共查询到20条相似文献，搜索用时 921 毫秒
1.
利用最小二乘法拟合线性模型,探索了与鸡体型参数和屠体性状紧密相关的10个微卫星座位与商品代固始鸡体型参数和屠体性状的关系。用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法,分析了这10个微卫星位点在100只商品代固始鸡中的遗传变异,计算了微卫星位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明,其中8对微卫星引物表现出多态,平均每个座位检测到3.625个等位基因(3~4个),平均多态信息含量为0.520 3,平均杂合度为0.626 0。通过最小二乘分析,检测到MCW0295、MCW0006、MCW0185、ADL0192位点与体型参数中的5种性状间存在不同程度的关联性;MCW0006、MCW0185、ADL0105位点与商品代固始鸡6个屠体性状中的4个性状显著连锁。MCW0295位点的AC基因型有望作为质量的早期选择辅助标记,MCW0006和MCW0185位点的CC基因型有望作为质量、胸宽、胸深、胫长、体斜长的早期选择辅助标记,ADL0192位点的AB基因型有望作为质量、胸宽的早期选择辅助标记;MCW0006位点的CC基因型有望作为全净膛率的选择辅助标记,MCW0185位点的AD基因型有望作为胸肌率和腿肌率的选择辅助标记,ADL0105位点的CC基因型有望作为腹脂率的选择辅助标记。 相似文献
2.
利用15对微卫星标记检测50只浦东母鸡群体的等位基因数、杂合度、多态信息含量和等位基因频率,并对体尺、体重与微卫星分子标记基因型进行相关分析。结果表明:微卫星分子标记MCW0014、MCW0295与胸深存在极显著相关(P<0.01);ADL0278、MCW67与龙骨长存在极显著和显著相关(P<0.01、P<0.05);ADL0146与骨盆宽存在显著相关(P<0.05);LEI094、MCW0014和MCW67与腿肌率存在显著相关(P<0.05);MCW0094与活重存在极显著相关(P<0.01)。对与性状连锁的同一标记不同基因型间进行了多重比较,结果表明:座位MCW0014的AC基因型对胸深影响显著(P<0.05);座位ADL0146的AA基因型对骨盆宽影响显著(P<0.05)。结果提示试验所选定的微卫星标记适用于群体遗传多样性检测,且部分微卫星标记位点与体尺、屠体性状呈显著相关,这些结果将为浦东鸡的保种和标记辅助选育提供有益参考。 相似文献
3.
利用多重PCR分析丝羽乌骨鸡遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
以丝羽乌骨鸡为材料,在家鸡1号染色体和Z染色体上分别选取15对和5对微卫星标记,应用多重PCR技术对140只试验个体的基因组DNA进行了扩增,结果表明,所选用的20对微卫星引物中,除MCW0101和MCW0181因扩增效果不理想而剔除外,其余18对标记均表现出丰富的多态性,所有结果都能重复.18对微卫星引物平均检测到6.83个等位基因(5～8个),平均杂合度和多态信息含量分别为0.833和0.805.其结果可作为进一步QTL定位和标记辅助选择研究的参考. 相似文献
4.
微卫星标记由于具有在基因组中分布广、多态性高及共显性等特点,因而在群体遗传多样性分析中广泛应用。本实验针对绵羊19个微卫星标记位点构建了8个多重PCR扩增体系,其中包括3个三重,5个两重PCR扩增体系。采用建立的多重PCR扩增体系对32只小尾寒羊的多态性进行了检测,结果表明19个微卫星标记的等位基因数在5～17之间,期望杂合度、观测杂合度和多态信息含量分别位于0.423～0.885、0.344～0.875和0.392～0.859之间。本实验所建立的多重PCR扩增体系将为绵羊遗传多样性、亲子鉴定和个别识别提供技术基础。 相似文献
5.
6.
7.
基于SSR荧光标记技术的玉米群体混合样本基因频率分析方法 总被引：5，自引：0，他引：5
【目的】建立玉米群体混合样本等位基因及其频率的分析方法。【方法】采用ABI全自动遗传分析仪,利用5′端荧光标记的SSR引物,通过混合样本中PCR扩增产物检测峰高与丰度对应,分析基因频率。【结果】与聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法相比,ABI全自动遗传分析仪的检测灵敏度高。20个供试玉米群体中,荧光引物Phi072（6-Fam）共检测到82个等位基因位点,平均每个群体4.1个;引物Phi084（Hex）检测到43个等位基因位点,平均每个群体2.15个。多重PCR（multiplex PCR）荧光SSR检测结果显示,可以明确区分不同等位基因。荧光SSR能准确地读出片段大小,定量PCR扩增产物的丰度。用GeneScan获取数据,用Genotyper软件对数据进行设置与输出,使用R软件的FREQS-R模块,初步探讨利用荧光SSR定量化数据,计算供试群体15个单株混合样本的等位基因频率。【结论】可通过荧光SSR产物的丰度来确定混合取样群体的基因频率。 相似文献
8.
[目的]探讨北京油鸡的遗传多样性。[方法]采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群的192个个体进行遗传多样性检测,并通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）分析群体内的遗传变异情况。[结果]在29个微卫星标记中共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数在2～14个,平均等位基因数为5．90个;多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0．53和0．59,均大于0．5,表现为高度多态性;除5个位．羔（MCW0069、ADI_0112、MCW0183、LE10234和MCW0016）外,其余24个微卫星位点都处于基因平衡状态。[结论]北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性。北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存。 相似文献
9.
微卫星技术及在动物遗传多样性研究中的应用 总被引：10，自引：1，他引：9
微卫星作为第二代分子遗传标记，已经在很多领域得到广泛应用，微卫星位点的获得有两条常用技术途径：1）利用巳发现的微卫星位点寻找新的位点；2）用经典分子生物学方法克隆特定基因的微卫星位点。微卫星分析的一般步骤包括：DNA的提取，PCR扩增，扩增产物及大小的检测和数据分析。DNA芯片技术的出现，为微卫星技术的应用提供了更广阔的前景。在动物遗传多样性研究中，可以通过微卫星技术进行种间、种内、群体之间、甚至是个体之间的亲缘关系分析包括亲子鉴定等。 相似文献
10.
以普通烟草根尖为材料,在显微操作仪下分离单染色体,并用LAM-PCR方法进行扩增.对扩增产物用点杂交进行鉴定,用Southern杂交确定目的扩增片段的大小,并用本实验室开发的SSR特异引物检测SSR位点.结果表明:获得的单染色体扩增产物均存在来自烟草基因组的序列,扩增产物大小为250-3000 bp;利用SSR特异引物可以从单染色体扩增产物中检测到目标SSR位点. 相似文献
11.
3种甜樱桃病毒PNRSV、PDV及LChV-2的多重RT-PCR检测方法的建立与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立可同时检测李属坏死环斑病毒（Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV）、李矮缩病毒（Prune dwarf virus,PDV）、樱桃小果病毒2（Little cherry virus-2,LChV-2）的多重RT-PCR检测方法。【方法】以复合感染3种病毒的甜樱桃病株叶片为材料,采用CTAB法提取样本总RNA,选用随机六聚体引物对植物样本总RNA进行反转录,所得cDNA作为多重RT-PCR的扩增模板。根据GenBank中PNRSV、PDV、LChV-2基因组序列共设计6对特异引物,分别通过单一RT-PCR和多重RT-PCR筛选出可用于同时检测3种甜樱桃病毒的引物组合。对多重RT-PCR的退火温度及循环数进行优化,以筛选出各引物组合的最适扩增条件。分别以单一感染PNRSV、PDV、LChV-2、复合感染3种病毒、单一感染樱桃病毒A（Cherry virus A,CVA）及甜樱桃无毒苗为样本,对多重RT-PCR引物的特异性进行分析。选取复合感染3种病毒的甜樱桃总RNA的反转录产物为初始模板,按照梯度稀释法依次将模板稀释为2、22、23、24、25倍,在相同PCR反应体系及反应条件下分别对各引物组合的灵敏度进行分析。多重RT-PCR的扩增条带经凝胶回收试剂盒回收纯化后连接至pMD18-T vector,克隆测序,以验证多重RT-PCR检测的准确性。并应用该方法对山东泰安地区甜樱桃生产园中间隔栽培的中国樱桃进行检测。【结果】筛选到2个可以应用的引物组合,组合1“PNRSV-S1/A1、PDV-S2/A2、LChV2-S1/A1”可分别特异性地扩增733、467、337 bp的片段。组合2“PNRSV-S1/A1、PDV-S3/A3、LChV2-S1/A1”可分别扩增得到733、265、337 bp的片段。扩增产物大小与预期相符。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度52℃、35个循环条件下,2个引物组合的检测效果均较为理想。特异性分析结果显示,2个引物组合均能特异性检测其各自的靶病毒。灵敏度分析结果显示,2个引物组合在cDNA的23×稀释液中仍能特异性扩增,但扩增条带的强度稍有差异,其对植物总RNA的反转录产物的最低检测浓度为107.9 ng•μL-1。克隆测序及序列分析表明,2个引物组合对各自靶病毒的检测结果可靠。应用该方法对9个中国樱桃样本进行检测,结果显示,测试样品均至少感染了2种病毒,其中5个样品复合感染了3种病毒,2个样品同时感染PDV和LChV-2,2个样品同时感染PNRSV和LChV-2。【结论】应用建立的多重RT-PCR检测方法可稳定、准确、灵敏的同时检测单一或复合侵染的3种甜樱桃病毒。 相似文献
12.
由槟榔黄化植原体(arecapalmyellowleafphytoplasma,AYLP)引起的黄化病和槟榔隐症病毒1(Areca palm velarivirus 1, APV1)引起的黄叶病毒病是危害槟榔树最严重的两种病害,对海南槟榔产业造成了巨大的经济损失,建立快速的检测技术对于两种病害的预警防控具有重要意义。利用多重PCR(Multiplex PCR)技术同时检测AYLP和APV1,即AYLP巢式PCR第一轮结束后,再使用一次多重PCR对两种病原同时进行扩增,最后进行电泳观察结果。结果显示,通过对多重PCR浓度体系和退火温度进行优化,在一个体系中成功扩增出AYLP和APV1,得到525和311 bp两条特异性大小条带。多重PCR检测与单一PCR检测结果完全一致,并且与单一PCR检测方法比较,多重PCR方法精简了操作步骤,提高了检测效率,显著降低了检测成本,为槟榔黄化病和黄叶病毒病的常规诊断提供了新方法。因此,该技术在AYLP和APV1常规检测中具有重要的应用价值。 相似文献
13.
【目的】建立用于检测禽流感病毒（Avianinfluenzavirus,AIV）且能同时区分H1和H3亚型AIV的方法,为有效防控禽流感（Avianinfluenza,AI）奠定基础。【方法】根据H1亚型、H3亚型AIV-HA基因和M基因的保守核苷酸序列,分别设计3对特异性引物,以含有H1亚型AIV和H3亚型AIV的cDNA为模板,对三重PCR扩增条件进行优化,验证其特异性和敏感性,并对临床样品进行AIV检测。【结果】H1和H3亚型AIV混合模板经三重PCR扩增可获得3条特异性条带,其中302bp为H1亚型HA基因、453bp为M基因、626bp为H3亚型HA基因;含有H1或H3亚型AIV的模板均出现两条特异性条带,大小分别为302和453bp、453和626bp;含有其他亚型AIV的模板仅出现一条特异性条带（453bp）;而其他禽呼吸道疾病病毒均未扩增出任何条带。优化后的三重PCR最低能同时检测出7.00pg的H1亚型AIV、3.62pg的M基因和20.60pg的H3亚型AIV;对100个临床样品进行AIV检测,AIV总阳性率为36%,其中H1亚型阳性率4%、H3亚型阳性率9%、其他亚型阳性率23%。【结论】禽流感病毒H1、H3亚型和M基因三重PCR检测方法具有快速、敏感、特异等特点,适用于AIV的检测及H1和H3亚型AIV的分型检测。 相似文献
14.
基于单只线虫6对染色体及多重PCR技术建立一种特异性扩增特定长度核酸片段的方法,进而探索其在常规核酸分子量标准制备中的应用。利用多重PCR引物设计及特异性评估软件以秀丽线虫6对染色体为模板,分别设计扩增不同长度核酸片段的特异性引物对,并直接对单只秀丽线虫进行多重PCR扩增,采用20g/L琼脂糖凝胶电泳进行分离鉴定并采集图像,通过系统研究优化获得特异性高的1～6重PCR扩增产物,产物大小经鉴定与预期目的条带一致,6重PCR扩增产物条带与常规分子量标准DL 2 000相应条带完全吻合,说明采用该方法能够有效制备特定片段大小的分子量标准。 相似文献
15.
16.
【目的】针对进境大豆种子上症状相似的菜豆荚斑驳病毒（Bean pod mottle virus,BPMV）和大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）,建立同时快速检测2种病毒的多重RT-PCR技术。【方法】根据GenBank公布的BPMV、SMV外壳蛋白基因序列,设计2对特异性引物,以复合感染BPMV、SMV的大豆种子为材料,提取dsRNA作为模板进行多重RT-PCR的引物浓度、退火温度和循环数的优化。利用优化建立的多重RT-PCR方法分别对健康大豆种子、BPMV、SMV及2种病毒复合感染的大豆种子进行检测,测定该方法的特异性。利用健康大豆种子提取的dsRNA,将从复合侵染BPMV、SMV大豆种子中提取的dsRNA按10倍梯度稀释,依次稀释为原液的10-1、10-2、10-3、10-4、10-5和10-6倍作为模板,分别进行多重RT-PCR和单一RT-PCR扩增,测定灵敏度。多重RT-PCR扩增产物回收纯化后,连接于pMD18-T载体,进行克隆测序和序列比对,进一步验证该方法的可靠性。应用建立的多重RT-PCR方法对来自于美国、阿根廷、中国和巴西的疑似带病大豆种子进行检测,同时以单一RT-PCR检测进行验证。以BPMV、SMV抗体等体积混合液包被PCR管后再加入样品提取液或直接以样品提取液包被PCR管,将免疫捕获、试管捕捉和多重RT-PCR相结合,建立同时检测BPMV、SMV的多重一步IC-RT-PCR、多重一步TC-RT-PCR方法。【结果】多重RT-PCR的优化结果显示,最佳引物浓度为BPMV 0.4μmol·L-1、SMV 0.4 μmol·L-1,最佳退火温度为52℃,最佳循环数为35。特异性测定结果表明,多重RT-PCR能够从复合感染BPMV、SMV的大豆种子上同时扩增到大小约542、221 bp特异性目的条带,从单一感染BPMV的大豆种子上扩增到大小约542 bp特异性目的条带,从单一感染SMV的大豆种子上扩增到大小约221 bp特异性目的条带,而从健康大豆种子材料上未扩增出任何特异性条带。灵敏度测定结果表明,当dsRNA原液稀释至10-3倍时,无论是多重RT-PCR,还是单一RT-PCR均未扩增出特异性目的条带,多重RT-PCR与单一RT-PCR的灵敏度相当,为10-2倍dsRNA原液。多重RT-PCR扩增产物克隆测序和序列比对结果显示,BPMV、SMV所测的序列全长分别为542和221 bp,与预期大小完全相符,且与已报道的各病毒基因序列高度同源,证实了多重RT-PCR结果的可靠性。应用建立的多重RT-PCR方法分别对来自于4个国家的大豆种子样品进行检测,结果从3份美国大豆种子样品检出BPMV,1份美国大豆种子检出SMV,1份阿根廷大豆种子检出SMV,2份中国大豆种子检出SMV,该结果与单一RT-PCR验证结果一致,阳性符合率达100% 。建立的多重一步IC-RT-PCR、多重一步TC-RT-PCR方法能够从复合感染BPMV、SMV的大豆种子中成功扩增出2条特异性目的条带,而从健康大豆种子中未扩增出特异性目的条带。【结论】建立的多重RT-PCR检测方法为进境大豆种子上BPMV、SMV的快速检测提供了参考。 相似文献
17.
为研究肠球菌基因组DNA的不同提取方法对16SrRNA基因序列PCR、种属多重PCR、RAPDPCR等肠球菌鉴定结果的影响,分别采用6种基因组DNA提取方法(水煮法1、水煮法2、常规酚/氯仿抽提法、chelex-100法1、chelex-100法2和试剂盒法),对1株肠球菌标准菌株ATCC29212基因组DNA进行提取,以这些分别提取的DNA为模板在相同的扩增条件下进行PCR检测.结果表明,在16SrRNA基因序列PCR和种属多重PCR检测中以水煮法1进行肠球菌DNA的提取最适宜,而试剂盒法在RAPDPCR检测中效果最佳. 相似文献
18.
19.
多重PCR鉴定猪链球菌2型毒力菌株 总被引：2，自引：0，他引：2
为了鉴定猪链球菌2型毒力菌株,根据猪链球菌2型(Streptococcus suis serotype 2,SS2)的荚膜多糖基因(capsular polysaccharide 2J,cps2J)、溶菌酶释放蛋白基因(muramidase-released protein,mrp)、毒力相关序列orf2基因(virulent-associate sequence orf2)设计合成3对引物,建立三重PCR检测方法,并对PCR扩增产物进行测序、酶切、特异性及敏感性实验。结果显示:26株SS2致病菌株均同时扩增出这3个目的片段,5株其他血清型猪链球菌(SS1,SS7,SS9)及13株非猪链球菌的其他猪源链球菌(兰氏B群、C群和D群)均未扩增出cps2J和mrp片段,检测结果与菌株的已知毒力因子背景完全相符。26株SS2的扩增片段经HincⅡ酶切鉴定,与预期结果一致。以SS2四川株ZY05719为模板的三重PCR产物(cps2J,mrp,orf2)测序结果与GenBank上相关序列比较,同源性分别为99%、100%、94%。该PCR敏感极限是600个细菌/每个反应。本试验所建立的三重PCR,特异性强,敏感性好,可用于实验室的快速诊断。 相似文献
20.
根据葡萄卷叶伴随病毒 美国分离物的 GLRa V- 3CP基因序列 ,设计并合成了 1对该病毒的 PCR引物 ,利用 IC- RT- PCR成功地检查到合适大小的 PCR产物 ;同时将PCR产物克隆到中间载体 PGEM- 3Zf上 ,转化大肠杆菌 DH5α菌株 ,筛选阳性克隆。通过双酶切以及序列分析表明 ,扩增样品与美国分离物的同源性为 94.1 %。 相似文献