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1.
为了解中国沿海缘边银鲈(Gerres limbatus)的遗传背景,分析了9个地理群体140条样本线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因5′端652 bp序列。结果发现14个变异位点,13个单倍型,其中有9个独有单倍型和4个共享单倍型,整体单倍型和核苷酸多样性都较低(Hd=0.276±0.050,π=0.0005±0.0001)。琼州海峡以东海域的遗传多样性(Hd=0.338~0.456,π=0.0006~0.0011)高于琼州海峡以西北部湾海区(Hd=0~0.295,π=0~0.0005)。单倍型网络图未出现明显谱系结构和地理结构。群体遗传分化系数Fst显示,硇洲群体与其他群体间出现不显著的中低度遗传分化(Fst=0.0773~0.1696,P>0.05),其他群体间分化不明显(Fst=-0.0415~0.0612,P>0.05),总体上群体间分化程度都不高。AMOVA分析显示,遗传变异绝大部分(95%以上)来源于群体内。中性检验结果显示,群体总体的Tajima’s D(-2.2549)和Fu’s Fs(-16.4725)结果均为显著性负值(P<0.01),核苷酸错配图呈现较为明显单峰,单倍型网络图呈典型星状结构,表明缘边银鲈历史上存在过种群扩张,扩张时期约为距今0.1304~0.0435百万年。由于总体单倍型多样性小于0.5,核苷酸多样性小于0.005,推测中国缘边银鲈种群曾经历过较为严重的瓶颈效应。宁德、硇洲群体的核苷酸多样性相对较高,应优先保护。北部湾各群体遗传多样性极低,需要采取措施避免遗传多样性下降。  相似文献   

2.
基于线粒体控制区序列的南海圆舵鲣种群遗传结构分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
利用线粒体控制区(D-loop)高变区序列作为遗传标记,分析了中国南海5°N~21°N之间7个圆舵鲣(Auxis rochei)地理群体的遗传结构特征。201尾样本的D-loop区序列共检测到185种单倍型。各个采样点均呈现出很高的单倍型多样性(0.958 2~1.000 0)和较高的核苷酸多样性(0.034 327~0.041 235)的特征。单倍型邻接关系树未呈现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析和成对遗传分化系数(FST)显示南海海域圆舵鲣的遗传变异主要来自群体内(98.33%),群体间基因交流频繁,是一个随机交配群。核苷酸不配对分布和中性检验表明南海圆舵鲣在更新世晚期曾经历过种群的快速扩张。结果表明,南海圆舵鲣具有丰富的遗传多样性水平,遗传分化不显著,在渔业上可以作为一个单元来管理。  相似文献   

3.
为探讨中国近海绿鳍鱼(Chelidonichthys kumu)遗传多样性和种群结构,测定了辽宁、山东、江苏、浙江以及广东等中国沿海5个省6个地理群体112尾样本线粒体控制区838bp全序列,共检测到15个变异位点,22个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.849±0.019)与低核苷酸多样性(π=0.001 85±0.000 12)特点。在邻接树和单倍型网络图中,没有出现明显的谱系结构和地理结构。群体间遗传分化系数Fst值小而不显著(-0.034 61~0.038 28,P0.05);AMOVA分析显示不同地理群体、不同海域间与台湾海峡南北两侧都不存在明显遗传分化(-0.32~1.19),遗传变异主要存在群体内个体之间(99.08%~100.40%),表明中国近海绿鳍鱼为母系随机交配群体,推测原因可能是绿鳍鱼为洄游性鱼类,且所产漂浮性卵受海流携带能进行远距离传播。中性检验呈极显著负值(Fs=-16.099 6,P=0),核酸不配对分布图为单峰分布,推测绿鳍鱼整体及除吕四群体外的其它群体在3.00万年~10.00万年前发生种群扩张,可能是受到晚更新世冰期与间冰期影响。  相似文献   

4.
使用线粒体COⅠ基因部分序列作为遗传标记,分析了中国海南岛8个弹涂鱼(Periophthalmus modestus)地理群体的遗传多样性、遗传分化、种群历史动态,以为更好的保护弹涂鱼种质资源提供依据。采集的236尾弹涂鱼样本的COⅠ基因片段序列共检测到59种单倍型,总体单倍型多样性较高(0.861±0.019),核苷酸多样性偏低(0.004 39±0.000 24);基于单倍型的邻接关系树没有呈现与地理群体成谱系的结构;分子方差分析表明,遗传变异主要来自群体内(99.36%);遗传分化指数(F_(st))显示,三亚与临高、东方两个群体存在中等程度遗传分化;群体间基因交流频繁,核苷酸不配对分布和中性检验表明,部分地方群体曾经发生过扩张。海南岛弹涂鱼整体遗传分化程度不高(F_(st)=0.006 37),是一个随机交配的群体,遗传多样性较低,建议加强弹涂鱼资源的保护。  相似文献   

5.
中国沿海鳓不同地理群体 16S rRNA基因的遗传变异分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。  相似文献   

6.
西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构   总被引:4,自引:1,他引:3  
为检测西北太平洋鸢乌贼种群遗传结构,采用线粒体DNA细胞色素b基因(Cytb)序列分析方法对鸢乌贼东海群体、南海群体与菲律宾海群体进行遗传变异分析。结果显示,(1)所有群体总的单倍型多样度与核苷酸多样度分别为0.982±0.006、0.012±0.006;菲律宾海群体对应的遗传多样度均最高,分别为0.973±0.014、0.015±0.008;南海群体与东海群体的单倍型多样度分别为0.959±0.026、0.943±0.031,核苷酸多样度均为0.006±0.003。3个地理群体均具有较高的遗传多样性水平。(2)分子方差分析结果显示,34.6%的遗传变异来自于群体间,群体间遗传分化极显著。两两群体间Fst分析表明,西北太平洋鸢乌贼群体间均具有极显著的遗传分化。构建的单倍型邻接系统树和最小跨度树显示,西北太平洋鸢乌贼群体存在明显的系统发育谱系结构(谱系A、B、C),3个谱系单倍型类群间也存在极显著的遗传分化(Fst=0.735~0.805)。(3)中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明,谱系B可能经历过近期群体扩张事件,发生群体扩张的时间在10.3~12.5万年前。综合分析认为,西北太平洋鸢乌贼的种群遗传结构模式及系统发育地理格局模式是由其栖息地海洋环境与更新世气候变化共同塑造的。建议在渔业管理上将3个地理群体划分为3个独立的管理单元。  相似文献   

7.
西江流域卷口鱼线粒体D-loop序列的遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
为研究西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群的遗传变异情况,自广西境内6个江段采集了139尾样本,采用PCR与DNA测序技术分析其线粒体D-loop序列的遗传多样性及群体历史动态;139条D-loop序列长度均为725 bp,碱基组成A+T (65.7%)远远高于C+G (34.3%),共检测到变异位点25个,转颠换比R值为11.5。139尾样本共定义23个单倍型。单倍型的NJ系统树以及网络结构图显示,23个单倍型间有2个明显分支,不同地理群体来源的单倍型混杂分布在2个分支中,未能观察到明显的地理聚群。6个群体遗传多样性较好,单倍型多样性Hd=0.71585~0.92063,核苷酸多样性Pi=0.00173~0.00668,遗传分化极其显著(遗传分化系数Fst=0.36737,P<0.001)。AMOVA分析表明,群体内变异占63.26%,群体间为36.74%。中性检验(Tajima’s D= –0.50322,P=0.34600;Fu’s Fs= –5.05210,P=0.08800)与核苷酸错配分布表明,西江流域卷口鱼种群近期内未经历过种群扩张。综上所述,西江流域广西境内的卷口鱼遗传多样性表现为高单倍型、低核苷酸多样性的特征,群体间不同程度的遗传分化表明水坝阻隔及捕捞因素可能促进其发生,而水利梯级开发可能是促进卷口鱼群体遗传分化的首要原因。  相似文献   

8.
浙闽沿海葡萄牙牡蛎群体遗传结构及种群历史分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
李双  李琪  于红  孔令锋 《中国水产科学》2015,22(6):1260-1269
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基因(mt COI)对浙闽沿岸5个葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)自然群体的遗传结构及其种群历史进行分析。结果表明,葡萄牙牡蛎群体的遗传多样性处于较高水平,在183条序列中检测到44个多态性位点,共定义了39个单倍型;平均单倍型多样度和平均核苷酸多样度分别为0.8524和0.00406,平均核苷酸差异数在不同群体内差异较小。AMOVA分析显示,绝大多数的遗传变异都来自于群体内个体间(91.94%),组间和组内群体间均不存在明显的遗传分化。两两群体间的ΦST值较低(–0.01193~0.11486),但宁德群体与其他群体间出现了显著的低程度遗传差异。单倍型网络关系图整体上呈星状拓扑结构,不同地理来源的单倍型无明显分支。贝叶斯系统发生树上,各单倍型交错分布,没有表现出明显的地理分化。中性检验和错配分析均表明葡萄牙牡蛎群体经历了历史扩张,扩张时间在更新世末期的25万到21万年前。  相似文献   

9.
基于线粒体控制区序列的南海北部近岸鯻的遗传多样性   总被引:1,自引:0,他引:1  
80尾鯻(Therapon theraps)样本采自广东碣石、阳江,广西东兴,海南临高、陵水,测定其线粒体控制区951 bp序列,发现42个变异位点,60个单倍型。南海北部近岸鯻总体的单倍型多样性(0.986±0.007)和核苷酸多样性相对较低(0.009±0.000),其中陵水群体核苷酸多样性最高(0.010),碣石、阳江、东兴群体最低(0.008)。单倍型网络图与邻接树没有形成明显不同的谱系分支和地理聚群,表明不存在谱系结构和地理结构。大陆沿岸碣石、阳江和东兴群体间的遗传分化系数(Fst)为–0.017 5~0.008 9(P0.05),基因流(Nm)值为–14.54~27.84;海南岛临高和陵水群体间Fst为–0.046 0(P0.05),Nm为–5.68,表明大陆沿岸群体内部和海南岛群体内部都无明显分化;但海南岛与大陆群体间的Fst为0.061 6~0.135 3(P0.05),Nm为1.87~3.81。分子方差分析显示,大陆沿岸群体和海南岛群体间分化极显著(FCT=0.100 7,P=0.000 0),可能是受大陆与海南岛分离形成的琼州海峡,全年余流方向总趋势是由东向西,且强度较高的影响。南海北部近岸鯻可作为2个管理单位进行保护,建议优先保护陵水群体。单倍型简约性网络图呈非典型的星状分布,中性检验Fu’s Fs为显著负值且核苷酸不配对分析为单峰分布,表明历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代为晚更新世(3.62万年前),扩张后的有效群体大小约为扩张前的8.7×106倍,可能是受到海退缩减和海侵扩张的影响。  相似文献   

10.
有效的人工增殖放流应监控放流群体和野生群体的遗传结构特征,以避免放流群体对天然群体遗传多样性的负面影响。本研究利用线粒体CO I和Cyt b基因分析了丹江口鲢库区、鲢亲本和鲢子代3 个群体的遗传结构特征。分析结果显示,104 条646 bp线粒体CO I序列中共检测到多态位点15 个,简约信息位点5 个,单一变异位点10 个,定义了7 个单倍型,单倍型多样性为0.544~0.676,核苷酸多样性为0.00221~0.00254;103 条1058 bp线粒体Cyt b序列中共检测到多态位点19 个,简约信息位点13 个,单一变异位点6 个,定义了14 个单倍型,单倍型多样性为0.609~0.714,核苷酸多样性为0.00262~0.00424,总体上处于较高单倍型多样性和较低核苷酸多样性。CO I和Cyt b序列遗传距离、遗传分化指数以及基因流分析结果显示,群体间遗传距离为0.002(CO I)、0.003~0.004(Cyt b),总的遗传分化指数为-0.00468(P>0.05)(CO I)、0.03180(P>0.05)(Cyt b),差异均不显著,群体间基因流为14.69~41.47(CO I)、5.49~40.47(Cyt b),分子方差分析(AMOVA)结果表明群体的遗传变异主要来自群体内。单倍型聚类关系树表明,3 个鲢群体间均存在共享单倍型,不同地理群体间单倍型散乱分布于各支,未形成地理群体的聚集。以上分析结果显示,3 个鲢群体间不存在明显的遗传分化,表明增殖放流鲢群体与丹江口库区野生群体的遗传多样性和遗传结构相近,可开展增殖放流。本研究结果可为丹江口鱼类增殖站鲢群体的增殖放流提供科学依据。  相似文献   

11.
采用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因片段为遗传标记,分析了南海北部陆架和南沙西南部陆架海域5个黄鳍马面鲀群体的遗传结构,以判定南海北部不同海域之间及南海北部与南沙西南部陆架海域黄鳍马面鲀的种群归属。结果表明,在156个个体的779 bp Cyt b同源序列中共检测到56个变异位点和58种单倍型,5个群体间遗传距离为0.002 95~0.004 15,遗传分化性呈现出高单倍型多样性(0.820 1~0.980 4)和低核苷酸多样性(0.002 62~0.004 69)的特点;分子方差分析和遗传分化指数显示,黄鳍马面鲀的遗传变异来自群体内个体间,群体间无显著遗传分化;单倍型网络结构图和群体系统发育树结构均未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇。比较5个不同地理群体间的遗传发育关系并结合种属界定标准判定,南海北部和南沙西南部陆架5个黄鳍马面鲀群体属于同一个种群。  相似文献   

12.
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)基因分析了我国沿海绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt b部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。  相似文献   

13.
对南海北部沿岸及东海南部9个不同地理群体的长鳍篮子鱼(Siganus canaliculatus)进行遗传多样性及遗传结构分析。484条DNA D-loop 序列分析结果显示:序列长度约 828bp,包含57个变异位点,92个单倍型;所有群体总的单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.80798和0.00405;群体内的遗传距离 0.00386~0.00532,群体间的遗传距离 0.00383~0.00482,群体间的分化指数为-0.01935~0.00759,各种分组的AMOVA分析均显示群体内变异比例超过100%;Fu"s Fs检验值为显著负值(-25.53678,p<0.01),核苷酸错配分布图呈单峰,吻合度检验数值较小且不显著,这些结果均提示长鳍篮子鱼可能经历过种群扩张事件,推测扩张时间约在4.74万年~1.18万年前。综上,南海北部沿岸及东海南部9个长鳍篮子鱼群体间不存在显著的地理结构和谱系结构,可划归一个管理单元进行种质资源保护。  相似文献   

14.
为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(Fst)为0.06199(P<0.01),两两群体间的Fst显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。  相似文献   

15.
ABSTRACT:   The population genetic structure and level of gene flow of Nibea albiflora from the Yellow Sea and the East China Sea were examined with a 479-bp segment of a mtDNA control region. In total, 65 samples were collected from three locations and 37 haplotypes were obtained. Mean haplotype diversity and nucleotide diversity for the three populations ranged from 0.9130 ± 0.0308 (Zhoushan) to 0.9926 ± 0.0230 (Xiamen), and from 0.0073 ± 0.0043 (Qingdao) to 0.0099 ± 0.0057 (Xiamen). Analysis of molecular variance and pairwise F ST revealed little genetic structure between the Yellow Sea and the East China Sea in N. albiflora . But based on the exact test of differentiation, the null hypothesis that N. albiflora within the Yellow Sea and the East China Sea constitutes a panmictic mtDNA gene pool was rejected. This might be caused by the broad spawning areas but not by the Yangtze River outflow. Mismatch distribution revealed that N. albiflora has undergone population expansion, possibly before the last 85 000–170 000 years. The existence of high gene flow between stocks in the studied area was supported by our results. Annual migrations, larval drift in the ocean currents, and recent range expansion could be the reasons for little genetic structure in the studied area.  相似文献   

16.
孙鹏  彭士明  尹飞  施兆鸿 《海洋渔业》2011,33(4):398-404
通过对CO Ⅰ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构.在62个鲳属鱼类样本中分别检出CO Ⅰ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个.东海区的3种鲳属鱼类种...  相似文献   

17.
测定了中国华南6水系及澜沧江(云南勐腊)-湄公河流域(柬埔寨洞里萨湖)的125尾攀鲈(Anabas testudineus)线粒体部分ND2基因1 010 bp序列,分析发现39个变异位点和12个单倍型,总遗传多样性较低(h=0.369,π=0.003 8),推测可能经历过严重的瓶颈效应;中国攀鲈群体遗传多样性更低(h=0.282,π=0.000 4),处于边缘区的中国攀鲈群体是造成低遗传多样性的主要原因。在单倍型网络图中柬埔寨和中国攀鲈各自聚类,具有明显地理结构和谱系结构,推测地质运动和气候变化导致基因交流受阻所致。核苷酸错配图和中性检验表明中国群体经历过种群扩张,时间约为(5.94~4.13)万年前。华南水系群体间基因交流通畅,不存在明显分化;但与云南澜沧江群体间分化大而显著(FST=0.775,P0.01),AMOVA分析显示变异主要来自组群间(77.41%),推测二者分化时间约为(4.0~2.8)万年前,云南群体受末次冰期的影响,基因交流受阻而出现分化。中国群体和柬埔寨群体可作为2个管理单位进行保护;就中国群体而言,韩江水系群体遗传多样性最高,建议优先保护;澜沧江与华南水系间群体分化显著且遗传多样性极低,建议对澜沧江水系群体进行保护,以避免种质资源灭绝。  相似文献   

18.
In order to describe the genetic diversity and phylogenetic relationship of five populations of cuttlefish (Sepiella japonica) along with China's coasts, partial 16S rDNA (510 bp in length) was amplified from 110 individuals. The five populations of cuttlefish inhabit Yellow Sea, East China Sea and South China Sea. In total, six haplotypes were identified and formed only one clade. Among the six haplotypes, one was shared by all populations, three appeared only in a single population, two appeared in two or three populations. Pair‐wise FST were not proportional to the geographical distances. Haplotype diversity and nucleotide diversity were low, 0.3866 ± 0.067 and 0.00120 ± 0.00081 respectively. Among the five populations, Zhoushan population exhibited the highest genetic diversity which was suggested as the better select of germplasm resources for the reproduction and releasing of S. japonica.  相似文献   

19.
  1. India plays a significant role in dugong conservation by having the largest population within South Asia. The status of dugongs in India is largely unknown due to a paucity of reliable ecological data. This study generated mitochondrial control region sequences from ~10% of dugong individuals from existing populations within India. Furthermore, data generated in this study were compared with the global data to assess genetic lineages, population structure, and genetic diversity of Indian populations.
  2. Multiple analyses suggest that the Indian dugong populations are part of a single genetic cluster, comprising South Asia, North-west Indian Ocean, and South-west Indian Ocean populations. Despite small population size, they retain high genetic diversity with unique mitochondrial DNA haplotypes within South Asia. Within India, novel haplotypes are observed from all dugong habitats sampled, with overall high haplotype diversity (0.85 ± 0.04) but low nucleotide diversity (0.005 ± 0.001). Indian populations exhibit genetic differentiation with higher within-population variance (63.41%) than among populations (36.59%). Two of the haplotypes observed in India are shared with Sri Lanka, implying genetic connectivity between these populations.
  3. The genetic data from Indian dugong populations provide critical insights into the identification of dugong corridors and important dugong conservation zones in India. We suggest site-specific interventions, including the creation of new marine protected areas and boundary reorganization and expansion of other existing protected areas, to ensure population connectivity. In addition, simultaneous efforts towards seagrass meadow restoration, reduction of dugong mortalities, and community participation in dugong conservation are recommended for population recovery of this threatened marine herbivore.
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