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1.
为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的NM基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。  相似文献   

2.
为了解近年来云南江城县蓝舌病病毒16型(Bluetongue virus type 16,BTV-16)毒株的流行情况及其L2基因与国外流行株的遗传进化关系,本研究将江城县送检的300份牛肝素钠抗凝血提取红细胞后静脉接种10日龄鸡胚,将收集的鸡胚肝脏捣碎离心,上清液接种于C6/36和BHK21细胞传代。针对出现细胞病变的样品,应用群特异性VP7片段引物进行RT-PCR检测,应用BTV-16 L2基因特异性引物对检测出的BTV核酸阳性样品进行RT-PCR扩增和测序,采用DNAStar和Mega 6.0软件对获得的L2基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析,同时利用BTV-16标准阳性血清对分离到的病毒进行中和试验鉴定。结果显示,江城县发现30个可致细胞病变的样品,其中17个样品经RT-PCR初步确认为BTV;经L2基因序列分析和中和试验鉴定,确定其中6株为BTV-16型毒株;核苷酸、氨基酸同源性比对分析结果显示,6个毒株核苷酸和氨基酸同源性分别在93.4%~98.0%和94.2%~99.1%之间;遗传进化分析发现,其中5株与2001-2008年日本及1982-2011年印度分离的BTV-16毒株亲缘关系较近;1株与1985-1990年日本分离的BTV-16毒株亲缘关系较近。本研究发现,云南江城县BTV-16毒株呈现新旧毒株交叉持续流行态势,但在自然进化中遗传变异不大,有一定的稳定性,本研究在分子水平阐明了云南江城县地方流行BTV-16 L2基因间的遗传和差异,为进一步开展BTV分子流行病学及检测研究提供科学依据。  相似文献   

3.
为了解吉林地区小鹅瘟病毒(Gosling plague virus,GPV)的基因特征,及其与黑龙江及中国其他省份和国外流行毒株的相关性,本研究采用PCR方法鉴定2018年吉林某养鹅场送检的病死雏鹅的肠组织,同时对GPV的非结构蛋白NS1基因及结构蛋白VP1基因进行了克隆和测序,并与国内外16株GPV参考毒株的相应序列进行分析。结果表明,病死雏鹅为GPV与减蛋综合征病毒(Egg drop syndrome virus,EDSV)混合感染;吉林地区GPV的NS1基因长为1 884 bp,编码627个氨基酸,与参考毒株核苷酸序列同源性为93.8%~99.8%,氨基酸序列同源性为97.1%~99.7%;VP1基因长为2 199 bp,编码732个氨基酸,与参考毒株核苷酸序列同源性为93.4%~99.9%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.9%。NS1及VP1基因的系统进化树分析均表明,吉林地区GPV与哈尔滨分离株98E属于同一进化分支,亲缘关系最近,与国外分离株、中国台湾和安徽分离株亲缘关系均较远。吉林地区GPV与鹅源GPV具有较近的亲源关系,同源性明显高于其他水禽来源的GPV。该研究为明确中国东北地区GPV空间的流行规律提供基础数据,为东北地区GPV的诊断与治疗提供参考依据。  相似文献   

4.
为了解近年来云南江城县蓝舌病病毒16型(Bluetongue virus type 16,BTV-16)毒株的流行情况及其L2基因与国外流行株的遗传进化关系,本研究将江城县送检的300份牛肝素钠抗凝血提取红细胞后静脉接种10日龄鸡胚,将收集的鸡胚肝脏捣碎离心,上清液接种于C6/36和BHK21细胞传代。针对出现细胞病变的样品,应用群特异性VP7片段引物进行RT-PCR检测,应用BTV-16 L2基因特异性引物对检测出的BTV核酸阳性样品进行RT-PCR扩增和测序,采用DNAStar和Mega 6.0软件对获得的L2基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析,同时利用BTV-16标准阳性血清对分离到的病毒进行中和试验鉴定。结果显示,江城县发现30个可致细胞病变的样品,其中17个样品经RT-PCR初步确认为BTV;经L2基因序列分析和中和试验鉴定,确定其中6株为BTV-16型毒株;核苷酸、氨基酸同源性比对分析结果显示,6个毒株核苷酸和氨基酸同源性分别在93.4%~98.0%和94.2%~99.1%之间;遗传进化分析发现,其中5株与2001—2008年日本及1982—2011年印度分离的BTV-16毒株亲缘关系较近;1株与1985—1990年日本分离的BTV-16毒株亲缘关系较近。本研究发现,云南江城县BTV-16毒株呈现新旧毒株交叉持续流行态势,但在自然进化中遗传变异不大,有一定的稳定性,本研究在分子水平阐明了云南江城县地方流行BTV-16 L2基因间的遗传和差异,为进一步开展BTV分子流行病学及检测研究提供科学依据。  相似文献   

5.
《中国兽医学报》2015,(9):1404-1408
采用RT-PCR方法对2012-2014年收集的7份四川规模化猪场送检猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的阳性临床样品中病毒M基因进行扩增,纯化回收目的片段后连接到pMD19-T载体,经序列测定与GenBank收录的30条PEDV参考毒株的序列进行核苷酸和氨基酸同源性分析、构建系统进化树。结果显示,7株PEDV四川株间核苷酸以及氨基酸同源性分别高达98.4%~99.9%和97.4%~99.1%,与参考株之间的核苷酸以及氨基酸同源性分别是95.7%~99.9%和95.2%~99.6%,PEDV四川株与国内外近3年的PEDV毒株均在系统进化树上的同一分支,亲缘关系较近,而经典毒株CV777与国内早期PEDV株处于另外一个分支。表明目前流行的PEDV M基因与往年相比出现一定的变异,但是仍相对稳定。  相似文献   

6.
为了解我国吉林省某地区猪伪狂犬病毒流行株JL1株的遗传变异情况,对PRV JL1株TK、gI、gD、gE和gB基因进行克隆测序,并与GenBank上发表的国内外毒株进行序列分析和遗传进化分析。结果显示,JL1株TK、gI、gD、gE和gB基因与国内外其他参考毒株的核苷酸同源性为99.6%~100%,96.4%~99.9%,98.8%~99.9%,98.1%~99.9%,98.4%~99.9%;氨基酸同源性为99.4%~100%,94.3%~99.7%,97.3%~99.8%,95.7%~99.5%,97%~99.7%。氨基酸多序列比对发现,PRV JL1株gE基因第48位和496位各插入一个天冬氨酸(D),与流行变异株的基因特征一致;同时gD基因、gI基因和gB基因分别有不同数量的氨基酸的插入和缺失。遗传进化分析表明,JL1株与国内近年来分离的流行毒株亲缘关系较近,尤其与JS-2012流行毒株亲缘关系相对最近,而与国外分离的经典毒株亲缘关系较远。通过对PRV JL1流行毒株的重要基因进行遗传变异分析,进一步了解PRV变异情况,可为当前流行的猪伪狂犬病防控以及疫苗的研究提供参考依据。  相似文献   

7.
用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。  相似文献   

8.
为了解猪圆环病毒2型(PCV2)凉山州分离株的基因型,本研究采用PCR方法对采自凉山州3个发病猪场的4个PCV2阳性样品进行全基因组序列的扩增、克隆、测序分析,并绘制遗传进化树。结果显示:4个PCV2凉山州分离株全基因组序列长度均为1767 bp,核苷酸同源性为99.4%~99.8%,与国内外101株PCV2参考毒株核苷酸同源性为93.8%~99.9%,与4个PCV2国产疫苗株核苷酸同源性为95.1%~96.0%;4个分离株ORF1和ORF2基因核苷酸同源性分别为99.3%~99.8%和99.6%~100%;构建的系统进化树显示,4个分离株均为PCV2d亚型,与YA1株(四川雅安,MH094769)的亲缘关系最近。本研究为凉山州PCV2疫苗毒株的选择提供了科学依据。  相似文献   

9.
用设计的特异性引物,通过RT-PCR法对1999和2004年间分离自山东省的具有一定代表性的3株鸡新城疫病毒(ShD-2-04,ShD-3-99,ShD-5-04)进行HN基因的扩增和克隆,并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明:3个毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为1716bp,编码571个氨基酸,属强毒的C群;3株山东分离毒的核苷酸同源性为98.2%~98.8%,氨基酸同源性为98.4%~98.8%,其中ShD-2-04和ShD-5-04核苷酸及氨基酸同源性均为最高,达到99.8%和99.8%;将3株山东分离毒株与国内外标准强毒株及弱毒株的HN基因核苷酸及氨基酸同源性分别进行比较:3毒株与国内外标准毒株HN的核苷酸同源性为82.7%~87.2%,氨基酸同源性为87.6%~90.0%,表明已发生一定的变异。  相似文献   

10.
《中国兽医学报》2019,(9):1703-1709
为了解阿卡斑病毒在云南师宗的流行情况及病毒的遗传特征,本研究在云南师宗设立哨兵动物,2014年5~11月每周1次连续采集血清、血液样品,血清用做AKAV抗体检测,血液在C6/36、BHK-21、MDBK和Vero细胞上进行病毒分离工作,用S基因特异引物对阳性分离物进行鉴定及序列分析。结果显示,15头哨兵动物共采集到28批420份血清、420份血液样品,其中有3头牛和1只羊感染AKAV,从这些样品中分离获得2株AKAV(编号09312D和09312H),它们在BHK-21和MDBK细胞上48 h产生明显CPE。2株新分离AKAV的S片段序列核苷酸同源性为100%,氨基酸同源性为100%,与所引用的9株其他不同地区分离的AKAV的S片段序列核苷酸同源性在83.8%~97.7%之间,氨基酸同源性在90.6%~99.6%之间,且新分离毒株处于同一进化小分支,具有高度亲缘性,形成了一个独立的次级分支,同时与其他2株中国AKAV分离株处于同一进化簇。结果表明,云南省师宗县为AKAV流行地区,病毒在当地活动频繁,新分离得到的2株病毒与其他AKAV毒株具有较高的核苷酸同源性和氨基酸同源性,提示亚洲太平洋地区AKAV病毒长期流行且关系密切,同时其氨基酸同源性高于核苷酸同源性也提示了AKAV S片段良好的氨基酸遗传稳定性。  相似文献   

11.
The object of this study was to investigate the evolution and variation of NS1 encoding gene (M6) of Bluetongue virus 1 (BTV-1) from Yunnan province and the evolutionary relationship of strains which from Yunnan province and other countries.RNA were extracted from four strains (Y863,SZ120169,6-12 and 7-12),and M6 gene were amplified by using specific primer and sequenced,which were analyzed by using bioinformatics software for nucleotides homology and phylogenetic relationships.The results showed that four strains M6 gene were 1 763 bp;The homology of nucleotides among four strains M6 gene were 95.2% to 99.9%,the amino acids among four strains M6 gene were 97.6% to 99.8%,the homology of nucleotides between Y863 (1979) and 3 strains (SZ120169,6-12 and 7-12) were 95.5%,95.2% and 95.2%,the amino acids between Y863 (1979) and 3 strains were 97.6%,98.4% and 98.2%,the homology of nucleotides and amino acids were high (96.9% to 99.9% and 99.1% to 99.8%,respectively) among four Yunnan strains.BTV was divided into two clusters (Western and Eastern) and four strains (BTV-1) from Yunan province belong to Eastern cluster.The homology of nucleotides and amino acids among four Yunnan strains was 95.2% to 99.9% and 97.6% to 99.8% respectively;The genetic distance were close among four Yunnan strains and strains from Greece and Australia,the homology of nucleotides and amino acids between them were 90.4% to 95.6% and 95.1% to 99.1%;The genetic distance were distinct among four Yunnan strains and strains from Mediterranean countries (Italy,Fance,Algeria,Morocco and Tunisia) and South Africa;The homology of nucleotides and amino acids between them were below 83.8% and 95.7%,so we found that gene clusters distribution was related to the geographical distribution for BTV.In a conclusion,four Yunnan strains belong to Eastern cluster and the speed of genetic variation of M6 from Yunnan province was slow,so M6 gene could be used in study of gene group of distribution and origin of geographical area.  相似文献   

12.
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。  相似文献   

13.
To investigate genetic variation of avian infectious bronchitis virus (IBV) in Guangxi province,one strain of IBV was isolated from chicken.Two pairs of primers for amplifying the N and M genes of IBV were designed according to the sequences in GenBank.The N and M genes of the strain were amplified by RT-PCR,and they were proved to be the N and M genes of IBV by cloning,sequencing and compared with reference IBV strains published in GenBank.The results showed that the N gene from the IBV isolate consisted of 1 230 bp,coding 409 amino acids.The M gene from the IBV isolate consisted of 678 bp,coding 225 amino acids.The sequence analysis of N gene showed that it shared 87.2% to 93.3% nucleotide homologies and 90.0% to 94.4% deduced amino acid sequence homologies with IBV strains from GenBank.The M gene sequence analysis showed that it shared 83.6% to 91.0% nucleotide homologies and 82.7% to 92.9% deduced amino acid sequence homologies.The phylogenetic tree analysis showed that it was closely related to BJ and LX4 strains,and were clustered into one group;But with the distant relatives from other strains of IBV.These results suggested that the isolate was a new variant of IBV.  相似文献   

14.
在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HANA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HANA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支(Y280-like),ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合(HB)位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。  相似文献   

15.
为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDV S基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4 158或4 161 bp,编码1 385或1 386个氨基酸,全部为Group 1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%~100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%~100.0%和91.5%~100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。  相似文献   

16.
为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。  相似文献   

17.
To study the genetic variations of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) ORF3 and M gene in Guizhou province,we used RT-PCR method to detect PEDV in the dung what collected from diarheal porket in five regions of Guizhou province between April 2014 to March 2015,then selected eight positive samples,cloned and sequenced their ORF3 and M gene.The results showed that 75 samples were positive for PEDV,and the positive rate was 71.43%.The result of sequencing showed that ORF3 and M gene were intact;ORF3 gene shared from 95.1% to 100.0% nucleotide identity and 95.1% to 99.6% amino acid identity,and M gene shared from 98.4% to 100.0% nucleotide identity and 98.7% to 100.0% amino acid identity with eight PEDV Guizhou strains.Phylogenetic analysis revealed that Guizhou strains seem to be closely related to Chinese strains,Korean strains and Thai strains,and there were genetically different from the vaccine strains attenuated DR13 and CV777.The results suggested that in rencent years the mainly etiology of orket diarrhea was velogenic PEDV.  相似文献   

18.
为了解野鸟源新城疫病毒(NDV)基因变异情况,我们对14株2005年~2006年分离自黑龙江三江自然保护区和哈尔滨周边地区健康野鸟体内的NDV的HN和P基因分别进行RT-PCR扩增,并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定。结果显示:14株野鸟源NDVHN基因开放性阅读框架(ORF)均为1716bp,编码571个氨基酸;P基因开放阅读框均为1188bp,编码395个氨基酸。13株野鸟源NDVHN和P基因核苷酸同源性分别为96.4%~99.8%和95.8%~100%,分别与参考毒株HN和P基因相比,同源性为82.3%~98.7%和78.5%~99.4%。1株野鸟源NDV与参考毒株Mutkeswar的HN和P基因高度同源。分析表明:这14株NDV病毒与我国普遍流行的基因Ⅶ型和基因Ⅲ型NDV具有很高的同源性,提示野鸟与家禽新城疫的发生在流行病学和生态学上有着非常密切的关系。  相似文献   

19.
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月-2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增其ORF3及M基因,测序并进行序列比对分析.结果显示,从采集的105份粪便样本中可检出75份PEDV阳性样本,阳性率为71.43%;8株PEDV贵州株ORF3及M基因序列均无碱基缺失或插入;ORF3基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在95.1%~100.0%与95.1%~99.6%之间,M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.4%~100.0%与98.7%~100.0%之间;氨基酸系统进化树分析结果显示,2014~2015年贵州流行株与近年来中国毒株、韩国毒株及泰国毒株亲缘关系较近,与疫苗株Attenuated DR13及CV777株亲缘关系较远.提示目前贵州省仔猪腹泻病原主要是PEDV,且为PEDV强毒株.  相似文献   

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