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利用荧光标记SSR构建百合种质资源分子身份证 总被引：6，自引：0，他引：6
以96份百合种质资源为材料,使用SSR标记进行百合种质分子身份证构建试验。从172对百合SSR引物中筛选出20对多态性好的核心引物,采用四重荧光毛细管电泳技术检测扩增条带分子量的方法对百合资源进行标记分析,获得供试样品相应的扩增带型。采用个位数字和小写英文字母对不同带型进行编码,按照20对引物扩增带型数由少到多顺序串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。结果显示：20对SSR引物共检测到69个SSR等位位点和170个带型,平均每对引物对品种扩增的等位位点3.45个,带型8.50个。对带型进行编码的结果表明：96份百合种质资源的SSR分子身份证互不相同,可以将材料完全区分开。 相似文献
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【目的】应用荧光SSR分子标记构建柚类种质分子身份证，用于品种资源鉴定。【方法】收集22份柚类材料，筛选SSR荧光标记引物，采用荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子质量和等位基因，获得相应的扩增带型，从而对每份柚材料进行标记。采用个位阿拉伯数字和小写英文字母对不同等位基因分子质量大小进行编码，再按照引物扩增带型数由大到小顺序将各位点赋值编码的数字串联排序，构建供试样品的分子身份证。【结果】筛选出4对多态性较好的引物，使用这4对引物共检测到49个扩增带型和41个SSR等位位点，平均每对引物的有关带型数12.25个、位点数10.25个。【结论】通过扩增带型分析，构建了22份柚类种质的分子身份证，包括12条信息独特的身份证。遗传聚类与分子身份证分析结果一致，为柚类品种鉴定和保护提供了重要依据。 相似文献
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部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建 总被引：6，自引：1，他引：5
采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11～16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490～0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。 相似文献
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利用TP-M13-SSR标记构建苹果栽培品种的分子身份证 总被引：2，自引：0，他引：2
以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的314份来自19个国家的苹果栽培品种为试材,利用TP-M13-SSR标记,基于TP-M13-SSR指纹图谱构建苹果种质分子身份证。16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因357个,平均每对引物检测到22.3个。根据引物扩增等位基因数和Shannon’s指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定6对核心引物可以区分全部供试苹果种质。基于供试苹果种质在6个SSR位点的指纹图谱,将等位基因编码成字符串获得分子身份证,利用条码技术其进一步转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。 相似文献
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采用FIASCO方法,从糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)菌株ACCC 50838分离简单重复序列分子标记(Simple sequence repeat,SSR),所得标记用于分析我国52个侧耳(平菇)栽培菌株多样性,对于SSR标记相同的菌株再进行ISSR PCR分析。结果表明:18个SSR标记在供试菌株中的等位基因的数量为3～12个,多态性指数(PIC)为0.34～0.84;除了2组(ACCC50618,ACCC 50866和ACCC 50915;ACCC 50249和ACCC50476)共5个菌株之外,其他47个菌株都能利用这18个SSR标记进行有效的鉴别。SSR标记相同的的菌株,其ISSR、体细胞不亲合性和出菇性状(温型、菌盖颜色)也相同,这些菌株可能是同物异名。利用这18个SSR标记分析52个菌株的遗传多样性,相似性指数为0.755～0.9995。根据相似性指数进行聚类分析,52个菌株分成两个大的类群,分别为糙皮侧耳(P.ostreatus)和肺形侧耳(P.pulmonarius)。结合这些栽培菌株的农艺性状和SSR分子标记的聚类分析结果,我国平菇栽培菌株的遗传多样性非常丰富。研究表明SSR分子标记技术在平菇遗传多样性和菌株鉴别中具有广泛的应用前景。 相似文献
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选取6个茎瘤芥品种为试材,在芸薹属SSR公共引物中初筛获得引物的基础上,选择9对条带清晰、表现稳定的多态性引物,利用SSR荧光标记技术开展了茎瘤芥品种SSR分子标记的差异性研究,初步构建了品种的分子身份证。结果表明,共筛选到7对多态性引物,检测到20个等位位点,平均每对引物2.2个;扩增得到20个带型,平均每对引物2.2个,扩增片段长度在126～397 bp;构建了6个茎瘤芥品种的分子身份证,并进行了合理区分;在分子水平上,浙江品种间差异最为显著,浙渝两地品种差异次之,重庆品种间差异最小,但各品种均拥有独立身份代码,研究结果为茎瘤芥品种资源的鉴定、亲缘关系分析、遗传基础研究等各项工作提供了依据。 相似文献
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36 份枣品种SSR 指纹图谱的构建 总被引：10，自引：2，他引：8
利用12 对SSR 引物对36 个枣品种进行分析,采用荧光M13 毛细管电泳技术进行多态检测,共检测到99 个多态位点,每对引物的多态位点数达到8.25,PIC 值变幅为0.62 ~ 0.85,平均为0.75。依据12 对SSR 引物在36 个品种中扩增的特异带型组合,采用引物-带型组合法构建了36 个枣品种的指纹图谱,并对这36 份枣品种做聚类分析,遗传相似系数在0.6667 ~ 0.9444 之间。研究结果为枣树分类、种质鉴定和分子育种提供了重要的工具。 相似文献
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为了加强对梨种质资源和育成品种的管理,便于对相关材料进行区分鉴定、资源交换以及新品种特异性、一致性和稳定性(DUS)测试,利用筛选的25对SSR核心引物对分别属于沙梨、白梨、新疆梨、西洋梨和秋子梨的共124个梨品种进行扩增,构建梨品种SSR特征指纹数据表,再将各品种在数据表中各SSR位点的基因型数据进行排序和赋值,串联赋值字符生成124个梨品种的SSR分子身份证号码。结果表明,25对引物表现了较强的品种区分能力,仅用其中9对引物(Pb2L5N03978、Pb4L11N0673、Pb2L2N01186、Pb2L11N19979、Pb2LUN24633、Pb2L2N00685、Pb3L8N5448、Pb3L5N1095、Pb3LUN6569)即可区分115份梨品种;但25对引物未能将"张掖长把"和"兰州长把","巍山红雪梨1号"和"巍山红雪梨2号","火把梨""晚熟火把梨"和"祥云火把梨","弥渡小红梨"和"祥云小红梨"等4组共9个品种区分开。利用优选排序的上述9对引物位点及Pb2LUN23926引物位点的基因型数据构建了供试124个梨品种的SSR特征指纹数据表,生成了SSR分子身份证号码。本研究提供了一个在梨品种SSR特征指纹数据表的基础上,对基因型数据进行编号生成梨品种SSR分子身份证号码的新方法。 相似文献
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利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考. 相似文献
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《北方园艺》2020,(4)
以72个荷花品种为试材,采用荧光标记SSR结合毛细管电泳的方法,研究了不同荷花品种的遗传多样性,并构建了指纹图谱,以期为荷花种质资源的收集和分类鉴定提供依据。结果表明:利用9对SSR荧光引物,通过毛细管电泳技术对72个荷花品种进行检测,共检测到51个多态位点,多态位点数平均为5.67;多态性信息含量PIC值变化范围为0.34～0.76,平均值为0.56。利用其中6对引物CL04、SSR449、SSR412、CL01、CL16和CL10可区分72份供试品种。利用引物扩增带型组合法,构建了72个荷花品种的指纹图谱并进行聚类分析,在遗传相似系数0.535处供试荷花材料可分为三大类群。该研究结果可为荷花种质资源鉴定和分子育种提供参考依据。 相似文献
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以4个花脸香蘑菌株及已公布的花脸香蘑基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了花脸香蘑基因组上的SSR类型及分布,设计了50对SSR引物开展试验验证,以期为花脸香蘑的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明：总计检索到7种SSR类型的2 486条序列,其中主要以单碱基(P1)类型为主,占总SSR的67.70%,且分布密度较高;四、五、六碱基重复的类型较多,但数量较少。由验证试验获得4对多态性高、重复性好、特异性好的引物,分别为HLMSSR001、HLMSSR004、HLMSSR015和HLMSSR041。其中,HLMSSR001和HLMSSR004可以通过单一的引物扩增即可将4个花脸香蘑菌株进行区分鉴定。同时,基于4对引物进行花脸香蘑DNA指纹编码的构建,获得了4个花脸香蘑菌株唯一的8位数分子指纹数据库编码。 相似文献
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平菇不同菌株核DNA的提取及RAPD分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用改进的微量SDS裂解法,对平菇2026、2019、CCEF89这3个菌株的子实体进行了核DNA的提取和纯化,并以提取的DNA为模板,进行RAPD分析,鉴定3个平菇菌株核DNA在分子水平上的差异。对19个随机引物的扩增结果表明,13个引物有扩增产物．共得到208条带。这13个引物所扩增出来的产物在3个菌株之间都存在差异,根据扩增指纹的不同,可将3个菌株区分开。对3个菌株的扩增产物两两进行比较,证明这3个平菇菌株确实属于不同品种,与菌丝拮抗实验结果一致。研究结果表明,RAPD技术可用于平菇品种的快速鉴定。 相似文献
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以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的53份秋子梨种质为试材,利用位于梨基因组17条染色体上多态性好的17对SSR荧光引物构建秋子梨分子身份证,建立每份种质的条形码标识,并探讨种质之间的亲缘关系。结果表明,17对SSR引物在53份秋子梨种质中共检测到267个等位基因,平均每对引物检测到15.7个等位基因。引物NAUpy45b检测到的等位基因数最多,为23个;NAUpy54b检测到的等位基因数最少,为10个。所有引物的香农信息指数平均为2.311,其中,NAUpy45b的香农信息指数最高,为2.673;NAUpy86c的香农信息指数最低,为1.493。聚类分析将53份秋子梨划分成2个组,与地理相关:长白山及小兴安岭的秋子梨野生资源单独聚类,与栽培品种亲缘关系较远。"热梨"和"白八里香"可能为同物异名品种。所选SSR标记可以区分芽变品种,可用于梨种质资源鉴别和保护。 相似文献
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甜瓜分子标记纯度鉴定研究 总被引：4，自引：1，他引：4
以2个甜瓜品种西域雪1号、西域雪2号及其亲本为试材,建立并优化了单粒种子DNA快速提取法和适合甜瓜的RAPD、SSR分子标记杂交种纯度鉴定体系。从100条随机引物中筛选出G17用于西域雪2号纯度鉴定,可有效区分母本和杂交种。从19对SSR引物中筛选出9对稳定扩增、多态性丰富的引物构建西域雪1号、西域雪2号的SSR指纹图谱。SSR分子标记用较少引物即可扩增出品种特异性条带,且多数F1代带型呈双亲互补,非常适合种子纯度鉴定。同时,使用高浓度、非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染,条带更清晰,可区分只相差1个碱基的扩增片段,同RAPD相比,SSR分子标记更适合甜瓜杂交种纯度快速鉴定。 相似文献