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1.
《江西农业学报》2022,(4)
为进一步开发利用椰子种质资源和开展分子标记辅助幼苗早期筛选及遗传育种工作,采用L_9(34)正交试验设计,探索了椰子SSR-PCR的最佳反应体系。通过对模板DNA、Mg4)正交试验设计,探索了椰子SSR-PCR的最佳反应体系。通过对模板DNA、Mg(2+)、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度的筛选优化,建立了椰子SSR-PCR最佳反应体系(10μL)为:模板DNA 60 ng、Mg(2+)、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度的筛选优化,建立了椰子SSR-PCR最佳反应体系(10μL)为:模板DNA 60 ng、Mg(2+)2.5 mmol/L、dNTP 250μmol/L、Taq酶0.5μmol、引物0.5μmol/L、退火温度58℃,在该体系条件下,PCR扩增条带最为清晰,该反应体系的优化,为今后应用SSR标记技术为椰子群体结构分析、种质资源丰富度、基因定位和遗传育种等研究奠定工作基础。 相似文献
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《江西农业学报》2017,(4)
为进一步开发利用椰子种质资源和开展分子标记辅助幼苗早期筛选及遗传育种工作,采用L_9(3~4)正交试验设计,探索了椰子SSR-PCR的最佳反应体系。通过对模板DNA、Mg~(2+)、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度的筛选优化,建立了椰子SSR-PCR最佳反应体系(10μL)为:模板DNA 60 ng、Mg~(2+)2.5 mmol/L、dNTP 250μmol/L、Taq酶0.5μmol、引物0.5μmol/L、退火温度58℃,在该体系条件下,PCR扩增条带最为清晰,该反应体系的优化,为今后应用SSR标记技术为椰子群体结构分析、种质资源丰富度、基因定位和遗传育种等研究奠定工作基础。 相似文献
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采用正交设计法,从dNTPs浓度、引物浓度、Mg2＋浓度、Taq DNA聚合酶用量4个因素3个水平出发,优化设计圆尾鲎DNA的PCR反应体系（引物为中国鲎微卫星引物）.并采用直观分析方法分析正交试验结果,最终建立了圆尾鲎SSR-PCR最佳反应体系：总体积20μL,Taq DNA聚合酶1.5 U、dNTPs 0.16 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2＋2.0 mmol/L;并通过PCR梯度实验进一步优化模板DNA质量浓度、退火温度及退火时间,获得最佳反应条件：模板DNA质量浓度为30 ng/μL,退火温度为48℃,退火时间为20～25 s.对最佳反应体系和反应条件进行了检验,结果显示该反应体系稳定性高、重复性好. 相似文献
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利用正交设计优化白桦的SSR-PCR反应体系 总被引：10，自引：0，他引：10
利用正交设计L16(45)对白桦SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶,Mg2 ,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了白桦SSR-PCR反应的最佳体系(20μL):DNA100ng,Mg2 浓度为3mmol·L-1,Taq酶0.5U,dNTP浓度为0.5mmol·L-1,引物浓度为0.4μmol·L-1。对白桦SSR-PCR最佳反应体系进行了梯度退火温度,得到的最佳退火温度为59.9℃。 相似文献
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采用正交设计对旱稻孢囊线虫ISSR–PCR反应体系的4因素(Taq酶、模板DNA、d NTPs、引物)在4个用量水平上进行优化试验。结果表明,旱稻孢囊线虫ISSR–PCR最佳的反应体系为:在25μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶(5 U/μL)0.3μL﹑模板DNA 1μL﹑d NTPs(2.5 mmol/L)2μL﹑引物(10μmol/L)1μL﹑10×PCR Buffer(20 mmol/L Mg2+plus)2.5μL。引物UBC887最适退火温度为48℃。优化的旱稻孢囊线虫ISSR–PCR的反应体系和程序有较好的重复性和稳定性。 相似文献
8.
油茶SSR-PCR反应体系的优化研究 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]优化油茶（Camellia oleifera）SSR-PCR反应体系。[方法]应用改良CTAB法提取油茶基因组DNA,采用L16（45）正交设计试验,对影响油茶SSR-PCR反应体系的5个因素（Taq聚合酶浓度、模板浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Mg2＋浓度）在4水平上进行筛选。PCR结果经统计分析软件DPS分析,并对退火温度进行了摸索,确立了油茶SSR-PCR的优化体系。[结果]油茶SSR-PCR的优化体系总体积为20μl,包括Taq聚合酶量为1.0 U/20μl,模板浓度75 ng/20μl,dNTPs浓度为0.15 mmol/L,引物浓度为0.40μmol/L,Mg2＋浓度为1.50 mmol/L,退火温度为50℃。[结论]该研究确定的优化体系可以为油茶资源遗传多样性分析奠定技术基础。 相似文献
9.
采用正交试验设计L_(16)(4~5)对桑树ISSR-PCR反应体系中的模板DNA、引物、Mg~(2+)、dNTPs和rTaq酶5个因素及反应程序中变性时间、退火时间、延伸时间和循环数进行优化分析。结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响大小依次为DNA模板rTaq酶Mg~(2+)引物dNTPs。最终确立了最佳反应体系,即在10μL反应体系中,含25 ng/μL DNA模板1μL、10×PCR buffer 1μL、20μmol/L引物0.2μL、2.5 mmol/L Mg~(2+) 0.8μL、2.5 mmol/L dNTPs 1μL、5 U/μL rTaq 0.1μL。优化得到的反应程序为94℃预变性5 min;94℃变性40 s,合适的退火温度退火45 s,72℃延伸90 s,40个循环;72℃延伸10 min,16℃保存。通过梯度PCR,确定引物ID37的退火温度为49.5℃。稳定性检测表明该体系能用于桑树ISSR分析。 相似文献
10.
采用正交设计对大豆孢囊线虫ISSR-PCR反应体系的4因素(Taq酶、模板DNA、d NTPs、引物),在4个用量水平上进行优化试验。结果表明:大豆孢囊线虫ISSR-PCR的最佳反应体系为在25μL反应体系中,含Taq DNA聚合酶(5 U/μL) 0. 34μL、模板DNA 1. 2μL、d NTPs(2. 5 mmol/L) 1. 5μL、引物(10μmol/L)0. 8μL、10×PCR Buffer 2. 5μL。引物PTY26最适退火温度为55℃。用引物PTY188和PTY888对大豆孢囊线虫最佳ISSR-PCR的反应体系进行验证,结果表明该反应体系和程序有较好的重复性和稳定性。 相似文献
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以35份香蕉品种为材料,采用正交设计L25(56)对PCR反应中的DNA质量浓度、TaqDNA聚合酶用量、Mg2+浓度、引物浓度、退火温度及甲酰胺浓度等6个因素在5个水平上进行了优化试验.建立了稳定的、可重复的香蕉ISSR最佳反应体系和PCR扩增参数.确定在25μL的反应体系中,DNA模板质量浓度为0.8 ng/μL,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.2μmol/L,Taq酶为1.25 U,退火温度为52℃. 相似文献
13.
目的:对桂郁金SSR-PCR反应体系进行建立与优化,使其适合分析桂郁金遗传多样性等研究内容。方法:通过正交设计法对PCR反应体系的引物,模板,2×Taq PCR MasterMix(包括Tap DNA聚合酶,dNTPs,缓冲液等)以及扩增程序进行建立和优化。结果:桂郁金SSR-PCR反应的最佳体系是在15μL的反应体系中,DNA模板2.5μL (25 ng·μL~(-1)),引物1.0μL(1.0μmol·L~(-1)),2×Taq PCR MasterMix6μL,其中Tap DNA聚合酶0.05 U·μL~(-1),Mg~(2+)3.0 mmol·L~(-1),dNTPs0.3 mmol·L~(-1),加ddH_2O至15μL。PCR反应程序的最佳参数设定为变性30 s,退火30 s,延伸45 s,循环35次。结论:建立了桂郁金SSR-PCR反应体系,并通过10份桂郁金材料进行验证,结果显示该体系稳定可靠,可以为桂郁金引物开发,良种选育繁育等相关研究提供参考。 相似文献
14.
以沙地云杉叶基因组DNA为材料,采用单因素试验方法对ISSR-PCR体系中的主要成分Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物浓度、退火温度进行筛选,建立并优化沙地ISSR-PCR反应体系。结果表明,UBC835是最适引物,适宜退火温度为50℃。沙地云杉ISSR-PCR分析的最适反应体系(20μL PCR反应体系)为:2.0 mmol/L Mg2+、1.0 U/μL Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/L dNTPs、0.25μmol/L引物、50 ng/μL模板DNA。PCR扩增程序:94℃预变性4 min;94℃变性45 s,50℃退火45 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸7 min,4℃保存。 相似文献
15.
[目的]优化玉叶金花SSR-PCR扩增反应体系。[方法]以红纸扇为材料,采用正交设计和单因素试验方法,从Mg~(2+)、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度以及退火温度4个方面对玉叶金花SSR-PCR体系进行优化,并采用4对SSR引物和4种玉叶金花植物样品进行验证。[结果]玉叶金花20μL的SSR-PCR反应最优体系为Mg~(2+)浓度1.50 mmol/L、d NTPs浓度0.150 mmol/L、引物浓度0.45μmol/L、TaqDNA聚合酶2.00 U、模板DNA 15 ng、退火温度53.4℃。[结论]该反应体系的扩增条带清晰、稳定、重复性好,可用于玉叶金花的SSR分子标记开发、物种分子鉴定、遗传多样性分析和谱系关系构建等相关研究。 相似文献
16.
为探索了解西北地区大蒜及其野生蒜资源之间的亲缘关系及变异特性,以25份西北地区及野生大蒜鳞茎和叶片为材料提取模板DNA,筛选适于简单重复序列(SSR)-PCR的反应体系。采用L16(43)正交表设计正交试验并进行单因素试验,对影响大蒜SSR-PCR的相关体系参数进行优化。结果表明,适用于大蒜的SSR反应体系总体积为10μL:模板DNA 30.0 ng,正反引物均为0.5μmol/L,2×Taq PCR Mix 5.0μL,其余用dd H2O补齐。扩增程序：94℃预变性3 min; 94℃变性30 s,不同引物最佳退火温度退火45 s, 72℃延伸90 s; 30次循环的最后1次循环72℃延伸设为10 min, 4℃保存扩增产物。最终在上述PCR条件下从50对SSR通用引物中筛选出13对多态性好、稳定性高的适用于大蒜SSR-PCR多样性分析的候选引物。 相似文献
17.
以月季品种'月月粉'为试材,利用CTAB法提取DNA,对影响SSR-PCR扩增体系的主要因子设计了多梯度的优化实验,建立了适用于月季的SSR反应体系:总反应体积为25μL,包括模板DNA溶液(20 ng/μL)2μL,10×PCR buffer(Mg2+free)2.5μL,MgCl2(25 mmol/L)2.0μL,dNTPs(10mM)0.5μL,正反引物各(10μmol/L)1μL,Taq DNA聚合酶(5 U/μL)0.3 μL.利用该优化体系对部分月季品种进行PCR扩增和电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合用于分析月季的遗传多样性. 相似文献
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用L25(56)正交设计建立和优化糯玉米SSR-PCR反应体系;利用370对SSR引物对糯玉米两亲本及F1进行扩增,筛选抗丝黑穗病的相关引物。结果表明:20μL糯玉米SSR-PCR最优反应体系为1.5 U DNA聚合酶,1.0 nmol/μL镁离子,80 ng模板DNA,0.1 pmol/μL引物,0.15μmol/μL d NTPs,1倍扩增缓冲液;370对SSR引物对两亲本及F1进行扩增的条带显示,有差异且条带清晰的引物为87对。确立了糯玉米SSR-PCR最优反应体系,筛选并得到了87对多态性引物。 相似文献
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为建立适合绿绒蒿属(Meconopsis Vig.)的SSR反应体系,以多刺绿绒蒿(M.horridula)为试材,应用L_(25)(5~6)进行正交试验,对影响SSR-PCR的主要因素进行优化。结果发现,Mg~(2+)对PCR反应效果影响最大,而dNTPs的影响最小。5个因素水平的变化对绿绒蒿属SSR-PCR反应体系的影响从大到小依次为Mg~(2+)Taq酶含量引物浓度DNA模板量dNTPs浓度。适宜绿绒蒿属的SSR反应体系:总体积25μL,Mg~(2+)浓度2 mmol/L,dNTPs浓度0.2 mmol/L,引物浓度0.5μmol/L,DNA模板量60 ng,Taq聚合酶量1.6 U,其余用ddH_2O补充。扩增程序为94℃1.5 min;94℃20 s,最适退火温度20 s,72℃1 min,共35个循环;72℃5 min;4℃保存。利用优化后的反应体系对同属另外8种绿绒蒿(M.wallichi、M.racemosa、M.lingholm、M.prattii、M.rudis、M.napaulensis Pinky、M.paniculata、M.superba)进行PCR扩增,均获得优良的扩增产物。因此,该试验建立的反应体系适用于绿绒蒿属植物的SSR-PCR反应。 相似文献
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藜麦原产南美洲,因其全营养性被誉为"超级谷物"而广受重视,国内对藜麦的研究也逐步开展。本文通过研究SSR-PCR反应体系的五个主要成分对扩增结果的影响,建立了藜麦SSR-PCR反应的优化体系,即总体积10μL:DNA模板75ng, 10×PCR buffer(Mg~(2+)plus)1.2μmol/L、dNTP 0.8μmol/L、Taq酶0.2μmol/L,引物1.2μmol/L,余下部分由dd H_2O补足。利用优化后的SSR-PCR反应体系对引物进行筛选,从221对引物中成功筛选出条带清晰、特异性好的引物18对。优化后的SSR反应体系和筛选出的引物可为藜麦种质资源的遗传多样性研究、指纹图谱的建立等提供科学依据。 相似文献