结合蛋白)进行特异性PCR扩增,用T/A克隆法将其插入pMD18-T载体,并构建原核表达载体pET-28a(+)-FnBP和pET-28a(+)-clfA。转化BL21(DE3)菌,经IPTG诱导表达,通过SDS-PAGE和Western blot分析鉴定表达产物。常规鉴定出葡萄球菌105株,其中金黄色葡萄球菌(S.aureus)62株,从62株S.aureus中检出耐药性金黄色葡萄球菌(MRSA)13株,检出率为20.10%,2株未确检。经测序证实与GenBank中FnBP基因(J04151)和clfA基因(AB245457)序列同源性分别为100%和95.69%。SDS-PAGE显示,clfA和FnBP蛋白相对分子质量分别为45ku和58ku。Western blot分析显示,clfA蛋白和FnBP蛋白均可与金黄色葡萄球菌多克隆抗血清发生特异性反应。病畜奶样中MRSA检出率较高,新疆垦区部分牛场呈蔓延趋势,成功表达了clfA、FnBP蛋白,具有一定的免疫保护效果。 相似文献