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1.
家猪对农业有重要的意义,也是研究人类疾病良好的模式动物,而猪microRNA(miRNA)组图谱研究滞后,有必要建立一个汇总micRNA调节功能和相互作用的文库以便对其信息进行解读。本研究收集了猪从胚胎到成年发育的全部代表性时期共10个阶段的样品,建立了miRNA序列库,并对其miRNA进行了研究。测序结果与哺乳动物miRNA、前体发夹序列(pre-miRNA)、首次公布的猪基因组序列,以及表达序列标签(EST)进行比对分析。该研究结果使猪miRNA组序列数增至867条(623条与基因组序列相匹配),可编码1004个miRNA,其中777个是特异性序列。该研究还运用实时定量PCR技术从47个特异组织样品中选择30种miRNA进行试验,定量结果与测序结果完全一致。本研究成果提供了很多关于miRNA的末端序列变异、miRNA前体结构、染色体定位、特定发育阶段的miRNA表达和保守序列的信息;为猪miRNA组图谱、miRNA种类及异构体和miRNA特征的研究提供了很多宝贵的数据资源;也将大大促进猪生物学和以猪作为模式动物进行的人类生物学和生物医学的发展。 相似文献
2.
本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础.运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分析.随机选取了一条成熟miRNA:bta-miR-2346-5p和两条新预测的miRNAs:novel_miR-48和novel_miR-86,采用茎环RT-PCR进行验证.共鉴定了604条miRNAs,其中429条为牛的已知miRNAs,175条为新预测的miRNAs.通过茎环RT-PCR发现选取的这3条miRNAs在背最长肌、心肌、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠中均有表达,证明了高通量测序结果的准确性.本试验得到的数据在一定程度上丰富了牛miRNA的数量和种类,为后续牛或其他物种的miRNA相关生物学研究提供了更加详实的信息. 相似文献
3.
《中国畜牧兽医》2015,(6)
本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础。运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分析。随机选取了一条成熟miRNA:bta-miR-2346-5p和两条新预测的miRNAs:novel_miR-48和novel_miR-86,采用茎环RT-PCR进行验证。共鉴定了604条miRNAs,其中429条为牛的已知miRNAs,175条为新预测的miRNAs。通过茎环RT-PCR发现选取的这3条miRNAs在背最长肌、心肌、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠中均有表达,证明了高通量测序结果的准确性。本试验得到的数据在一定程度上丰富了牛miRNA的数量和种类,为后续牛或其他物种的miRNA相关生物学研究提供了更加详实的信息。 相似文献
4.
利用生物信息学方法预测家蚕核型多角体病毒基因组编码的miRNA 总被引：1，自引：1，他引：0
microRNAs(miRNAs)是长度为18～25 nt的非蛋白质编码小RNA分子,可以通过抑制有关基因mRNA的翻译从而调控机体的生长发育、疾病发生等过程。在很多病毒中发现有miRNA的存在,这些miRNA可能在病毒基因的表达以及与宿主的相互作用中发挥作用。利用vMir软件预测家蚕核型多角体病毒(BmNPV)基因组可能编码的miRNA前体序列,对BmNPV基因组扫描分析后,得到7条能形成发夹结构的可能是miRNA的候选前体序列。以BmNPV添食感染5龄起蚕,72 h后取幼虫血淋巴提取总RNA,对这7条序列进行反转录PCR验证,其中扩增出的5条序列在BmNPV基因组中有相同的序列,推测这5条序列为BmNPV基因组编码的miRNA前体序列。进一步分析5条miRNA前体序列的发夹结构,并用反转录PCR的方法验证其成熟体序列,结果在5条miRNA前体序列共扩增出6条在BmNPV基因组中有相同序列的成熟体序列,它们分别位于不同的ORF之间,是BmNPV基因组编码的miRNA。利用在线靶基因预测程序RNAhybrid和RNA22预测到6条miRNA在BmNPV中的13个可能的靶基因,其中有6个靶基因是病毒的结构蛋白基因,2个为晚期表达因子基因,5个为未知功能基因。推测这些BmNPV基因组编码的miRNA可能与病毒感染宿主有关。 相似文献
5.
《上海畜牧兽医通讯》2016,(6)
研究表明microRNA在生物体生长、发育和疾病发生等过程中起着重要作用。本研究运用高通量测序技术对热应激组与非热应激组的夏南牛血液小RNA进行混池测序,并对测序结果进行了生物信息学分析。共鉴定了1 227条microRNAs,其中已知microRNAs为509条,新预测的microRNAs为718条。对新的microRNA的长度、表达量、靶基因预测及KEGG pathway进行分析。预测和分析得到16 077个靶基因,通过KEGG定位到219条通路中,占前4位的通路是Pathways in cancer、MAPK signaling pathway、Cytokine-cytokine receptor interaction、Focal adhesion。本研究旨在发掘更多牛的microRNA信息及新的microRNA序列,为进一步研究microRNA的生物学功能奠定理论基础。 相似文献
6.
《畜牧兽医学报》2015,(8)
本研究旨在通过比较基因组学和结构序列分析方法预测牛基因组中的新miRNAs并进行试验验证。根据miRNA分子序列具有一定保守性,将人、小鼠、绵羊、猪和狗5种哺乳动物已知的miRNA分子与NCBI中牛的全基因组序列(UMD3.1)对比,获得牛miRNAs;随机选取部分预测的miRNAs进行实时荧光定量PCR(qRTPCR)验证。结果,基于物种间序列同源比对共计预测到44条新的牛miRNAs,选取其中4条miRNAs,通过qRTPCR方法,发现他们在泌乳期中国荷斯坦牛乳腺、心、子宫和肝组织中均有表达。结果表明,基于比较基因组学和生物信息学预测新的miRNA分子可行,为奶牛基因表达调控及其性状形成机制研究提供了前期基础。 相似文献
7.
【目的】 获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】 采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time,SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分析及可变剪接分析。【结果】 通过测序共获得14467420条子序列,平均子序列长度为3 344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277 402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8 556条Unigenes。通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了8 544条Unigenes;Swiss-Prot数据库注释了8 475条Unigenes;KEGG数据库注释了1721条Unigenes;KOG数据库注释了6 572条Unigenes;eggNOG数据库注释了8491条Unigenes;GO数据库注释了7 725条Unigenes;Pfam数据库注释了8 162条Unigenes。此外,经鉴定或预测,还获得了943个转录因子、8544个编码区片段、3596个SSR位点和1 825个可变剪接事件。【结论】 本研究获得了较为可靠的牦牛皱胃全长转录组数据,可为进一步研究牦牛皱胃生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。 相似文献
8.
《中国动物传染病学报》2020,(4)
为快速确诊内蒙古阿尔山地区突发的一起饲养野猪疫情,完成未知病原的检测与鉴定,从而迅速阻击疫情,本研究采用纳米孔(Nanopore)快速测序方法,在接到样品后150 min内检测出213条非洲猪瘟病毒(ASFV)序列,覆盖28.1%全基因组序列,迅速锁定该野猪疫情是由ASFV导致。为验证快速检测的准确性和可靠性,本研究进一步使用连接测序方案对该样品进行高通量测序,共获得9.0 G数据,包含1826条ASFV序列,拼接出99%的全基因组,测序深度为5.02×,进一步确认该疫情是ASFV引起。本研究通过纳米孔测序技术迅速处置突发野猪ASF疫情,实现疫情的早期监测与防控,对阻击病毒在野猪群体中的流行具有重要意义。 相似文献
9.
《蚕业科学》2022,(1)
钙(Ca)是植物必需的一种大量元素，可作为信号分子转导多种生理过程，钙的缺失或过量均会影响植物生长发育。桑树是重要的多年生经济树木，目前对桑树中microRNA(miRNA)的抗性功能和胁迫响应调控的研究较少。使用桑树品种育71-1为研究材料，构建小RNA(small RNA)文库。通过小RNA深度测序，鉴定得到53个已知miRNA和42个预测的新型miRNA成熟体。3个钙胁迫比较组合中的差异表达miRNA共36个，其中19个上调和17个下调。挑选miR156g为研究对象，预测其茎环结构，符合二级结构规则：成熟体位于5′端，前体自由能为-166.523 kJ/mol,具有典型茎环结构；通过psTarget软件预测到对应靶标mRNA大部分属于SPL家族。试验结果为桑树钙胁迫调控的分子机制以及miRNA功能的研究提供了依据。 相似文献
10.
试验旨在挖掘、分析策勒黑羊卵巢组织microRNA(miRNA),为进一步研究特定miRNA参与策勒黑羊卵泡发育及激素分泌等相关生殖活动的机制奠定理论基础。从策勒黑羊卵巢组织中提取总RNA,分离、构建小片段RNA文库,进行Solexa测序和生物信息学分析。结果表明,共获得9527311条干净序列读数,小RNA序列长度主要分布在21~23 nt;共鉴定出434个策勒黑羊卵巢组织表达的保守miRNA,其中表达量在100以上有167个;鉴定出57个候选miRNA,其中表达量在100以上有8个。测序成功获取了策勒黑羊卵巢组织miRNA序列及表达谱,卵巢组织miRNA表达丰富且表达量各异。 相似文献
11.
In order to investigate skeletal muscle development mechanism,the expression of follistatin (FST) and fibromodulin (FMOD) gene were comparatively analyzed in fetus different skeletal muscles and different stages between Ujumqin sheep and Texel sheep during early stage.Two gene expression were analyzed including longissimusdorsi,semimembranosus,semitendinosus quadricepsfemoris and biceps femoris muscle were compared by variance analysis methods of four stages (85,100,120 and 135 d).The results of quantitative Real-time PCR showed that the expression of FST gene showed a tendency to increase with the addition of stage,and the expression of FST gene in Texel sheep was higher than that in Ujumqin sheep in semitendinosus (100,120 d),semimembranosus (120 d),and biceps femoris (120 d) (P<0.05).The expression of FST gene in Texel sheep was extremly higher than that of Ujumqin sheep in semitendinosus (100,135 d),longissimusdorsi (85 d),quadricepsfemoris (100 d) and biceps femoris (100 d) (P<0.01).As a whole,the expression of FMOD gene was the highest in quadriceps femoris,and was lower in other four muscles,it's expression in Ujumqin sheep was higher than that in Texel sheep.It was inferred that FST and FMOD genes might be related to muscle development during early stage. 相似文献
12.
本研究以骨骼肌表型差异明显的两个绵羊品种特克塞尔羊和乌珠穆沁羊为试验对象,通过对两个与生长发育相关的基因卵泡抑素(follistatin,FST)与纤维蛋白聚糖基因(fibromodulin,FMOD)在不同日龄、不同骨骼肌部位表达的比较分析,探讨绵羊骨骼肌早期发育规律;同时对绵羊胎儿的85、100、120和135日龄4个阶段,在背最长肌、半腱肌、股四头肌、半膜肌和股二头肌5个部位肌肉FST和FMOD基因的表达量进行了比较研究。实时荧光定量PCR结果表明,随着胎儿日龄的增加,FST基因在半腱肌、股四头肌中表达量有增加的趋势,同时在特克塞尔绵羊中的表达量高于乌珠穆沁羊。在100和120日龄半腱肌、120日龄半膜肌、120日龄股二头肌中FST基因表达量在两个品种间差异显著(P<0.05),在100和135日龄半膜肌、85日龄背最长肌、100日龄股四头肌、100日龄股二头肌中FST基因表达量在两个品种间差异极显著(P<0.01)。FMOD基因在股四头肌中表达量较高,而在其他4种肌肉组织中相对表达量较低,且在乌珠穆沁羊中的表达量高于特克塞尔羊中的表达量。FST和FMOD基因在绵羊早期骨骼肌发育中起着重要作用。 相似文献
13.
试验旨在挖掘高肌内脂肪（IMF）含量和低IMF含量鸡胸肌中差异表达的microRNA（miRNA）（DEM）,以期从miRNA角度探究鸡IMF沉积的分子调控机制。以120只沐川乌骨黑鸡为研究对象,采用高通量测序分别完成3个IMF含量极高（H组）和极低（L组）鸡胸肌组织的miRNA测序,测序结果经生物信息学分析,鉴定H和L组中差异表达的miRNAs,随机选择6个miRNAs进行实时荧光定量PCR验证。IMF含量测定结果表明,每只鸡平均100 g胸肌中IMF含量为4.08 g,H和L组IMF含量存在极显著差异（P<0.01）;6个测序文库结果表明,每个测序文库获得Clean reads均超过10 000 000条,Clean reads占Raw reads的百分比>93%,21~23 nt的small RNA（sRNA）数量占总sRNA的百分比>50%,其中22 nt长度的sRNA所占比例最高,平均GC碱基含量为48.95%,获得的测序数据可靠;6个测序文库中sRNA注释为rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA以及重复序列的比例较低,分别为2.74%、1.85%、6.21%、1.58%、2.82%和2.81%;6个测序文库共鉴定已知miRNAs成熟体578个,miRNAs前体500个,鉴定差异表达的miRNAs 23个,其中H组中上调表达的miRNAs有16个,下调表达的miRNAs有7个;miRNA靶基因预测分析结果表明,23个差异表达miRNAs共预测靶基因628个;GO分析结果表明,共鉴定了30个显著富集GO条目,包括6个细胞成分、13个生物学过程和11个分子功能;KEGG富集分析表明,差异表达miRNA的靶基因显著富集于胰岛素信号通路、半乳糖代谢、脂肪细胞因子信号通路、鞘糖脂生物合成、糖酵解及淀粉和蔗糖代谢;实时荧光定量PCR结果表明,gga-miR-124a-3p、gga-let-7a-5p在H组中表达量极显著或显著高于L组（P<0.01;P<0.05）;gga-miR-19a-3p在H组中表达量极显著低于L组（P<0.01）,gga-miR-6553-3p和gga-miR-128-3p在H组中的表达量显著低于L组（P<0.05）,其表达趋势与测序结果一致。以上结果表明,差异表达的miRNA gga-miR-124a-3p、gga-let-7a-5p、gga-miR-6553-3p、gga-miR-128-3p和gga-miR-19a-3p参与脂肪生成,是鸡IMF含量调控重要的候选miRNAs,为阐释miRNA调控鸡IMF沉积分子机制提供理论基础。 相似文献
14.
试验旨在探索产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigenic Escherichia coli，ETEC）感染猪小肠上皮细胞（IPEC-J2）诱导的microRNA （miRNA）表达谱变化，为解析宿主miRNA在ETEC感染过程中的调控作用提供理论基础。利用Illumina 6000 Novoseq SE50测序平台分别对ETEC感染前后的IPEC-J2进行高通量测序，用Bowtie与参考基因组比对，用DESeq R Package进行miRNA差异性分析。通过miRanda和RNAhybid共同预测差异表达miRNA的靶基因，对差异表达miRNA靶基因进行GO功能和KEGG通路分析。随机选取5个miRNAs，对测序结果进行实时荧光定量PCR验证。结果显示，IPEC-J2在感染前后的sRNA文库经过滤分别得到12 889 260和11 203 056条clean reads。感染前后文库中，miRNA所占比例最高，分别为73.16%和54.10%；分别有97.98%和69.83%长度为18~40 nt的sRNA可比对到参考基因组，表明测序质控良好。长度在22~24 nt的序列大部分首位碱基偏向U，2~8位点出现频率最高的碱基分别为AGCUUAU。共发现311个已知miRNAs，128个新miRNAs。在2个文库中，长度为23 nt的miRNA序列占比最高，分别为41.42%和23.56%。感染后共筛选到140个差异表达miRNAs，其中74个表达上调，66个表达下调。GO分析表明，miRNA靶基因显著富集于代谢过程、正向调节代谢过程、细胞成分或生物合成、免疫系统、细胞内部分和细胞器等功能。KEGG分析表明，差异表达miRNA靶基因显著富集于赖氨酸降解、生产IgA的肠道免疫网络、NF-κB信号通路和T细胞受体信号通路等。实时荧光定量PCR验证结果表明，随机选取的5个miRNAs表达趋势与测序结果一致，表明测序准确可靠。综上所述，IPEC-J2的miRNAs参与了ETEC感染过程，为进一步揭示调控ETEC感染的关键miRNA及其作用机制提供科学依据。 相似文献
15.
该研究旨在初步了解无角陶赛特羊和特克塞尔羊对甘肃榆中地区的适应性,以便为该地区引进推广良种肉羊提供依据。以兰州奉特动物科技有限公司榆中肉羊繁育中心的无角陶赛特羊和特克塞尔羊为研究对象,对其2016—2018年的繁殖性能进行了分析,同时对2018年无角陶赛特羔羊和特克塞尔羔羊从出生到2月龄(断奶)的生长发育性能进行了测定。结果表明:从2016年到2018年无角陶赛特羊、特克塞尔羊的繁殖率、产羔率、双羔率均在逐年提高;特克塞尔羔羊初生重、1月龄重以及2月龄重均高于无角陶赛特羔羊,但差异均不显著(P>0.05);特克塞尔羔羊1月龄胸宽、2月龄胸宽和体长均显著高于无角陶赛特羔羊(P<0.05),其他体尺指标差异均不显著(P>0.05)。说明两个肉羊品种在甘肃榆中地区均有良好的繁殖性能以及较高的生长性能,均可在榆中及其周边地区推广养殖。 相似文献
16.
为寻找绵羊基因组中可能的遗传性状相关标记,本试验采用比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)芯片技术,构建了蒙古羊、哈萨克羊、藏羊的拷贝数变异(copy number variation,CNV)多样性图谱。试验结果显示,共检测出28个CNV区域(CNV region,CNVRs),包括11个扩增型、15个缺失型和2个扩增—缺失型。通过功能注释和代谢通路分析发现,在蒙古羊和藏羊基因组中血红蛋白基因存在拷贝数扩张,可能与两种绵羊长期生活在高原低氧环境中产生的适应性有关。对CNVRs和CNV相关基因进行实时荧光定量PCR检验,83.3%的实时荧光定量PCR结果与芯片检测结果一致。通过对中国北方3种绵羊的基因组CNV的研究,为不同绵羊品种间遗传变异的研究奠定了基础。 相似文献
17.
To detect the association of the biological traits and genetic properties in sheep genome,array comparative genomic hybridization (aCGH) system was used to identify the CNVs in the sheep genome and the CNVs map was constructed in Mongolian sheep,Kazakh sheep and Tibetan sheep.The results showed that 28 CNV regions (CNVRs) were found,containing 11 gains,15 losses and 2 gain-losses.The HBB gene was amplified in Mongolian sheep and Tibetan sheep,which might be attributed to adaptability in low oxygen and high altitude environment.Real-time PCR was performed for CNVRs and CNV genes,83.3% of Real-time RCR results were consistent with the CGH.The study that performed the genome-wide detection of copy number variations of sheep in Northern China,would provid foundation for studying genetic variation in different sheep breeds. 相似文献
18.
本研究以2个骨骼肌表型差异明显的特克塞尔和乌珠穆沁绵羊为试验对象,研究DLK1和MSTN基因在不同妊娠阶段胎儿不同部位骨骼肌中表达的调控机制及早期肌肉发育规律。在绵羊妊娠第85、100、120和135天时,对胎儿的半腱肌、半膜肌、背最长肌、股四头肌和股二头肌肌肉质量进行方差分析以及对DLK1和MSTN基因在5种骨骼肌中的表达量进行研究。结果表明,妊娠85天时特克塞尔羊的半膜肌、背最长肌、股四头肌和股二头肌质量显著或极显著(P<0.05或P<0.01)高于乌珠穆沁羊;妊娠100天时,5种骨骼肌组织生长发育在品种间的差异达到最大(P<0.05或P<0.01)。实时荧光定量分析表明,随着胎儿日龄的增加,DLK1基因在半腱肌、半膜肌、背最长肌、股四头肌和股二头肌骨骼肌中的表达量有增加的趋势,同时在特克塞尔羊中的表达量高于乌珠穆沁绵羊。在妊娠120天的半腱肌和半膜肌、妊娠100和135天的背最长肌、妊娠85天股四头肌和妊娠135天的股二头肌中DLK1表达量在2个品种间差异显著(P<0.05)。MSTN的表达量在特克塞尔羊中高于乌珠穆沁羊,但整体较低。妊娠135天时背最长肌和股四头肌中MSTN基因的表达量在2个品种间差异显著(P<0.05)。结果显示,DLK1和MSTN基因在不同日龄不同肌肉组织中的差异表达可能与肌肉早期发育有关。 相似文献
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为检测兰坪乌骨绵羊的遗传多样性及其与其他5个绵羊品种（湖羊、小尾寒羊、杜泊羊、特克塞尔羊和无角陶赛特羊）的亲缘关系,试验选择9个微卫星位点对共计117个体进行了检测,将各微卫星位点的PCR扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,POPGEN32软件计算遗传参数。结果表明,9个微卫星位点均表现为高度多态,各绵羊群体内的PIC平均值为湖羊（0.7211）>陶赛特羊（0.6780）>小尾寒羊（0.6492）>乌骨绵羊（0.6479）>特克塞尔羊（0.5930）>杜泊羊（0.5728）。6个品种中乌骨绵羊的平均杂合度最大（0.9543）,而杜泊羊最小（0.2556）。UPGMA聚类分析表明,湖羊与小尾寒羊首先聚为一类,乌骨绵羊与湖羊、小尾寒羊遗传距离较近,而与3个引进品种的遗传距离较远。这些结果提示乌骨绵羊可与湖羊或小尾寒羊杂交提高繁殖力,与引进品种杂交提高肉用性能。 相似文献
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de Cecco Bianca Santana Lorenzett Marina Paula Henker Luan Cleber Weber Matheus Nunes Moséna Ana Cristina Sbaraini Baumbach Letícia Canal Cláudio Wageck Driemeier David Pavarini Saulo Petinatti Sonne Luciana 《Tropical animal health and production》2019,51(7):2095-2098
Enzootic nasal tumor (ENT) is a contagious neoplasm associated with enzootic nasal tumor virus (ENTV), which may induce disease in sheep (ENTV-1) and goats (ENTV-2). This study aimed to describe the occurrence of ENT in two Texel sheep (Ovis aries) from a 75-sheep flock, located in the city of Gravataí, southern Brazil. Animals used to be purchased from different origins, and no specific tests for disease monitoring or quarantine procedure were performed. Affected animals presented respiratory distress, anorexia with severe weight loss, and mucopurulent unilateral nasal discharge. Necropsy was performed in both animals and nasal cavity masses were observed. Histopathological analysis demonstrated an epithelial neoplasm compatible with nasal adenocarcinoma. PCR using a protocol that amplifies a 591 bp sequence of 5’LTR-gag region of ENTV1 was performed followed by DNA sequencing. Both samples were positive, and the sequences obtained presented highest identity (97%) with ENTV strain TN28 (GenBank accession number MH899613) detected in a Texel sheep from Scotland. This is the first report of ENTV-1 leading to enzootic nasal tumor in sheep in Latin America, which confirms the presence of the retrovirus in sheep flocks in the Brazilian territory.
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