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我国部分蓖麻品种遗传资源SSR分析及DNA指纹图谱 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解蓖麻品种间的遗传多样性、构建指纹图谱,利用171对SSR及EST-SSR引物对30份国内蓖麻品种和1份法国品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明蓖麻品种间呈中度多态性,平均每位点有2.267个等位基因数,香农指数、期望杂合度和多态性信息含量(PIC)分别为0.553、0.347和0.289。聚类分析显示在相似系数0.730处将31份蓖麻品种分为7个类群,来源于相同育种单位或相同省区的大部分品种聚在一起。另外,利用10对扩增清晰、多态性好的引物构建了31份蓖麻品种的指纹图谱,可用于品种鉴别。 相似文献
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《杂交水稻》2016,(2):47-53
以不同类型的90份常用水稻品种为材料,利用筛选的19对SSR多态性引物构建了其指纹图谱,并分析了其遗传多样性。结果表明,19对SSR引物在90份水稻材料中共扩增出71个多态性片段,每个SSR位点可检测到2~7个等位基因,平均为3.74个;多态信息含量(PIC)值在0.228 3~0.790 6之间,平均值为0.542 1;Shannon信息指数(I)在0.244 9~1.796 1之间,平均值为1.021。聚类分析表明,90份材料的遗传相似系数在0.59~1之间,以遗传相似系数值0.66为阈值,可以将供试材料分成5个群,聚类结果较好地体现了各品种之间的亲缘关系。 相似文献
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吉林省新育成大豆品种SSR指纹图谱身份证的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为快速鉴定和准确评价大豆新品种,以吉林省98个大豆品种为材料,从大豆20个连锁群上均匀分布的320对SSR标记引物中初筛出12对扩增稳定、条带清晰、多态性高的引物,为以最少引物组合有效区分品种,揭示参试材料间丰富的遗传多样性,又进一步依据每对引物多样性指数的高低,复筛出了由7个SSR标记构成的核心引物组合,并最终以此构建吉林省近年育成大豆品种的SSR指纹图谱身份证。结果表明:98个参试大豆品种都有唯一的指纹图谱身份证代码,说明所选用的7个SSR核心标记可靠且有效;此外,以SSR标记扩增的整体带型作为编码依据能够有效提高大豆品种指纹图谱身份证构建的准确性。本研究完善了大豆品种指纹图谱身份证技术体系,能够满足当前吉林省乃至全国大豆品种分子鉴定的需求。 相似文献
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大麦种质资源的SSR遗传多样性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
为研究不同来源大麦品种资源的亲缘关系,利用107对多态性好的SSR引物对不同来源的96份大麦品种资源的遗传多样性进行了分析。结果表明,107对SSR引物共检测出470个位点,每个引物可检测出2~10个位点,平均每个引物4.4个位点,剔除部分等位性位点,共有319个多态性位点,占总检测位点的67.8%。引物的多态性信息含量PIC最高为0.75,最低为0.04,平均为0.42。聚类结果表明,参试品种的遗传相似系数（GS）分布在0.5480~0.9195之间。在GS值为0.674水平时,可将参试品种聚为4大类,其中42份来自我国不同地区及日本引进的冬大麦品种（系）和另外2份美国引进品种（系）被聚为同一亚类;45份美国引进品种（系）和2份国内品种（系）被聚为同一亚类,即本研究材料的SSR遗传差异主要与材料的来源有关,但也出现了少量材料的交叉分类,说明国内外大麦育种均存在遗传基础较狭窄的问题,需加强外来种质的引进与利用。 相似文献
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以来自9个国家或地区的26份菠萝种质为材料,利用SSR标记进行了DNA指纹图谱的构建。筛选出多态性高、稳定性好的8对SSR引物共检测到35个多态性位点,每对引物的多态性位点数平均为4.38,引物的多态性条带百分比平均高达92.92％,PIC值介于0.26～0.39之间,平均为0.33。利用这8对SSR引物构建了26份菠萝种质的指纹图谱,并对菠萝种质做遗传相似性分析和聚类分析。结果表明,菠萝种质遗传相似系数分布在0.421～0.974之间,平均为0.689,26份菠萝种质在遗传相似系数0.633处被划分为3类。该研究结果将为菠萝种质鉴定、分类及分子育种提供重要科学依据。 相似文献
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基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建 总被引：3，自引：0，他引：3
分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。 相似文献
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大麦DUS测试标准品种的遗传多样性分析及指纹图谱的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为对大麦种子的真伪进行有效监控,防止假冒伪劣品种进入市场,也为新品种登记测试以及种质资源遗传多样性分析提供参考,采用SSR标记技术对29个大麦DUS测试标准品种进行了遗传多样性分析和指纹图谱的构建.利用筛选出的28对有多态性的SSR引物共扩增出125个等位基因,每对引物可扩增出3～7个等位基因,平均4.46个等位基因,每对引物在29个品种中的PIC值为0.25～0.81,平均为0.62.聚类分析表明,29个大麦DUS测试标准品种可聚成4类,具有较远的亲缘关系,这些材料首先按照穗棱型进行聚类,表明不同穗棱型品种间存在较大遗传差异.构建了29个大麦DUS测试标准品种在28个SSR位点上的指纹图谱. 相似文献
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为了探究多胚甜菜种质资源间的遗传多样性与亲缘关系。本文利用SSR分子标记对33份优良多胚甜菜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明，37对SSR引物总共扩增出173条带，其中141条为多态性条带，多态占比为81.5%,平均每对引物扩增出4.68条带。平均每对引物扩增出的有效等位基因数为1.928 1,Shannon’s多样性指数为0.681 7,Nei’s期望杂合度为0.476 7,群体间遗传分化指数(Fst)为0.181 4,居群间基因流(Nm)为1.128 3。利用MEGA软件得出33份种质间的遗传距离介于0.111～0.398,平均为0.230。在遗传距离为0.150处时，可将参试材料分为两个亚群，其中32号(2B32)单独为一个亚群，其他的为一个亚群。研究结果表明本次参试群体间存在着一定程度的遗传分化，甜菜的遗传基础较狭窄，亲缘关系很近，通过本次研究了解了甜菜种质资源之间的遗传差异，为我国多胚甜菜种质资源评价利用及育种提供了理论基础。 相似文献
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以37个橡胶树栽培品种为材料,利用SSR荧光标记技术进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析,构建我国橡胶树栽培品种的SSR指纹图谱。共计筛选和确定出34对SSR引物作为构建橡胶树品种DNA指纹图谱库的核心引物,其中30对SSR引物可用于品种鉴定,4对SSR引物可作为备选引物用于后续新选育品种的鉴定。筛选和确定出的核心SSR引物表现出较高的多态性信息含量（PIC值）,其中PIC值高于0.5的引物高达97%,PIC值大于0.7的引物多达12对,PIC值大于0.8的引物有2对。引物rbm28的多态性最高,可作为最佳引物用于鉴定中国橡胶树主栽品系的遗传多样性,其他4条引物HESR025、HESR163、H-084、H-122同时具备较高的杂合率和多态性,可考虑作为备选引物。34对核心SSR引物在37个橡胶树品种中共检测到161个等位变异,平均每对引物检测到5.4个等位基因,平均PIC值为0.65,表现出高度多态性。利用30对核心SSR引物对37份橡胶树品种进行扩增,得到相关品种的准确SSR位点信息,获得包含37个橡胶树品种的标准DNA指纹图谱库,其中33个橡胶树品种均具有唯一的DNA特征指纹,可作为各品种特定的图谱,为橡胶树品种鉴定和育种实践提供依据。 相似文献
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《杂交水稻》2021,(4)
分析水稻两系不育系遗传多样性和构建指纹图谱,可为两系不育系选育与组合选配、品种真实性和纯度鉴定提供理论依据。以目前中国南方广泛应用的11个水稻两系不育系为研究材料,利用分布于水稻12条染色体上的48对SSR引物,结合荧光毛细管电泳检测方法,进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,48对SSR引物在供试材料中共扩增出122个多态性片段,平均每对引物可检测出2.54个等位基因,平均PIC值为0.412,平均有效等位基因数为1.96;11个不育系间的遗传相似系数变幅为0.45～0.93,平均为0.64,遗传背景趋同,亲缘关系较近;以遗传相似系数0.58为阈值,将供试不育系分为3个群:株1S及其衍生系聚为Ⅰ群,广占63S单独为Ⅱ群,其他不育系聚为Ⅲ群。选用12对多态性较高的SSR引物构建的指纹图谱能区分11个两系不育系。 相似文献
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乌龙茶品种（系）遗传多样性与亲缘关系的SSR分析 总被引：2，自引：1，他引：1
利用40对具有多态性的SSR引物对我国46份乌龙茶品种（系）的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。结果表明,40对引物在供试材料中共检测到179个等位基因,329个基因型,平均检测4.48个等位基因,8.23个基因型,平均多态性信息量（PIC）为0.52。46份供试品种（系）的基因多样性指数（H）为0.57,观测杂合度（Ho）为0.40,遗传距离为0.59。按照地理来源分组分析表明,地区间乌龙茶品种（系）的遗传多样性以广东最高,其次为福建,最低的为台湾。亲缘关系分析表明,大部分品种（系）都按照其地理来源和遗传背景进行了聚类。根据育种方式分组的分析表明,杂交选育的品种（系）遗传多样性水平较其他方式选育的品种（系）低。 相似文献
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青稞种质资源遗传多样性分析与核心种质群体的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为有针对性地利用青稞种质资源,收集世界各地青稞种质资源共1 220份,利用95对SSR引物评估其遗传多样性与亲缘关系。结果表明,利用95对SSR引物总共检测到451个等位变异,平均每对引物4.74个,变化范围为1~19。1 220份青稞种质可被划分为A1和A2两个亚群,A1亚群有192份材料,主要为国外青稞种质;A2亚群有1 028份材料,主要为青藏高原地区种质;与A2亚群相比,A1亚群具有较高的遗传多样性和等位变异丰度。分子方差分析和遗传分化分析显示,A1和A2亚群间具有显著的群体分化,群体间遗传差异能解释17.29% 群体方差。构建的青稞核心种质群体包括300个材料,代表了原始群体约98.4%的遗传变异和94.7%以上的表型变异。 相似文献
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长江流域主要常规双季早籼稻的遗传相似性分析及指纹图谱构建 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】构建常规早稻品种的指纹图谱以及分析其遗传相似性,为早稻品种鉴定、育种者有效选配亲本提供参考依据。【方法】以2000年以来长江流域双季稻区通过省级以上审定的常规早稻品种为材料,利用50对多态性高,稳定性好,且均匀分布于水稻12条染色体的SSR引物,建立常规早稻的SSR指纹图谱。利用NTSYS PC Version 2.10e软件、UPGMA法进行聚类分析。【结果】50对引物共检测到多态性位点154个,每对引物检测到的等位基因数为2~6个,平均3.08个;引物多态信息含量(PIC)值为0.03~0.75,平均值为0.36。62份材料的遗传相似系数变化范围为0.66~1,并且在相似系数为0.73处可分为浙江省内品种及省外品种2组,各组间差异不大。【结论】结合系谱关系发现,本研究中所用早稻品种的遗传背景较为狭窄。 相似文献
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石斛兰亲缘关系的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SSR标记分析石斛兰品种遗传多样性及亲缘关系,为合理利用石斛兰种质资源、培育观赏价值高的石斛兰新品种提供依据.从22对SSR引物中筛选获得11对多态性引物,对28个市场流行石斛兰品种的基因组DNA进行扩增.共获得158条多态性位点,平均每个引物产生14个多态性条位点.材料间遗传相似系数变化范围为0.04～0.85,根据SSR标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.295处将28份石斛兰种质分为5类.结果表明,石斛兰品种具有丰富的遗传多样性,遗传基础较宽;SSR标记技术很好地从分子水平上揭示石斛兰品种的遗传背景、亲缘关系. 相似文献
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《作物研究》2016,(5)
利用农业行业标准(NY/T 1433-2014)中公布的48对SSR引物构建27个水稻核心亲本指纹图谱,并获得所有亲本的SSR分子身份证号。48对SSR引物在27个亲本中共扩增到162个多态性片段,平均每对引物可检测到3.53个等位基因。能扩增到2个以上等位基因的SSR引物共45对,PIC值变化范围0.07~0.80,平均0.46。聚类分析结果表明,27个亲本的遗传相似性系数在0.593~0.944之间,基本上反映了不同材料间的亲缘关系。核心亲本SSR分子身份证的确定,不仅为品种鉴定提供了一个平台和标尺,便于建立品种的遗传指纹档案,还为保护品种知识产权,鉴定品种真伪及纯度提供了可靠依据。 相似文献
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利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。 相似文献
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青稞种质资源的SSR标记遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了明确青藏高原青稞种质资源的遗传多样性,并为青稞育种提供依据,利用分布于青稞14条染色体长、短臂上的14对SSR引物对来自青藏高原区域内西藏、青海、四川和云南的55份青稞材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,每个位点检测出的等位基因数为2～10个,共检测出总位点数48个,平均3.7个,各多态位点检测出基因型为1～21种,Nei’s基因多样性指数为0～0.4998,平均为0.2921,Shannon信息指数为0～0.6930,平均为0.4461,表明青藏高原青稞种质资源具有丰富的遗传多样性。不同生态区青稞材料在遗传上存在较大的差异,云南参试材料的Nei’s基因多样性指数最高,Shannon信息指数最低,是四个区域中遗传多样性最丰富的地区。聚类分析将材料分为五组,部分材料的来源与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性。 相似文献
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茶树PVP申请品种的SSR分子标记鉴定和系谱关系分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用30对SSR引物,对26个植物新品种保护(PVP)申请茶树品种及其13个近似品种与亲本进行了分子鉴定和系谱关系分析,探讨SSR分子标记在茶树新品种保护工作和DUS测试中的应用。研究结果显示,30对SSR引物共检测到131个等位基因,每对引物检测的等位基因数为3~7个,平均4.4个。平均Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为1.04和0.51。39个参试品种的遗传距离在0.03~0.70之间。在遗传距离为0.15时,可将39个品种划分为7类,其中地理来源一致或遗传背景相似的材料基本上聚为一类。30对引物的品种鉴定能力差异较大,每对引物能鉴定的品种数为3~16个。通过4对核心引物的组合可以鉴定全部39个参试品种,并依此构建了SSR指纹图谱。 相似文献