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传统的叶绿体基因分子标记在茶组植物分类系统研究中的应用价值相对有限,为了筛选可用于茶树鉴别与母系溯源的SNP（单核苷酸多态性）位点组合,将18个已报道的茶组植物叶绿体全基因组序列进行比对,通过设计通用引物,在169个茶树品种/品系中进行候选分子标记扩增与一代测序分析,筛选出16对引物,共含25个SNP位点可用于茶树品种母系溯源与鉴别分析。另外,将SNP位点组成的DNA指纹图谱结合茶树品种资源基本信息进行数字编码,最终形成由30位数字组成的茶树品种资源分子身份证,并构建相应的条形码和二维码用于品种识别。本研究数据为茶树品种的母本溯源与鉴别提供新的思路。 相似文献
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为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性，利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明，基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类，且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势；对重测序数据进行功能注释后发现，在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因，其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后，基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片，利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明，同一品种两两之间的遗传相似度在92%～98%，不同品种间的遗传相似度则在84%以下，表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别，研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。 相似文献
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文章总结概述了2022年度茶树遗传育种领域取得的主要进展。2022年度,科研工作者在茶树遗传育种领域取得了丰硕的成果,基于转录组、同源和异源转化、分子互作等研究手段,大量与茶树逆境胁迫抵御、功能物质代谢、生长发育调控相关的遗传分子机制及关键作用基因获得解析;茶树氨基酸含量、发芽期等性状相关的数量性状位点（QTL）被精细定位,为开发性状关联分子标记奠定了基础;62个茶树品种通过非主要农作物品种登记,5个品种授权获得植物新品种权,为茶产业高效发展提供了多样化的品种保障。 相似文献
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铁结合蛋白(Ferritin,Fer)参与干旱胁迫应答反应,开发Fer基因抗旱相关的分子标记可为抗旱小麦品种选育提供依据。本研究依据2个强抗旱性和2个弱抗旱性小麦品种1A染色体上铁结合蛋白基因(TaFer-A1)序列的差异,开发TaFer-A1基因抗旱相关的分子标记,用150份萌发期抗旱性不同的小麦品种(系)对标记的有效性进行验证。克隆序列比对发现,TaFer-A1基因在4份抗旱性极端品种间仅存在7个变异位点,包括6个SNP位点和1个3bp碱基Del/Ins位点,其中仅在基因第1个内含子区域的3个连续碱基TCT的Del/Ins位点变异与4份品种抗旱性的表型相对应,而其余6个SNP位点在强与弱抗旱性品种之间随机发生。根据两组抗旱性极端品种间TCT碱基的差异,设计1对引物开发出了分子标记FerA1i-ntr1。该分子标记在2个强抗旱性品种中扩增出了167bp特异性条带,定名为TaFer-A1a等位变异;在2个弱抗旱性品种中扩增出了170bp特异性条带,定名为TaFer-A1b等位变异,表明FerA1i-ntr1为共显性标记。在分子标记FerA1i-ntr1检测的150份小麦品种(系)中,有73份被检测为TaFer-A1a等位变异类型,平均相对发芽率为70.1%;77份被检测为TaFer-A1b等位变异类型,平均相对发芽率为55.1%。TaFer-A1a等位变异类型品种(系)的平均相对发芽率极显著高于TaFer-A1b等位变异类型的(P<0.01),说明该共显性标记FerA1-intr1可用于小麦抗旱性的鉴定和筛选,也表明TaFer-A1基因与小麦抗旱性有关。 相似文献
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分子标记的应用对解析作物性状的分子遗传基础至关重要。当下，单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)是研究作物性状相关位点的重要分子标记，可通过连锁分析和关联分析应用于大豆育种工作。相较传统杂交选育手段，分子标记辅助育种(Marker-Assisted Selection, MAS)以杂交育种为基础，凭借分子标记与目标性状基因紧密连锁的特点，通过检测分子标记即可高效快速检测目的基因的筛选策略，成为备受关注的育种方式。随着大豆各组学学科的兴起，基因组学研究与其他组学之间的联合分析使分子标记的应用范围得到进一步延伸，成为大豆现代育种工作中的关键部分，使所筛选的遗传位点被有效利用。此外，随着生物技术的不断更新，以往被忽略的microRNA (non-coding single stranded RNA,miRNA)和长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)重新进入育种家的视野，使其与分子标记相关联的目的性状基因组区域能够被更好识别。为了详细梳理分子标记在大豆育种中的应用范围，本综述汇总2022年大豆多种抗病性、... 相似文献
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脯氨酸是小麦抵御干旱胁迫的重要调节物质,吡咯啉-5-羧酸合成酶(Pyrrpline-5-carboxylatesynthetase, P5CS)是干旱条件下脯氨酸合成的关键酶。为了提高小麦抗旱品种的选育效率,本研究选用国内119个小麦品种(系),鉴定其萌发期抗旱性;并从中选取10个抗旱性不同的小麦品种,分析响应干旱的叶片脯氨酸积累量与其抗旱性的关系;通过两组极端抗旱品种间 TaP5CS基因序列比对和随机群体验证,开发该基因抗旱相关分子标记。结果表明,119个小麦品种(系)的抗旱等级不同,部分品种间相对发芽率的差异达到极显著水平,响应干旱的叶片脯氨酸积累量与抗旱性呈正相关。 TaP5CS-1A基因在两组极端品种间基因组序列存在2个单核苷酸变异(SNP)位点,扩增第5内含子上涵盖SNP位点的1 894 bp序列,其中2个强抗旱性品种在此SNP位点不能被PflmⅠ酶切,命名为 TaP5CS-1A-a等位变异;2个弱抗旱性品种在此SNP位点被酶切为1 706 bp和188 bp的条带,命名为 TaP5CS-1A-b等位变异,以此开发分子标记TaP5CS-1A-CAPS。利用此标记检测119个小麦品种(系),采用普通PCR和半巢式PCR的方法分别进行扩增和相同酶切,结果完全一致:携带 TaP5CS-1A-a和 TaP5CS-1A-b等位变异类型的品种分别有61和58个,平均相对发芽率分别为60.7%和44.6%,前者极显著高于后者(P0.01),说明 TaP5CS-1A基因与小麦抗旱性相关,开发该基因分子标记TaP5CS-1A-CAPS可以用于小麦抗旱性的筛选与鉴定。 相似文献
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解析小麦耐旱遗传机制,发掘耐旱基因,选育耐旱品种,是减少干旱对中国粮食生产安全威胁最为经济、高效的方式。周8425B是中国黄淮麦区重要的小麦骨干亲本,农艺性状优良,其衍生品种具有较好的耐旱特性。本研究基于68份来自于河南、山东等地的周8425B衍生品种,利用50K SNP芯片对耐旱相关性状进行全基因组关联分析（genome-wide association analysis,GWAS）。结果表明,共检测到252个显著关联的SNP标记,分布于37个位点上,可解释7.9%~21.5%的表型变异。其中,16个位点与已报道的位点位置部分重叠或一致,其余21个为新的位点。周麦16、矮抗58、郑农21、淮麦28、周麦21、郑麦379、浏虎98和偃展4110共8份品种具有较好的耐旱性,且含有较多的优异等位基因,可应用于下一步遗传育种中。本研究对解析小麦耐旱遗传机制,选育耐旱品种具有参考价值。 相似文献
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大豆分子标记及辅助选择育种技术的发展 总被引：3，自引：0，他引：3
分子标记、QTL的研究和辅助选择应用已经得到很大的发展,一批与大豆形态性状、产量性状、品质性状、生态性状、抗生物胁迫性状相关的QTL在国内外均有报道.但近年来分子标记和QTL研究在比较发达的国家已经转向功能标记(FMs:EST-SSR、SNP和候选基因)的研究,相继肩动大豆EST计戈呼和大豆功能基因组计划,以期使功能基因和性状直接联系起来,目前已经取得了显著成效.而我国目前分子标记和QTL的研究还主要集中在利用随机标记(RMs:RAPD、SSR和AFLP)对性状进行研究.该文就国内外大豆分子标记和分子标记辅助育种及分子育种技术发展动态和发展中存在的主要问题做一概述. 相似文献
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茶氨酸合成酶基因的SNP挖掘和遗传定位 总被引：1，自引：0，他引：1
茶氨酸合成酶(Theanine synthetase,TS)基因是茶树茶氨酸代谢过程中的关键酶基因。本研究以氨基酸含量差异明显的亲本及其杂交所得F_1子代为研究材料,克隆TS基因的c DNA序列,挖掘其SNPs位点,并成功将杂合SNP位点定位在遗传连锁群上。研究结果显示,通过序列比对在亲本间检测到3个SNPs,验证得到1个杂合的位点SNP735。将此位点成功转化为dCAPS标记,该标记在子代中的基因型分离比为1∶1,利用该群体已构建的茶树遗传图谱进行遗传定位,将dCAPS标记定位在连锁群LG03上,相邻标记为TM299和TM517。联合此标记及其相邻标记与游离氨基酸总含量和茶氨酸含量进行统计分析,表明具有显著的相关性。 相似文献
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随机扩增多态性DNA（RAPD）及其在茶叶科学领域的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）是用于作物种质资源鉴定及育种的分子标记。近年发展非常迅速，应用范围很广。本文就茶叶科学的几个方面论述了ＲＡＰＤ标记在茶叶科学研究的应用及前景：（１）茶树品种遗传连锁图谱的绘制，（２）茶叶种质资源鉴定及分类；（３）茶树目标性状基因的标记研究。 相似文献
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功能标记是依据功能基因序列的多态性开发的一种准确、高效的分子标记,不同等位变异基因与表型直接相关。籽粒性状是由互相关联多基因调控的较复杂的重要性状之一,也是生化生理一系列过程的最终表现,已成为育种者在品种选育过程中的研究热点。对国内外玉米籽粒性状的分子标记、QTL定位、候选基因克隆、全基因组关联分析、转基因技术等应用的相关研究进行了综述,探讨了籽粒功能标记存在的问题,旨在为玉米籽粒分子生物学及现代生物技术在玉米育种中的应用提供参考。 相似文献
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为挖掘与小麦产量性状的相关等位变异及给分子标记辅助育种提供参考,选取SSR与SNP标记对52个黄淮麦区品种(系)材料进行全基因组扫描,对株高、穗长、单株穗数、可育小穗数、穗粒数、千粒重等6个重要产量性状进行标记,并进行遗传多样性、群体遗传结构与全基因组关联定位等分析。结果表明,供试群体可被划分为4个亚群,5种环境间所测产量性状差异均达到0.05显著水平,且穗长和单株穂数的变异系数最大。利用Powermarker进行标记遗传多样性分析,共检测到899个等位变异,平均等位变异丰富度为3.625,遗传多样性指数平均值为0.586,多态性信息含量(PIC)平均值为0.510。利用Tassel的MLM(Q+K)模型关联得到与产量显著关联的分子标记共13个(6个SSRs和7个SNPs),这些与产量相关性状的优异等位变异可为发掘和利用小麦育种优良基因提供依据,并为今后的遗传育种工作提供参考。 相似文献
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《大豆科学》2015,(6)
根据已知油脂相关同源基因分析,选择两个油脂代谢相关基因,分别编码甘油二酯激酶7(diacylglycerol kinase7,DGK7)和TPR蛋白(pentatricopeptide repeat-containing protein,TPR),并根据两个基因内部及非翻译区(untranslated region,UTR)的SNP变异位置和突变类型,选取位于GmDGK7基因5'-UTR区的一个单核苷酸变异(SNP1)及位于Gm TPR基因外显子区的SNP2设计d CAPS标记。对200份育成大豆品种的SNP1和SNP2分型及其与大豆籽粒油脂相关性状的关联分析发现,GmDGK7基因的SNP1与油脂含量显著关联(P=6.21×10-5),GmTPR基因的SNP2与油脂含量、硬脂酸、油酸和亚油酸均显著关联(P值分别为4.9×10-11,1.6×10-6,3.4×10-5,4.09×10-8)。此外还筛选出14份高油脂(23%)和5份高油酸(33%)大豆种质,这些分子标记和种质资源可为改良大豆油脂性状和分子育种提供技术和材料基础。 相似文献
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以高抗白粉病苦瓜MC18和高感白粉病MC105杂交构建遗传分离群体,利用SLAF-seq技术进行深度测序,开发与抗白粉病性状紧密关联的SNP分子标记。结果表明:测序共获得各样品的有效reads为10.48 Mb,获得高质量的SLAF标签91 856个,其中多态性SLAF标签5 502个,多态性比例为5.99%。通过对多态性SLAF标签进行关联分析,筛选出与苦瓜白粉病抗病性状紧密关联的SNP位点共29个。根据关联分析结果 ,通过四引物扩增受阻突变体系PCR技术进行SNP位点多态性的验证,其中Marker4542、Marker11188分子标记特异性强、灵敏度高、稳定性好,建立一套简便快捷的苦瓜SNP分型方法。该方法可对苦瓜育种材料进行分子标记辅助选择,以进一步提高苦瓜抗病育种效率。 相似文献
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MNP(multiple nucleotide polymorphism, MNP)是随着分子标记技术的发展而产生的一种新型分子标记技术。靶向测序基因型技术（genotyping by target sequencing, GBTS）在一个扩增子内仅扩增一个SNP位点，MNP基于GBTS可在一个扩增子内同时扩增多个SNP位点。该技术具有成本低、检测效率高、应用灵活、适应性广等特点，MNP标记可用于育种过程的鉴定。为了建立快速、精准、高效的木薯品种鉴定方法，筛选适用于木薯品种鉴定的MNP分子标记，本研究在全基因组范围内筛选高多态性区域并设计引物，最终在全基因范围内获得623个木薯MNP标记位点，并利用28个木薯品种对木薯MNP标记进行评价。结果表明，MNP标记分型重现性高达100%。MNP标记位点在28个木薯品种中检出（4.07±1.68）种等位基因型，最多具有12种等位基因型。对所有木薯品种进行两两比较时，99.47%(376/378)的品种对间的差异大于46%，比例在0.3%～81.0%之间，均值为71.78%。相较于SNP,MNP具有更好的品种区分能力。综上所述，本研究所开发的木薯... 相似文献
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山西省大豆地方品种与选育品种农艺性状及SSR标记遗传多样性比较分析 总被引：12，自引：0，他引：12
以山西省地方品种和选育品种为材料，对其质量性状、数量性状及SSB标记进行了遗传多样性分析。旨在探明地方品种与选育品种之间遗传多样性的差异，为山西省大豆品种资源的研究与利用提供理论依据。结果表明，184份选育品种和180份地方品种在8个质量性状、5个数量性状上都存在较广泛的遗传多样性。选育品种与地方品种相比，遗传多样性较低。在质量性状方面，选育品种的籽粒颜色、生长习性变异性呈下降趋势，而脐色和茸毛色都表现出增加的趋势；在数量性状方面，除粗蛋白低于选育品种外，地方品种的变异程度高于选育品种。对两类品种各13份材料进行SSR分析，结果表明，45个SSR位点基本可以将地方品种和选育品种分开，表明地方品种和选育品种在分子水平上也发生了一定的分化，但地方品种的遗传多样性要高于选育品种。表型和分子检测结果都表明，山西大豆品种的选育在一定程度上降低了遗传多样性。 相似文献
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分子标记辅助选择聚合水稻暗胚乳突变基因Wx-mq和抗条纹叶枯病基因Stv-b~i 总被引：2，自引：0，他引：2
以江苏高产粳稻品种武运粳7号为母本,具有条纹叶枯病抗性基因Stv-bi和暗胚乳突变基因Wx-mq的日本粳稻品种关东194作父本配制杂交组合进行聚合育种。利用与Stv-bi基因共分离的SCAR标记及与暗胚乳突变基因Wx-mq紧密连锁的CAPS功能标记对其分离世代进行标记位点的检测,结合田间多代选育、抗性鉴定和籽粒胚乳外观鉴定,将条纹叶枯病抗性基因Stv-bi和暗胚乳突变基因Wx-mq同时转育到高产品种中,筛选、培育出优质、抗病、高产且农艺性状优良的水稻新品系宁9108。利用与水稻优质及抗病基因紧密连锁的分子标记,不仅初步建立了优质、抗病育种的分子标记辅助选择体系,也为水稻优质、抗病、高产育种提供了一种简单、快捷的选择方法和重要的中间材料。 相似文献
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为了从分子水平上了解黄淮麦区部分骨干品种(尤其是西农系列品种)的春化和光周期特性、矮秆基因、抗赤霉病基因类型及全基因组优异位点的分布,以西农979、西农511等近年黄淮麦区主栽小麦品种(共64份)为材料,采用分子标记及小麦35K芯片对供试品种进行检测。结果表明,13份材料含有显性春化基因 Vrn-D1(20.3%),3份材料含有显性基因 Vrn-B1(4.7%),未检测到显性基因 Vrn-A1和 Vrn-B3;除中国春和宁春45外,其余62份材料均含光周期不敏感基因 Ppd-D1a;9份材料携带矮秆基因 Rht-B1b,28份材料携带矮秆基因 Rht-D1b,35份材料携带矮秆基因 Rht8;15份材料同时含有 Rht-D1b和 Rht8;苏麦3号和兰考198含抗赤霉病基因位点 Fhb1。芯片检测结果发现,西农系列品种亲缘关系较近,共含有1 049个特异SNP,集中在2A和6B染色体上,这些位点可能是决定西农系列品种区别于其他品种的重要遗传位点;所有参试材料共含有1445个相同的SNP位点,集中在2D和3B染色体上。 相似文献