PRRSV JX0708株结构蛋白基因的克隆及其生物信息学分析     

何小兵  贾怀杰  孙晓林  郭晓青  景志忠 《甘肃农业大学学报》2012,47(1):1-7

根据GenBank中登录的美洲型PRRSV JXA1株基因组序列设计合成了4对引物,应用RT-PCR技术对PRRSV JX0708株结构蛋白基因进行扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行分析,并与国内外分离株进行核苷酸序列以及推导的氨基酸序列同源性比较.结果表明:PRRSV JX0708株结构蛋白基因长约3 186bp,分为ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个基因区;与国内分离的高致病性PRRSV美洲型毒株HuN、GD、JXA1、LN和普通毒株CH-1a以及经典毒株VR-2332和疫苗毒株pMLV的核苷酸及其推导的氨基酸同源性分别为88.0%～100.0%和83.5%～100.0%;而与欧洲型经典毒株LV和Euro-1的同源性差异显著,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为64.0%～69.7%和53.3%～79.9%.遗传进化分析表明,PRRSV JX0708株在基因型上属于美洲型,同时美洲型PRRSV的变异存在某种地域和时间跨度上的相关性,但每个结构蛋白基因的变异并不严格遵从这种规律,而有所差异.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒GS株结构蛋白基因的克隆及结构特征分析     

马友记  柳纪省  张利 《甘肃农业大学学报》2010,45(6)

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)VR-2332毒株基因序列设计合成了6对引物,应用RT-PCR方法对PRRSVGS株部分片段进行基因的扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行拼接,并与国内外分离毒株进行核苷酸以及推导氨基酸序列同源性比较.结果发现PRRSVGS毒株结构蛋白基因全长3819bp,包括ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个阅读框,分别编码GP2、GP3、GP4、GP5、M和N蛋白;与BJ-4、CH-1a、HB-2(sh)/2002和VR-2332美洲株等核苷酸的同源性在87.9%～97.1%,推导的氨基酸同源性在88.3%～97.1%;而与LV和Euro毒株的同源性差异显著,核苷酸同源性在56.0%～70.0%,氨基酸同源性在54.9%～77.6%.构建的系统发育树证明该毒株在基因型上属于美洲型.  相似文献   

两株高致病性PRRSV河南分离株ORF5基因克隆及遗传变异分析   总被引：3，自引：1，他引：2  

曹素芳  李明  王岩  刘长斗  朱赞梅  唐桂芬  肖松云 《河南农业科学》2009,(7)

从河南信阳和新乡两地区猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc145细胞病变的病毒,命名为HN1和HN2。采用RT-PCR方法从分离的2株PRRSV中均分别扩增出ORF5基因,并将其克隆、测序。用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较,绘制系统进化树,结果表明,ORF 5核苷酸与北美洲型的同源性为81.2%～99.1%,与欧洲型Lv株的同源性分别为35.9%和35.3%,推导氨基酸与北美洲型的同源性为84.5%～99.5%,与欧洲型Lv株的同源性分别为46.0%和45.5%。证明新分离到的PRRSV毒株仍属北美洲型。与国内分离的高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB1、JX0612、GDZC1、ZQ、SX-1、HB1、HEB1、Hnyz核苷酸同源性达96.5%～99.1%,氨基酸同源性为96.0%～99.5%。分析结果表明,所获得的2个毒株GP5蛋白氨基酸序列中的抗原表位已经发生变异。  相似文献   

一株湖北HP-PRRSV分离株nsp2基因遗传变异分析     

陈盛楠  陈奎蓉  赵雯娟  杨永磊  赵一苹  曹素芳 《郑州牧业工程高等专科学校学报》2018,(3)

为了解湖北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况和分子流行病学情况,从湖北地区某猪场采集疑似病料进行处理,接种Marc-145细胞,待细胞发生病变后收获病毒,提取病毒总RNA,应用RT-PCR法对PRRSV nsp2部分基因进行扩增,经序列测定,并与美洲株VR-2332、欧洲株Lelystad virus及国内各PRRSV分离株进行核苷酸及其推导的氨基酸进行同源性比较,并绘制系统进化树。结果表明,经RT-PCR扩增获得了PRRSV湖北分离株(命名为HDZZ1)的nsp2基因,核苷酸序列分析显示,获得的nsp2核苷酸与VR-2332的同源性为77. 7%,与Lelystad virus的同源性为44. 3%。其氨基酸与VR-2332的同源性为64. 58%,与Lelystad virus的同源性为13. 93%。证明所获得PRRSV仍为美洲型。与我国分离的高致病性PRRSV毒株07BJ、BJ0708、GD、GDYC、HEB1、Henan-1、HN-HW、HPBEDV、HUB1、HUN4、JXA1、SX-1、SX2009核苷酸同源性高达97. 3%~98. 8%,氨基酸同源性为96. 40%~98. 8%,氨基酸序列分析结果显示,Nsp2蛋白在222位和274-302位两处出现了30个氨基酸的不连续缺失,其Nsp2蛋白的抗原表位发生了改变。系统发生树结果表明,HDZZ1株与高致病性PRRSV毒株位于同一大分支中,与欧洲代表株(Lv)、美国NADC30株和国内NADC30-like HNjz15株处于不同分支中。由此断定,HDZZ1毒株为高致病性PRRSV毒株。  相似文献   

一株猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及ORF5基因序列与国内外毒株的分析和比较     

李晓静  周恩民  赵钦  肖一红  马利宏 《西南农业学报》2009,22(4)

分析一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV) ORF5基因遗传变异情况及与国内外其他毒株比较为指导当地生产提供一定依据,通过常规病毒检测和分离方法,从2008年山东无名高热病猪送检样品肺部组织中检测并分离PRRSV.根据PRRSV美洲经典株VR-2332的ORF5基因设计特异引物,利用RT-PCR和基因克隆ORF5基因,分析其与国内外PRRSV毒株差异.经过细胞病变和间接免疫荧光检测证明所分离到的PRRSV是一山东地方流行毒株,命名为SD-4.通过分析ORF5基因序列及与其它毒株的比较,将北美洲株分为Ⅰ亚群和Ⅱ亚群.SD-4的核苷酸与Ⅰ亚群和Ⅱ亚群及欧洲毒株相比同源性分别为87.4 %～89.9 %,92.7 %～99.2 %和63.7 %～63.8 %.其氨基酸序列的同源性相比分别为85.1 %～91.0 %,90.5 %～99.5 %和56.7 %～57.7 %.进化树分析结果表明SD-4与高致病性毒株JXA1,HUB1,HEB1和SY0608的亲缘关系很近.PRRSV山东分离株SD-4属于美洲经典毒株,可能为高致病性PRRSV毒株.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征新疆株ORF2-7基因的克隆及序列分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

陆桂丽  汪萍  成进  夏俊  沙依兰.卡依扎  吐尔洪.努尔  王文 《新疆农业科学》2014,(3):546-551

【目的】研究新疆PRRS流行毒株的ORF2–7基因的变异及进化情况,为揭示PRRSV在新疆的流行特点提供参考,为新疆PRRS的防控提供理论依据。【方法】将新疆某规模化和散养户猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪肺脏病料进行处理,提取病毒RNA,应用PT-PCR技术扩增出4株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF2–7基因序列,并进行序列测定。【结果】PRRSV ORF2–7基因核苷酸长度为3 206bp。序列分析表明,新疆分离株XJTK-02株、XJERG-03株、XJ-04株和XJFCH-05株之间核苷酸的同源率较高,为90.3%⁹8.6%;XJTK-02株与经典PRRSV CH-1a株核苷酸同源率最高为93%;而其它3株新疆分离株与高致病性PRRSV JXA1、HuN4、JXwn06、pJX143和HPBEDV苷酸同源率较高,为95.1%98.6%;XJTK-02株与经典PRRSV CH-1a株核苷酸同源率最高为93%;而其它3株新疆分离株与高致病性PRRSV JXA1、HuN4、JXwn06、pJX143和HPBEDV苷酸同源率较高,为95.1%⁹8.9%;4株新疆分离株ORF2–7与美洲型代表株VR-2332核苷酸同源性为88.9%98.9%;4株新疆分离株ORF2–7与美洲型代表株VR-2332核苷酸同源性为88.9%⁹0.5%;而与欧洲型代表株LV4.2.1的核苷酸同源性仅为54.2%90.5%;而与欧洲型代表株LV4.2.1的核苷酸同源性仅为54.2%⁵4.6%。【结论】新疆分离株为PRRSV美洲型。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒WF-1株的分离鉴定及NSP2和ORF5基因的变异分析     

李坤  吴家强  张金强  李俊  于江  刘洋  张玉玉  刘少宁  王兆  周顺  王金宝 《西南农业学报》2010,23(4)

从山东某大型猪场患"猪高热病"的病料中分离到1株病毒,该病毒可在Marc-145细胞上增殖,产生细胞病变。经RT-PCR鉴定证明,该病毒为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),将其命名为WF-1株。用RT-PCR法分别扩增该分离株的NSP2基因和ORF5基因,并进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,PRRSV WF-1株的NSP2发生30个氨基酸的不连续缺失,缺失位置与PRRSV参考变异株JXA1相同;ORF5基因与JXA1、CH-1a、VR2332核苷酸同源性分别为98.0%、94.2%、86.4%,氨基酸同源性分别为97.5%、94.0%、87.5%。基因遗传进化树分析结果显示,WF-1株与2006～2008年期间分离的JXA1、SX-1等高致病性变异株的亲缘关系很近,与1996年分离的中等毒力毒株CH-1a亲缘关系较远,与VR2332、CC-1、MLV等弱毒株或疫苗株处于不同的分支。  相似文献   

吉林地区高致病性PRRSV JL-04/12株的 分离鉴定与全基因组测序     

王凤雪  郭利  温永俊 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2013,41(4):37-44

【目的】确定吉林省某疑似高致病性PRRS猪场的病原,研究其基因特性。【方法】采集疑似感染高致病性PRRSV病猪的脏器组织,处理后接种MARC-145细胞,观察细胞病变,分离PRRSV;应用RT-PCR方法检测和确定分离毒株的基因型,采用间接免疫荧光、电镜观察和全基因组测序检测分离的病毒。【结果】分离毒株为北美洲型PRRSV,命名为JL-04/12,其基因组全长为15 320bp(不包括PolyA),可使MARC-145细胞产生典型的细胞病变。序列比对结果表明:JL-04/12株与经典毒株VR-2332和CH-1a的核苷酸同源性分别为89.5%和94.9%;与高致病性毒株JXA1、HUN4的核苷酸同源性为99.1%。分离毒株JL-04/12编码的2个非结构蛋白和GP2～GP4的氨基酸序列与HUN4株同源性较高,在97.2%～99.3%,而JL-04/12编码的GP5的氨基酸序列与JXA1株同源性较高,为98.5%;JL-04/12编码的GP6和N蛋白的氨基酸序列与高致病性PRRSV毒株JXA1和HUN4的同源性均为100%。PRRSV JL-04/12株的Nsp2不连续缺失30个氨基酸,与高致病性PRRSV毒株JXA1和HUN4的同源性最高,均为97.8%,判定该分离株为变异的高致病性PRRSV。【结论】从吉林省分离到1株高致病性PRRSV,说明高致病性PRRS变异病毒在吉林省仍然存在。  相似文献   

新疆南疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因克隆与序列分析     

王旭哲  刘永宏  赵丽  焦海宏  李龙凯  胡天成  段文婷  赵明明 《新疆农业科学》2013,50(2):357

[目的]掌握新疆南疆PRRSV流行毒株特点,为新疆南疆PRRS的有效预防和控制提供理论依据.[方法]研究利用克隆和测序获得了8个新疆南疆PRRSV ORF5基因全序列,并进行序列分析.[结果]8个新疆南疆PRRSV ORF5基因长度均为603 bp,它们之间核苷酸同源性为87.4; ～ 100.0;;与欧洲型代表株LV、美洲型代表株ATCC VR-2332、中国代表株CH-1a和中国HP-PRRS代表株JXA1核苷酸同源性分别为60.9;～63.5;、88.4;～ 89.9;、88.9; ～ 94.7;和87.4;～98.7;;与中国猪养殖场常用的几种弱毒疫苗株核苷酸同源性为87.4;～94.7;;与美洲型毒株和欧洲型毒株氨基酸同源性为84.5;～98.0;和50.0;～59.5;.[结论]研究的8株新疆南疆PRRSV株均属于美洲型亚群Ⅱ毒株.利用新疆南疆PRRSV分子流行病学调查结论,可为新疆南疆PRRS防制疫苗的选择等做迸一步的调整或指导奠定基础.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征河南毒株Henan-1的分离及其NSP2、ORF3、ORF5的序列分析   总被引：3，自引：3，他引：0  

张彩勤  王旭荣  杨增岐  赵炳武  宋长绪 《西北农业学报》2008,17(1):1-6

将2007年1月河南省某猪场送检的疑似高热病病料处理后接种于Marc-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、ORF3和ORF5基因的引物,RT-PCR扩增目的基因并将其克隆入pMD18-T载体进行测序.并与国内外已发表的毒株的序列进行比较.结果表明:分离毒株Henan-1是美洲型PRRSV,而且NSP2基因发生30个AA的不连续缺失;Henan-1的NSP2、ORF3和ORF5基因与JXA1、JX0612、HZ-X、HB-1(sh)、CH-la、HB-2(sh)、SP、ATCC VR-2332、Henan-HN1、Resp PRRS/Repro MLV、PA8、BJ-4等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.0%～99.0%、88.3%～99.2%、88.6%～99.5%,推导的氨基酸同源性分别为66.7%～97.9%、84.7%～98.8%、87.1%～99.5%;而ORF3和ORF5基因与LV4.2.1等位基因核苷酸同源性分别为64.7%和64.2%,推导的氨基酸同源性分别为56.7%和61.0%.基因系统发育树分析表明:Henan-1与JXA1、JX0612株的亲缘关系很近,与HB-1(sh)亲缘关系较近,与HZ-X、CH-1a、HB-2(sh)、SP、RespPRRS/Repro MLV等毒株处于不同的分支.  相似文献   

我国华东某省HP-PRRSV的分离鉴定及全基因组序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

朱紫祥  吴发兴  王晶钰 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2010,38(8):25-32

【目的】从我国华东地区某省3个不同市县的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料中分离PRRSV毒株,并对其全基因组进行测序,进而对当前PRRSV流行毒株的分子特征和近几年我国PRRSV毒株的演化特点进行分析。【方法】采集养殖场病死猪的淋巴结和肺脏病料,处理后进行PRRSV的RT-PCR检测。对PRRSV检测呈阳性的病料进行病原分离和免疫荧光试验(IFA)鉴定,测定IFA鉴定呈阳性的PRRSV分离株的TCID50。参照NCBI基因数据库已提交的PRRSVVR-2332、CH-1a、HB-2及JXA1等毒株序列设计6对引物,对所得分离毒株分别进行全基因组序列扩增、测序,并将测序结果与LV、VR-2332、JXA1等国内外16个PRRSV毒株进行序列同源性和进化分析。【结果】试验共分离鉴定获得3株PRRSV毒株,分别命名为SDCXA/2008、SDWF、SDLY。全基因组Blast比对结果表明,这3个分离株均为北美洲型毒株。序列分析发现,3个分离株的全基因组序列与欧洲株的同源性极低(61.6%～61.8%),与2006年前分离的美洲型毒株的同源性较低(86.6%～97.1%),与2006后分离的美洲型毒株同源性较高(98.3%～99.7%)。Nsp2基因在3个易变区中变异最大,ORF5次之,ORF3相对最小;推导氨基酸序列中变异最大的亦为Nsp2。3株PRRSV毒株Nsp2基因推导氨基酸的第481和532～560位处共存在30个氨基酸缺失,与以HUN4、JXA1等为代表的国内高致病性分离株序列的同源性较高,结合进化分析将其均划为与JXA1类似的高致病性猪蓝耳病毒株(HP-PRRSV)。【结论】分离到3株HP-PRRSV毒株,其遗传特征相对稳定,但同时也发生了一定的变异,说明PRRSV还在不断地变异和演化。PRRSV的分布无明显地域性。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒S-1株ORF5和ORF7基因的克隆及变异分析     

张春玲  张婉华  臧克伟  王英  蒋凤英  邹勇  李春华  何锡忠 《上海农业学报》2008,24(2):40-45

PRRSV S-1株经Marc-145复苏后,通过RT-PCR扩增了ORF5和ORF7基因.利用酶切位点将2个基因分别连接到原核表达载体PET-32C中,筛选阳性克隆送测序,序列分析表明:PRRSV S-1株ORF5基因变异性较高,与VR-2332毒株和CH-1a毒株的同源性分别是:核苷酸同源性为91%和89%,氨基酸同源性是87%和85%;ORF7基因相对保守,核苷酸的同源性分别是97%和94%,氨基酸的同源性分别是95%和93%.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合症流行株ORF_5基因遗传变异分析     

尹国友  孙婕  陈兰英  赵祯 《安徽农业科学》2010,38(8):4115-4117

[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症发病原因,流行趋势,为预防和控制猪繁殖与呼吸综合症病毒（PRRSV）提供理论依据。[方法]根据GenBank上的PRRSV的ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT-PCR技术扩增了7株流行株中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的系统进化树。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH-1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88.1%～98.8%,89.9%～95.2%,85.6%～98.7%;与LV的同源性为54.7%～56.9%。氨基酸序列分析表明,这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88.1%～96.8%,88.1%～94.5%,86.1%～96.5%;与LV的同源性为54.7%～56.2%。[结论]流行株在ORF5基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF5基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。  相似文献   

2006年-2008年河南省PRRSV分子流行病学调查     

邱骏  张学东  沈志强  赵军  张泉鹏  丁壮 《内蒙古农业大学学报(自然科学版)》2011,32(1):34-40

根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株的NSP2,ORF5-7基因的核苷酸序列,设计合成5对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出10株PRRSV河南地方株的NSP2和ORF5-7片段,将扩增片段克隆到pMD-18T载体并进行测序。应用DNAStar序列分析软件对分离株的NSP2和ORF5-7基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的PRRS毒株进行了同源性比较,结果表明PRRSV河南分离株的NSP2和ORF5-7基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89.1%-98.1%和81.4%-96.1%,而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46.7%-61.7%和44.7%-45.9%;同时将PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因的推导氨基酸序列与其他美洲型PRRSV毒株进行变异分析比较,证实了PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因发生了变异。  相似文献   

豫西地区PRRSV新近流行株ORF5基因变异及Nsp2基因特征分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

张明亮  张春杰  程相朝  赵星灿  李银聚  吴庭才  李正  杨宁宁 《河南农业科学》2012,41(1):137-141

为研究豫西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新近流行株ORF5基因的变异情况及Nsp2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了26份近期采自豫西地区猪场疑似PRRS猪肺脏样品中的ORF5全序列和Nsp2部分序列,并对其生物信息学和结构进行了分析。结果表明:成功扩增出的21株PRRSV流行株间ORF5全基因同源性为96.6%～100%,氨基酸同源性为97.5%～100%;与参考毒株JXA1、MLV、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为96.6%～98.9%、88.4%～89.2%、88.0%～89.5%和66.8%～67.3%;对阳性病料进行了部分Nsp2基因的扩增,测序结果显示,所有流行株的Nsp 2基因与已报道的美洲株VR-2332相比,不存在核苷酸的插入或突变,但存在2个位点共90个碱基的缺失;遗传衍化分析表明,流行毒株属于美洲型。研究结果揭示了豫西地区新近流行的PRRSV ORF5基因的变异情况及Nsp 2基因的特征,为该地区的PRRS防控工作提供了理论依据。  相似文献   

1株猪繁殖与呼吸综合征病毒云南株的遗传演化分析     

王海燕  吕磊  徐向明  崔盟  迟兰  刘文博 《江苏农业科学》2010,(6)

将2008年云南某猪场送检的疑似猪繁殖与呼吸综合征病例的病料处理后,接种Marc-145细胞,并对其进行病毒分离和鉴定,将分离株命名为Yunnan-08株.根据GenBank中PRRSV的基因序列进行设计.合成了针对ORF5和ORF7基因的引物,将RT-PCR扩增目的基因克隆入pGEM-Teasy载体中进行测序,再将测序结果提交给GenBank.应用DNAstar软件包分析,将该毒株的ORF5和ORF7基因序列及其推断氨基酸序列分别与PRRSV欧洲型代表株Lv、美洲型代表株VR2332和中国参考株CH-1a(AY032626)等毒株相应基因序列进行核苷酸比对,并与ATCC-VR2332(U87392)株、Lv(M96262)株等毒株进行氨基酸同源性比较,绘制系统的进化树,确定遗传演化关系.结果表明,该分离株的ORF7与VR2332的ORF7基因同源性为56.9%,与Lv株的ORF7基因同源性为41.7%;该分离株的ORF5与VR2332的ORF5基因同源性为87.1%,与Lv株的ORF5基因同源性为63.8%.表明新分离到的PRRSV Yunnan-08株仍属北美型,但存在很大变异,该分离株的ORF5与中国标准株CH-1a的ORF5基因同源性为93.4%,而ORF7与中国标准株CH-1a的ORF7基因同源性仅为56.6%.同一个毒株不同的开放阅读框架遗传演化的差异如此之大,这在以往未见报道,该病毒的变异为我国对该病的防控设置了障碍,毒株遗传监测显得十分重要.  相似文献   

PRRSV广东株XH-GD的分离及其NSP2、ORF3、ORF5的序列分析     

曹宗喜  潘全会  林哲敏  孔留五  何逸民  张桂红 《广东农业科学》2013,40(12):159-163

将采集的广东某猪场疑似猪高热症病料处理后接种于Marc-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、OR F3和ORF5基因的引物,扩增目的基因并测序分析.结果表明:分离毒株XH-GD株PRRRSV属于美洲型,且NSP2基因发生30个氨基酸的不连续缺失;XH-GD的NSP2、ORF3和ORF5基因与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1(sh)2002、HB-2(sh)2002、CH-la和RespPRRS MLV等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.3％～98.9％、88.6％～99.2％、88.1％～99.2％,推导的氨基酸同源性分别为76.8％～98.3％、83.7％～98.8％、88.1％ ～99.2％;而与LV的等位基因核苷酸同源性分别为52.9％、65.0％和64.3％,推导的氨基酸同源性分别为31.3％、57.5％和58.9％.基因系统发育树分析表明,XH-GD与NX06、BJsy06株的亲缘关系很近,与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1(sh)2002、HB-2(sh)2002、CH-la和RespPRRS MLV亲缘关系较近,与LV毒株处于不同的分支.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因变异分析     

曹素芳  王岩  肖松云  唐桂芬 《郑州牧业工程高等专科学校学报》2009,29(1):1-3

采用RT—PCR方法对疑似PRRS阳性病料进行克隆和测序获得了0RF7基因片段。序列分析结果表明获得的0RF7基因序列不存在缺失现象。与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列的同源性为91．3％,氨基酸同源性为92．6％;与我国最早的PRRSV分离株CH—la相比,核苷酸同源性为93．5％,氨基酸同源性为92．6％;与我国高致病性PRRSV毒株SD—ZQ的核苷酸同源性最高为98．1％,氨基酸只有两个不同,同源性为98．3％;与本省的Hn-1／06毒株的核苷酸同源性为97．3％,氨基酸同源性为97．5％;与2004年分离的FJ-2株与ORF7基因的核苷酸差异稍大为85．4％,氨基酸同源性为88．6％;与欧洲型分离株LV株和N-34株0RF7基因的核苷酸差异很大,同源性仅为41．1％和40％,氨基酸同源性为47．1％和47．6％。表明所获得序列的流行毒株属于美洲型,但其毒力已发生了变异。  相似文献   

新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定及Nsp2和ORF5基因遗传变异分析     

张美玲  陆桂丽  薛晶  刘丽雅  简子健  夏俊 《广东农业科学》2014,41(17):106-110

为探索新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异特征,利用RT-PCR、ORF5和部分NSP2基因序列进行分析,鉴定从新疆某猪场疑似猪高热病死亡猪肺脏分离出的一株病毒.分离的病毒株被鉴定为PRRSV美洲型,命名为XJ-Q株.该株病毒与香港分离株HK13亲缘关系最近,与国内变异株(HUB1和JXA1)同源性较为亲近.与美洲型标准毒株VR-2332相比,该分离株在481位和532～560位共有30个氨基酸缺失;与国内分离的PRRSV变异株相比,在487～489位有3个氨基酸的独特缺失.结果表明,新疆分离株为PRRSV美洲型,属于新缺失的PRRSV毒株.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征流行株ORF5基因遗传变异分析   总被引：5，自引：0，他引：5  

尹国友  孙婕  苏景  陈兰英  赵祯 《农业科学与技术》2009,10(5):88-91

[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症（PRRS）发病原因、流行趋势,为预防和控制PRRSV提供理论依据。[方法]根据GenBank上的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT—PCR技术扩增了7株流行株（HIJ10,HL148,HLJ64,HLJ76,HL177,HLJ85,HLJ87）中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的亲缘关系。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH—1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88．1％～98．8％,89．9％～95．2％,85．6％～98．7％;与LV的同源性为54．7％～56．9％。氨基酸序列分析表明这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ4等代表株的同源性分别为88．1％～96．8％,88．1％～94．5％,86．1％～96．5％;与LV的同源性为54．7％～56．2％。通过系统发育进化树分析可知HLJ48、HL164、HLU6、HLJ77、HLJ85与CH-1株亲缘关系密切,同属一亚群,表明所获得的毒株与参考株CH．1亲缘关系较近,可能由CH-1演化而来。HLJ10、HU87与疫苗株MLV关系较近,而且HLJ10、HLJ87的同源性高达100％,可能由于使用疫苗而感染,说明黑龙江省存在疫苗毒的隐性感染。[结论]流行株在ORF,基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF,基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。  相似文献